genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.179.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  105315579

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58189423--58190062	47	13.6	47	95	2	1140	32	8	29	29	1.86
58191161--58191590	40	10.9	40	90	3	550	25	28	21	23	1.99
58191206--58191309	23	5.0	23	61	25	70	25	27	22	25	2.00
58193073--58193148	22	3.3	22	68	22	66	27	28	9	34	1.88
58193070--58193250	47	3.9	47	96	0	308	25	28	11	35	1.90
58193167--58193241	22	3.3	22	66	23	64	24	29	13	33	1.93
58196350--58196428	37	2.1	37	86	4	106	24	30	20	25	1.98
58196547--58196990	47	9.4	47	92	1	699	29	29	9	32	1.88
58196547--58196986	190	2.3	190	91	0	695	29	29	9	32	1.88
58204717--58204755	8	4.9	8	90	0	60	41	23	25	10	1.86
58204713--58204755	16	2.7	16	85	0	68	46	20	23	9	1.79
58204982--58205079	29	3.4	29	84	1	126	25	15	29	29	1.96
58205363--58205414	26	2.0	27	92	3	88	55	23	7	13	1.63
58207968--58207999	16	2.0	16	93	0	55	50	28	6	15	1.68
58209412--58209525	29	4.0	28	85	3	131	28	14	27	28	1.96
58220116--58220338	40	5.6	40	87	3	267	27	27	21	23	1.99
58223697--58223787	29	3.2	29	84	4	105	30	29	12	27	1.92
58223997--58224031	16	2.2	16	89	0	52	11	17	17	54	1.71
58228908--58228991	43	2.0	43	84	13	111	28	28	17	25	1.98
58233496--58233522	4	6.8	4	100	0	54	22	0	0	77	0.76
58258159--58258242	28	3.0	28	84	3	105	28	14	29	27	1.95
58262103--58262155	26	2.0	26	100	0	106	18	15	33	32	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58277133--58277386	46	5.5	47	89	5	376	33	7	30	28	1.85
58277133--58277382	91	2.7	93	89	4	373	33	8	30	28	1.86
58280744--58280769	3	8.7	3	100	0	52	34	0	0	65	0.93
58281640--58281680	22	1.9	22	95	5	75	65	0	34	0	0.93
58283036--58283144	18	6.1	18	80	5	114	33	14	15	36	1.88
58283036--58283138	54	1.9	53	84	2	134	33	14	15	35	1.88
58284922--58285094	46	3.7	46	77	13	201	22	21	27	28	1.99
58284919--58285089	93	1.8	93	94	0	306	22	21	28	27	1.99
58285319--58285356	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
58287489--58287600	55	2.0	55	96	0	206	33	16	24	25	1.96
58288880--58288996	43	2.8	42	76	12	121	28	17	25	29	1.97
58291417--58291453	20	1.9	18	89	10	56	43	0	21	35	1.53
58292012--58292185	46	3.8	46	76	13	185	20	18	29	31	1.96
58294466--58294528	28	2.2	28	94	0	108	22	23	41	12	1.88
58294763--58294793	16	1.9	16	93	0	53	51	19	3	25	1.62
58294796--58294881	27	3.2	26	83	8	93	36	23	8	32	1.84
58294844--58295359	27	19.2	27	85	0	613	29	21	7	41	1.81
58294844--58295359	161	3.2	161	86	1	696	29	21	7	41	1.81
58295846--58295964	6	19.3	6	65	20	50	20	17	13	48	1.80
58295877--58295942	25	2.6	25	92	0	96	19	21	12	46	1.82
58295846--58295942	31	3.3	30	75	16	105	19	18	13	48	1.81
58301733--58301848	46	2.4	46	81	8	126	27	23	14	34	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58301850--58301884	5	7.0	5	100	0	70	0	40	20	40	1.52
58307793--58308325	47	11.1	49	91	3	811	32	9	30	27	1.88
58307793--58308323	145	3.7	144	90	4	813	32	9	30	28	1.88
58308444--58308522	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
58310420--58310493	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
58310804--58310944	38	3.6	39	77	12	139	26	23	26	23	2.00
58310882--58311111	78	2.9	78	78	10	247	24	22	27	25	2.00
58310919--58311111	39	4.9	40	87	3	241	24	21	27	25	1.99
58314558--58315036	47	10.1	47	93	2	780	32	9	30	28	1.88
58314558--58315036	143	3.4	143	93	1	802	32	9	30	28	1.88
58315155--58315232	36	2.1	37	88	2	113	24	17	32	25	1.97
58320736--58320887	27	5.6	27	75	6	105	41	20	9	28	1.83
58320785--58320888	54	1.9	54	82	7	131	42	17	7	32	1.77
58320815--58320901	27	3.2	27	85	9	115	40	14	11	33	1.83
58320815--58320928	54	2.1	54	80	6	124	39	16	14	29	1.88
58333707--58333929	48	4.6	48	91	0	347	23	17	30	28	1.97
