genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.125.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  105315579

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
40168512--40168563	25	2.1	25	85	0	68	36	9	15	38	1.80
40169204--40169231	10	2.8	10	100	0	56	10	10	7	71	1.31
40170240--40170327	21	4.1	21	84	7	106	14	23	27	34	1.94
40170258--40170339	21	3.8	21	88	3	110	14	24	26	34	1.94
40173207--40173231	11	2.3	11	100	0	50	8	28	0	64	1.22
40174482--40174533	25	2.1	25	85	0	68	36	9	15	38	1.80
40175542--40175609	16	4.2	16	96	0	127	26	0	36	36	1.57
40175826--40175867	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
40175835--40175876	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
40175945--40175996	15	3.6	15	80	12	56	53	1	0	44	1.11
40175829--40176149	119	2.7	120	98	1	619	50	4	1	43	1.32
40176085--40176132	18	2.8	18	74	22	50	56	0	0	43	0.99
40176064--40176115	15	3.6	15	80	12	56	53	1	0	44	1.11
40176041--40176124	43	1.9	43	83	7	107	54	2	1	41	1.21
40178426--40178459	12	2.7	13	95	4	61	61	8	29	0	1.26
40178504--40178540	19	1.9	19	88	0	56	48	10	40	0	1.38
40179399--40179445	24	2.0	24	84	16	62	31	0	14	53	1.42
40179603--40179738	40	3.5	39	77	10	152	26	18	25	30	1.98
40185609--40185707	48	2.1	48	96	0	180	42	17	9	31	1.80
40189658--40189706	18	2.6	19	83	3	73	51	24	0	24	1.49
40195809--40195854	24	1.9	24	95	0	83	50	13	10	26	1.74
40197059--40197111	27	2.0	27	100	0	106	26	15	16	41	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
40208884--40209053	61	2.9	61	76	13	174	52	2	3	41	1.31
40208921--40209044	55	2.2	57	81	5	164	53	2	2	41	1.27
40212222--40212248	14	1.9	14	100	0	54	37	0	37	25	1.57
40218065--40218316	40	6.3	40	89	3	330	23	19	27	28	1.98
40226487--40226737	40	6.3	40	88	4	321	23	19	27	29	1.99
40228991--40229049	20	3.0	20	69	11	52	49	3	1	45	1.28
40232833--40232933	39	2.6	39	91	0	166	39	22	23	13	1.90
40232834--40232978	39	3.7	39	83	6	159	40	23	20	15	1.90
40236249--40236398	31	4.8	31	81	4	167	26	26	18	29	1.98
40236249--40236398	63	2.4	62	82	3	167	26	26	18	29	1.98
40236374--40236502	50	2.5	51	84	2	170	24	20	17	37	1.93
40237754--40237854	39	2.6	39	90	0	148	39	22	23	13	1.90
40244557--40244730	46	3.8	45	76	7	179	29	29	20	20	1.98
40244563--40244735	93	1.9	93	92	0	292	28	30	20	20	1.98
40252069--40252281	28	7.5	28	67	11	121	25	23	16	34	1.95
40252059--40252569	57	9.0	57	82	1	533	26	21	16	35	1.95
40252059--40252569	171	3.0	170	82	2	603	26	21	16	35	1.95
40252330--40252411	29	2.9	28	71	16	78	25	20	18	35	1.95
40252689--40252791	53	1.9	53	92	3	172	26	24	15	33	1.95
40254335--40254395	20	3.3	18	74	17	54	40	3	6	49	1.45
40254565--40254598	5	6.8	5	96	0	50	61	5	0	32	1.20
40269591--40269624	17	2.0	17	88	0	50	64	2	8	23	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
40271818--40272018	86	2.3	86	82	3	235	30	11	24	33	1.91
40271818--40271984	43	3.9	43	89	1	237	27	11	25	35	1.90
40274881--40275047	35	4.6	35	81	8	165	31	11	23	33	1.90
40274881--40275051	75	2.4	75	82	7	203	32	11	22	33	1.90
40282370--40282535	35	4.6	37	80	10	173	31	11	23	33	1.90
40282370--40282540	75	2.4	75	83	7	203	32	11	22	33	1.90
40287431--40287460	12	2.5	12	94	0	51	36	10	0	53	1.35
40289865--40289902	18	2.1	18	100	0	76	28	21	0	50	1.49
40291443--40291482	19	2.0	20	85	4	55	45	0	27	27	1.54
40294363--40294392	11	2.9	10	90	9	51	10	6	13	70	1.34
40296493--40296567	38	2.0	38	89	0	114	30	16	25	28	1.96
40303352--40303467	55	2.1	54	87	4	162	22	30	26	20	1.98
40305212--40305256	17	2.6	17	96	0	81	26	15	11	46	1.79
40306602--40306657	22	2.5	22	85	5	78	21	23	17	37	1.94
40307255--40307402	43	3.5	43	88	1	235	24	29	22	23	1.99
