genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.210.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  105315579

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68206250--68206322	36	2.0	36	100	0	146	35	5	8	50	1.55
68227264--68227487	40	5.6	40	81	10	237	24	26	22	26	2.00
68227264--68227488	79	2.8	78	81	7	265	24	26	22	26	2.00
68232684--68232852	46	3.7	44	81	10	162	26	18	31	23	1.97
68232969--68233061	45	2.1	45	100	0	186	35	10	22	31	1.89
68240039--68240156	46	2.6	42	79	13	112	27	20	26	25	1.99
68249085--68249126	21	2.0	20	86	4	57	26	23	38	11	1.90
68250161--68250381	47	4.7	48	83	10	253	23	30	18	27	1.98
68250161--68250381	94	2.3	93	86	6	295	23	30	18	27	1.98
68252981--68253022	14	3.0	14	80	13	50	47	0	0	52	1.00
68253051--68253095	20	2.4	19	89	10	74	51	0	0	48	1.00
68253056--68253094	20	2.0	20	100	0	78	51	0	0	48	1.00
68258429--68258479	25	2.0	25	96	0	93	45	11	19	23	1.83
68276333--68276462	64	2.0	64	92	2	217	37	22	13	26	1.91
68278439--68278502	21	3.0	22	75	9	78	37	23	18	20	1.94
68278803--68278975	78	2.3	76	78	11	185	36	18	1	43	1.58
68280500--68280565	25	2.5	26	82	4	71	33	24	22	19	1.97
68283374--68283858	37	13.3	36	73	13	307	39	16	19	25	1.92
68283403--68283833	72	5.9	72	79	8	417	37	15	21	25	1.92
68283374--68283836	110	4.2	109	79	7	329	38	15	20	25	1.92
68290622--68291288	140	4.9	130	79	7	522	30	22	20	26	1.98
68290735--68291302	140	4.1	140	82	2	658	30	22	20	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68292040--68292077	20	1.9	20	84	10	51	44	0	21	34	1.52
68292889--68292944	24	2.3	24	79	11	62	14	25	19	41	1.89
68294785--68294991	53	3.8	54	76	5	222	20	25	17	36	1.94
68301754--68301960	53	3.8	54	77	3	220	19	24	19	36	1.95
68312245--68312287	22	1.9	23	85	4	61	58	11	6	23	1.57
68315482--68315605	35	3.6	34	81	4	131	30	8	17	42	1.80
68315442--68315623	70	2.6	71	76	2	168	29	11	17	41	1.85
68317440--68317485	20	2.2	21	80	3	58	52	10	2	34	1.49
68317870--68317942	36	2.0	36	97	0	137	47	27	9	15	1.76
68321466--68321512	22	2.1	22	85	14	62	31	0	23	44	1.54
68321501--68321539	21	1.9	20	84	5	51	56	2	0	41	1.13
68321573--68321802	125	1.8	123	86	5	302	34	2	18	44	1.62
68321758--68321798	22	1.9	21	90	5	64	39	0	17	43	1.49
68321607--68321838	125	1.9	123	92	3	394	35	1	16	45	1.58
68321866--68322434	126	4.5	126	91	0	852	36	17	17	27	1.93
68326006--68326040	18	1.9	18	88	0	52	34	11	28	25	1.91
68326100--68326161	30	2.1	30	84	6	81	9	17	41	30	1.82
68326658--68326683	7	3.7	7	100	0	52	57	15	0	26	1.38
68327827--68327888	11	5.8	10	79	9	61	45	0	27	27	1.54
68329362--68329410	18	2.5	20	69	30	52	53	6	0	40	1.26
68329369--68329405	16	2.2	18	90	9	60	59	5	0	35	1.20
68335872--68335902	13	2.4	13	94	0	53	45	0	12	41	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68337292--68337501	105	2.0	105	95	1	377	36	21	8	33	1.84
68342949--68342987	21	1.9	20	84	5	51	48	0	7	43	1.31
68343887--68343955	23	2.9	24	80	4	86	21	21	20	36	1.95
68343887--68343940	24	2.3	24	83	3	74	18	24	20	37	1.94
68347166--68347195	14	2.1	15	93	6	53	86	0	13	0	0.57
68350190--68350585	197	2.0	197	99	0	783	38	20	13	27	1.90
68353930--68354014	40	2.1	40	84	4	109	32	17	14	35	1.90
68371670--68371781	56	2.0	56	94	0	197	33	22	12	31	1.91
68373561--68373610	25	2.0	25	100	0	100	48	4	16	32	1.64
68383055--68383119	27	2.4	27	97	0	121	26	20	20	33	1.96
68388448--68388604	68	2.3	68	83	3	192	42	18	14	25	1.88
68395453--68395788	47	7.1	47	88	2	429	31	10	30	27	1.90
68395551--68395672	23	5.2	23	65	21	83	30	9	31	28	1.89
68395671--68395745	22	3.3	22	67	17	62	32	12	30	25	1.92
68395536--68395845	94	3.3	93	81	9	314	31	10	31	26	1.90
68395762--68395852	46	2.0	46	82	4	112	31	6	34	27	1.83
