genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.184.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  105315579

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59763175--59763219	8	5.6	8	94	0	81	24	0	13	62	1.31
59763169--59763219	24	2.1	24	88	0	75	29	0	11	58	1.33
59763198--59763246	14	3.4	14	80	5	53	22	6	4	67	1.30
59763221--59763245	7	3.6	7	100	0	50	24	12	0	64	1.27
59763859--59763903	21	2.1	21	84	8	56	57	24	0	17	1.40
59763873--59763924	21	2.5	21	87	0	68	51	26	0	21	1.47
59764209--59764287	40	2.0	40	97	0	149	24	24	22	29	1.99
59766017--59766055	19	2.1	19	100	0	78	43	0	25	30	1.55
59768487--59768569	41	2.0	41	100	0	166	49	14	2	33	1.56
59772240--59772275	7	5.1	7	100	0	72	27	0	41	30	1.56
59772797--59772885	25	3.5	25	77	11	108	50	5	11	32	1.61
59778284--59778422	69	2.0	69	88	2	208	38	17	19	23	1.93
59778705--59778743	18	2.2	18	86	9	53	61	0	7	30	1.24
59783147--59783182	18	2.0	18	94	0	63	30	0	0	69	0.89
59786504--59786555	20	2.5	20	87	3	77	25	13	11	50	1.75
59792474--59792560	43	2.0	43	100	0	174	34	9	16	40	1.80
59798886--59798992	43	2.5	41	79	11	110	29	26	20	23	1.99
59802272--59802454	40	4.6	40	84	5	219	25	19	28	26	1.99
59805658--59805766	27	4.1	27	83	5	132	36	21	23	18	1.95
59805658--59805766	54	2.0	53	91	1	173	36	21	23	18	1.95
59807177--59807251	24	3.1	24	88	0	114	25	41	2	30	1.69
59811433--59811535	43	2.4	43	96	0	188	24	26	23	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59813602--59813772	93	1.8	93	85	0	243	23	20	26	29	1.99
59822393--59822848	47	9.6	47	91	2	714	33	8	30	28	1.87
59822393--59822848	96	4.8	96	94	1	785	33	8	30	28	1.87
59822393--59822848	143	3.2	141	91	3	723	33	8	30	28	1.87
59825492--59825664	46	3.8	45	75	15	165	23	19	27	29	1.98
59825487--59825657	93	1.8	93	89	2	272	22	20	27	29	1.99
59832490--59832522	16	1.9	18	88	11	52	51	18	12	18	1.76
59833101--59833207	43	2.5	43	93	1	187	24	28	23	23	1.99
59840565--59840705	49	2.9	49	91	2	223	36	7	28	27	1.85
59842308--59842495	79	2.4	80	90	1	290	19	21	31	26	1.97
59842308--59842495	40	4.8	40	91	3	283	19	21	31	26	1.97
59842503--59842611	57	1.9	57	90	0	173	23	22	27	26	1.99
59842522--59842608	28	3.1	28	72	9	95	22	22	26	27	2.00
59845659--59845801	49	3.0	49	92	2	236	34	8	29	27	1.86
59852609--59852676	19	3.7	18	69	20	59	45	11	22	20	1.83
59852592--59852672	37	2.2	37	85	12	105	48	9	20	20	1.78
59852665--59852713	6	8.0	6	82	13	64	46	16	18	18	1.84
59852642--59852710	25	2.8	25	86	4	95	44	13	23	18	1.84
59852831--59852889	27	2.2	26	82	5	73	37	18	23	20	1.94
59852997--59853060	22	2.9	22	80	13	78	34	23	23	18	1.96
59853531--59853596	27	2.4	28	75	7	73	34	25	21	18	1.96
59853574--59853788	81	2.7	81	90	0	331	24	22	19	33	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59853574--59853788	27	8.0	27	87	0	295	24	22	19	33	1.97
59853602--59853825	81	2.8	81	86	2	218	27	19	18	35	1.95
59856424--59856508	44	1.9	44	85	4	118	30	27	18	23	1.98
59864322--59864414	31	3.2	31	66	27	94	21	4	8	65	1.38
59864319--59864430	56	2.0	56	100	0	224	23	5	8	62	1.45
59865276--59865309	15	2.3	15	89	0	50	17	2	2	76	1.04
59877779--59877835	29	2.0	28	80	12	64	35	5	24	35	1.78
59879705--59879778	37	2.0	37	97	0	139	24	22	10	41	1.86
59884472--59884629	26	6.4	26	65	17	70	20	20	20	39	1.93
59894057--59894312	46	5.6	46	80	12	267	27	19	28	24	1.98
59894058--59894311	94	2.8	93	85	5	329	27	18	29	24	1.98
59894056--59894355	136	2.2	139	82	7	353	27	19	28	25	1.99
59900348--59900597	50	5.0	50	81	3	297	26	19	24	29	1.99
59900353--59900534	101	1.8	101	93	0	319	26	20	24	28	1.99
59900795--59900824	16	1.9	15	93	6	51	43	0	23	33	1.54
59907721--59907845	55	2.3	55	84	0	178	27	33	20	19	1.96