40307540--40307586	19	2.5	19	76	10	51	72	6	2	19	1.17
40311103--40311127	3	8.3	3	100	0	50	32	36	0	32	1.58
40313768--40313792	4	6.2	4	100	0	50	76	0	0	24	0.80
40314100--40314164	3	22.0	3	74	14	55	61	4	4	29	1.36
40315838--40316085	89	2.8	90	75	11	276	29	19	18	33	1.95
40315964--40316085	40	2.9	42	79	8	149	31	22	17	29	1.96
40315838--40316170	178	1.9	178	87	1	488	28	19	18	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
40316008--40316350	135	2.5	135	88	1	508	27	20	18	32	1.96
40316179--40316483	94	3.3	94	76	9	351	28	21	18	32	1.96
40316139--40316482	179	1.9	179	90	2	548	27	21	19	31	1.97
40316222--40316391	44	4.0	42	84	6	173	28	22	16	31	1.96
40316420--40316522	44	2.3	45	85	5	129	29	21	19	30	1.97
40316505--40317442	68	13.8	68	90	1	1344	27	24	22	25	2.00
40324826--40324850	4	6.2	4	100	0	50	76	0	0	24	0.80
40324952--40325082	63	2.1	64	95	1	237	65	4	9	19	1.40
40325224--40325300	3	26.0	3	78	12	79	62	3	3	29	1.31
40328319--40328358	15	2.8	14	81	7	53	50	27	2	20	1.61
40328489--40328579	37	2.4	39	87	5	132	19	1	29	49	1.56
40328619--40328788	41	4.2	40	91	3	268	18	20	22	38	1.94
40328598--40328788	81	2.3	82	86	7	273	18	19	23	38	1.93
40334836--40335071	84	2.8	84	80	1	240	36	24	16	23	1.94
40334802--40335076	28	9.8	28	76	2	212	36	24	15	24	1.94
40335198--40335345	53	2.8	53	77	0	143	31	25	10	33	1.89
40338000--40338051	25	2.1	24	89	3	77	15	23	21	40	1.91
40339151--40339270	59	2.0	59	98	0	231	15	19	32	33	1.92
40341896--40342024	54	2.4	54	82	7	147	37	3	3	55	1.37
40342374--40342414	19	2.2	19	95	0	73	36	19	19	24	1.95
40350012--40350058	23	2.0	23	100	0	94	12	12	21	53	1.72
40350981--40351125	43	3.3	43	82	7	177	31	28	15	24	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
40355831--40355875	6	7.0	6	85	10	54	20	0	2	77	0.87
40355829--40355868	13	3.1	13	82	10	55	20	0	2	77	0.88
40355831--40355875	19	2.3	19	88	3	72	20	0	2	77	0.87
40355831--40355875	13	3.5	12	82	11	54	20	0	2	77	0.87
40356169--40356194	7	3.7	7	100	0	52	46	26	0	26	1.53
40356422--40356476	22	2.6	22	77	5	60	40	30	0	29	1.57
40356506--40356541	15	2.5	14	90	4	54	44	33	0	22	1.53
40356710--40356750	14	2.9	14	85	3	55	19	0	29	51	1.47
40356711--40356813	54	1.9	53	84	5	136	23	0	25	51	1.48
40356843--40356946	41	2.6	40	86	6	147	25	23	19	31	1.98
40358550--40358609	29	2.1	29	84	6	77	51	6	8	33	1.58
40368117--40368151	9	3.9	9	84	0	52	82	0	0	17	0.66
40369023--40369076	26	2.1	26	92	0	90	46	27	11	14	1.79
40379547--40379662	51	2.3	49	82	11	130	29	14	18	37	1.91
40379647--40379742	50	1.9	50	85	4	131	34	16	14	34	1.90
40379737--40379804	19	3.3	20	87	8	84	25	22	16	36	1.94
40381001--40381180	88	2.0	88	96	0	333	40	18	8	32	1.81
40383247--40383277	14	2.2	14	94	0	53	61	6	6	25	1.45
40383505--40383560	19	3.3	19	63	31	54	32	17	10	39	1.84
40383506--40383570	31	2.1	31	97	0	121	32	18	12	36	1.88
40387825--40387861	9	4.1	9	89	0	56	32	10	10	45	1.74
40388047--40388081	14	2.4	15	85	9	54	74	5	5	14	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
40389370--40389426	23	2.5	23	82	0	69	17	8	21	52	1.71
40393819--40393996	46	3.8	47	79	6	193	29	19	29	21	1.98
40396766--40396790	13	1.9	13	100	0	50	16	24	28	32	1.96
40402413--40402474	30	2.1	30	96	0	115	56	12	4	25	1.56
40405485--40405522	17	2.1	19	90	9	62	21	7	10	60	1.54
40411247--40411487	49	4.8	50	78	6	238	26	17	25	29	1.98
40418758--40419002	49	4.9	49	80	4	276	26	18	26	29	1.98
40420360--40420401	12	3.5	12	83	6	50	28	21	40	9	1.84
40421428--40421481	24	2.2	26	81	15	69	48	0	7	44	1.31
40426282--40426327	16	2.9	16	84	9	60	54	0	4	41	1.20

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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