genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.235.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  105315579

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76930784--76930967	40	4.6	40	82	6	196	23	20	27	28	1.99
76930784--76930964	80	2.3	81	83	9	221	23	20	27	27	1.99
76930865--76931014	40	3.8	38	80	10	131	25	22	28	24	1.99
76938626--76938809	40	4.6	40	82	6	196	23	20	27	28	1.99
76938626--76938806	80	2.3	81	83	9	221	23	20	27	27	1.99
76938707--76938856	40	3.8	38	80	10	131	25	22	28	24	1.99
76945821--76945866	23	2.1	21	84	8	56	17	0	8	73	1.07
76946134--76946273	70	2.0	70	98	0	271	36	18	16	28	1.93
76955674--76955719	6	7.7	6	92	0	56	6	10	0	82	0.83
76955674--76955726	18	2.9	18	82	0	61	7	11	0	81	0.88
76964640--76964962	48	6.7	49	82	4	365	27	28	17	26	1.97
76965040--76965090	25	2.0	25	84	0	66	37	19	7	35	1.81
76980361--76980534	46	3.8	45	72	15	149	28	25	21	24	1.99
76988586--76988670	40	2.2	40	84	2	109	30	31	20	17	1.95
76988751--76988866	47	2.5	46	76	5	128	27	28	11	32	1.91
76990278--76990331	25	2.1	26	96	3	101	46	24	0	29	1.53
77003710--77003954	47	5.2	47	91	0	337	33	11	28	26	1.92
77003781--77003855	24	3.2	24	62	24	59	28	13	32	26	1.94
77003758--77003831	23	3.2	23	62	24	55	28	10	29	31	1.91
77003970--77004060	46	2.0	45	82	8	112	35	7	31	25	1.84
77005538--77005850	40	7.8	40	92	0	455	21	23	29	25	1.99
77009691--77009935	47	5.2	47	91	0	337	33	11	28	26	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77009762--77009836	24	3.2	24	62	24	59	28	13	32	26	1.94
77009739--77009812	23	3.2	23	62	24	55	28	10	29	31	1.91
77009951--77010041	46	2.0	45	82	8	112	35	7	31	25	1.84
77011519--77011831	40	7.8	40	92	0	455	21	23	29	25	1.99
77015672--77015916	47	5.2	47	91	0	337	33	11	28	26	1.92
77015743--77015817	24	3.2	24	62	24	59	28	13	32	26	1.94
77015720--77015793	23	3.2	23	62	24	55	28	10	29	31	1.91
77015932--77016022	46	2.0	45	82	8	112	35	7	31	25	1.84
77021205--77021252	21	2.3	21	100	0	96	12	20	35	31	1.90
77025527--77025705	85	2.1	85	98	0	349	37	8	27	26	1.85
77027888--77028096	47	4.4	47	86	4	301	29	11	31	27	1.92
77027888--77028096	98	2.2	94	88	5	303	29	11	31	27	1.92
77028242--77028386	37	3.9	37	93	0	236	25	19	29	25	1.98
77031601--77031785	79	2.3	82	84	7	229	24	27	22	24	2.00
77031583--77031785	40	5.1	40	81	8	227	24	27	22	25	2.00
77032945--77033120	56	3.1	56	97	0	334	22	23	9	44	1.81
77038456--77038494	19	2.1	19	100	0	78	48	15	5	30	1.66
77038950--77038992	22	2.0	22	90	0	68	18	0	44	37	1.50
77042619--77042706	6	14.3	6	75	13	81	48	14	17	19	1.81
77042628--77042706	31	2.5	31	89	0	113	49	13	17	18	1.80
77042824--77042883	27	2.3	26	85	2	75	35	20	23	21	1.96
77042851--77042992	67	2.1	70	86	5	200	30	21	28	18	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77043210--77043566	27	13.2	26	83	5	354	40	6	21	31	1.79
77043221--77043566	54	6.4	54	86	1	460	40	6	21	31	1.79
77043210--77043566	81	4.4	81	85	1	448	40	6	21	31	1.79
77043573--77043712	27	5.2	27	74	7	97	31	10	17	40	1.83
77045847--77045911	34	1.9	34	87	6	96	27	20	24	27	1.99
77050955--77051004	25	2.0	25	84	0	64	34	22	16	28	1.95
77051118--77051237	23	5.1	23	91	4	195	29	21	20	29	1.98
77051117--77051244	24	5.4	23	89	3	184	29	21	21	28	1.98
77051116--77051237	47	2.6	47	96	0	217	29	22	19	28	1.98
77051451--77051514	31	2.1	31	90	0	101	35	15	23	25	1.94
77061769--77061953	79	2.3	80	80	8	207	25	28	21	24	1.99
77061750--77061953	40	5.1	40	80	8	220	25	28	21	25	1.99
77069809--77069993	79	2.3	80	79	8	198	26	27	22	23	1.99
77069790--77069993	40	5.1	40	80	8	220	25	27	22	24	2.00
77073228--77073264	10	3.7	10	92	7	58	37	10	18	32	1.86
77073234--77073284	21	2.4	21	86	0	66	37	11	19	31	1.88
