genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.232.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  105315579

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76036512--76036621	44	2.5	45	86	1	159	20	18	18	43	1.88
76036601--76036625	6	4.2	6	100	0	50	16	16	16	52	1.76
76036789--76036990	18	11.3	18	77	5	167	39	10	11	38	1.77
76036804--76036990	71	2.6	72	77	6	182	39	11	12	36	1.80
76036837--76036991	53	2.9	54	81	6	172	40	12	10	36	1.78
76036790--76036959	89	1.9	89	81	3	207	38	11	12	37	1.79
76037007--76037083	18	4.3	18	85	1	93	35	10	15	38	1.82
76041551--76041589	15	2.6	15	100	0	78	12	23	7	56	1.62
76044951--76045151	53	3.7	53	78	3	177	20	23	16	38	1.93
76047207--76047387	96	1.9	96	89	2	283	19	28	23	27	1.99
76048554--76048751	48	4.1	48	84	2	236	28	26	18	26	1.98
76052941--76052998	28	2.1	28	90	0	89	37	15	15	31	1.89
76060698--76060776	37	2.1	37	88	4	115	25	30	18	25	1.98
76060895--76061477	47	12.4	47	96	0	1013	29	29	8	32	1.87
76066309--76066422	48	2.4	48	86	2	160	35	14	21	28	1.93
76066309--76066441	48	2.8	46	82	4	149	34	15	23	27	1.94
76083911--76084008	30	3.3	30	75	4	99	27	25	16	30	1.96
76089106--76089308	40	5.1	40	91	3	304	24	23	27	24	2.00
76089102--76089322	119	1.9	119	86	5	322	26	22	26	24	2.00
76097088--76097290	40	5.1	40	90	3	295	24	22	28	25	1.99
76097084--76097304	119	1.9	119	84	5	304	26	21	27	25	1.99
76108730--76108798	26	2.6	26	90	2	102	34	24	13	27	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76108725--76108848	27	4.6	27	81	1	115	40	18	13	27	1.88
76108839--76108953	27	4.3	26	78	12	99	17	15	21	45	1.85
76108839--76108953	54	2.1	54	84	6	144	17	15	21	45	1.85
76110635--76110663	5	5.8	5	100	0	58	41	0	0	58	0.98
76113765--76113821	21	2.7	21	91	0	96	28	22	33	15	1.95
76120716--76120768	26	2.0	26	100	0	106	39	18	7	33	1.79
76138538--76138582	18	2.3	19	81	14	56	46	4	0	48	1.22
76140356--76140389	16	2.1	16	100	0	68	26	26	23	23	2.00
76150786--76150839	28	2.0	28	88	3	83	50	3	3	42	1.38
76155695--76155895	108	1.8	110	85	4	282	23	24	17	33	1.96
76155693--76155903	55	3.9	53	76	7	201	23	24	17	34	1.96
76157312--76157360	21	2.4	21	86	3	64	38	0	22	38	1.54
76157914--76158004	23	4.0	23	94	0	146	14	24	24	37	1.92
76157796--76157954	74	2.1	76	77	9	166	22	25	17	35	1.95
76162881--76163097	46	4.6	47	82	12	234	28	16	30	24	1.97
76162927--76163097	94	1.8	94	96	0	315	28	15	31	24	1.96
76165001--76165185	40	4.7	39	84	4	228	25	27	23	23	2.00
76167344--76167390	13	3.6	13	94	0	85	23	27	34	14	1.94
76175652--76175963	46	6.7	46	72	13	176	28	18	29	23	1.98
76175834--76175961	47	2.7	47	81	8	129	28	19	29	22	1.98
76175692--76175955	140	1.9	140	83	6	347	29	18	29	23	1.98
76181437--76181530	28	3.4	28	80	0	107	25	14	32	26	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76186724--76186809	45	1.9	45	95	0	154	37	24	12	25	1.91
76187668--76187773	42	2.5	42	80	8	119	24	17	25	32	1.97
76190891--76191254	49	7.6	47	90	4	541	28	29	8	34	1.86
76194560--76194588	7	4.3	7	91	8	51	86	0	0	13	0.58
76194560--76194588	13	2.2	13	100	0	58	86	0	0	13	0.58
76202486--76202516	14	2.2	14	94	0	53	58	12	16	12	1.64
76206861--76207004	29	5.0	29	85	1	175	27	14	28	29	1.95
76214242--76214372	27	4.9	27	86	0	172	42	19	13	24	1.87
76218477--76218613	48	2.9	48	86	2	177	29	24	18	28	1.98
76219023--76219070	24	2.0	24	95	0	87	29	8	22	39	1.83
76223237--76223707	235	2.0	235	94	0	825	28	14	26	29	1.95
76226608--76226754	43	3.5	42	79	5	161	26	15	25	32	1.95
76230275--76230459	94	2.0	94	100	0	370	34	10	12	42	1.77
76232676--76232774	37	2.7	37	96	0	180	24	32	19	24	1.97
76232897--76233022	48	2.7	47	86	2	119	30	31	6	30	1.83
76232919--76233029	48	2.3	48	92	0	186	29	28	5	36	1.80