59911656--59911807	27	5.6	27	92	3	232	30	28	13	26	1.94
59911656--59911807	55	2.8	55	93	0	259	30	28	13	26	1.94
59921734--59921958	40	5.6	40	86	7	305	23	22	28	24	1.99
59921734--59921958	83	2.8	82	87	6	318	23	22	28	24	1.99
59933577--59933727	76	2.0	76	84	0	194	41	19	13	25	1.87
59941698--59942006	154	2.0	154	92	2	514	30	17	16	35	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59944006--59944188	79	2.3	81	82	9	216	24	27	22	25	2.00
59943986--59944188	40	5.1	40	80	8	218	24	27	22	25	2.00
59945351--59945528	85	2.1	84	98	1	347	26	27	8	37	1.85
59951942--59952088	39	3.8	39	85	7	158	25	27	21	25	1.99
59953300--59953476	85	2.1	83	97	2	336	26	27	7	38	1.84
59958142--59958329	53	3.6	51	77	14	127	24	28	17	29	1.97
59961177--59961273	40	2.5	37	85	9	124	21	16	26	35	1.95
59961174--59961328	37	4.2	38	81	14	157	22	18	27	32	1.97
59969463--59969709	40	6.3	39	87	4	313	23	20	27	28	1.99
59977870--59978076	40	5.2	40	86	2	272	22	19	28	29	1.98
59980240--59980408	40	4.2	40	80	1	176	34	23	16	26	1.95
59980217--59980393	81	2.2	81	82	3	205	33	24	15	25	1.95
59988158--59988330	48	3.7	46	80	9	190	27	27	17	28	1.98
59988158--59988338	94	1.9	94	84	6	242	28	27	16	28	1.97
59994365--59994440	40	1.9	40	88	0	116	30	26	18	25	1.98
59996688--59996907	98	2.3	95	82	6	250	26	20	28	25	1.99
59996739--59996907	49	3.5	47	76	11	155	28	20	26	23	1.99
59997936--59997960	13	1.9	13	100	0	50	24	28	40	8	1.83
60005096--60005325	50	4.6	49	80	8	241	30	26	19	24	1.98
60009336--60009423	27	3.3	26	76	6	86	38	21	20	19	1.93
60009563--60009731	27	6.3	27	85	0	212	24	18	19	36	1.94
60009554--60009748	81	2.4	81	82	2	214	26	18	20	35	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60021035--60021066	8	4.0	8	91	0	55	3	37	34	25	1.72
60021409--60021525	27	4.3	27	82	2	128	27	21	14	36	1.92
60025998--60026043	12	3.7	13	83	13	53	58	0	4	36	1.18
60026008--60026044	14	2.8	14	84	12	51	56	0	5	37	1.22
60027168--60027383	50	4.3	51	82	4	181	27	13	19	39	1.89
60027168--60027383	100	2.2	100	83	3	274	27	13	19	39	1.89
60038320--60038473	46	3.3	46	74	15	154	22	20	28	28	1.98
60043799--60043972	46	3.8	45	81	13	212	20	21	29	28	1.98
60043795--60043964	91	1.9	91	94	0	304	20	21	30	27	1.98
60046976--60047071	27	3.6	27	86	0	129	28	16	28	27	1.97
60046976--60047170	54	3.8	51	80	10	202	26	15	29	29	1.96
60047057--60047093	19	1.9	19	100	0	74	21	16	32	29	1.95
60047029--60047120	46	2.0	46	91	0	148	23	17	30	28	1.97
60047076--60047170	27	3.5	27	92	0	154	25	14	30	29	1.95
60047001--60047147	73	2.0	73	85	2	197	26	15	29	28	1.96
60046976--60047170	100	2.0	100	84	2	257	26	15	29	29	1.96
60054852--60055057	27	7.6	27	85	4	252	26	14	28	30	1.95
60054851--60055057	82	2.5	83	85	3	269	26	14	28	29	1.96
60054852--60055057	55	3.8	55	87	2	272	26	14	28	30	1.95
60056628--60056746	50	2.4	50	81	2	141	31	15	16	36	1.90
60058783--60058887	44	2.4	43	82	6	115	33	25	19	21	1.97
60064335--60064561	51	4.5	51	80	1	170	29	26	17	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60064429--60064571	50	2.8	50	78	9	146	32	26	16	24	1.96
60068823--60068900	29	2.7	30	80	7	99	24	15	33	26	1.95
60070884--60070923	15	2.7	15	88	7	55	57	17	10	15	1.64
60073162--60073356	40	4.9	40	92	0	320	22	27	23	26	2.00
60073136--60073356	80	2.8	80	87	2	322	22	26	23	26	2.00
60077629--60077769	51	2.8	51	81	8	137	29	27	18	24	1.98
60080968--60081055	45	2.0	45	88	0	131	39	22	12	25	1.89
60082405--60082434	2	15.0	2	100	0	60	50	50	0	0	1.00
60085569--60085679	43	2.6	43	83	9	147	30	26	17	26	1.97
60086475--60086520	23	2.0	23	95	0	83	23	17	2	56	1.52

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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