genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.66.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  105315579

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20440576--20440623	20	2.4	18	78	18	51	33	0	18	47	1.49
20440959--20441042	26	3.2	25	90	6	123	34	4	23	36	1.76
20442661--20442773	27	4.2	27	80	3	111	15	24	22	37	1.93
20445833--20445898	3	21.7	3	78	3	51	42	0	1	56	1.08
20445834--20445898	6	10.7	6	86	1	76	43	0	1	55	1.09
20447282--20447377	27	3.4	27	80	12	106	17	6	35	40	1.75
20450815--20450864	25	2.0	25	96	0	91	42	12	14	32	1.82
20454739--20454782	21	2.2	20	91	4	70	52	0	2	45	1.13
20454855--20454900	19	2.3	20	92	3	76	47	21	10	19	1.80
20459713--20459788	26	2.9	25	90	3	107	35	13	6	44	1.69
20466357--20466387	16	1.9	16	93	0	53	48	19	22	9	1.78
20466604--20466703	28	3.6	28	83	0	119	23	12	36	29	1.90
20470992--20471025	16	2.1	16	94	0	59	44	29	20	5	1.75
20471516--20471597	26	3.2	26	96	0	146	32	6	24	36	1.80
20474251--20474314	28	2.3	28	91	0	101	23	17	32	26	1.96
20474264--20474331	28	2.4	28	87	0	91	29	16	27	26	1.97
20478856--20478930	35	2.1	35	100	0	150	30	22	20	26	1.98
20485091--20485183	47	2.0	47	97	0	177	31	20	12	35	1.90
20485089--20485202	47	2.5	45	88	6	176	31	21	12	34	1.91
20492415--20492446	15	2.0	17	88	11	50	43	31	0	25	1.55
20497730--20497801	37	1.9	37	97	0	135	22	33	20	23	1.97
20497935--20498040	48	2.2	48	89	0	158	33	24	6	34	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20506143--20506174	14	2.4	13	90	10	55	62	12	6	18	1.50
20507137--20507223	45	1.9	45	95	0	156	25	10	27	36	1.88
20510644--20510673	6	5.2	6	92	8	53	83	0	16	0	0.65
20510644--20510673	11	2.6	11	94	5	51	83	0	16	0	0.65
20520001--20520029	13	2.1	14	93	6	51	31	6	20	41	1.79
20530446--20530479	17	2.0	17	94	0	59	50	17	8	23	1.74
20530898--20530930	17	1.9	18	88	11	52	51	0	3	45	1.16
20545845--20546058	39	5.4	39	87	3	284	31	4	20	43	1.72
20545847--20546051	81	2.6	78	92	2	320	32	4	19	43	1.72
20547387--20547510	7	17.4	7	70	9	54	23	2	26	47	1.64
20547455--20547508	22	2.5	20	80	11	63	20	3	29	46	1.68
20547536--20547590	21	2.5	22	79	2	67	20	0	20	60	1.37
20547984--20548030	21	2.2	21	88	7	69	21	4	25	48	1.68
20548021--20548081	28	2.2	28	87	0	86	18	1	31	49	1.57
20548028--20548083	28	2.0	28	96	0	103	17	1	28	51	1.56
20551144--20551217	37	2.0	37	100	0	148	24	13	24	37	1.91
20554648--20554747	24	4.2	24	92	0	155	34	1	39	26	1.63
20555709--20555739	16	2.0	15	93	6	53	51	12	19	16	1.76
20556727--20556820	6	15.3	6	72	16	77	47	13	18	20	1.82
20556727--20556820	19	5.1	18	73	16	77	47	13	18	20	1.82
20556736--20556820	25	3.4	25	85	4	111	48	12	18	20	1.81
20557051--20557102	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20557338--20557775	27	16.2	27	85	0	536	41	6	21	30	1.79
20557770--20557900	27	4.8	26	83	3	145	30	8	21	39	1.83
20557737--20557926	54	3.5	54	74	7	163	32	8	21	38	1.83
20559410--20559485	32	2.4	32	82	6	84	38	1	14	46	1.53
20559476--20559538	32	2.0	32	93	0	108	31	3	23	41	1.70
20560580--20560654	17	4.4	17	70	8	53	28	9	17	45	1.79
20560582--20560690	52	2.1	51	87	1	155	28	10	17	44	1.81
20560617--20560690	17	4.3	17	68	10	51	29	12	16	41	1.84
20561150--20561182	16	2.1	16	100	0	66	36	0	33	30	1.58
20564107--20564150	20	2.2	20	88	4	63	15	13	9	61	1.56
20566841--20567335	255	1.9	255	98	0	954	27	15	21	35	1.94
20578222--20578608	50	7.7	50	76	3	283	24	16	27	31	1.96
20578265--20578608	151	2.3	151	88	2	503	24	17	27	30	1.97
20578374--20578559	101	1.8	101	82	2	239	24	18	26	29	1.98
20579171--20579525	180	2.0	180	87	2	507	38	9	20	32	1.84
20579683--20579755	36	2.0	36	97	0	137	16	30	8	45	1.76
