genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.76.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  105315579

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23950243--23950448	46	4.5	44	78	7	157	26	20	28	24	1.99
23956694--23956734	18	2.3	18	91	0	64	31	24	21	21	1.98
23976044--23976103	27	2.3	27	79	2	68	21	21	20	36	1.95
23979644--23979760	57	2.1	57	98	0	225	31	35	11	22	1.89
23989748--23989939	40	4.8	40	92	1	305	22	22	29	25	1.99
23995385--23995455	10	7.4	10	76	10	69	69	1	1	28	1.06
23995385--23995455	20	3.7	19	77	15	76	69	1	1	28	1.06
23995638--23995773	57	2.4	57	79	13	138	30	3	2	63	1.26
23997955--23998011	22	2.6	21	72	13	53	38	5	0	56	1.22
24000832--24000871	11	3.6	11	82	0	53	22	15	5	57	1.57
24001095--24001127	11	2.9	12	86	13	52	66	0	0	33	0.92
24003439--24003500	31	2.1	29	88	11	90	22	22	16	38	1.92
24003692--24003831	47	3.0	48	89	8	216	28	22	19	30	1.98
24003692--24003831	24	6.0	24	89	9	209	28	22	19	30	1.98
24003885--24003947	15	4.1	15	84	14	67	31	19	14	34	1.91
24003885--24003951	34	2.0	33	91	5	109	32	19	13	34	1.91
24003885--24003951	14	3.9	18	76	23	81	32	19	13	34	1.91
24003885--24003958	19	4.2	20	73	23	76	32	18	13	35	1.90
24003995--24004042	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
24151716--24151932	40	5.5	40	92	2	314	24	28	23	23	1.99
24159594--24159810	40	5.5	40	91	2	305	25	28	23	23	1.99
24168123--24168185	22	2.9	22	92	0	108	17	30	31	20	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24169885--24169922	18	2.1	18	100	0	76	55	5	21	18	1.62
24173943--24173989	22	2.2	21	84	3	58	36	21	8	34	1.84
24173960--24174002	19	2.1	21	91	8	72	34	18	9	37	1.83
24174634--24174745	46	2.6	41	71	17	100	29	23	16	31	1.96
24174398--24175343	206	4.6	206	92	0	1525	28	22	18	30	1.97
24175315--24175785	44	10.7	44	73	9	345	27	24	17	30	1.97
24175329--24175662	132	2.5	132	93	0	571	27	24	17	30	1.97
24175417--24175785	175	2.1	175	88	2	535	27	24	17	30	1.97
24176637--24176697	24	2.6	23	84	5	77	6	13	0	80	0.90
24176668--24176710	9	4.6	9	86	11	59	2	11	0	86	0.67
24176653--24176711	20	2.9	19	78	14	57	3	13	0	83	0.78
24176639--24176688	7	6.7	7	78	13	55	6	12	0	82	0.85
24183312--24183377	19	3.2	21	87	6	64	36	19	9	34	1.84
24183329--24183426	19	5.2	19	90	7	155	34	17	10	37	1.83
24183329--24183428	36	2.6	38	89	9	159	34	18	10	38	1.84
24183824--24184563	206	3.6	206	90	0	1081	28	22	18	30	1.97
24184549--24185001	44	10.3	43	75	10	364	27	25	17	29	1.97
24184530--24185000	132	3.6	132	87	2	610	27	24	17	30	1.97
24184651--24185005	175	2.0	175	92	1	586	27	25	17	30	1.97
24185859--24185926	20	3.4	20	82	11	77	2	14	0	82	0.79
24185860--24185915	9	7.0	8	75	15	53	3	14	0	82	0.81
24186742--24188066	659	2.0	660	89	1	2052	34	19	7	38	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24192914--24193053	55	2.6	53	79	5	165	37	17	23	21	1.94
24192914--24193066	53	2.8	56	80	4	188	36	16	24	22	1.94
24194099--24194245	24	6.2	24	88	3	208	27	19	21	31	1.97
24194099--24194245	71	2.1	71	89	0	222	27	19	21	31	1.97
24194099--24194245	47	3.1	48	87	2	208	27	19	21	31	1.97
24196306--24196336	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
24205814--24205963	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	21	1.96
24205838--24206021	67	2.8	64	77	8	194	29	17	29	22	1.97
24210242--24210391	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	21	1.96
24210266--24210449	67	2.8	64	77	8	194	29	17	29	22	1.97
24213065--24213119	21	2.6	21	76	2	65	14	1	27	56	1.49
24216120--24216221	28	3.6	28	72	15	77	16	0	30	51	1.51
24216176--24216221	21	2.2	21	84	0	56	13	0	36	50	1.41
24216337--24216368	7	4.6	7	100	0	64	15	0	37	46	1.46
24225558--24225633	40	1.9	40	91	0	125	18	18	27	35	1.94
