Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  105315579

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   

This is table  192  of  325  ( 38900 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
62344278--62344310
17
2.0
17
94
5
59
51
6
0
42
1.26
62345572--62345820
124
2.0
124
99
0
489
43
6
16
33
1.73
62352509--62352547
19
2.1
19
90
9
62
35
2
12
48
1.55
62355112--62355152
18
2.3
18
83
8
57
24
14
31
29
1.95
62357153--62357197
23
2.0
23
95
4
83
51
4
26
17
1.65
62362627--62362660
18
1.9
17
88
5
50
29
2
0
67
1.05
62364657--62364699
14
2.9
14
83
10
50
46
2
2
48
1.27
62364658--62364696
20
2.0
20
84
0
51
46
2
2
48
1.29
62366171--62366242
22
3.4
22
67
21
71
51
13
8
26
1.70
62366165--62366247
42
2.0
42
100
0
166
50
14
8
26
1.71
62366872--62367077
103
2.0
103
96
0
376
39
19
7
33
1.80
62367487--62367532
23
2.0
22
87
4
65
28
2
0
69
1.00
62370433--62370467
15
2.2
16
95
5
63
48
17
0
34
1.47
62372028--62372122
9
10.6
9
70
4
66
52
0
47
0
1.00
62372055--62372151
3
31.3
3
85
10
97
60
0
39
0
0.97
62379007--62379068
29
2.1
29
87
0
88
46
6
33
12
1.68
62389529--62389578
24
2.1
24
88
3
75
66
2
14
18
1.35
62396362--62396423
21
2.9
20
72
11
52
35
11
8
45
1.70
62396405--62396448
21
2.1
21
83
8
54
34
9
2
54
1.44
62399155--62399201
23
2.0
23
95
0
85
25
25
23
25
2.00
62400241--62400298
29
2.0
29
86
0
80
13
34
27
24
1.93
62400807--62400852
20
2.3
20
82
10
51
76
4
8
10
1.15
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
62400807--62400849
21
2.1
20
82
4
50
74
4
9
11
1.20
62416867--62416896
15
2.0
15
93
0
51
50
0
10
40
1.36
62416863--62416925
27
2.3
26
76
10
63
38
0
11
50
1.38
62416921--62416952
10
3.3
10
95
4
57
37
0
0
62
0.95
62416920--62416963
20
2.3
19
80
4
52
36
0
2
61
1.09
62421802--62421842
20
2.0
20
85
4
55
29
41
12
17
1.85
62429384--62429521
48
2.9
48
86
2
179
25
29
17
27
1.97
62435997--62436108
42
2.7
42
90
5
181
25
29
24
21
1.99
62438941--62439246
46
6.5
48
75
11
235
23
30
19
25
1.98
62454820--62454961
75
1.9
75
94
0
248
30
19
21
29
1.97
62455764--62455837
6
12.8
6
87
8
93
17
1
1
79
0.87
62455769--62455857
5
16.8
5
78
19
76
19
2
1
77
0.94
62455768--62455857
12
7.9
11
78
15
87
18
2
1
77
0.93
62459247--62459289
9
4.6
9
88
8
59
2
16
0
81
0.79
62465422--62465455
17
2.0
17
88
0
50
41
0
0
58
0.98
62466739--62466777
16
2.3
18
83
16
57
56
0
0
43
0.99
62466900--62466933
17
2.0
17
88
0
50
20
5
0
73
1.04
62467035--62467106
19
3.9
18
73
8
65
40
1
0
58
1.07
62471997--62472064
26
2.6
27
79
4
77
11
16
35
36
1.85
62472701--62472879
41
4.3
41
78
4
182
28
20
22
28
1.98
62472701--62472873
82
2.1
82
82
4
213
28
20
22
28
1.98
62475088--62475234
71
2.1
71
89
1
224
44
6
17
32
1.73
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
62480741--62480767
13
2.1
13
100
0
54
25
14
22
37
1.93
62482908--62483075
46
3.6
46
75
10
171
20
20
29
29
1.98
62482904--62483076
93
1.9
93
90
0
274
20
20
30
28
1.98
62488428--62488603
46
3.8
46
78
10
196
19
21
29
28
1.98
62488424--62488596
93
1.9
93
92
0
292
20
21
30
27
1.98
62489018--62489049
15
2.1
15
100
0
64
25
34
6
34
1.81
62492349--62492465
43
2.8
42
75
6
119
27
17
25
29
1.98
62501140--62501386
41
6.1
40
78
4
228
19
26
17
36
1.94
62503331--62503374
20
2.2
20
100
0
88
50
22
4
22
1.67
62503400--62503436
19
1.9
19
88
0
56
48
18
2
29
1.62
62505135--62505173
20
2.0
20
94
0
69
46
23
2
28
1.65
62505141--62505182
20
2.1
20
90
0
66
47
26
0
26
1.52
62505474--62505521
15
3.2
15
75
0
51
45
0
4
50
1.21
62508071--62508116
21
2.2
21
84
7
58
41
17
2
39
1.62
62509561--62509630
30
2.3
30
82
0
77
32
11
14
41
1.81
62509561--62509711
79
