genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.199.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  105315579

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   

This is table  199  of  325  ( 38900 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64525855--64526032	79	2.2	80	82	3	200	25	21	28	24	1.99
64533674--64533897	40	5.7	40	82	6	233	25	21	27	25	1.99
64533727--64533897	79	2.2	79	84	2	227	25	21	28	25	1.99
64533753--64533930	79	2.2	80	82	3	200	25	21	28	24	1.99
64542919--64543091	46	3.7	46	79	10	208	21	20	27	29	1.98
64542916--64543086	93	1.8	93	93	0	297	21	21	28	28	1.98
64550476--64550648	46	3.7	46	79	10	208	21	20	27	29	1.98
64550473--64550643	93	1.8	93	93	0	297	21	21	28	28	1.98
64550872--64550909	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
64557108--64557158	26	2.0	26	96	0	93	11	23	35	29	1.90
64557030--64557295	103	2.6	103	93	0	460	18	20	30	30	1.96
64559307--64559348	22	1.9	22	90	0	66	76	2	0	21	0.90
64559307--64559348	6	7.3	6	78	10	52	76	2	0	21	0.90
64561839--64561876	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
64562105--64562272	46	3.6	45	77	7	185	29	28	20	22	1.98
64562106--64562276	93	1.8	93	93	0	297	29	28	20	21	1.98
64564238--64564285	25	1.9	25	91	8	80	50	4	6	39	1.47
64564229--64564288	25	2.5	24	84	12	79	48	3	8	40	1.50
64564299--64564324	12	2.2	12	100	0	52	50	0	0	50	1.00
64564598--64564658	28	2.2	28	96	0	113	34	19	6	39	1.78
64577950--64578184	48	4.9	48	82	4	258	26	27	17	28	1.98
64577950--64578185	96	2.4	97	85	2	305	26	27	17	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64586312--64586367	26	2.2	26	96	0	103	41	0	17	41	1.50
64586731--64586759	14	2.0	15	93	6	51	31	0	0	68	0.89
64588225--64588263	11	3.5	11	83	13	53	69	0	5	25	1.09
64588251--64588297	16	2.9	16	87	3	58	63	2	6	27	1.30
64588292--64588369	36	2.2	37	84	9	99	62	1	1	34	1.11
64588352--64588383	16	1.9	17	93	6	57	68	0	0	31	0.90
64588211--64588413	10	22.2	9	67	17	73	66	1	3	28	1.16
64588365--64588513	10	15.3	10	68	20	75	67	2	3	26	1.17
64588303--64588388	36	2.4	35	81	11	95	68	1	1	29	1.04
64588312--64588455	46	3.1	46	74	15	122	66	1	1	30	1.08
64588751--64588789	20	1.9	21	89	5	62	28	0	2	69	1.02
64588847--64588896	20	2.5	21	80	9	59	42	6	0	52	1.26
64588940--64589012	24	3.1	22	75	13	65	30	4	0	65	1.11
64588965--64589022	26	2.2	26	78	6	64	31	5	1	62	1.27
64588991--64589064	38	1.9	38	84	10	98	32	4	1	62	1.22
64588896--64589109	9	23.6	9	65	16	59	30	4	1	63	1.24
64590557--64590701	50	2.9	50	83	4	161	28	18	25	27	1.98
64590469--64590702	48	5.0	48	76	9	194	27	17	26	28	1.98
64593481--64593951	47	9.7	47	88	7	665	30	8	29	30	1.87
64593597--64593639	16	2.7	16	92	7	70	37	0	23	39	1.55
64593550--64593686	63	2.2	63	97	2	258	33	5	26	34	1.80
64593482--64593777	157	1.9	156	97	0	565	32	8	28	31	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64593651--64593729	25	3.3	25	64	10	74	32	5	27	34	1.79
64593503--64593732	110	2.1	111	96	2	437	33	6	27	32	1.83
64593791--64593869	25	3.3	25	64	10	74	30	5	31	32	1.79
64594069--64594147	37	2.1	37	88	0	113	24	17	31	26	1.97
64595513--64595597	44	2.0	43	84	11	111	25	16	27	30	1.97
64595508--64595613	43	2.4	44	77	16	121	24	17	28	29	1.98
64597970--64598051	32	2.6	30	84	11	94	41	3	6	48	1.45
64599484--64599536	21	2.5	21	84	0	70	15	18	26	39	1.90
64612078--64612114	11	3.4	11	88	0	56	18	2	0	78	0.87
64622370--64622547	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
64622371--64622526	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
64622367--64622547	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
64630521--64630690	27	6.4	27	80	9	170	27	15	27	29	1.96
64630518--64630673	80	2.0	78	82	8	190	27	16	27	28	1.97
