genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.258.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  105315579

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84074943--84075104	81	2.0	81	81	2	193	40	20	9	29	1.83
84074954--84075108	54	2.9	53	81	10	147	41	20	9	29	1.84
84075093--84075312	27	8.1	27	87	2	316	34	19	21	24	1.97
84075515--84075584	25	2.8	25	91	0	104	27	22	22	27	1.99
84075540--84075611	25	3.0	24	78	13	67	29	20	22	27	1.99
84075805--84075887	31	2.7	30	89	7	123	31	15	24	28	1.96
84091200--84091253	26	2.1	26	96	0	99	35	24	11	29	1.90
84092984--84093027	5	8.0	5	81	18	52	77	0	2	20	0.88
84092984--84093026	17	2.5	17	92	0	68	79	0	2	18	0.85
84092983--84093027	22	2.0	23	91	4	74	77	0	2	20	0.87
84093325--84093373	23	2.1	23	81	7	55	65	2	4	28	1.22
84097808--84097905	27	3.5	28	90	2	135	26	13	28	31	1.94
84097836--84097918	27	3.0	27	87	5	96	30	12	25	32	1.92
84097808--84097919	28	4.0	27	83	6	98	28	12	25	33	1.92
84106116--84106209	27	3.4	28	89	2	127	26	11	28	32	1.92
84106140--84106223	27	3.0	27	87	5	96	29	11	25	33	1.91
84109808--84109925	58	2.0	58	100	0	236	44	15	3	36	1.63
84111654--84111702	21	2.3	21	79	6	55	42	0	2	55	1.11
84112278--84112322	21	2.1	21	83	0	54	35	24	2	37	1.68
84115608--84115671	18	3.3	19	68	12	58	32	1	3	62	1.20
84115612--84115678	18	3.6	18	68	18	55	34	1	2	61	1.20
84115607--84115687	39	2.1	37	93	4	135	32	2	2	62	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84115619--84115679	19	3.2	19	70	21	63	31	1	3	63	1.20
84115627--84115692	18	3.5	18	74	15	62	30	3	3	63	1.24
84116697--84116761	30	2.2	30	88	0	94	32	40	15	12	1.84
84120098--84120349	125	2.0	125	88	2	371	29	16	16	37	1.91
84120371--84120422	25	2.1	25	85	7	70	61	9	1	26	1.38
84120403--84120526	30	3.8	32	79	17	114	44	16	0	38	1.48
84120449--84120613	34	4.9	34	85	11	216	42	18	0	39	1.50
84120432--84120604	65	2.6	64	88	8	231	43	19	0	36	1.51
84121399--84121441	22	2.0	22	90	0	68	30	2	0	67	1.03
84121714--84121762	5	9.8	5	82	8	64	4	18	0	77	0.92
84121725--84121776	15	3.4	15	82	12	61	5	19	0	75	1.01
84133078--84133149	23	3.0	23	80	13	83	52	19	1	26	1.54
84134795--84134821	14	1.9	14	100	0	54	62	0	0	37	0.95
84137573--84137603	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
84137570--84137609	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
84137795--84138041	55	4.6	54	82	5	256	21	24	17	36	1.95
84137842--84138041	108	1.8	110	89	4	316	22	25	17	35	1.95
84144371--84144412	9	4.7	9	90	0	66	28	0	16	54	1.42
84146806--84146850	21	2.1	21	84	8	56	26	20	24	28	1.99
84152520--84152958	50	8.9	50	85	4	511	28	20	29	21	1.98
84152520--84152958	99	4.5	99	81	7	484	28	20	29	21	1.98
84152527--84152961	145	3.0	147	85	3	554	28	20	29	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84158622--84158741	48	2.5	48	77	0	123	28	20	25	25	1.99
84159802--84159829	13	2.2	13	100	0	56	35	17	21	25	1.95
84162291--84162367	37	2.1	37	100	0	154	45	5	18	31	1.71
84162562--84162596	16	2.1	17	89	5	54	42	0	11	45	1.40
84163552--84164031	208	2.3	214	91	4	785	38	10	7	43	1.68
84167415--84167458	14	3.1	14	87	6	54	27	0	4	68	1.09
84168079--84168134	24	2.3	24	93	0	94	26	19	7	46	1.76
84168267--84168331	29	2.3	27	76	5	67	38	0	1	60	1.07
84168785--84168817	17	1.9	17	93	0	57	84	0	12	3	0.72
84170333--84170382	15	3.4	15	72	10	50	46	0	2	52	1.12
84170794--84170846	25	2.2	24	83	6	63	24	0	26	49	1.51
84173744--84173782	16	2.4	16	84	12	53	79	2	0	17	0.84
84175598--84175638	21	2.0	20	85	4	55	51	21	12	14	1.75
84177539--84177628	28	3.2	27	82	7	99	30	26	15	27	1.96
84177539--84177633	29	3.3	29	82	4	113	30	28	14	26	1.95
84181598--84181654	9	6.3	9	78	8	62	43	0	36	19	1.51
