genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.290.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  105315579

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94876847--94876957	40	2.8	40	80	13	122	46	2	15	35	1.60
94876790--94876990	13	14.8	13	68	13	93	47	2	15	34	1.59
94878849--94878957	44	2.6	41	77	12	121	23	20	22	33	1.97
94878849--94879012	42	3.9	43	75	15	137	23	17	25	32	1.97
94881560--94881601	20	2.2	19	87	12	59	45	0	4	50	1.23
94881650--94881717	21	3.3	22	82	10	72	35	4	0	60	1.17
94881667--94881718	14	3.6	14	75	12	52	32	5	0	61	1.20
94881687--94881750	33	1.9	34	84	9	87	31	4	3	60	1.32
94881849--94881910	27	2.2	29	77	11	67	45	1	3	50	1.27
94883178--94883337	43	3.8	43	87	4	218	26	21	30	21	1.99
94883178--94883337	85	1.9	85	84	5	216	26	21	30	21	1.99
94883412--94883494	31	2.6	31	80	3	85	60	19	3	16	1.50
94889333--94889454	9	12.9	9	76	13	111	33	0	18	46	1.55
94889337--94889454	57	2.1	57	90	0	182	33	0	18	47	1.55
94889358--94889449	48	1.9	48	86	0	130	34	0	19	45	1.51
94889348--94889454	18	5.8	18	84	6	133	33	0	18	46	1.56
94893048--94893112	25	2.6	25	90	2	94	38	18	41	1	1.60
94893396--94893738	158	2.2	157	78	8	347	30	22	13	33	1.93
94894710--94894753	14	3.2	14	87	6	72	50	27	0	22	1.50
94895213--94895304	41	2.3	40	81	5	96	26	22	21	29	1.99
94895296--94895423	40	3.2	40	93	2	204	17	17	22	42	1.89
94906183--94907169	44	22.6	44	83	2	1042	31	14	25	27	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94908665--94908707	20	2.2	19	88	12	61	46	0	4	48	1.22
94908757--94908801	22	2.2	21	88	11	67	37	4	0	57	1.19
94908794--94908863	33	2.1	35	84	10	92	32	5	1	60	1.29
94916632--94916662	14	2.1	15	94	5	55	38	0	3	58	1.15
94919049--94919092	22	2.0	22	90	0	70	54	4	0	40	1.21
94921629--94921814	40	4.7	40	84	0	219	29	15	22	33	1.94
94921629--94921814	80	2.3	80	87	0	255	29	15	22	33	1.94
94923155--94923207	26	2.0	27	82	7	65	26	15	22	35	1.93
94924646--94924729	26	3.2	26	96	0	150	36	25	4	33	1.77
94928138--94928195	27	2.1	27	100	0	116	34	18	17	29	1.94
94929811--94929908	37	2.6	37	83	3	117	35	19	2	42	1.63
94931838--94931965	44	2.9	43	88	2	184	22	19	11	46	1.82
94931835--94931965	43	3.0	43	88	2	190	22	19	11	46	1.82
94934803--94935066	7	34.1	8	63	31	71	60	1	4	33	1.25
94934804--94935079	59	4.6	58	74	20	184	60	1	4	32	1.26
94934797--94935058	20	13.6	19	69	24	103	60	1	4	33	1.26
94934904--94934962	17	3.5	17	72	17	52	61	1	1	35	1.16
94934805--94935067	27	9.6	27	67	24	92	61	1	4	33	1.24
94935300--94935360	30	2.0	31	87	9	90	55	13	9	21	1.66
94936507--94936537	12	2.5	13	89	10	55	22	6	0	70	1.09
94939365--94939445	32	2.5	32	86	4	110	30	1	16	51	1.52
94944580--94944631	5	10.0	5	80	12	52	17	0	1	80	0.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94944583--94944631	11	4.7	10	80	7	53	16	0	2	81	0.78
94944583--94944628	16	2.9	16	87	9	67	15	0	2	82	0.76
94944715--94944788	36	2.1	36	100	0	148	18	18	10	51	1.75
94944797--94944834	9	4.3	9	93	6	69	10	0	0	89	0.49
94944795--94944834	17	2.4	17	100	0	80	12	0	0	87	0.54
94944593--94944977	206	1.9	205	95	1	700	24	11	11	51	1.72
94945399--94945517	3	40.3	3	71	3	53	27	10	4	57	1.49
94945657--94945695	15	2.6	14	88	8	51	28	12	0	58	1.34
94945607--94945652	20	2.3	20	88	7	67	23	4	0	71	1.03
94947443--94947487	19	2.3	20	81	7	58	24	22	11	42	1.86
94947622--94947673	24	2.2	24	86	6	70	57	17	17	7	1.62
94949401--94949437	19	1.9	19	94	0	65	18	10	2	67	1.32
94952293--94952606	134	2.3	134	89	1	468	31	17	24	27	1.97
94952662--94952908	45	5.5	45	73	7	180	31	19	21	27	1.97
94952795--94952917	44	2.8	44	78	3	131	32	22	20	24	1.98
94952754--94952976	89	2.5	88	76	5	232	33	21	18	25	1.97
