genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.289.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  105315579

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94443680--94443809	22	6.0	22	71	15	94	35	2	0	61	1.14
94443923--94443974	27	1.9	27	84	7	70	25	1	1	71	1.07
94443950--94443985	18	2.1	17	89	5	54	36	0	0	63	0.94
94456095--94456567	44	10.8	44	89	2	700	29	14	27	28	1.95
94457825--94458092	47	5.7	47	97	0	509	31	8	30	29	1.87
94458210--94458288	37	2.1	37	88	0	113	25	18	30	25	1.98
94469749--94469809	30	2.1	29	81	9	70	29	14	6	49	1.69
94470064--94470200	5	29.0	5	69	17	80	35	2	0	61	1.14
94470029--94470141	52	2.2	51	81	13	124	31	1	2	63	1.18
94470034--94470200	32	5.7	31	73	23	105	33	2	2	61	1.22
94470028--94470183	10	14.8	10	68	23	81	32	1	2	62	1.19
94470066--94470195	22	6.0	22	71	15	94	35	2	0	61	1.14
94470308--94470359	27	1.9	27	84	7	70	25	1	1	71	1.07
94470335--94470370	18	2.1	17	89	5	54	36	0	0	63	0.94
94480002--94480575	27	20.9	27	82	6	609	27	21	9	41	1.84
94480586--94480763	81	2.2	81	81	4	207	38	18	17	25	1.93
94480587--94480782	27	7.3	27	78	0	176	36	17	18	26	1.94
94480981--94481063	27	3.1	26	87	5	112	19	21	21	37	1.94
94481374--94481447	27	2.8	27	84	10	82	16	24	22	36	1.94
94481565--94481709	6	23.8	6	78	13	154	18	17	14	48	1.80
94481565--94481709	67	2.2	67	94	0	263	18	17	14	48	1.80
94499046--94499188	39	3.7	39	87	0	196	43	20	4	31	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94509669--94509721	23	2.2	24	80	12	65	35	5	16	41	1.73
94510187--94510233	23	2.0	23	84	8	60	44	14	0	40	1.46
94511639--94511767	47	2.7	47	86	3	161	28	29	17	24	1.97
94517419--94517526	43	2.5	43	84	3	155	32	23	14	29	1.94
94536783--94536844	31	2.0	31	100	0	124	51	9	19	19	1.74
94540096--94540131	3	12.0	3	93	0	63	33	2	0	63	1.08
94540912--94540959	24	2.0	24	100	0	96	33	16	12	37	1.86
94544020--94544103	42	2.0	42	92	0	141	51	11	9	27	1.69
94547372--94547419	23	2.1	23	100	0	96	31	22	20	25	1.98
94555246--94555296	23	2.2	23	86	10	68	66	1	3	27	1.20
94555247--94555296	24	2.1	24	85	7	66	68	2	4	26	1.18
94555290--94555328	20	2.0	20	89	0	60	76	2	5	15	1.06
94562336--94562373	20	2.0	20	89	5	60	52	18	26	2	1.58
94577984--94578034	11	5.1	10	76	11	52	80	0	1	17	0.81
94577993--94578104	6	18.8	6	98	0	163	73	0	9	16	1.09
94578380--94578445	30	2.2	30	94	0	114	16	36	27	19	1.93
94578380--94578465	30	2.9	30	85	3	84	12	34	29	23	1.92
94581608--94581641	14	2.4	14	90	5	50	26	5	11	55	1.58
94585374--94585479	55	1.9	55	82	3	133	23	26	31	18	1.98
94602418--94602449	3	10.7	3	100	0	64	34	0	0	65	0.93
94608154--94608185	15	2.1	16	94	5	57	40	18	3	37	1.67
94611194--94611335	36	3.8	38	84	7	202	38	8	14	38	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94611192--94611335	55	2.6	55	92	0	243	38	8	15	37	1.77
94611194--94611335	19	7.7	19	85	6	202	38	8	14	38	1.77
94615077--94615231	79	2.0	79	96	0	283	16	25	29	28	1.97
94618424--94618479	24	2.3	24	93	3	94	39	3	3	53	1.36
94618946--94618981	18	2.0	18	88	0	54	30	0	8	61	1.26
94619019--94619061	18	2.4	18	96	0	77	51	0	2	46	1.13
94624296--94624431	62	2.2	63	86	1	184	22	30	25	22	1.99
94625097--94625542	229	1.9	229	88	1	662	34	19	19	25	1.96
94636478--94636591	42	2.7	42	81	5	115	29	25	16	28	1.97
94640417--94640662	125	2.0	125	96	0	456	47	11	9	30	1.72
94640836--94640907	25	2.9	23	77	20	74	63	2	0	33	1.08
94640867--94640905	20	2.0	20	94	0	69	69	0	0	30	0.89
94640827--94640900	27	3.1	23	73	21	71	62	2	0	35	1.10
94640939--94640986	21	2.4	19	86	6	60	56	2	2	39	1.23
94640937--94640993	20	2.9	18	74	20	53	54	1	1	42	1.21
94642309--94642343	18	1.9	18	88	11	54	20	0	0	80	0.72
