genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.38.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  105315579

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11357388--11357443	11	5.1	12	71	16	50	37	0	1	60	1.07
11357396--11357426	14	2.2	14	94	0	53	32	0	0	67	0.91
11357887--11358130	126	1.9	126	94	0	434	28	16	15	38	1.90
11358686--11358760	35	2.2	35	92	2	125	21	24	12	42	1.86
11368344--11368470	64	2.0	64	89	3	193	29	16	16	37	1.91
11368669--11369657	45	22.2	44	69	17	309	30	18	22	28	1.97
11368583--11369726	134	8.6	134	79	7	1106	30	18	22	28	1.98
11368583--11369726	398	2.9	397	79	7	1124	30	18	22	28	1.98
11368669--11369679	267	3.8	267	85	4	1244	30	18	22	28	1.97
11369515--11369744	45	5.2	45	68	21	119	30	18	20	30	1.97
11369602--11369768	88	1.9	88	91	1	271	29	18	19	31	1.96
11369617--11369801	89	2.1	88	85	1	244	30	21	18	29	1.97
11371703--11372146	132	3.5	126	81	7	484	26	15	20	37	1.93
11372666--11372717	24	2.2	24	85	0	68	53	9	3	32	1.51
11387868--11387910	18	2.5	17	76	3	50	34	0	2	62	1.08
11388759--11388803	21	2.1	21	83	0	54	62	2	2	33	1.20
11388797--11388825	11	2.6	11	100	0	58	72	6	6	13	1.26
11389283--11389317	13	2.8	13	91	4	54	34	0	0	65	0.93
11389910--11389969	19	3.1	20	81	11	63	41	3	0	55	1.16
11389930--11389969	18	2.2	19	86	4	55	45	2	0	52	1.14
11393007--11393210	101	2.0	101	97	0	381	29	16	18	35	1.93
11394234--11394265	13	2.5	13	95	5	57	31	0	15	53	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11397907--11397933	14	1.9	14	100	0	54	88	0	11	0	0.50
11398856--11398922	29	2.3	30	80	14	70	35	1	1	61	1.15
11410583--11410619	16	2.2	17	90	9	58	72	5	0	21	1.04
11411175--11411267	9	9.6	9	75	18	71	34	1	3	61	1.19
11411222--11411266	21	2.1	21	95	0	81	31	0	2	66	1.04
11414692--11414767	33	2.3	33	97	0	143	17	30	13	39	1.87
11415497--11415523	12	2.2	12	100	0	54	44	0	7	48	1.31
11418467--11418493	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
11430289--11430427	61	2.3	60	81	14	169	34	5	4	55	1.43
11432153--11432190	19	2.0	19	94	0	67	36	13	26	23	1.91
11435700--11435780	37	2.2	37	82	10	96	39	0	3	56	1.17
11447598--11447652	20	2.7	20	85	2	65	49	32	0	18	1.48
11447657--11447702	20	2.4	19	85	3	56	36	30	10	21	1.88
11448039--11448122	45	1.9	44	85	4	116	54	4	5	34	1.46
11449462--11449500	19	2.1	19	95	0	69	28	5	12	53	1.60
11457465--11457502	19	2.0	19	100	0	76	63	5	10	21	1.46
11458081--11458160	42	1.9	42	100	0	160	53	7	18	20	1.68
11464015--11464119	39	2.7	39	92	0	174	37	23	25	13	1.92
11464033--11464097	21	3.2	21	70	12	73	38	21	27	12	1.89
11469170--11469209	20	2.0	20	85	9	55	25	15	20	40	1.90
11471667--11471692	2	13.0	2	100	0	52	50	50	0	0	1.00
11484763--11484835	33	2.2	33	82	4	85	19	23	32	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11491122--11491207	21	4.1	21	73	0	73	46	13	22	17	1.83
11491091--11491198	42	2.6	42	81	0	108	45	15	21	17	1.85
11491135--11491234	42	2.4	42	82	0	119	45	12	25	18	1.83
11499721--11499750	14	2.1	14	100	0	60	40	0	20	40	1.52
11506318--11506389	35	2.1	35	86	0	99	37	9	25	27	1.87
11506590--11506622	12	2.8	12	95	0	57	18	30	3	48	1.63
11507383--11507447	16	4.0	16	73	2	58	69	4	4	21	1.25
11507480--11508256	147	5.2	149	88	6	1073	58	6	5	28	1.48
11510554--11510627	33	2.2	33	90	0	112	22	40	17	18	1.91
11511044--11511131	18	4.8	18	73	15	81	47	13	2	36	1.56
11511031--11511169	26	5.0	26	67	24	97	48	13	2	35	1.58
11511053--11511153	30	3.5	30	73	20	115	48	11	3	35	1.59
11511031--11511169	56	2.5	56	93	0	251	48	13	2	35	1.58
11515691--11515788	19	5.2	19	91	7	155	36	10	17	35	1.84
11515681--11515766	36	2.4	35	85	14	115	38	10	15	36	1.81
11515697--11515767	36	2.0	36	100	0	142	38	11	14	36	1.81
