genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.254.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  105315579

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82724112--82724200	27	3.3	27	91	0	133	38	16	15	29	1.90
82727466--82727544	24	3.3	25	75	10	76	16	36	6	40	1.74
82728463--82728499	18	2.1	18	100	0	74	37	29	5	27	1.79
82737883--82737988	6	17.3	6	77	14	110	49	16	16	17	1.81
82737892--82737988	43	2.3	43	92	0	158	49	15	17	17	1.80
82738107--82738225	27	4.5	26	83	9	132	40	21	21	15	1.91
82738498--82738857	27	13.3	27	85	4	383	23	20	18	36	1.95
82738502--82738848	54	6.4	54	88	0	480	23	21	18	36	1.95
82738502--82738848	81	4.3	81	90	0	480	23	21	18	36	1.95
82738895--82739153	27	9.6	26	80	6	178	30	9	20	39	1.85
82738895--82739153	54	4.8	54	84	1	268	30	9	20	39	1.85
82738895--82739153	81	3.2	80	82	7	265	30	9	20	39	1.85
82740100--82740352	68	3.8	65	76	9	203	24	30	16	28	1.96
82745153--82745255	37	2.8	37	95	0	188	24	32	21	22	1.98
82745366--82745640	48	5.7	48	92	0	424	30	29	6	33	1.82
82748517--82748577	12	5.1	12	74	7	52	22	39	27	9	1.86
82749061--82749406	62	5.6	62	91	0	548	50	8	6	35	1.58
82752626--82752656	3	10.3	3	100	0	62	35	0	0	64	0.94
82755906--82756043	40	3.5	40	88	4	183	23	28	23	23	1.99
82764030--82764207	40	4.5	40	86	4	229	24	28	23	24	2.00
82766336--82766431	40	2.5	40	74	3	97	16	13	31	38	1.88
82770461--82770486	12	2.2	12	100	0	52	30	7	7	53	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82772788--82772887	40	2.6	38	82	3	119	13	13	38	36	1.83
82780557--82780608	26	2.0	26	100	0	104	42	15	15	26	1.87
82785794--82785843	15	3.4	16	73	18	54	64	2	6	28	1.28
82787547--82787590	22	2.0	22	90	0	70	59	0	0	40	0.98
82790348--82790375	3	9.3	3	100	0	56	67	0	0	32	0.91
82792393--82792606	106	2.0	107	97	0	403	36	12	15	35	1.85
82793347--82793406	30	2.0	30	93	0	102	25	1	15	58	1.46
82794980--82795013	13	2.6	13	100	0	68	35	0	38	26	1.57
82802623--82802665	19	2.3	19	88	4	61	48	18	2	30	1.60
82804680--82805006	50	6.5	50	92	0	510	35	14	22	27	1.93
82804986--82805044	31	1.9	31	100	0	118	28	20	25	25	1.99
82804999--82805090	46	2.0	46	89	0	139	26	22	23	27	2.00
82805046--82805114	31	2.2	31	84	0	84	26	20	26	27	1.99
82811573--82811846	50	5.5	50	91	0	440	36	15	22	25	1.94
82811825--82811973	31	4.8	31	90	0	226	28	18	26	26	1.98
82811993--82812114	47	2.6	47	82	1	147	30	15	24	29	1.96
82818305--82818350	16	2.8	16	96	3	83	34	13	23	28	1.92
82818308--82818352	8	5.5	8	85	15	65	33	13	24	28	1.93
82820272--82820370	36	2.8	36	72	3	103	29	21	18	31	1.97
82822267--82822294	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
82825563--82825595	15	2.3	15	89	5	50	57	0	0	42	0.98
82829160--82829191	16	2.0	16	93	0	55	31	15	12	40	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82829435--82829460	13	2.0	13	100	0	52	15	0	0	84	0.62
82831374--82831416	13	3.1	13	84	15	59	58	2	0	39	1.11
82831369--82831435	5	13.4	5	76	10	66	58	1	0	40	1.07
82831376--82831439	21	3.0	21	81	6	67	62	1	0	35	1.05
82834077--82834107	16	1.9	16	93	0	53	45	16	25	12	1.83
82834317--82834403	29	3.0	29	84	1	122	25	12	32	29	1.93
82842028--82842116	29	3.1	29	80	7	110	28	14	28	29	1.95
82846978--82847023	24	1.9	24	100	0	92	34	28	10	26	1.90
82848274--82848320	22	2.1	22	81	14	53	44	21	0	34	1.52
82849065--82849137	8	9.6	8	77	20	77	60	0	1	38	1.06
82849064--82849145	5	16.4	5	75	17	73	58	0	1	40	1.06
82853001--82853034	13	2.8	12	91	8	59	41	14	8	35	1.77
82859329--82859386	26	2.2	26	90	0	89	36	5	24	34	1.78
82867460--82867541	25	3.3	25	73	13	78	25	21	23	29	1.99
82872242--82872285	20	2.3	18	88	7	61	34	0	2	63	1.07