20596744--20596795	24	2.2	24	82	0	59	51	9	3	34	1.53
20607672--20607752	39	2.1	39	95	0	144	25	30	23	19	1.98
20609739--20609764	9	2.9	9	100	0	52	11	0	0	88	0.52
20610870--20610967	6	18.2	5	78	14	74	74	2	4	19	1.08
20610868--20610934	17	3.9	17	79	11	73	71	4	2	20	1.17
20610916--20610965	21	2.4	21	90	3	75	78	0	6	16	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20610871--20610967	26	3.6	25	77	15	88	74	2	4	19	1.09
20620168--20620382	40	5.3	40	88	3	297	23	23	26	26	2.00
20620172--20620382	83	2.6	80	88	5	293	23	23	27	25	2.00
20627682--20627711	15	2.0	15	100	0	60	20	26	13	40	1.89
20629789--20629924	50	2.7	51	88	3	206	28	30	16	24	1.97
20632977--20633131	43	3.6	42	81	6	170	30	25	18	25	1.98
20634233--20634257	13	1.9	13	100	0	50	48	20	0	32	1.50
20635088--20635161	17	4.4	17	72	6	60	29	9	17	43	1.81
20635090--20635197	51	2.1	51	82	3	128	31	9	17	41	1.81
20648574--20648689	58	2.0	57	82	9	139	26	31	14	27	1.95
20648602--20648689	29	3.0	29	89	0	140	28	30	13	27	1.94
20652977--20653111	29	4.8	29	80	7	145	25	30	14	28	1.95
20654471--20654506	16	2.2	17	90	5	56	11	5	30	52	1.59
20656214--20656297	43	2.0	42	81	11	100	27	27	17	27	1.98
20656287--20656311	13	1.9	13	100	0	50	56	24	4	16	1.57
20659616--20659823	53	3.9	54	80	6	215	22	23	16	37	1.94
20659968--20660054	44	2.0	44	84	4	113	26	25	11	36	1.90
20660584--20660641	30	1.9	30	92	3	98	32	24	8	34	1.86
20668893--20668918	13	2.0	13	100	0	52	23	38	23	15	1.92
20674290--20674368	24	3.3	25	83	3	92	20	15	30	34	1.93
20678474--20678662	9	20.6	9	82	4	225	34	3	19	42	1.67
20681706--20681770	34	1.9	34	87	6	96	44	32	0	23	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20690217--20690375	43	3.7	43	76	15	143	32	26	15	26	1.95
20691309--20691360	20	2.6	20	90	0	77	40	11	1	46	1.51
20692877--20692965	39	2.3	39	88	0	133	43	19	6	30	1.76
20692877--20692975	39	2.5	38	85	3	117	43	19	7	30	1.77
20698239--20698270	3	10.7	3	93	0	55	37	0	0	62	0.95
20703973--20704028	26	2.2	26	93	0	94	33	7	23	35	1.82
20711842--20711866	10	2.5	10	100	0	50	48	8	12	32	1.69
20711862--20711969	26	4.2	25	90	7	171	32	7	23	37	1.82
20711862--20711969	52	2.1	52	94	0	189	32	7	23	37	1.82
20715288--20715370	31	2.7	31	92	3	143	28	25	16	28	1.97
20715583--20715634	25	2.1	25	82	3	61	30	15	19	34	1.93
20715590--20715659	25	2.8	25	82	0	77	25	20	25	28	1.99
20716468--20716532	27	2.4	27	81	0	76	21	23	20	35	1.96
20716576--20716772	27	7.2	28	71	8	104	32	9	17	40	1.82
20716674--20716812	27	5.1	27	70	9	95	29	11	21	37	1.89
20716794--20716844	26	2.0	26	88	7	77	39	11	23	25	1.89
20716804--20716867	26	2.4	26	86	2	83	39	7	26	26	1.83
20719278--20719354	25	3.1	25	84	1	66	25	20	19	33	1.96
20719291--20719354	25	2.6	25	89	0	92	23	23	23	29	1.99
20720257--20720354	27	3.6	27	82	10	117	33	9	17	39	1.81
20720345--20720476	27	4.9	27	79	5	142	29	9	20	40	1.85
20720465--20720515	26	2.0	26	88	7	77	39	11	23	25	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20720475--20720538	26	2.4	26	86	2	83	40	9	25	25	1.85
20731850--20731939	29	3.2	29	64	17	80	28	12	27	31	1.93
20731835--20731947	56	2.0	56	100	0	226	26	14	26	32	1.94
20731840--20731927	27	3.2	27	62	23	65	26	14	23	35	1.94
20732204--20732246	16	2.7	16	85	0	59	53	16	20	9	1.70
20732266--20732303	19	2.0	19	89	0	58	15	18	36	28	1.92
20732423--20732569	28	5.1	29	81	8	160	27	12	31	27	1.93
20740759--20740823	22	3.0	21	78	13	69	33	23	23	20	1.97
20741262--20741611	27	13.0	27	78	4	231	30	8	19	41	1.81
20741264--20741611	54	6.4	54	78	4	281	30	8	19	41	1.81

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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