94642555--94642703	44	3.5	43	86	4	189	26	26	14	32	1.94
94643220--94643359	44	3.2	44	85	2	165	25	25	16	33	1.96
94642589--94643629	221	4.7	220	86	5	1198	28	22	16	31	1.96
94643474--94643584	44	2.5	43	82	7	134	27	26	15	31	1.96
94642589--94643661	441	2.4	441	80	8	1254	28	22	16	31	1.96
94654398--94654586	43	4.4	43	92	1	292	29	33	23	13	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94659701--94659765	18	3.5	18	80	14	69	64	3	0	32	1.09
94659699--94659759	10	6.3	10	72	14	56	62	3	0	34	1.12
94660027--94660085	31	1.9	31	82	3	75	59	6	11	22	1.56
94667322--94667444	42	3.0	42	83	5	135	31	21	13	33	1.92
94675663--94675857	18	10.9	18	78	15	108	37	11	13	37	1.81
94675670--94675857	35	5.3	35	89	4	288	37	11	13	37	1.81
94676171--94676240	33	2.2	32	82	12	83	31	4	1	62	1.23
94682741--94684063	207	6.4	207	92	0	2096	30	18	22	29	1.97
94682741--94684063	413	3.2	414	92	0	2123	30	18	22	29	1.97
94682748--94684063	620	2.1	620	91	0	2107	30	18	22	29	1.97
94684423--94684530	17	5.9	19	84	10	145	37	11	14	36	1.82
94684431--94684530	35	2.8	36	90	3	157	38	12	14	36	1.83
94684457--94684539	19	4.4	20	81	13	65	39	10	14	34	1.81
94691922--94691966	19	2.3	20	84	3	65	55	2	0	42	1.12
94691925--94691976	10	5.3	10	79	9	54	57	1	0	40	1.10
94691933--94692006	19	3.9	19	77	6	71	60	0	1	37	1.05
94697919--94697983	15	4.1	15	77	13	58	29	0	4	66	1.12
94709835--94709917	43	1.9	44	85	2	114	34	18	22	24	1.96
94709787--94710358	220	2.6	220	89	1	833	33	18	21	26	1.96
94712013--94712047	15	2.3	15	90	5	52	28	0	2	68	1.04
94716935--94716977	21	2.0	21	100	0	86	30	13	18	37	1.90
94732557--94732784	46	5.0	46	90	1	305	39	14	23	22	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94745499--94745602	51	2.0	51	100	0	208	25	5	3	65	1.32
94749065--94749110	20	2.3	20	85	7	58	17	19	2	60	1.46
94753044--94753270	46	4.9	46	91	1	321	22	24	13	40	1.89
94756987--94757060	14	4.6	15	73	20	60	0	29	0	70	0.88
94756994--94757060	25	2.7	25	81	11	84	0	28	0	71	0.86
94757028--94757074	21	2.3	20	79	13	51	0	36	2	61	1.08
94757023--94757076	26	2.2	24	86	6	72	0	33	1	64	1.04
94757362--94757448	3	28.0	3	69	19	54	28	5	5	59	1.43
94778826--94778891	19	3.2	21	87	6	64	34	19	10	34	1.86
94778843--94778904	19	3.2	19	95	4	106	35	17	9	37	1.83
94780744--94780789	19	2.3	20	92	3	76	45	17	13	23	1.83
94781696--94781766	26	2.7	26	86	4	90	23	26	22	26	2.00
94781717--94781767	26	2.0	26	96	0	93	21	23	21	33	1.97
94788302--94788377	22	3.7	21	75	15	59	40	17	5	36	1.72
94788331--94788428	35	2.7	37	87	12	150	35	16	10	37	1.82
94788338--94788428	19	4.9	19	92	8	161	36	15	10	37	1.83
94788801--94788925	45	2.8	45	91	1	189	28	30	11	30	1.91
94788949--94789242	78	3.8	78	89	1	455	25	23	19	31	1.98
94800994--94801030	18	2.1	18	90	5	58	67	0	0	32	0.91
94801318--94801389	17	3.9	18	87	7	101	36	16	12	34	1.87
94811617--94811666	24	2.0	25	85	11	68	62	0	0	38	0.96
94812395--94812470	38	2.0	38	97	0	143	34	11	5	48	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94812930--94812959	12	2.6	11	90	10	51	0	23	0	76	0.78
94817442--94817572	38	3.4	38	83	0	172	36	17	14	31	1.90
94826456--94826511	21	2.6	22	75	8	62	41	26	0	32	1.56
94854692--94855584	76	11.8	75	86	6	999	29	16	22	31	1.96
94854711--94855584	148	5.8	147	84	7	934	29	16	22	31	1.96
94854692--94855584	226	3.9	220	83	8	1003	29	16	22	31	1.96
94869681--94869724	18	2.5	18	88	3	72	13	22	45	18	1.84
94870186--94870243	24	2.5	24	91	2	91	24	3	46	25	1.68
94874526--94874570	18	2.6	18	82	3	56	15	35	28	20	1.93
94876804--94876941	27	5.2	26	74	17	106	44	1	15	37	1.56

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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