84185543--84185570	13	2.2	13	100	0	56	35	14	0	50	1.43
84188439--84188531	43	2.2	43	94	0	159	39	13	8	37	1.76
84194178--84194255	38	2.1	38	95	0	138	30	0	33	35	1.58
84197890--84197927	19	2.0	20	89	5	60	36	15	21	26	1.93
84197893--84197937	19	2.4	19	80	0	54	37	13	22	26	1.91
84207442--84207486	20	2.2	20	88	0	63	51	2	8	37	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84208318--84208361	19	2.3	19	80	0	52	43	9	15	31	1.79
84210647--84210685	19	2.1	18	85	9	51	46	0	20	33	1.51
84211150--84211327	48	3.7	48	74	8	182	27	18	27	26	1.98
84211137--84211322	96	1.9	96	91	0	300	27	16	27	28	1.97
84214067--84214101	18	2.0	18	88	5	54	60	0	17	22	1.37
84219333--84219386	27	2.0	27	85	7	74	40	9	12	37	1.76
84231000--84231175	50	3.5	49	79	7	176	25	17	27	28	1.98
84230993--84231186	49	3.9	49	75	11	171	25	18	27	27	1.98
84240722--84240762	21	2.0	21	95	0	73	65	17	2	14	1.37
84243397--84243825	213	2.0	213	88	1	637	28	21	15	34	1.94
84245276--84245515	120	2.0	120	99	0	471	37	9	20	32	1.84
84249061--84249251	83	2.3	83	80	9	212	31	25	16	26	1.96
84249110--84249243	40	3.3	41	78	10	148	28	26	17	26	1.98
84254201--84254232	13	2.3	15	89	10	50	21	34	6	37	1.79
84268228--84268265	20	1.9	20	100	0	76	55	10	7	26	1.61
84272222--84272283	28	2.2	28	80	11	74	69	1	11	17	1.26
84277095--84277128	18	1.9	17	88	5	50	26	0	0	73	0.83
84277689--84277718	10	3.0	10	95	0	51	0	26	30	43	1.55
84284288--84284361	31	2.5	30	84	6	114	58	8	16	17	1.62
84284272--84284361	31	3.0	29	82	6	101	55	7	15	21	1.65
84292560--84292740	83	2.2	83	98	0	353	22	29	17	30	1.97
84294425--84294468	21	2.1	21	95	0	79	29	18	18	34	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84296895--84297108	46	4.6	46	77	10	163	24	28	18	28	1.98
84312399--84312485	42	2.1	42	97	0	165	45	22	0	31	1.53
84312407--84312477	22	3.3	22	66	28	62	45	22	0	32	1.53
84312517--84312558	19	2.2	19	87	8	59	66	2	0	30	1.04
84326771--84326832	22	2.5	26	77	17	69	51	20	1	25	1.57
84330114--84330233	43	2.8	42	79	9	154	32	15	23	28	1.95
84345224--84345289	28	2.3	29	81	5	80	27	19	31	21	1.97
84345428--84345477	21	2.4	21	89	0	73	34	18	16	32	1.92
84349347--84349538	47	4.1	47	90	1	289	32	11	29	26	1.92
84349372--84349447	22	3.3	22	67	22	66	32	13	28	25	1.93
84349421--84349496	23	3.2	25	62	24	63	28	13	34	23	1.92
84349497--84349693	50	4.0	50	93	2	317	37	8	24	29	1.85
84349842--84349951	37	3.0	37	87	0	166	22	17	30	30	1.97
84352395--84352448	22	2.4	22	75	3	54	31	9	18	40	1.82
84357533--84357805	48	5.7	48	79	7	288	28	20	26	23	1.99
84357533--84357805	96	2.8	96	80	10	335	28	20	26	23	1.99
84357520--84357802	144	2.0	144	87	2	408	28	20	26	24	1.99
84362500--84362650	42	3.6	42	76	7	144	32	17	23	27	1.96
84362539--84362649	43	2.6	42	77	5	107	32	18	23	26	1.97
84370067--84370228	42	3.8	42	77	4	173	34	14	22	27	1.94
84378717--84378762	21	2.2	21	84	0	56	15	28	30	26	1.96
84384530--84384686	43	3.7	43	71	13	133	29	21	16	31	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84385428--84385493	33	2.0	33	100	0	132	33	27	6	33	1.81
84386973--84387081	42	2.6	42	78	5	105	30	23	15	30	1.96
84389827--84389969	27	5.3	27	83	3	173	28	24	6	39	1.81
84389827--84389965	54	2.6	53	89	3	199	28	25	6	39	1.80
84390001--84390124	27	4.6	27	80	6	117	43	20	8	27	1.80
84390102--84390187	27	3.1	27	73	17	86	38	15	11	34	1.83
84390228--84390305	27	2.9	27	75	11	70	37	19	20	23	1.95
84391012--84391076	20	3.2	20	87	8	96	40	9	18	32	1.82
84391126--84391256	26	5.2	26	82	4	162	29	21	22	27	1.99
84391126--84391256	52	2.6	51	89	4	196	29	21	22	27	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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