genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.261.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  105315579

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85246696--85246953	138	1.8	143	82	8	341	24	31	18	25	1.98
85251016--85251105	21	4.2	21	94	1	144	16	36	33	13	1.88
85255617--85255725	43	2.5	42	70	16	98	33	22	21	22	1.97
85255650--85255766	43	2.7	43	80	5	137	38	18	18	23	1.93
85273119--85273167	25	2.0	25	87	0	71	34	14	18	32	1.91
85281088--85281158	12	6.4	12	67	26	50	53	0	1	45	1.09
85281095--85281161	21	3.1	21	83	12	82	52	0	1	46	1.09
85283110--85283180	25	2.8	26	70	20	69	71	5	22	0	1.06
85283108--85283189	25	3.3	24	69	14	67	69	6	24	0	1.11
85289949--85289993	17	2.5	18	85	7	56	20	2	0	77	0.87
85289949--85289996	5	10.4	5	76	17	50	18	2	0	79	0.84
85289972--85290001	14	2.1	14	93	0	51	26	0	3	70	1.03
85289958--85289996	19	2.1	18	90	4	60	20	0	0	79	0.73
85299244--85299279	2	18.0	2	94	0	63	50	47	0	2	1.15
85300410--85300449	21	2.0	20	90	5	62	37	0	20	42	1.52
85305886--85305975	20	4.6	18	71	19	65	38	20	28	12	1.88
85313097--85313202	25	4.3	25	74	3	99	34	19	25	19	1.96
85316131--85316205	35	2.1	35	85	4	98	64	6	1	28	1.27
85316262--85316303	7	6.0	7	86	10	59	28	45	0	26	1.54
85316522--85316557	6	6.0	6	100	0	72	33	0	66	0	0.92
85316752--85316855	51	2.0	51	81	3	120	44	2	12	40	1.57
85317763--85317797	3	11.7	3	93	0	61	62	0	0	37	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85319487--85319536	25	2.0	25	100	0	100	28	12	8	52	1.66
85327360--85327529	40	4.2	41	87	3	213	27	26	22	23	2.00
85330266--85330704	47	9.4	47	94	1	740	32	8	29	29	1.88
85330557--85330646	46	2.2	38	73	26	108	31	8	30	30	1.88
85330823--85330901	37	2.1	37	88	4	115	25	18	30	25	1.98
85332767--85332871	43	2.4	45	96	3	196	21	15	35	27	1.94
85333203--85333387	41	4.7	37	80	10	158	23	22	28	24	1.99
85336935--85337376	47	9.4	47	95	0	758	32	8	29	28	1.87
85337495--85337573	37	2.1	37	88	4	115	25	18	30	25	1.98
85345782--85345824	19	2.3	19	83	0	50	25	23	0	51	1.49
85346613--85346782	40	4.2	40	90	1	218	25	25	23	24	2.00
85346573--85346782	80	2.7	80	83	4	248	25	26	23	23	2.00
85351916--85352022	50	2.2	49	96	3	198	61	3	26	8	1.41
85358521--85359124	143	4.1	147	84	10	787	28	6	6	58	1.49
85359162--85359194	17	1.9	17	93	0	57	15	9	0	75	1.03
85359158--85359239	17	4.9	17	70	16	55	20	6	1	71	1.14
85359610--85359643	10	3.5	10	88	4	52	0	29	0	70	0.87
85359706--85359782	3	27.0	3	73	15	65	0	33	0	66	0.92
85359707--85359783	20	4.1	18	80	14	77	0	32	0	67	0.91
85359701--85359786	39	2.1	41	82	8	104	0	31	0	68	0.90
85360253--85360299	25	1.9	24	86	4	67	34	0	0	65	0.93
85360273--85360347	15	4.7	15	71	18	53	41	1	2	54	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85370066--85370091	10	2.6	10	100	0	52	26	0	0	73	0.84
85372225--85372498	46	6.0	46	91	0	388	40	14	24	20	1.90
85372582--85372676	26	3.6	26	75	13	70	38	4	20	36	1.72
85375520--85375548	12	2.5	12	94	5	51	58	0	0	41	0.98
85377493--85377579	43	2.0	43	100	0	174	37	16	13	32	1.88
85380273--85380306	15	2.3	15	94	0	59	35	5	5	52	1.50
85381394--85381444	23	2.2	23	100	0	102	25	19	3	50	1.64
85381450--85381482	17	1.9	17	88	11	50	30	21	0	48	1.50
85382661--85382698	10	3.8	10	83	13	51	68	2	7	21	1.28
85383644--85383685	10	4.3	10	78	6	50	26	0	2	71	0.98
85385285--85385319	18	1.9	18	100	0	70	31	45	5	17	1.71
85387838--85387911	23	3.2	23	88	0	103	18	12	22	45	1.83
85387985--85388039	27	2.0	27	96	0	101	29	1	18	50	1.57
85391817--85392061	27	9.1	27	85	1	195	11	40	19	28	1.85
85391857--85392062	81	2.5	81	84	1	234	11	39	20	28	1.88
85399073--85399361	147	1.9	150	92	3	487	44	4	8	42	1.55
