genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.202.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  105315579

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  202  of  325  ( 38900 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65564176--65564213	20	2.0	20	94	5	69	47	0	2	50	1.15
65564512--65564541	15	2.0	15	100	0	60	26	0	20	53	1.46
65577250--65577301	25	2.1	25	82	7	61	48	0	7	44	1.31
65579042--65579137	28	3.4	28	76	9	97	39	19	25	15	1.91
65579064--65579138	28	2.7	28	87	0	105	40	20	21	18	1.92
65579170--65579202	17	1.9	17	100	0	66	36	18	33	12	1.88
65579097--65579231	46	3.0	45	80	6	159	42	20	23	12	1.86
65579186--65579254	28	2.4	29	85	2	95	40	21	26	11	1.87
65579041--65579399	146	2.5	144	82	4	416	38	20	26	15	1.91
65579272--65579375	45	2.3	44	83	3	127	34	17	30	17	1.93
65579336--65579418	28	3.0	28	85	0	112	36	20	27	15	1.93
65580402--65580446	18	2.5	19	85	7	58	33	0	2	64	1.06
65588172--65588311	41	3.4	40	82	5	165	39	20	21	18	1.93
65589507--65589536	14	2.1	14	93	0	51	43	40	3	13	1.60
65589604--65589650	14	3.4	14	96	0	85	25	34	0	40	1.56
65593892--65593990	43	2.3	43	84	3	119	24	17	29	29	1.97
65595305--65595414	12	8.0	12	66	28	51	14	21	22	40	1.90
65595223--65595427	28	7.2	29	83	4	213	13	19	22	44	1.85
65595248--65595387	57	2.5	57	81	3	176	14	19	22	44	1.86
65602774--65602811	19	2.0	20	89	5	60	42	28	0	28	1.56
65606217--65606244	7	4.0	7	100	0	56	71	28	0	0	0.86
65607146--65607277	40	3.4	39	80	7	142	26	18	23	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65609529--65609693	89	1.9	89	93	0	285	37	8	23	30	1.84
65609470--65610534	529	2.0	532	99	0	2091	37	12	16	33	1.87
65610717--65610792	29	2.7	29	91	2	118	14	21	21	43	1.87
65611170--65611198	8	3.6	8	100	0	58	37	27	10	24	1.88
65614892--65614919	14	2.0	14	100	0	56	42	0	0	57	0.99
65615508--65615545	4	9.5	4	94	0	67	26	26	0	47	1.52
65615503--65615545	12	3.5	12	93	3	59	27	27	0	44	1.55
65617962--65618064	35	2.9	35	83	0	125	15	12	30	41	1.84
65618724--65618756	15	2.3	14	94	5	57	57	0	24	18	1.40
65619020--65619053	17	2.1	16	88	5	50	29	14	29	26	1.95
65620745--65621013	48	5.6	48	85	1	324	20	28	21	28	1.98
65621345--65621402	30	1.9	31	89	3	91	32	20	5	41	1.75
65625195--65625245	26	2.0	26	96	0	93	11	23	35	29	1.90
65625117--65625382	103	2.6	103	93	0	451	18	20	30	30	1.96
65631457--65637346	607	9.7	608	94	2	10289	33	23	17	25	1.96
65635091--65635125	17	2.1	17	100	0	70	22	28	14	34	1.93
65636132--65636160	14	2.1	14	100	0	58	27	34	24	13	1.93
65638552--65638818	103	2.6	105	90	4	423	18	19	31	30	1.96
65644581--65644865	96	3.0	97	81	6	296	24	27	18	29	1.98
65644580--65644853	144	1.9	144	81	3	327	22	27	20	29	1.98
65644580--65644865	48	6.0	48	73	6	204	24	27	19	29	1.98
65652691--65652749	23	2.5	23	80	2	73	35	18	20	25	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65655904--65655997	39	2.4	38	84	5	118	13	9	39	37	1.78
65666195--65666240	18	2.8	18	84	15	64	0	30	41	28	1.56
65672648--65672705	28	2.0	29	90	9	93	15	39	22	22	1.91
65673383--65673473	44	2.1	44	100	0	182	48	13	10	27	1.75
65681431--65681564	50	2.7	50	92	0	223	20	28	21	29	1.98
65681533--65681703	46	3.7	47	83	10	196	24	32	18	24	1.97
65681543--65681756	93	2.3	92	81	7	240	25	30	17	26	1.97
65681861--65682246	192	2.0	192	95	0	691	32	15	13	38	1.86
65685164--65685285	58	2.1	59	98	1	237	27	21	12	38	1.89
65698492--65698601	26	4.2	26	97	0	184	33	5	24	36	1.79
65709911--65709938	14	2.0	14	100	0	56	35	14	14	35	1.86
65710630--65710702	38	1.9	38	97	0	137	20	20	19	39	1.92
65712983--65713331	175	2.0	175	93	1	603	32	20	8	38	1.83
65713704--65713907	61	3.4	61	85	3	256	32	20	14	32	1.93
65715297--65715347	23	2.2	23	100	0	102	39	15	23	21	1.92