68408408--68408478	23	3.1	23	79	0	70	25	22	18	33	1.96
68408418--68408516	23	4.3	23	76	1	83	27	20	19	33	1.96
68408418--68408517	46	2.2	46	85	1	130	27	21	19	33	1.97
68408439--68408537	46	2.2	46	83	7	121	28	21	18	32	1.96
68408451--68408537	24	3.8	24	73	17	85	27	21	17	33	1.96
68420916--68421000	29	3.0	28	87	3	93	23	15	34	27	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68420933--68421000	28	2.4	29	92	2	111	25	14	32	27	1.95
68421678--68421703	11	2.4	11	100	0	52	26	0	19	53	1.45
68422576--68422617	22	1.9	21	81	18	50	26	0	26	47	1.52
68431239--68431298	21	2.9	21	82	0	75	33	23	30	13	1.93
68433866--68433957	38	2.4	38	83	7	107	55	6	2	35	1.38
68438438--68438571	66	2.0	66	94	0	232	32	23	17	26	1.97
68438552--68438609	30	1.9	30	85	0	80	24	32	27	15	1.95
68440337--68440369	13	2.6	13	95	4	59	39	6	0	54	1.25
68442052--68442301	124	2.0	124	92	1	412	40	18	22	18	1.91
68443626--68443652	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
68443729--68443766	17	2.3	17	86	4	51	13	2	15	68	1.32
68461583--68461653	37	1.9	36	91	2	115	26	29	19	23	1.98
68461800--68462091	100	3.0	99	93	2	482	31	25	7	36	1.83
68461800--68462091	48	5.9	48	90	4	440	31	25	7	36	1.83
68462484--68462524	20	2.0	20	85	4	55	43	4	2	48	1.37
68465369--68465423	25	2.2	25	90	6	85	27	27	12	32	1.93
68465585--68465866	40	7.1	40	90	0	411	26	28	21	22	1.99
68467333--68467613	48	5.9	48	95	2	505	31	26	6	35	1.82
68470898--68470952	25	2.2	25	87	6	76	27	29	12	30	1.93
68471114--68471395	40	7.1	40	91	0	429	26	28	22	22	1.99
68472650--68472720	37	1.9	36	91	2	115	26	29	19	23	1.98
68472866--68473200	98	3.5	96	93	2	564	31	25	6	35	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68472866--68473200	48	6.9	48	93	2	564	31	25	6	35	1.82
68472866--68473200	146	2.3	146	96	0	618	31	25	6	35	1.82
68476938--68477164	46	5.0	46	90	2	323	22	23	14	39	1.91
68476938--68477164	91	2.5	91	88	1	319	22	23	14	39	1.91
68485243--68485288	23	2.0	22	84	12	58	50	10	2	36	1.50
68500021--68500059	3	13.0	3	100	0	78	33	0	0	66	0.92
68500411--68500445	17	2.1	17	94	0	61	37	2	11	48	1.54
68500650--68500709	28	2.1	29	84	6	77	55	3	0	41	1.16
68509048--68509271	79	2.8	78	83	6	263	25	26	23	25	2.00
68509048--68509271	40	5.7	40	85	6	262	25	26	23	25	2.00
68511357--68511561	102	2.0	102	96	1	376	41	5	18	34	1.75
68511865--68511948	22	3.7	22	83	10	91	25	22	16	35	1.95
68511833--68511930	23	4.3	23	81	11	121	22	23	19	34	1.96
68516008--68516275	46	5.8	46	75	15	248	21	21	28	28	1.99
68516054--68516221	47	3.6	47	76	14	195	21	22	28	27	1.99
68516004--68516263	93	2.8	93	94	0	441	21	21	28	27	1.99
68522248--68522331	23	3.7	23	69	15	66	23	19	20	36	1.95
68536865--68536932	26	2.6	26	95	0	118	25	23	27	23	2.00
68540477--68540584	15	7.2	15	69	12	87	25	23	7	43	1.79
68540467--68540590	30	4.1	30	95	1	212	25	25	6	42	1.78
68545371--68545575	27	7.6	27	86	3	259	30	27	15	26	1.96
68553574--68553753	27	6.6	27	82	5	191	30	27	15	27	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68553595--68553774	83	2.3	76	83	9	218	28	27	15	27	1.96
68553595--68553774	27	6.9	23	77	15	101	28	27	15	27	1.96
68553710--68553774	22	2.7	22	88	11	85	29	27	16	26	1.97
68556757--68556880	30	4.1	30	93	1	203	25	24	6	43	1.78
68556767--68556874	15	7.2	15	67	12	78	25	22	7	44	1.79
68557529--68557587	27	2.1	28	90	3	93	37	1	0	61	1.07
68557548--68557621	22	3.5	22	76	10	73	37	0	1	60	1.05
68558141--68558199	28	2.1	28	81	6	66	52	3	1	42	1.28
68563630--68563666	19	1.9	19	88	0	56	51	2	8	37	1.46
68563874--68563907	13	2.5	14	90	4	52	29	20	5	44	1.75

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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