85399072--85399410	147	2.3	146	82	9	445	45	4	9	40	1.56
85402743--85402788	20	2.3	21	82	17	62	32	0	10	56	1.34
85402738--85402794	19	3.1	19	85	12	66	33	0	8	57	1.29
85404505--85404639	60	2.2	60	84	8	168	27	24	18	29	1.98
85405286--85405310	8	3.1	8	100	0	50	0	24	24	52	1.48
85407323--85407365	13	3.5	13	81	18	65	48	16	0	34	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85407321--85407367	23	2.0	23	100	0	94	46	17	0	36	1.48
85407325--85407374	23	2.2	23	92	0	82	52	14	0	34	1.42
85409675--85409736	27	2.3	27	97	2	115	37	9	14	38	1.79
85410152--85410204	27	2.0	27	92	0	88	28	13	32	26	1.93
85412157--85412440	48	5.9	48	77	3	257	27	19	29	24	1.98
85412166--85412439	96	2.8	96	81	2	291	27	19	28	24	1.99
85412156--85412423	144	1.9	144	81	4	335	26	19	29	25	1.98
85418333--85418617	48	6.0	48	79	6	292	26	19	29	24	1.98
85418344--85418568	95	2.4	95	87	3	301	26	19	29	24	1.98
85418347--85418612	143	1.9	143	84	3	356	27	19	28	24	1.99
85420975--85421001	5	5.4	5	100	0	54	81	0	0	18	0.69
85421886--85421952	13	5.6	13	71	20	65	49	11	0	38	1.40
85421883--85421950	23	3.0	23	93	4	111	48	13	0	38	1.42
85450806--85450861	15	3.5	15	69	21	51	35	26	1	35	1.67
85450796--85450870	33	2.3	34	90	4	118	38	22	2	36	1.69
85452671--85452741	29	2.4	29	81	11	74	23	16	4	54	1.59
85455944--85456074	35	3.6	35	76	9	127	32	9	23	34	1.88
85463109--85463443	47	7.1	47	87	0	357	32	10	29	27	1.90
85463109--85463443	94	3.6	94	86	0	438	32	10	29	27	1.90
85463157--85463230	23	3.2	23	62	24	55	28	10	29	31	1.91
85463109--85463443	141	2.4	141	81	5	397	32	10	29	27	1.90
85463414--85463504	46	2.0	46	86	4	130	35	5	31	27	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85467269--85467434	35	4.6	35	81	7	179	29	10	24	34	1.90
85467269--85467439	75	2.4	75	82	5	201	29	11	23	35	1.90
85471162--85471345	73	2.5	73	90	0	271	26	24	26	22	2.00
85472517--85472568	25	2.1	25	89	3	79	38	23	23	15	1.92
85477050--85477106	24	2.4	24	80	13	64	42	1	1	54	1.21
85479833--85479865	3	11.0	3	100	0	66	66	0	0	33	0.92
85483678--85483714	15	2.4	16	86	9	58	62	0	13	24	1.31
85501057--85501141	45	1.9	44	92	2	143	37	22	14	25	1.92
85508030--85508116	23	3.6	24	81	12	90	28	25	21	24	1.99
85519250--85519293	22	2.0	22	82	13	54	29	0	4	65	1.12
85519249--85519288	19	2.2	19	86	8	57	30	0	2	67	1.04
85519382--85519467	42	2.0	42	95	0	154	39	8	16	36	1.78
85521614--85521686	18	4.1	18	77	13	78	31	20	17	30	1.96
85521952--85521997	22	2.1	22	87	0	65	26	23	15	34	1.94
85521964--85522011	22	2.2	22	84	0	60	31	25	14	29	1.95
85522041--85522074	14	2.4	14	90	0	50	26	35	23	14	1.94
85523440--85523474	11	3.0	11	84	15	52	37	0	2	60	1.12
85528237--85528262	7	3.7	7	100	0	52	30	0	26	42	1.56
85535614--85535639	10	2.6	10	100	0	52	65	0	0	34	0.93
85549611--85549635	3	8.3	3	100	0	50	68	0	0	32	0.90
85549972--85550028	27	2.1	27	87	12	82	40	0	10	49	1.37
85556442--85556484	16	2.7	15	82	13	50	69	6	11	11	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85556638--85556718	25	3.0	25	75	16	72	67	4	3	23	1.26
85556532--85557329	156	5.2	153	90	4	1205	59	7	5	27	1.47
85556896--85557128	49	4.6	49	65	13	132	59	8	3	28	1.44
85556532--85557329	306	2.6	307	91	4	1266	59	7	5	27	1.47
85557206--85557240	11	3.3	11	88	8	54	60	8	0	31	1.27
85563663--85563698	18	1.9	19	94	5	65	0	30	0	69	0.89
85566787--85566956	87	1.9	88	87	1	252	34	13	8	42	1.75
85567380--85567415	16	2.3	16	90	4	56	55	0	25	19	1.43
85569704--85569729	6	4.3	6	100	0	52	15	0	0	84	0.62
85570363--85570427	21	3.1	20	72	10	58	10	30	33	24	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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