58339393--58339624	49	4.7	49	82	3	302	29	27	17	25	1.98
58339393--58339624	100	2.3	98	83	2	302	29	27	17	25	1.98
58345032--58345255	48	4.8	47	75	11	144	27	19	28	25	1.99
58345082--58345255	45	3.7	46	78	9	149	27	18	29	24	1.98
58357034--58357375	131	2.6	132	81	5	345	28	18	18	34	1.95
58358419--58358449	15	2.1	15	100	0	62	45	12	0	41	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58363259--58363314	19	3.1	18	72	23	55	39	1	3	55	1.28
58363714--58363765	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
58365676--58365727	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
58365841--58365893	21	2.5	21	87	0	70	32	37	7	22	1.82
58366030--58366075	21	2.1	22	84	4	58	50	2	19	28	1.60
58367012--58367041	9	3.3	9	95	0	51	23	0	6	70	1.11
58367152--58367189	20	1.9	20	89	10	60	78	7	0	13	0.94
58368425--58368451	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
58368553--58368597	22	2.2	20	84	8	54	53	4	26	15	1.61
58375687--58375727	21	2.0	21	85	4	57	60	0	19	19	1.36
58388126--58388321	81	2.4	82	89	5	299	28	21	22	27	1.99
58388126--58388321	41	4.8	41	90	6	299	28	21	22	27	1.99
58388536--58388633	33	2.9	33	84	7	108	30	10	22	36	1.87
58395796--58395991	81	2.4	82	89	5	299	28	21	22	27	1.99
58395796--58395991	41	4.8	41	90	6	299	28	21	22	27	1.99
58396204--58396301	33	2.9	33	84	7	108	30	10	22	36	1.87
58399319--58399344	2	13.0	2	100	0	52	50	50	0	0	1.00
58408127--58408159	15	2.2	15	94	0	57	24	15	24	36	1.93
58409839--58410013	48	3.6	48	90	0	269	24	15	31	28	1.95
58409839--58410062	96	2.3	96	85	1	288	26	15	28	29	1.96
58409839--58410060	48	4.6	47	81	4	212	26	15	28	28	1.96
58412081--58412127	20	2.3	20	88	0	76	46	10	8	34	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58412480--58412512	17	1.9	18	88	11	52	42	12	0	45	1.41
58417785--58417861	23	3.1	25	74	9	86	44	2	1	51	1.23
58417804--58417861	11	5.4	11	75	21	52	43	3	0	53	1.17
58419547--58419576	3	10.0	3	100	0	60	33	0	0	66	0.92
58425782--58425835	24	2.3	24	84	9	67	37	0	3	59	1.15
58448865--58448936	20	3.6	20	94	3	119	26	29	30	13	1.94
58453591--58453622	12	2.6	13	90	9	50	50	25	6	18	1.70
58466861--58466964	52	2.0	52	100	0	208	40	23	11	25	1.88
58467595--58467873	48	5.9	48	77	8	228	27	25	20	26	1.99
58477064--58477320	47	5.5	47	91	0	397	32	8	30	28	1.88
58477439--58477517	37	2.1	37	86	4	106	26	18	29	25	1.98
58479380--58479482	43	2.4	43	100	0	206	22	15	35	26	1.94
58479464--58479537	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
58483615--58483916	47	6.5	47	91	1	464	32	8	30	28	1.88
58483675--58483747	22	3.3	22	62	11	58	31	10	28	28	1.91
58484035--58484113	37	2.1	37	88	4	115	25	18	30	25	1.98
58485685--58485740	28	2.0	28	92	0	94	35	25	17	21	1.95
58485733--58485892	43	3.7	43	76	15	143	30	24	18	26	1.98
58504583--58504607	11	2.3	11	100	0	50	8	28	0	64	1.22
58508983--58509043	20	3.0	21	78	7	72	16	26	22	34	1.95
58509222--58509260	18	2.1	19	85	4	53	46	0	23	30	1.53
58511879--58511903	11	2.3	11	100	0	50	8	28	0	64	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58514828--58514943	56	2.1	56	98	0	223	39	21	8	30	1.83
58516309--58516437	48	2.7	49	79	4	145	24	27	19	29	1.98
58516453--58516579	46	2.7	47	83	4	157	22	29	19	28	1.98
58520280--58520313	17	2.0	17	94	0	59	41	26	11	20	1.87
58526788--58526825	9	4.1	10	90	10	55	7	15	0	76	1.01
58526849--58526880	16	1.9	17	93	6	57	43	0	0	56	0.99
58526820--58526881	22	2.6	25	76	21	71	38	1	0	59	1.07
58527281--58527475	55	3.6	55	81	4	209	36	16	24	22	1.94
58527281--58527498	54	4.0	54	80	4	197	38	15	24	21	1.92
58530791--58530835	17	2.6	18	86	10	67	42	22	8	26	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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