11516692--11516743	25	2.1	25	82	7	61	40	1	0	57	1.10
11516831--11516895	18	3.3	20	74	20	64	35	3	3	58	1.29
11518134--11518458	46	7.0	46	87	2	375	40	13	23	21	1.89
11518338--11518412	24	3.2	24	63	30	61	41	14	25	18	1.89
11518739--11518771	17	2.0	17	94	5	59	48	0	15	36	1.45
11520889--11520964	18	4.3	18	69	21	61	60	15	1	22	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11520871--11520978	53	2.0	53	100	0	216	60	16	1	21	1.45
11521113--11521145	16	2.1	16	94	0	57	60	12	3	24	1.46
11521129--11521220	26	3.6	26	92	1	150	45	7	8	38	1.64
11522302--11522374	18	3.9	18	81	13	76	32	5	1	60	1.28
11522442--11522518	3	25.0	3	87	10	95	31	0	5	63	1.16
11527710--11527792	12	6.6	12	74	12	69	30	4	1	63	1.22
11527715--11527795	9	8.7	9	74	17	60	32	4	1	61	1.25
11527987--11528207	123	1.8	118	82	8	284	30	3	5	60	1.37
11534769--11534801	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
11546181--11546209	11	2.5	12	94	5	51	89	0	0	10	0.48
11551923--11551954	16	2.0	16	93	0	55	46	6	12	34	1.67
11557124--11557156	17	1.9	18	88	11	52	36	0	0	63	0.95
11563267--11563312	19	2.5	19	92	3	76	39	4	10	45	1.59
11563483--11563812	164	2.0	164	98	0	642	38	20	16	24	1.92
11573506--11573665	43	3.7	43	75	5	126	28	16	24	30	1.97
11587493--11587529	18	2.0	19	89	5	58	32	27	8	32	1.86
11588683--11588769	44	2.0	44	84	4	113	25	21	22	29	1.99
11588757--11588883	44	2.9	44	80	3	130	29	21	16	32	1.95
11588950--11589111	44	3.7	44	79	2	155	33	19	15	31	1.93
11590437--11590612	46	3.8	46	80	4	210	21	21	28	28	1.98
11590434--11590604	93	1.8	93	93	0	297	21	21	29	27	1.99
11596837--11597107	46	5.9	46	91	0	400	22	23	14	39	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11602907--11602939	17	2.0	17	94	5	59	36	15	0	48	1.45
11603225--11603589	46	7.9	46	89	0	489	21	23	14	40	1.90
11606018--11606085	30	2.3	30	84	5	84	27	19	5	47	1.72
11609128--11609380	3	85.0	3	73	12	132	59	3	4	32	1.34
11609165--11609223	26	2.3	26	85	5	75	66	1	5	27	1.22
11609165--11609262	35	2.8	35	77	13	103	64	3	6	26	1.32
11612375--11612399	13	1.9	13	100	0	50	32	0	4	64	1.12
11612857--11612894	20	1.9	20	84	10	51	42	5	0	52	1.24
11614146--11614180	16	2.2	16	89	0	52	14	8	8	68	1.38
11614689--11614945	126	2.0	126	87	0	361	25	20	27	26	1.99
11620003--11620051	26	1.9	25	87	4	71	73	6	4	16	1.19
11621900--11621963	30	2.1	29	81	13	76	45	7	3	43	1.48
11623560--11623618	29	2.0	29	86	0	82	22	25	38	13	1.90
11624864--11625013	44	3.5	43	80	10	173	27	16	24	32	1.96
11637097--11637208	24	4.7	24	86	0	152	37	30	12	19	1.89
11643976--11644006	10	3.1	10	90	0	53	12	19	0	67	1.22
11648589--11649144	51	11.5	51	68	17	260	30	18	17	33	1.94
11648575--11649304	96	7.7	96	74	10	567	29	20	16	33	1.95
11648735--11649226	141	3.5	139	78	11	503	29	19	17	32	1.95
11648619--11649275	45	14.1	44	69	14	313	29	19	17	33	1.94
11649097--11649275	85	2.1	87	84	4	227	26	18	17	36	1.94
11652296--11652571	44	6.4	44	71	12	155	32	19	16	30	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11666753--11666809	25	2.3	23	82	8	60	29	14	3	52	1.58
11668434--11668487	23	2.3	24	84	12	76	48	0	3	48	1.19
11677933--11677985	25	2.1	25	92	0	88	54	9	13	22	1.67
11679144--11679179	14	2.6	14	91	4	56	41	2	0	55	1.14
11679223--11679256	17	1.9	18	88	5	52	50	0	0	50	1.00
11679224--11679298	18	3.9	19	70	17	57	45	0	2	52	1.15
11679914--11679972	24	2.4	25	86	8	86	47	1	3	47	1.29
11679929--11679978	24	2.1	24	100	0	100	50	0	4	46	1.20
11680168--11680233	13	5.1	13	80	7	71	37	18	6	37	1.75
11680168--11680233	26	2.5	26	76	9	80	37	18	6	37	1.75

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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