genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.255.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  105315579

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83060032--83060067	18	2.0	18	94	0	63	16	11	41	30	1.83
83068851--83068883	13	2.6	13	90	4	50	48	6	0	45	1.27
83080349--83080375	4	6.8	4	100	0	54	51	22	0	25	1.48
83081004--83081272	77	3.6	76	75	8	237	40	11	8	39	1.72
83085856--83085889	18	1.9	18	88	5	52	50	0	8	41	1.34
83086803--83086855	17	3.1	16	76	12	52	79	5	3	11	1.03
83086810--83086855	16	2.9	16	80	3	58	78	6	4	10	1.08
83087567--83087765	90	2.2	90	85	2	267	29	21	17	32	1.96
83087784--83088039	45	5.7	45	72	4	160	30	24	17	28	1.97
83087689--83088004	133	2.4	132	85	2	398	29	22	17	30	1.97
83087925--83088067	45	3.2	45	81	4	146	34	28	12	24	1.92
83087823--83088206	178	2.2	178	84	1	475	30	23	16	29	1.97
83087970--83088307	133	2.5	133	86	0	496	30	23	18	27	1.97
83087692--83088305	311	2.0	312	87	2	894	29	22	18	28	1.97
83100823--83100857	18	1.9	18	88	0	52	28	28	20	22	1.98
83106476--83106522	17	2.7	18	75	18	55	44	4	0	51	1.21
83106907--83106981	37	2.0	37	86	0	105	21	22	13	42	1.87
83111049--83111472	154	2.8	152	89	4	638	43	9	4	41	1.58
83111642--83111668	4	6.8	4	100	0	54	77	0	22	0	0.76
83114267--83114478	43	5.0	43	79	10	202	26	17	27	27	1.98
83126208--83126265	27	2.1	28	81	9	66	27	8	3	60	1.42
83126913--83126954	19	2.2	19	87	8	59	35	0	0	64	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83127620--83127734	55	2.1	54	93	1	194	23	11	5	60	1.51
83135239--83135323	37	2.3	37	85	0	107	31	20	23	24	1.98
83135303--83135531	48	4.8	48	85	2	289	27	16	25	31	1.96
83137105--83137198	40	2.4	40	83	3	120	38	37	10	13	1.80
83162862--83162887	8	3.2	8	100	0	52	26	26	0	46	1.53
83170850--83170925	39	1.9	39	97	0	143	22	18	25	34	1.96
83172714--83172801	29	2.9	30	76	5	79	25	26	22	26	2.00
83177896--83177929	17	2.0	17	88	11	52	67	5	0	26	1.13
83177947--83178001	27	2.2	25	87	9	76	54	1	0	43	1.10
83178484--83178522	16	2.6	16	88	8	55	48	0	2	48	1.15
83179783--83179851	21	3.3	21	81	0	84	14	37	24	23	1.92
83191054--83191105	18	2.8	18	82	8	61	44	11	1	42	1.51
83197341--83197396	22	2.4	24	73	5	62	19	10	7	62	1.50
83216070--83216125	28	2.0	28	100	0	112	39	25	3	32	1.73
83219677--83219757	41	2.0	41	87	0	117	30	22	17	29	1.96
83220304--83220343	18	2.2	19	86	8	57	22	47	17	12	1.81
83233600--83233637	16	2.4	16	100	0	76	36	10	21	31	1.87
83233616--83233792	47	3.8	47	93	0	300	33	13	27	25	1.93
83233955--83234063	37	2.9	37	83	2	130	24	18	31	25	1.98
83237251--83237294	19	2.2	20	84	4	54	56	4	0	38	1.20
83237273--83237318	23	2.0	24	83	12	60	56	2	0	41	1.11
83241380--83241506	23	5.5	23	77	12	127	29	18	14	37	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83241404--83241510	46	2.3	46	84	6	146	28	19	14	38	1.90
83244799--83245022	40	5.6	40	84	6	242	23	20	27	28	1.99
83244879--83245069	40	4.8	39	85	5	127	24	20	27	26	1.99
83255508--83255545	13	2.8	13	88	4	58	44	13	0	42	1.43
83256828--83256866	21	1.9	20	89	5	60	64	25	10	0	1.25
83275212--83275249	13	2.8	13	88	4	58	44	13	0	42	1.43
83283802--83283869	27	2.5	27	90	0	100	25	19	17	38	1.93
83289133--83289309	48	3.7	48	86	7	227	27	31	17	24	1.97
83289133--83289309	96	1.8	96	87	2	266	27	31	17	24	1.97
83297889--83297949	28	2.2	28	78	0	68	24	22	14	37	1.92
83300886--83300914	14	2.1	14	93	6	51	34	0	10	55	1.34
83301701--83301783	43	1.9	43	82	4	105	33	19	14	32	1.92
83304425--83304469	17	2.5	19	79	17	60	33	0	0	66	0.92
83305497--83305547	19	2.7	19	74	14	52	45	1	1	50	1.24
83306693--83306726	17	2.0	17	88	0	50	29	0	0	70	0.87