64642235--64642375	27	5.2	27	88	7	180	16	25	23	34	1.95
64650104--64650169	27	2.4	27	85	5	80	16	21	25	36	1.94
64651785--64651902	47	2.5	46	80	4	119	31	27	15	26	1.96
64657822--64657855	14	2.5	14	95	4	61	52	23	0	23	1.47
64661321--64661471	39	3.9	39	94	0	257	23	23	27	25	2.00
64663713--64663813	28	3.6	28	78	2	121	17	16	34	30	1.93
64663711--64663840	57	2.2	57	89	5	190	18	15	35	30	1.92
64666700--64666922	40	5.6	39	80	7	216	25	21	27	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64666780--64666957	79	2.2	80	81	3	191	25	21	28	24	1.99
64675734--64675906	46	3.7	46	72	13	156	20	19	28	31	1.97
64675731--64675900	93	1.8	93	89	0	268	20	18	30	30	1.97
64692071--64692099	5	5.8	5	100	0	58	41	17	20	20	1.90
64694689--64694911	40	5.6	40	84	7	242	23	22	27	25	2.00
64694728--64694911	79	2.3	79	84	3	237	23	22	27	26	2.00
64694732--64694934	79	2.6	78	77	10	216	24	22	27	26	2.00
64706557--64706585	11	2.6	11	100	0	58	17	6	0	75	1.01
64714384--64714607	50	4.6	49	77	9	199	29	18	26	25	1.98
64720722--64720986	48	5.4	47	77	6	217	31	19	25	23	1.98
64723131--64723233	18	5.4	18	69	17	64	12	24	25	37	1.90
64723133--64723244	39	2.9	39	90	5	190	12	24	24	39	1.89
64725826--64725905	26	3.0	26	73	8	72	45	20	16	18	1.86
64726070--64726241	27	6.4	27	82	0	209	27	18	18	35	1.94
64726238--64726492	27	9.5	26	76	11	142	29	13	20	35	1.92
64726223--64726491	54	5.0	54	78	6	235	29	13	21	35	1.92
64726223--64726491	81	3.3	78	76	10	229	29	13	21	35	1.92
64727665--64727694	12	2.4	13	88	11	53	76	0	16	6	0.99
64730117--64730225	28	3.9	28	78	9	116	25	14	33	26	1.95
64730136--64730225	27	3.2	27	75	10	83	26	15	33	24	1.95
64737473--64737688	39	5.5	39	90	1	308	28	26	23	21	1.99
64745700--64745755	28	2.0	28	89	0	85	33	25	26	14	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64745919--64745978	27	2.2	27	84	0	75	40	18	21	20	1.92
64746119--64746296	27	6.6	27	84	0	239	25	19	19	35	1.95
64746161--64746315	54	2.9	54	81	3	134	27	18	18	35	1.95
64746323--64746779	27	17.0	27	79	6	304	32	11	20	35	1.89
64746311--64746778	54	8.7	54	81	3	442	32	12	20	35	1.89
64746317--64746778	81	5.7	80	79	4	412	32	12	20	34	1.90
64746998--64747035	19	2.0	20	90	10	62	26	50	13	10	1.73
64751834--64752020	88	2.1	88	95	0	338	27	25	16	31	1.96
64752438--64752470	16	2.0	17	88	5	50	36	12	9	42	1.74
64760920--64760955	17	2.1	18	89	5	56	47	5	5	41	1.50
64768050--64768093	19	2.3	19	84	0	52	9	36	0	54	1.32
64772538--64772605	30	2.3	30	84	5	84	47	5	19	27	1.72
64775027--64775346	46	7.0	46	94	0	507	37	15	24	22	1.93
64776685--64776801	29	4.0	29	84	0	144	28	29	13	28	1.94
64777028--64777067	16	2.5	16	88	8	55	10	17	20	52	1.72
64779983--64780016	18	1.9	18	88	5	52	35	14	11	38	1.83
64781074--64781160	29	3.0	29	87	0	111	29	29	12	27	1.93
64781078--64781196	29	4.1	29	85	1	105	28	29	12	29	1.93
64781073--64781184	58	1.9	58	81	0	134	27	29	13	29	1.94
64782552--64782620	31	2.2	31	86	0	93	20	30	36	13	1.90
64785325--64785475	73	2.1	73	91	0	239	29	15	9	45	1.78
64786905--64786978	36	2.1	36	94	0	130	31	13	13	41	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64791010--64791069	19	3.0	20	85	4	77	36	11	10	41	1.75
64805476--64805653	27	6.6	27	83	3	178	30	27	15	26	1.96
64805497--64805652	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
64816222--64816273	27	1.9	27	96	0	95	28	32	25	13	1.93
64816084--64816349	104	2.6	104	92	3	446	30	30	21	18	1.97
64816676--64816739	30	2.2	29	81	10	76	29	28	6	35	1.82
64816683--64816739	30	1.9	30	85	3	80	29	24	7	38	1.82
64821341--64821409	30	2.3	29	83	14	79	40	1	2	55	1.24
64823538--64823755	46	4.7	47	89	1	289	39	14	23	21	1.91
64823541--64823755	93	2.3	92	87	2	288	40	14	23	20	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325