82876634--82876696	13	4.8	13	77	14	67	34	4	22	38	1.75
82879635--82880159	95	5.5	94	78	5	468	37	13	18	29	1.90
82879558--82880159	190	3.2	189	82	3	672	38	13	18	29	1.90
82879647--82880159	285	1.8	285	80	3	629	37	13	18	30	1.90
82892621--82892652	10	3.3	10	95	4	57	62	0	6	31	1.20
82892648--82892710	27	2.3	26	76	10	63	50	11	0	38	1.38
82892677--82892706	15	2.0	15	93	0	51	40	10	0	50	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82903207--82903267	26	2.4	25	79	12	72	44	6	8	40	1.60
82914419--82914493	39	1.9	39	81	7	91	38	17	14	29	1.89
82919873--82919907	14	2.5	14	90	0	52	40	2	22	34	1.69
82925585--82925640	20	2.8	19	75	17	51	39	3	3	53	1.36
82944860--82945060	94	2.1	94	79	5	219	31	15	21	30	1.95
82945000--82945087	44	2.0	44	84	8	117	35	14	18	31	1.91
82945070--82945538	94	5.0	93	76	6	352	36	18	18	26	1.94
82945048--82945475	188	2.3	188	82	4	479	35	17	18	27	1.94
82945129--82945542	94	4.4	93	79	3	425	36	18	18	26	1.93
82946863--82946893	15	2.1	15	93	0	53	19	12	0	67	1.22
82946865--82946903	15	2.6	15	87	0	51	17	12	0	69	1.19
82947476--82947521	19	2.6	17	82	6	56	23	10	4	60	1.47
82951328--82951352	12	2.1	12	100	0	50	52	8	0	40	1.31
82951723--82951779	26	2.1	27	84	9	73	50	1	1	45	1.22
82954463--82954687	40	5.6	40	83	3	290	26	28	22	23	1.99
82954463--82954687	83	2.8	80	84	2	290	26	28	22	23	1.99
82961744--82961800	24	2.5	23	78	13	55	22	15	5	56	1.60
82963178--82963211	17	1.9	18	88	5	52	50	0	0	50	1.00
82963480--82963537	21	2.8	20	80	12	64	17	5	32	44	1.70
82964350--82964396	19	2.5	19	76	10	51	72	4	2	21	1.12
82965865--82965894	5	6.0	5	92	0	51	56	0	0	43	0.99
82968509--82968538	14	2.1	14	100	0	60	36	0	36	26	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82968664--82968697	13	2.6	14	90	9	54	29	0	35	35	1.58
82970075--82970115	21	1.9	22	90	5	66	17	0	36	46	1.48
82970202--82970400	41	4.9	41	82	5	226	19	22	21	36	1.95
82970202--82970409	81	2.6	81	83	6	242	19	22	21	37	1.94
82970674--82970742	25	2.7	26	80	13	72	52	5	2	39	1.41
82971656--82971687	15	2.1	15	94	0	55	53	6	12	28	1.62
82983687--82983736	17	2.9	17	84	3	73	20	28	38	14	1.91
82985287--82985504	40	5.5	40	86	4	275	24	28	23	23	2.00
82993907--82993940	18	1.9	17	88	5	50	14	23	44	17	1.86
82997783--82997845	27	2.2	29	81	10	78	34	0	23	41	1.55
82999629--82999673	24	1.9	23	81	4	54	60	0	0	40	0.97
83001579--83001627	22	2.2	23	85	3	64	48	2	6	42	1.39
83003468--83003905	44	10.3	42	69	11	203	27	21	20	30	1.98
83003450--83004004	175	3.2	173	75	12	568	27	21	20	30	1.98
83003491--83003955	219	2.2	211	83	4	574	27	21	19	31	1.98
83016611--83016664	22	2.4	23	81	3	65	50	1	5	42	1.36
83016754--83016795	22	1.9	22	85	0	57	54	0	11	33	1.37
83016770--83016808	10	3.7	10	86	6	51	56	0	7	35	1.28
83019022--83019082	29	2.1	29	85	11	81	42	1	3	52	1.27
83019055--83019106	21	2.5	22	87	6	72	44	0	3	51	1.19
83019079--83019141	27	2.3	27	86	5	81	38	0	3	58	1.14
83019531--83019569	16	2.5	15	84	8	51	33	0	0	66	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83024848--83024891	18	2.5	18	85	3	63	50	36	0	13	1.42
83025310--83025349	10	4.1	9	87	9	53	75	2	0	22	0.93
83026328--83026375	24	2.0	23	88	4	69	41	6	2	50	1.39
83026655--83026725	23	3.3	22	74	18	60	32	2	9	54	1.48
83028255--83028323	34	2.0	34	100	0	138	5	14	11	68	1.38
83034658--83034717	30	2.0	30	100	0	120	53	20	3	23	1.60
83041980--83042200	46	4.8	46	75	11	184	28	17	30	23	1.97
83042123--83042294	49	3.7	46	79	9	190	26	19	28	25	1.99
83052829--83052858	12	2.5	12	100	0	60	26	40	26	6	1.81
83056480--83056532	24	2.3	24	83	6	65	28	1	18	50	1.57

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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