77073544--77073615	25	3.0	24	80	13	76	29	22	22	26	1.99
77078524--77078577	24	2.2	24	84	12	67	29	38	16	14	1.89
77085573--77085626	24	2.2	24	84	12	67	29	38	16	14	1.89
77090045--77090080	10	3.6	10	92	7	56	38	11	16	33	1.84
77090063--77090102	21	1.9	21	89	0	62	37	10	20	32	1.85
77090147--77090195	25	2.0	25	88	4	73	30	22	18	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77095498--77095680	91	2.0	91	97	0	348	34	8	10	46	1.68
77099368--77099399	10	3.2	10	100	0	64	0	40	0	59	0.97
77105722--77106085	48	7.6	47	83	5	269	23	28	20	27	1.99
77105723--77106088	144	2.6	144	80	6	395	23	28	20	27	1.99
77105722--77106095	96	3.9	96	80	5	409	24	28	20	26	1.99
77113545--77114005	48	9.6	48	84	4	529	23	29	19	27	1.98
77121872--77121927	28	2.0	28	100	0	112	17	7	17	57	1.62
77124543--77124590	25	1.9	25	91	0	78	25	18	16	39	1.91
77124655--77124756	23	4.4	22	75	9	80	25	24	14	35	1.94
77126960--77127132	43	4.0	43	75	6	154	28	15	24	30	1.96
77135648--77135700	23	2.3	23	90	0	79	24	26	20	28	1.99
77135701--77135742	17	2.5	17	84	0	57	64	0	0	35	0.94
77138602--77138805	45	4.6	45	88	2	279	25	22	26	26	2.00
77139901--77140018	18	6.6	18	72	11	53	36	17	10	35	1.84
77139963--77140049	36	2.4	36	86	0	120	36	16	13	33	1.88
77139963--77140049	18	4.8	18	79	0	93	36	16	13	33	1.88
77140170--77140284	51	2.2	54	82	4	146	44	20	17	17	1.87
77143074--77143172	40	2.5	37	79	9	90	13	13	37	36	1.83
77145424--77145498	36	2.1	34	85	9	98	33	1	1	64	1.11
77146918--77146951	14	2.3	15	90	10	52	52	0	0	47	1.00
77146922--77146960	18	2.2	17	86	13	53	43	0	0	56	0.99
77147080--77147127	15	3.3	15	76	5	53	62	4	0	33	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77149024--77149070	23	2.0	23	95	0	85	19	17	12	51	1.77
77152291--77152360	21	3.4	21	70	18	74	22	7	22	47	1.76
77152289--77152370	41	2.0	41	100	0	164	24	9	21	43	1.83
77156038--77156148	54	2.1	52	85	6	143	36	14	1	46	1.55
77156453--77156485	15	2.1	16	88	5	50	42	6	0	51	1.26
77160274--77160323	26	2.0	24	88	7	73	64	6	0	30	1.18
77160680--77161328	76	8.6	75	80	3	516	22	21	16	39	1.92
77160680--77161328	152	4.3	152	80	2	626	22	21	16	39	1.92
77160680--77161328	228	2.9	228	81	2	725	22	21	16	39	1.92
77161287--77161367	39	2.2	36	80	6	90	24	24	16	34	1.95
77164076--77164109	17	2.0	17	94	0	59	29	14	11	44	1.81
77165008--77165081	37	2.0	37	100	0	148	35	5	21	37	1.77
77176080--77176155	30	2.5	30	86	0	107	27	26	9	36	1.87
77176140--77176217	30	2.6	30	91	0	138	19	26	11	42	1.85
77177645--77177808	42	4.0	42	78	9	158	29	25	15	29	1.96
77179024--77179097	36	2.1	36	92	0	121	36	20	12	31	1.89
77188225--77188383	29	5.6	29	78	5	135	27	33	13	25	1.94
77188225--77188383	58	2.8	57	80	1	192	27	33	13	25	1.94
77188589--77188631	16	2.7	16	82	7	52	11	20	13	53	1.71
77193859--77194010	29	5.3	29	84	2	182	25	32	13	27	1.94
77193831--77194010	58	3.2	57	81	4	186	25	32	14	27	1.94
77194222--77194264	16	2.7	16	85	0	59	11	20	16	51	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77196320--77196497	27	6.6	27	79	3	115	28	28	16	26	1.97
77196320--77196497	54	3.3	55	80	10	204	28	28	16	26	1.97
77196341--77196496	82	1.9	81	85	3	215	28	28	16	26	1.97
77203053--77203168	43	2.7	43	89	2	171	24	17	23	35	1.95
77210140--77210255	43	2.7	43	86	2	162	23	17	24	35	1.95
77212636--77212670	17	2.0	18	88	5	54	20	28	31	20	1.97
77212886--77213038	27	5.7	27	84	6	202	30	23	7	38	1.83
77212869--77213046	54	3.3	54	84	3	207	32	24	7	35	1.83
77213028--77213103	27	2.8	27	89	0	125	40	23	9	26	1.84
77215846--77215940	40	2.4	40	92	0	154	29	20	15	34	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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