76240808--76240865	29	2.0	29	100	0	116	37	10	10	41	1.73
76255402--76255439	20	1.9	19	89	5	58	63	0	13	23	1.30
76256557--76256597	13	3.2	13	89	0	64	17	31	29	21	1.96
76264504--76264722	40	5.5	40	88	3	309	25	27	23	23	2.00
76264504--76264722	81	2.7	80	89	4	291	25	27	23	23	2.00
76270766--76270874	42	2.6	42	85	7	141	33	24	16	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76270766--76270878	43	2.6	44	84	8	153	33	24	15	25	1.95
76271324--76271357	8	4.1	8	96	3	59	61	23	0	14	1.33
76278377--76278591	118	1.8	119	84	7	294	26	26	21	25	1.99
76278375--76278598	40	5.7	40	84	7	278	25	27	21	24	1.99
76279724--76279895	56	3.1	55	93	6	305	22	22	9	45	1.81
76284055--76284504	47	9.6	47	94	0	774	29	29	8	32	1.86
76289774--76289996	40	5.7	40	85	7	287	25	27	22	24	2.00
76289774--76289996	78	2.8	80	85	7	287	25	27	22	24	2.00
76291123--76291298	56	3.1	56	99	0	343	22	22	9	45	1.80
76297062--76297183	43	2.9	42	73	16	124	30	26	18	25	1.98
76302230--76302303	34	2.2	33	90	2	112	27	22	21	28	1.99
76303866--76303930	27	2.4	27	86	0	85	26	13	20	40	1.89
76303880--76304061	54	3.4	54	82	6	199	28	10	22	39	1.87
76303909--76304048	27	5.2	27	89	0	208	30	8	22	38	1.84
76309872--76310032	43	3.7	42	76	12	148	29	24	21	24	1.99
76309869--76310033	86	1.9	85	85	6	226	30	24	21	24	1.99
76312343--76312499	43	3.7	43	79	9	169	31	25	18	24	1.98
76312343--76312502	86	1.9	85	83	11	211	31	25	18	24	1.98
76315185--76315482	49	6.2	49	71	12	165	24	27	19	28	1.98
76318666--76318836	43	4.0	43	73	10	143	23	17	27	31	1.97
76325539--76325758	49	4.5	49	75	11	200	22	30	20	27	1.98
76325539--76325761	98	2.3	98	86	4	299	22	30	20	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76330198--76330241	18	2.4	18	81	7	54	52	13	13	20	1.74
76330402--76330482	27	3.0	26	85	5	90	35	22	23	18	1.95
76330695--76330776	27	3.1	26	84	5	92	39	20	20	19	1.93
76331002--76331331	27	12.2	27	86	4	425	26	19	17	36	1.94
76331337--76331401	27	2.4	27	78	0	67	32	9	27	30	1.88
76331314--76331549	81	2.9	80	79	7	235	30	9	21	38	1.85
76331370--76331594	81	2.8	82	83	4	260	29	9	21	39	1.84
76331351--76331602	27	9.3	27	83	2	222	29	9	21	39	1.84
76331408--76331612	54	3.8	54	84	5	254	31	8	20	39	1.83
76334276--76334323	25	2.0	24	84	8	62	70	0	16	12	1.16
76335045--76335079	2	17.5	2	93	0	52	48	5	0	45	1.26
76335839--76336016	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
76339882--76340059	27	6.6	27	82	6	180	29	28	15	26	1.96
76360247--76360417	46	3.7	46	78	12	190	28	28	20	22	1.99
76360252--76360422	93	1.8	93	91	5	283	28	28	21	22	1.99
76363236--76363286	16	3.2	16	81	10	68	49	13	21	15	1.79
76363475--76363597	29	4.3	28	74	10	115	27	13	32	26	1.94
76363468--76363595	57	2.2	57	77	8	134	27	13	32	26	1.93
76365600--76365785	100	1.9	100	95	0	336	25	18	26	28	1.98
76365605--76365792	49	3.8	49	81	5	234	26	18	26	28	1.98
76368333--76368388	22	2.5	22	88	0	85	12	33	28	25	1.92
76369239--76369276	19	2.0	19	100	0	76	26	21	0	52	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76376780--76376868	33	2.7	33	80	0	97	41	15	23	19	1.89
76379222--76379258	3	12.3	3	100	0	74	67	0	0	32	0.91
76383847--76383951	47	2.2	47	94	0	183	28	30	6	34	1.83
76397805--76397845	15	2.8	15	82	13	50	17	9	4	68	1.35
76405812--76406007	55	3.6	53	77	10	173	22	25	16	35	1.95
76408656--76408828	93	1.9	93	87	0	256	28	30	19	21	1.98
76410528--76410598	22	3.2	22	71	11	72	30	2	21	45	1.66
76410536--76410600	23	2.9	22	68	19	53	30	4	20	44	1.71
76410528--76410624	45	2.2	45	84	3	124	31	7	19	41	1.79
76413255--76413376	22	5.3	22	62	21	61	24	29	11	34	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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