genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.79.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  105315579

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   

This is table  79  of  325  ( 38900 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25029125--25029205	38	2.2	36	80	4	90	29	23	13	33	1.93
25029304--25029357	20	2.7	20	88	0	81	18	18	24	38	1.93
25029402--25029499	49	2.0	49	93	0	169	22	17	19	40	1.91
25055599--25055718	56	2.1	56	98	0	231	45	9	23	22	1.81
25056792--25056972	39	4.6	39	81	6	197	24	21	28	24	1.99
25056792--25056972	40	4.6	38	81	8	193	24	21	28	24	1.99
25056842--25057005	79	2.1	78	82	5	197	26	20	28	25	1.99
25062741--25062860	56	2.1	56	98	0	231	45	9	23	22	1.81
25063987--25064211	40	5.7	40	86	5	296	24	22	28	25	2.00
25063987--25064244	119	2.2	119	81	6	292	25	21	27	25	1.99
25073672--25073800	40	3.2	40	78	0	141	36	21	15	26	1.93
25086787--25086812	13	2.0	13	100	0	52	15	38	38	7	1.76
25092212--25092250	8	4.9	8	80	0	51	46	25	20	7	1.77
25092498--25092584	29	3.0	29	78	5	95	28	10	29	31	1.90
25100352--25100511	40	4.0	40	86	3	214	27	27	21	23	1.99
25105510--25105586	39	2.0	39	100	0	154	29	5	33	31	1.80
25105930--25105994	29	2.2	29	86	0	85	26	18	29	26	1.98
25118395--25118420	4	6.5	4	100	0	52	50	23	0	26	1.50
25122603--25122795	27	7.4	27	74	10	159	35	18	20	25	1.95
25122627--25122768	75	1.9	74	83	1	185	35	19	21	23	1.96
25124352--25124482	40	3.3	40	86	0	181	36	25	16	22	1.94
25134594--25134778	79	2.3	81	82	9	220	25	22	25	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25134594--25134778	40	4.7	40	79	6	198	25	22	25	25	2.00
25134595--25134809	79	2.7	78	79	11	188	26	22	25	25	2.00
25153929--25153955	13	2.1	13	100	0	54	14	33	37	14	1.88
25156505--25156734	50	4.7	49	76	4	239	28	26	18	26	1.98
25161737--25161979	50	4.9	49	77	4	238	29	25	18	26	1.98
25171224--25171258	12	2.7	13	91	8	54	68	0	28	2	1.04
25172310--25172374	27	2.4	25	80	12	67	69	3	0	27	1.03
25173892--25173932	16	2.6	16	92	0	64	68	7	7	17	1.36
25174186--25174225	20	2.0	20	100	0	80	35	15	10	40	1.80
25176139--25176223	38	2.2	37	80	10	91	47	10	12	29	1.76
25176158--25176269	38	3.0	38	76	12	106	43	11	12	32	1.78
25176377--25176446	36	1.9	36	85	0	95	32	30	14	22	1.94
25186499--25186537	16	2.4	16	91	0	60	66	12	5	15	1.41
25186794--25186870	31	2.6	29	78	8	82	61	3	3	31	1.32
25186795--25186909	40	2.9	37	74	17	97	61	4	3	30	1.32
25186790--25186870	9	8.6	9	72	16	58	61	3	3	30	1.31
25189865--25189947	36	2.3	36	81	2	87	19	1	26	53	1.53
25189866--25189953	28	3.1	29	85	3	108	19	1	26	53	1.52
25189894--25189999	21	5.0	21	74	5	88	17	0	27	54	1.43
25192683--25192746	34	1.9	33	90	3	101	23	21	26	28	1.99
25192687--25192755	34	2.0	34	86	5	95	26	23	24	26	2.00
25198504--25198555	26	2.0	26	92	0	86	28	34	21	15	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25198472--25198737	104	2.6	103	92	1	426	30	31	19	18	1.96
25199066--25199129	30	2.2	29	81	10	76	29	28	6	35	1.82
25199073--25199129	30	1.9	30	85	3	80	29	24	7	38	1.82
25205491--25205542	23	2.3	22	75	21	54	9	23	1	65	1.32
25218155--25218232	34	2.3	34	80	8	88	26	21	21	29	1.99
25221918--25221950	16	2.1	16	88	11	50	51	12	3	33	1.54
25222562--25222616	25	2.2	25	84	9	69	38	16	23	21	1.93
25225398--25225554	27	5.8	27	85	0	188	30	20	6	42	1.77
25225385--25225583	54	3.7	54	80	1	202	34	19	6	39	1.78
25225353--25225700	27	12.9	27	78	3	144	37	20	6	35	1.78
25225385--25225583	81	2.5	81	76	3	195	34	19	6	39	1.78
25225533--25225744	54	3.9	54	76	8	180	42	19	6	30	1.77
25225547--25225785	81	2.9	83	74	3	225	41	19	7	30	1.80
25225677--25225762	27	3.1	27	79	11	93	41	13	8	36	1.75
25225804--25225877	27	2.7	27	78	12	80	37	21	20	20	1.94