1.9
79
88
0
230
32
12
15
39
1.85
62509633--62509753
30
4.1
30
80
5
138
31
12
18
38
1.88
62514238--62514305
19
3.5
19
76
11
75
32
4
19
44
1.70
62514231--62514305
20
3.8
19
77
10
71
32
6
17
44
1.75
62517747--62517787
21
2.0
21
100
0
82
31
14
0
53
1.41
62526848--62526890
21
2.0
22
86
4
61
62
0
25
11
1.29
62526916--62526946
14
2.2
14
94
0
53
51
0
0
48
1.00
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
62527872--62527923
13
4.2
13
76
14
65
36
0
15
48
1.45
62543143--62543669
47
11.1
47
91
2
820
32
9
29
28
1.88
62543143--62543669
96
5.5
96
93
1
855
32
9
29
28
1.88
62543143--62543669
143
3.7
143
91
2
819
32
9
29
28
1.88
62543788--62543866
37
2.1
37
90
0
122
24
18
31
25
1.98
62548068--62548100
14
2.4
14
94
0
57
42
9
18
30
1.81
62549773--62549817
23
2.0
23
86
0
63
42
0
13
44
1.43
62550507--62550608
50
2.1
49
92
1
168
30
20
24
24
1.99
62553000--62553133
47
2.8
49
82
5
182
28
19
29
22
1.98
62558733--62558856
64
1.9
64
95
0
221
37
22
5
33
1.78
62562155--62562183
2
14.5
2
100
0
58
48
0
0
51
1.00
62563360--62563426
28
2.4
27
75
18
66
44
0
5
49
1.27
62565679--62565770
30
3.1
30
85
0
130
33
44
13
8
1.74
62565826--62565861
18
2.0
18
94
0
63
19
27
8
44
1.79
62566106--62566167
21
3.0
21
95
4
108
29
35
22
12
1.91
62568082--62568260
40
4.5
39
82
6
202
25
21
27
25
2.00
62568117--62568284
77
2.2
77
79
11
182
27
20
26
26
1.99
62575992--62576176
79
2.3
81
84
7
236
24
22
27
25
2.00
62575993--62576176
40
4.6
40
83
9
216
24
22
27
25
2.00
62576045--62576209
79
2.1
79
84
6
210
26
21
27
25
1.99
62579509--62579543
3
11.3
3
87
6
52
34
0
2
62
1.10
62579494--62579541
22
2.2
22
81
7
53
39
0
4
56
1.19
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
62579851--62579884
8
4.2
8
96
0
59
47
2
0
50
1.16
62579909--62579945
17
2.1
17
90
10
56
75
2
5
16
1.10
62584292--62584545
39
6.5
39
93
0
400
27
28
24
20
1.99
62584539--62584670
39
3.4
39
89
4
187
25
25
18
29
1.98
62584560--62584671
39
2.9
39
94
0
188
27
24
19
28
1.99
62587076--62587578
126
4.0
126
87
1
706
30
16
14
37
1.89
62587076--62587578
252
2.0
251
90
1
783
30
16
14
37
1.89
62587568--62587633
27
2.4
28
94
5
125
22
15
7
54
1.66
62587712--62587810
51
1.9
51
82
8
121
40
12
0
47
1.41
62596875--62596919
22
2.0
22
91
0
72
33
2
15
48
1.57
62600642--62600686
22
2.0
22
91
0
72
33
2
15
48
1.57
62612328--62612972
126
5.2
126
85
3
802
29
16
15
38
1.90
62613054--62613153
35
2.9
34
82
2
110
46
12
1
41
1.48
62613083--62613190
31
3.4
30
77
15
101
41
11
0
46
1.46
62613077--62613153
34
2.2
35
88
6
113
42
11
1
44
1.49
62613740--62613807
28
2.4
29
83
9
79
25
11
1
61
1.38
62615204--62615254
16
3.3
15
78
15
59
54
1
25
17
1.53
62616075--62616118
21
2.2
20
88
8
63
27
0
15
56
1.40
62618546--62618615
31
2.4
28
81
13
79
44
12
8
34
1.73
62624691--62624719
11
2.6
11
100
0
58
13
0
10
75
1.04
62624710--62624907
79
2.5
78
86
5
283
32
9
12
45
1.75
62624711--62624948
78
3.0
77
78
7
228
31
10
12
45
1.75
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
62626762--62626828
22
3.0
22
80
0
80
41
16
25
16
1.88
62638342--62638590
118
2.1
118
84
1
320
31
16
29
23
1.96
62643109--62643149
21
2.0
20
86
13
57
19
2
24
53
1.57
62648412--62648436
13
1.9
13
100
0
50
48
24
4
24
1.68
62651392--62651452
29
2.1
28
87
3
86
47
14
3
34
1.61
62654725--62654827
46
2.2
48
82
3
129
35
13
23
27
1.92
62656694--62656878
40
4.7
40
82
6
216
24
27
22
24
2.00
62656694--62656878
79
2.3
81
80
8
209
24
27
22
24
2.00
62660014--62660062
24
2.0
24
96
0
89
32
18
16
32
1.93
62663139--62663368
29
8.0
29
78
6
216
29
12
21
36
1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325