24238134--24238184	20	2.6	20	84	3	68	19	31	33	15	1.93
24238845--24238894	25	2.0	25	84	0	64	14	42	16	28	1.86
24238973--24239019	23	2.1	23	84	4	60	19	12	12	55	1.69
24239910--24239952	18	2.4	18	96	0	77	51	4	16	27	1.64
24240111--24240204	43	2.2	43	88	5	136	46	13	0	39	1.44
24240177--24240233	24	2.3	24	96	3	105	47	8	0	43	1.34
24246109--24246762	49	13.6	49	93	2	1037	34	8	28	28	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24246109--24246762	145	4.5	146	93	3	1051	34	8	28	28	1.86
24246109--24246762	194	3.4	194	94	1	1133	34	8	28	28	1.86
24250366--24250415	21	2.4	21	86	0	73	40	16	42	2	1.59
24250721--24251066	43	8.2	41	73	12	238	28	16	24	30	1.97
24250740--24251059	86	3.8	86	79	6	280	28	17	23	30	1.97
24250720--24251066	129	2.8	123	79	8	342	27	16	24	30	1.97
24252304--24252361	25	2.3	26	85	11	77	58	0	5	36	1.20
24262686--24262805	43	2.9	41	78	13	127	24	20	27	27	1.99
24264336--24264374	20	2.0	20	84	0	51	46	15	7	30	1.74
24271507--24271682	46	3.8	45	82	10	221	21	20	29	28	1.98
24271506--24271674	93	1.8	93	94	0	302	21	20	29	27	1.98
24283501--24283591	29	3.2	29	81	7	105	29	28	14	27	1.95
24289482--24289580	40	2.6	38	78	12	110	15	10	36	38	1.81
24290449--24290487	21	1.9	21	94	5	71	25	30	33	10	1.89
24291726--24292044	48	6.6	48	84	1	388	26	26	15	31	1.96
24298761--24298962	54	3.7	54	81	4	246	23	24	15	37	1.93
24298935--24299048	47	2.4	47	95	0	201	26	26	14	33	1.94
24299060--24299180	45	2.6	45	80	5	118	23	26	19	31	1.98
24306727--24307044	48	6.6	48	82	2	336	26	25	17	29	1.98
24306837--24306914	25	3.2	24	68	31	67	28	26	14	30	1.95
24315961--24316093	65	2.0	65	100	0	266	57	8	3	31	1.44
24320562--24320759	91	2.2	90	83	6	233	35	15	7	41	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24320875--24320939	19	3.4	18	72	16	51	63	1	6	29	1.28
24320914--24321072	19	8.3	18	68	14	63	63	2	7	26	1.34
24320916--24321074	20	8.3	19	69	12	76	63	2	7	26	1.34
24320931--24321012	10	8.5	10	72	11	64	64	2	3	29	1.23
24320991--24321074	39	2.2	40	78	10	93	61	2	8	27	1.37
24321243--24321299	20	2.9	20	81	2	62	33	3	1	61	1.23
24321243--24321293	10	5.2	10	73	4	50	35	1	1	60	1.19
24321258--24321310	20	2.6	20	84	3	61	33	3	0	62	1.13
24321247--24321399	9	17.0	9	68	17	70	32	1	2	63	1.19
24322739--24322977	96	2.5	96	92	0	388	28	19	23	28	1.98
24326141--24326184	10	4.3	10	85	2	61	29	0	0	70	0.88
24329354--24329414	29	2.1	30	90	3	97	36	11	11	40	1.77
24329951--24329981	3	10.3	3	100	0	62	32	0	0	67	0.91
24330992--24331067	37	2.0	38	94	2	136	39	11	15	32	1.84
24334367--24334416	25	2.0	25	96	0	91	22	4	38	36	1.73
24340327--24340365	15	2.6	15	84	11	53	84	0	15	0	0.62
24343100--24343141	20	2.1	20	86	0	57	42	16	2	38	1.61
24343152--24343226	20	3.8	20	80	1	71	34	18	6	40	1.77
24343380--24343492	23	5.0	22	74	17	97	34	16	22	26	1.95
24346104--24346378	46	5.8	47	77	11	219	28	18	28	24	1.98
24353767--24354069	47	6.4	47	91	1	428	34	7	30	27	1.85
24367745--24367795	2	25.5	2	83	0	66	7	49	0	43	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24373034--24373197	43	3.8	43	81	8	174	33	25	14	27	1.94
24373031--24373190	86	1.9	85	83	6	207	33	25	14	26	1.94
24373674--24373733	29	2.1	28	84	3	75	31	28	0	40	1.57
24381963--24382084	22	5.3	22	62	21	61	25	29	11	33	1.91
24381935--24382580	47	13.6	47	93	2	942	28	29	9	33	1.88
24381935--24382580	96	6.8	94	92	2	942	28	29	9	33	1.88
24384038--24384157	56	2.1	56	96	0	222	22	22	9	45	1.80
24395760--24395923	24	6.8	24	71	6	109	32	27	14	26	1.94
24395762--24395923	48	3.4	47	71	6	146	32	27	14	25	1.94
24399081--24399119	19	2.0	20	85	5	53	43	7	5	43	1.55

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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