65725191--65725242	21	2.5	21	93	0	86	42	7	23	26	1.81
65731923--65731952	9	3.4	9	95	4	53	50	13	10	26	1.73
65735014--65735074	20	3.0	20	65	9	52	21	21	16	40	1.91
65736894--65736923	13	2.3	13	100	0	60	40	46	6	6	1.56
65746299--65746399	39	2.6	39	85	0	139	37	21	25	14	1.92
65748479--65749028	275	2.0	275	99	0	1082	35	12	22	30	1.91
65751657--65751715	30	2.0	30	82	0	73	33	15	23	27	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65752052--65752318	47	5.7	46	75	15	171	28	20	28	22	1.99
65752050--65752271	46	4.7	46	79	10	218	28	20	28	22	1.98
65752052--65752317	94	2.8	94	79	13	257	28	20	28	22	1.99
65752055--65752318	140	1.9	140	81	8	322	28	20	28	22	1.98
65752099--65752320	47	4.7	48	79	9	178	27	21	28	22	1.99
65753480--65753531	21	2.5	21	100	0	104	9	30	32	26	1.89
65757747--65757921	46	3.8	45	80	5	197	28	19	29	23	1.98
65758798--65758854	30	1.9	30	85	0	78	45	7	21	26	1.77
65759276--65759451	46	3.8	46	79	12	207	21	21	28	28	1.98
65759273--65759444	93	1.8	93	94	0	308	21	21	29	27	1.99
65763593--65763687	38	2.5	39	89	1	147	50	0	3	46	1.17
65764056--65764089	15	2.3	15	89	0	50	17	41	5	35	1.74
65764622--65764663	14	2.8	15	82	10	50	45	0	0	54	0.99
65764624--65764686	29	2.1	30	91	2	101	44	0	1	53	1.10
65767839--65768079	43	5.6	43	73	2	169	19	15	24	40	1.90
65768690--65768714	13	1.9	13	100	0	50	52	16	16	16	1.76
65770896--65771080	79	2.3	81	84	7	236	24	22	27	25	2.00
65770897--65771080	40	4.6	40	83	9	216	24	22	27	25	2.00
65770897--65771113	79	2.7	79	81	7	201	25	22	27	24	2.00
65778757--65778941	79	2.3	81	84	7	236	24	22	27	25	2.00
65778758--65778941	40	4.6	40	83	9	216	24	22	27	25	2.00
65778758--65778974	79	2.7	79	81	7	201	25	22	27	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65784855--65784879	2	12.5	2	100	0	50	0	0	48	52	1.00
65785321--65785388	29	2.3	29	87	5	93	27	30	22	19	1.97
65785337--65785394	29	2.0	29	93	0	98	27	31	25	15	1.96
65789546--65789735	95	2.0	95	98	0	371	37	12	16	33	1.86
65798816--65798862	21	2.2	21	85	14	62	2	19	2	76	0.99
65798816--65798874	21	2.8	21	82	12	59	3	22	1	72	1.08
65801884--65801933	17	2.9	18	80	14	52	24	6	2	68	1.23
65803773--65803820	25	1.9	25	91	0	78	31	22	16	29	1.96
65819471--65819521	6	8.2	6	83	12	59	21	0	0	78	0.75
65819471--65819519	13	3.8	13	76	13	57	20	0	0	79	0.73
65819685--65819728	21	2.1	21	95	0	79	54	20	0	25	1.45
65823228--65823391	74	2.2	74	81	2	195	52	13	6	27	1.65
65823570--65823641	33	2.2	33	92	0	117	30	12	40	16	1.86
65825726--65825877	44	3.4	43	67	16	112	50	10	0	38	1.42
65825709--65826076	91	4.0	90	82	13	430	52	13	0	34	1.43
65825790--65825993	104	2.0	99	89	4	273	52	13	0	33	1.41
65825661--65826125	195	2.4	187	87	5	641	52	13	0	32	1.47
65825860--65826218	91	3.9	93	75	8	320	54	14	0	30	1.42
65831261--65831314	5	11.0	5	86	9	76	62	0	0	37	0.95
65831261--65831322	18	3.3	18	88	6	79	61	1	0	37	1.06
65831262--65831322	23	2.7	23	82	10	88	62	1	0	36	1.05
65831262--65831328	20	2.9	23	76	20	68	61	1	0	37	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65832266--65832303	17	2.2	17	86	9	51	42	2	2	52	1.29
65834527--65834585	29	2.0	29	100	0	118	44	6	11	37	1.68
65839697--65839947	35	7.2	35	80	8	251	31	22	14	31	1.94
65839708--65839947	105	2.3	105	94	0	408	31	22	15	30	1.95
65841878--65841946	23	3.2	23	60	19	58	43	20	8	27	1.81
65841882--65841947	19	3.3	19	65	19	53	40	22	9	27	1.84
65841871--65841953	41	2.0	41	100	0	166	38	22	9	28	1.86
65842975--65843000	13	2.0	13	100	0	52	46	23	7	23	1.78
65844951--65845215	35	7.6	35	81	6	268	34	22	13	29	1.92
65844937--65845207	105	2.6	105	90	0	434	34	22	13	29	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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