genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.46.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  105315579

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13804200--13804353	38	4.0	38	66	17	86	56	0	1	40	1.15
13804333--13804382	21	2.5	20	83	6	73	64	2	2	32	1.16
13804448--13804514	20	3.2	20	75	24	68	53	1	0	44	1.09
13804237--13804543	137	2.3	136	80	9	333	56	2	2	38	1.24
13804457--13804579	22	5.6	21	75	18	101	57	1	0	40	1.08
13804475--13804590	33	3.4	34	85	10	155	58	1	0	39	1.08
13804548--13804621	23	3.2	23	76	0	76	52	2	0	44	1.15
13804536--13804631	48	2.1	49	80	9	112	55	3	0	41	1.16
13805852--13805894	14	3.0	14	80	12	52	53	4	6	34	1.49
13805860--13805894	15	2.4	14	90	4	52	57	5	5	31	1.46
13811092--13811160	32	2.2	32	86	0	93	56	7	4	31	1.46
13811099--13811163	32	2.0	32	90	0	103	52	6	4	36	1.47
13811183--13811230	10	4.7	10	76	2	51	62	0	4	33	1.14
13813111--13813160	20	2.5	20	100	0	100	26	16	14	44	1.85
13813178--13813229	20	2.5	20	90	3	86	48	11	15	25	1.78
13822224--13822320	51	1.9	51	89	0	149	38	6	12	43	1.67
13823295--13823338	23	1.9	23	90	0	70	38	25	2	34	1.68
13823230--13823423	104	1.9	104	88	0	298	34	19	9	37	1.84
13824970--13825026	21	2.6	22	84	10	64	43	17	3	35	1.66
13824983--13825026	23	2.0	21	91	8	70	40	18	4	36	1.71
13825006--13825094	17	4.9	19	89	6	125	37	15	10	37	1.82
13827296--13827403	25	4.4	24	78	6	92	17	27	21	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13827601--13827661	25	2.4	25	86	0	77	22	26	18	32	1.97
13830723--13830755	15	2.2	15	100	0	66	24	12	21	42	1.86
13831572--13831678	55	1.9	55	90	0	169	40	9	11	39	1.73
13832148--13832186	20	2.0	20	85	10	53	48	5	15	30	1.66
13833143--13833252	38	2.9	38	90	1	177	36	29	22	11	1.90
13838167--13838223	28	2.0	28	93	0	96	33	15	12	38	1.85
13841623--13841739	58	2.0	58	96	3	218	35	34	7	22	1.83
13848910--13849014	27	3.9	27	90	7	160	34	22	24	18	1.96
13850610--13850691	26	3.2	26	98	0	155	35	25	7	31	1.84
13851035--13851063	13	2.3	13	94	5	51	27	0	31	41	1.56
13858818--13858932	27	4.3	26	82	7	124	35	22	22	19	1.96
13861608--13861683	38	2.0	38	100	0	152	34	5	21	39	1.76
13864538--13864564	11	2.5	11	100	0	54	37	11	14	37	1.82
13871311--13871405	29	3.4	27	85	7	102	38	22	24	14	1.91
13873028--13873127	26	3.9	26	96	2	168	37	25	6	32	1.80
13873112--13873145	17	2.0	17	100	0	68	35	29	5	29	1.81
13877132--13877226	29	3.5	26	83	12	118	38	22	23	15	1.92
13877132--13877248	27	4.2	28	82	7	125	37	22	22	17	1.94
13878864--13878973	26	4.2	26	95	2	177	36	24	4	34	1.76
13883374--13883512	40	3.5	40	80	8	113	47	7	23	21	1.75
13883479--13883551	24	3.0	24	88	4	103	52	6	23	17	1.69
13892050--13892217	82	2.0	85	86	5	236	35	16	17	30	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13892648--13892791	49	2.9	49	82	4	191	27	27	19	25	1.99
13892651--13892791	51	2.8	49	81	4	176	28	27	19	24	1.99
13895846--13895923	38	2.0	39	97	2	149	34	15	10	39	1.81
13895987--13896103	57	2.1	57	96	0	216	25	23	12	37	1.91
13898074--13898213	49	2.8	49	82	4	183	26	27	20	25	1.99
13901261--13901339	39	2.0	39	100	0	158	34	15	10	40	1.81
13901403--13901519	57	2.1	57	96	0	216	25	23	12	37	1.91
13903488--13903627	49	2.8	49	82	4	183	26	27	20	25	1.99
13906709--13906746	19	2.0	19	85	10	51	44	0	2	52	1.14
13908290--13908317	14	2.0	14	100	0	56	21	14	14	50	1.78
13910029--13910090	26	2.4	26	89	5	90	38	9	8	43	1.67
13913045--13913086	21	2.0	21	85	0	57	40	19	19	21	1.92
13916638--13916675	17	2.2	17	86	9	51	55	7	2	34	1.43
13923795--13923828	14	2.4	14	90	0	50	44	8	8	38	1.67
13924614--13924707	47	2.0	47	97	0	179	27	15	17	39	1.90
13926004--13926145	69	2.1	69	95	0	257	35	7	15	42	1.74