94953371--94953405	5	7.0	5	87	12	54	20	0	0	80	0.72
94953371--94953401	14	2.1	15	94	5	55	19	0	0	80	0.71
94953909--94954091	3	61.3	3	67	10	54	27	7	6	59	1.47
94953943--94954030	33	2.7	34	77	10	87	29	9	4	56	1.50
94953985--94954046	23	2.6	24	82	5	72	29	11	3	56	1.50
94954181--94954226	20	2.3	19	85	10	65	23	4	0	71	1.03
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94959155--94959248	43	2.2	43	90	0	143	31	27	25	14	1.95
94960131--94960321	40	4.7	40	88	3	276	33	27	16	21	1.95
94960131--94960319	80	2.3	80	92	3	308	32	28	16	22	1.96
94961095--94961122	12	2.3	12	100	0	56	32	7	0	60	1.24
94964791--94964833	19	2.1	21	87	8	63	44	2	0	53	1.13
94965705--94965759	23	2.3	24	81	12	69	38	5	1	54	1.34
94975998--94976107	55	2.0	56	94	1	195	51	14	15	18	1.76
94983999--94984054	22	2.6	21	76	18	60	58	3	7	30	1.42
94984112--94984136	13	1.9	13	100	0	50	84	0	0	16	0.63
94984287--94984485	61	3.4	60	80	14	245	62	4	9	23	1.42
94984353--94984544	52	3.7	52	84	8	227	60	4	10	23	1.49
94984353--94984544	105	1.9	101	84	10	255	60	4	10	23	1.49
94984346--94984563	52	4.3	48	75	13	190	61	4	10	23	1.46
95013527--95013647	61	2.0	62	88	1	181	38	21	11	28	1.88
95014940--95015112	43	4.0	43	76	6	172	30	25	16	28	1.96
95017078--95017120	21	2.1	21	95	4	79	37	25	4	32	1.77
95017668--95017741	5	14.8	5	89	10	116	39	0	0	60	0.97
95017671--95017744	3	28.0	3	74	24	69	39	0	0	60	0.97
95017671--95017750	10	8.0	10	84	15	64	40	0	0	60	0.97
95017759--95017854	40	2.3	40	89	3	147	63	8	28	0	1.23
95018562--95018619	30	1.9	30	89	0	89	41	3	24	31	1.71
95018831--95018862	13	2.5	13	94	0	55	31	0	12	56	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95018957--95019198	50	4.7	50	86	4	297	26	24	29	19	1.99
95018957--95019206	100	2.4	103	88	6	364	26	24	29	20	1.99
95021020--95021169	42	3.5	42	84	4	169	29	23	16	31	1.96
95023249--95023290	20	2.1	20	100	0	84	26	4	4	64	1.33
95023845--95023884	9	4.4	9	84	12	55	77	0	22	0	0.77
95024414--95024464	10	5.0	10	85	2	66	23	1	1	72	1.05
95024426--95024470	20	2.2	20	84	7	56	20	2	4	73	1.11
95025177--95025210	17	1.9	18	88	5	52	32	8	0	58	1.29
95026932--95026999	28	2.5	28	92	2	111	25	2	2	69	1.17
95026938--95027019	28	3.5	23	80	15	73	25	2	2	69	1.13
95028128--95028307	96	1.9	97	84	5	249	27	13	26	32	1.94
95028304--95028336	13	2.5	13	95	0	57	72	3	0	24	0.98
95028330--95028363	13	2.8	12	86	8	50	88	0	11	0	0.52
95028331--95028361	16	1.9	16	93	0	53	87	0	12	0	0.55
95028982--95029020	20	2.0	20	85	10	53	25	5	2	66	1.25
95031514--95031836	48	6.7	48	87	4	379	27	16	26	30	1.96
95031516--95031801	145	1.9	149	86	6	413	26	16	26	29	1.97
95031745--95031853	42	2.6	41	89	2	155	31	13	24	30	1.94
95031757--95031867	42	2.6	42	90	2	161	30	14	26	28	1.95
95034313--95034361	18	2.8	18	81	9	57	44	2	26	26	1.65
95035660--95035751	48	1.9	48	93	0	157	44	6	23	25	1.77
95046211--95046247	18	2.1	18	90	5	58	5	0	16	78	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95046542--95047929	94	14.8	94	81	3	1339	28	19	18	32	1.96
95046541--95047929	282	4.9	281	81	5	1477	28	19	18	32	1.96
95051257--95051360	53	2.0	52	83	9	131	27	17	25	29	1.97
95056975--95057038	12	5.5	11	77	17	58	59	7	3	29	1.41
95056992--95057062	3	22.3	3	72	11	52	59	4	4	32	1.36
95058383--95058697	43	7.3	43	81	3	330	28	27	17	26	1.98
95069307--95069759	47	9.6	47	90	1	672	33	8	27	30	1.86
95069307--95069759	96	4.8	95	89	3	556	33	8	27	30	1.86
95069307--95069759	143	3.2	141	89	2	672	33	8	27	30	1.86
95075817--95075913	42	2.3	41	80	5	106	25	12	16	45	1.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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