83316520--83316575	5	11.0	5	88	1	76	39	1	19	39	1.62
83317610--83317640	16	1.9	16	93	0	53	0	29	54	16	1.42
83317828--83317914	40	2.1	41	85	2	113	63	9	2	25	1.36
83317929--83317975	24	2.0	23	83	4	58	65	0	2	31	1.04
83327301--83327335	18	2.0	17	88	5	52	54	5	11	28	1.59
83329065--83329097	16	2.0	17	94	5	59	36	12	0	51	1.39
83329378--83329650	46	6.0	46	90	1	361	20	23	15	40	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83332584--83332610	13	2.1	13	100	0	54	22	14	0	62	1.31
83335547--83335669	53	2.3	53	86	5	160	39	21	20	18	1.92
83336344--83336383	21	1.9	21	94	0	71	25	17	27	30	1.97
83337424--83337452	3	10.0	3	92	7	51	0	31	0	68	0.89
83337576--83337644	30	2.3	31	87	7	97	21	4	20	53	1.62
83337943--83337980	18	2.1	18	100	0	76	42	10	23	23	1.85
83347863--83347944	18	4.4	18	72	7	56	56	2	0	41	1.13
83347909--83347944	17	2.1	18	89	5	56	66	0	0	33	0.92
83348422--83348457	18	1.9	19	88	5	56	36	0	0	63	0.94
83352119--83352217	41	2.4	41	82	0	126	33	16	24	26	1.96
83352317--83352360	21	2.1	21	95	0	79	20	31	4	43	1.72
83352374--83352460	25	3.5	25	76	6	86	17	34	17	31	1.93
83354362--83354504	39	3.7	39	87	0	214	37	14	10	37	1.81
83354436--83354499	18	3.4	18	73	12	65	39	14	4	42	1.66
83354399--83354502	18	5.4	18	68	13	64	37	13	9	39	1.77
83355666--83355727	30	2.1	28	91	5	97	48	6	1	43	1.38
83358049--83358090	13	3.2	13	90	6	66	0	23	0	76	0.79
83358305--83358333	15	1.9	15	100	0	58	55	0	3	41	1.17
83376933--83376996	28	2.3	29	78	13	71	40	3	1	54	1.25
83377220--83377391	86	2.0	86	98	0	335	34	12	19	33	1.89
83377832--83377869	19	2.0	19	100	0	76	31	10	15	42	1.81
83390258--83390300	22	2.0	22	86	4	61	44	0	2	53	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83393663--83393728	28	2.4	28	94	0	114	16	18	45	19	1.86
83395573--83395770	40	4.9	40	91	0	315	24	19	27	28	1.99
83403549--83403706	40	4.0	40	93	0	262	22	19	29	28	1.98
83403564--83403732	80	2.1	80	85	2	223	23	21	27	27	1.99
83408783--83408846	20	3.3	20	62	16	53	43	10	21	23	1.84
83408772--83408857	38	2.3	38	100	0	172	37	10	29	23	1.88
83410064--83410111	24	2.0	24	100	0	96	16	20	29	33	1.95
83411286--83411648	46	7.7	48	73	12	206	27	18	29	24	1.98
83411327--83411646	46	6.8	45	74	11	209	26	18	29	25	1.98
83414979--83415026	18	2.5	19	80	19	55	22	2	4	70	1.15
83415331--83415372	21	2.1	20	91	8	68	16	26	28	28	1.97
83415309--83415381	21	3.7	19	72	18	60	12	27	31	28	1.93
83415336--83415381	21	2.2	21	88	0	65	10	21	36	30	1.88
83423017--83423088	25	2.9	25	93	0	117	20	27	1	50	1.57
83434387--83434493	4	24.8	4	73	16	56	65	5	3	25	1.31
83441373--83441421	25	2.0	25	100	0	98	48	8	10	32	1.66
83441925--83442077	44	3.5	43	74	7	137	30	13	26	29	1.94
83443545--83443589	11	3.9	11	80	8	54	35	2	2	60	1.22
83443543--83443589	23	2.0	25	87	8	71	36	2	2	59	1.21
83443543--83443636	21	4.3	21	73	21	70	35	2	3	59	1.25
83443579--83443640	25	2.4	25	75	8	61	33	1	3	61	1.22
83443852--83443887	16	2.2	17	90	9	58	13	0	8	77	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83443845--83443886	16	2.4	18	80	15	52	11	0	9	78	0.96
83445707--83445743	17	2.2	17	100	0	74	64	5	5	24	1.36
83446745--83446788	21	2.1	21	82	0	52	31	4	6	56	1.46
83446865--83446893	15	2.0	15	93	6	51	68	0	0	31	0.89
83451781--83451820	11	3.7	11	83	6	55	62	0	0	37	0.95
83458275--83458345	10	6.9	10	76	17	65	64	2	11	21	1.38
83458308--83458350	22	2.0	22	100	0	86	60	4	16	18	1.52
83458360--83458397	13	2.8	13	88	4	58	44	13	0	42	1.43
83460310--83460360	8	6.5	8	88	4	68	70	0	0	29	0.87
83460310--83460361	3	18.7	3	74	21	51	71	0	0	28	0.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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