13926004--13926164	69	2.3	69	91	3	234	33	7	14	44	1.74
13928970--13929040	33	2.2	33	82	5	81	28	18	16	36	1.93
13928896--13929080	103	1.8	101	84	2	253	28	20	16	34	1.94
13928987--13929061	33	2.2	34	81	9	82	29	21	12	37	1.89
13932023--13932051	12	2.4	12	100	0	58	6	31	20	41	1.79
13932991--13933183	103	1.9	101	81	4	235	30	23	15	31	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13933068--13933158	33	2.8	32	75	5	92	30	21	12	35	1.90
13934785--13934816	15	2.1	15	94	0	55	15	6	9	68	1.36
13943530--13943589	17	3.5	17	74	21	63	65	0	1	33	1.03
13944072--13944178	18	5.9	18	86	6	146	35	14	12	38	1.83
13944072--13944178	35	3.0	35	94	4	178	35	14	12	38	1.83
13945640--13945756	46	2.5	46	94	0	198	29	19	26	24	1.99
13945634--13945805	46	3.8	45	84	7	197	28	20	28	22	1.99
13945640--13946038	46	8.5	49	73	11	189	26	20	28	24	1.99
13948631--13948680	15	3.2	15	72	10	55	44	0	10	46	1.37
13948614--13948680	32	2.1	32	100	0	134	43	0	8	47	1.34
13955299--13955338	18	2.2	18	86	0	53	47	20	10	22	1.79
13955384--13955464	17	4.8	17	70	4	56	45	14	8	30	1.75
13956133--13956175	18	2.4	18	80	0	50	44	11	6	37	1.68
13956574--13956671	32	3.1	30	77	15	92	50	12	3	34	1.55
13957853--13957919	32	2.1	31	83	2	80	38	5	1	53	1.34
13979924--13979985	25	2.5	25	84	7	81	27	24	20	27	1.99
13980036--13980102	20	3.3	20	91	0	116	31	19	11	37	1.88
13980036--13980091	11	5.5	11	71	16	57	30	19	12	37	1.89
13988029--13988087	26	2.4	25	82	5	75	28	23	25	22	1.99
13988029--13988097	25	2.8	24	80	6	84	26	24	23	26	2.00
13988148--13988222	20	3.8	20	89	3	109	37	18	10	33	1.86
13988148--13988203	11	5.5	11	71	16	57	33	19	12	33	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13991397--13991692	39	7.5	39	92	1	441	19	21	28	30	1.98
13995191--13995368	27	6.6	27	77	6	137	30	28	15	25	1.96
13995191--13995368	54	3.3	54	78	7	164	30	28	15	25	1.96
14003165--14003342	27	6.6	27	77	6	137	29	26	16	26	1.97
14011153--14011325	27	6.6	27	74	10	117	30	27	16	26	1.97
14011153--14011325	52	3.3	54	73	11	153	30	27	16	26	1.97
14014694--14014729	17	2.1	18	89	5	56	11	41	33	13	1.80
14020238--14020283	18	2.6	17	83	10	56	26	54	15	4	1.59
14021050--14021110	19	3.2	19	72	19	54	54	0	4	40	1.22
14021061--14021121	20	3.1	19	77	15	70	52	0	6	40	1.27
14021047--14021142	39	2.4	39	81	10	106	52	0	5	42	1.24
14021224--14021261	19	2.1	19	85	5	51	36	13	2	47	1.56
14021525--14021571	20	2.3	21	85	10	71	25	4	6	63	1.36
14021523--14021568	19	2.4	20	85	10	69	26	4	4	65	1.30
14021969--14022055	26	3.2	26	84	11	88	37	0	1	60	1.04
14024782--14024830	25	2.0	25	100	0	98	30	12	32	24	1.92
14025794--14025848	16	3.4	16	94	0	92	30	27	7	34	1.84
14030989--14031032	15	2.8	16	82	6	54	20	22	22	34	1.97
14031112--14031277	50	3.3	50	83	4	210	30	12	18	39	1.86
14038154--14038319	50	3.3	50	83	4	210	30	13	18	37	1.89
14039279--14039323	22	2.0	22	91	4	72	42	15	4	37	1.67
14039314--14039373	17	3.3	18	88	6	95	36	15	10	38	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14039732--14039998	45	5.9	45	76	9	249	26	28	15	30	1.96
14039725--14039998	89	3.0	90	82	6	288	25	28	15	30	1.96
14039938--14040153	78	2.8	79	85	2	294	25	23	18	31	1.98
14050218--14050252	17	2.0	18	88	5	54	71	0	0	28	0.86
14050536--14050609	19	3.9	19	92	3	132	36	16	9	37	1.81
14050529--14050609	37	2.2	38	89	8	132	37	16	8	38	1.79
14054434--14054503	26	2.7	27	84	6	99	22	20	27	30	1.98
14054553--14054619	20	3.3	20	91	4	109	32	19	11	35	1.88
14054553--14054608	11	5.5	11	75	16	66	32	19	12	35	1.89
14061755--14061842	36	2.4	36	76	10	99	27	25	18	29	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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