25226691--25226759	25	2.8	25	84	0	93	27	24	21	26	1.99
25226980--25227062	31	2.7	30	92	7	141	28	15	26	28	1.96
25229370--25229744	27	13.9	27	81	5	103	36	21	7	34	1.82
25229415--25229598	54	3.4	54	88	0	278	29	22	8	39	1.83
25229391--25229599	81	2.6	81	85	0	283	31	22	7	38	1.82
25229415--25229626	81	2.6	81	84	0	280	30	22	8	38	1.84
25229370--25229733	54	6.7	54	78	3	194	35	21	7	35	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25229577--25229789	54	3.9	54	77	4	196	41	20	7	30	1.80
25229577--25229829	27	9.3	27	76	6	152	39	20	8	31	1.83
25229613--25229826	110	2.0	108	80	3	241	41	20	7	30	1.81
25229847--25229924	27	2.9	26	79	11	86	38	21	17	21	1.93
25230673--25230703	16	1.9	16	93	0	53	29	19	16	35	1.93
25230734--25230803	25	2.8	25	91	0	104	28	25	21	24	1.99
25239639--25239780	47	3.0	48	82	5	189	18	16	29	35	1.93
25242656--25242896	41	5.9	41	85	2	286	33	20	22	23	1.97
25242655--25242896	123	2.0	124	85	2	335	33	20	22	23	1.97
25244960--25245141	40	4.6	40	81	6	217	24	22	26	25	2.00
25244960--25245141	80	2.3	80	85	3	242	24	22	26	25	2.00
25253103--25253286	40	4.6	40	83	6	230	25	23	26	25	2.00
25253103--25253286	80	2.3	80	87	3	255	25	23	26	25	2.00
25255269--25255334	7	9.4	7	76	12	55	75	3	0	21	0.93
25255286--25255340	8	7.2	8	84	15	73	74	1	0	23	0.91
25255286--25255340	22	2.5	21	76	8	56	74	1	0	23	0.91
25258865--25258902	15	2.4	16	82	8	51	18	5	18	57	1.58
25261108--25261159	24	2.2	24	82	6	61	51	1	30	15	1.54
25266606--25266737	29	4.6	29	92	1	194	25	34	15	24	1.95
25278865--25279030	46	3.6	46	77	9	176	30	30	17	22	1.97
25278873--25279043	93	1.8	93	88	2	263	28	29	19	22	1.98
25282811--25282861	21	2.4	22	90	3	77	19	35	29	15	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25283628--25283682	28	1.9	29	85	10	78	16	41	23	18	1.89
25284729--25285007	48	5.8	48	78	0	270	25	28	17	28	1.98
25284729--25285006	96	2.9	96	87	3	398	25	28	17	28	1.98
25289186--25289355	46	3.7	46	78	12	186	21	21	28	28	1.99
25289183--25289353	93	1.8	93	91	2	281	21	21	28	28	1.98
25289583--25289620	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
25299123--25299182	27	2.3	26	85	2	75	35	20	23	21	1.96
25300892--25301031	42	3.3	42	77	7	122	31	24	17	27	1.97
25312285--25312338	23	2.3	23	84	6	74	33	20	22	24	1.97
25313032--25313080	24	2.0	24	100	0	98	46	8	0	44	1.33
25313401--25313428	10	2.8	10	100	0	56	71	7	10	10	1.31
25314076--25314124	25	2.0	25	87	0	71	40	14	8	36	1.75
25315381--25315405	11	2.3	11	100	0	50	64	0	28	8	1.22
25317449--25317560	28	4.0	28	84	2	118	25	12	31	30	1.93
25317447--25317557	56	2.0	57	82	5	136	26	12	31	29	1.93
25322086--25322197	31	3.6	31	91	2	181	27	24	16	31	1.97
25322221--25322312	42	2.2	42	90	0	139	34	20	14	30	1.92
25322436--25322545	26	4.3	26	90	4	156	29	23	19	28	1.98
25322436--25322545	51	2.2	49	87	8	150	29	23	19	28	1.98
25322595--25322661	20	3.3	20	89	4	100	31	17	10	40	1.84
25323458--25323592	27	4.9	27	75	13	87	33	8	17	40	1.80
25323524--25323592	26	2.6	27	80	11	79	26	5	21	46	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25323524--25323647	54	2.3	54	80	6	128	25	9	20	44	1.82
25323650--25323741	27	3.4	27	83	5	123	38	7	25	29	1.83
25323640--25323768	54	2.4	54	81	3	154	34	9	24	31	1.87
25323721--25323779	27	2.2	27	84	0	73	30	8	20	40	1.82
25326026--25326135	31	3.5	31	89	0	175	29	23	17	30	1.97
25326159--25326250	42	2.2	42	88	0	130	35	20	14	29	1.92
25326383--25326544	26	6.3	26	88	2	224	27	21	22	29	1.99
25326594--25326680	20	4.3	20	88	2	122	28	18	11	41	1.85
25327509--25327591	27	2.9	28	71	15	80	33	8	15	42	1.77
25327505--25327591	30	3.0	29	74	11	90	35	8	14	41	1.76

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325