genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.189.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  105315579

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61353738--61353864	45	2.8	45	95	1	220	21	24	29	25	1.99
61359241--61359396	82	1.9	81	84	3	206	27	16	28	28	1.97
61359240--61359393	55	2.9	52	81	7	166	27	16	27	27	1.97
61359241--61359396	27	5.7	27	79	6	154	27	16	28	28	1.97
61359240--61359417	27	6.6	27	78	5	144	26	15	28	28	1.96
61359233--61359417	82	2.3	81	77	2	201	27	15	28	29	1.96
61373703--61373821	55	2.2	54	79	11	127	25	30	23	21	1.99
61374575--61374702	49	2.6	49	80	6	136	23	28	21	27	1.99
61375693--61375725	15	2.1	16	94	5	59	57	0	33	9	1.30
61377674--61377786	44	2.7	41	80	11	129	23	14	25	36	1.93
61377674--61377820	42	3.4	42	74	9	118	25	14	24	34	1.94
61399274--61399361	44	2.0	44	84	4	115	25	15	26	32	1.96
61403683--61403794	27	4.2	26	80	7	125	37	21	23	17	1.94
61404211--61404247	8	4.6	8	89	0	56	2	27	21	48	1.63
61405233--61405305	24	3.0	24	93	0	119	23	39	4	32	1.74
61411571--61411683	27	4.2	26	81	7	127	38	21	23	17	1.94
61411919--61411958	16	2.5	16	91	0	62	37	7	25	30	1.83
61411940--61412033	44	2.1	46	84	7	122	34	6	25	34	1.81
61412205--61412237	17	1.9	17	100	0	66	63	0	0	36	0.95
61412493--61412557	32	2.0	32	90	0	103	18	21	7	52	1.70
61412759--61412785	12	2.2	12	100	0	54	59	33	0	7	1.25
61415812--61415837	13	2.0	13	100	0	52	30	0	61	7	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61415772--61415877	53	2.0	53	87	3	151	43	3	41	11	1.58
61417347--61417420	24	3.1	24	90	0	112	21	40	5	32	1.76
61423141--61423225	44	1.9	44	82	0	107	22	18	28	30	1.97
61431071--61431156	44	1.9	45	95	2	156	22	15	29	33	1.94
61447098--61447125	13	2.2	13	100	0	56	25	32	28	14	1.94
61449552--61449579	8	3.5	8	100	0	56	25	0	39	35	1.56
61449570--61449692	61	2.0	61	92	3	203	21	18	14	45	1.85
61459792--61459853	6	10.2	6	77	10	63	50	14	19	16	1.79
61459804--61459913	31	3.4	31	71	14	94	48	13	18	20	1.81
61459792--61459913	37	3.5	36	71	13	110	50	13	17	19	1.78
61460346--61460486	27	5.2	27	86	0	183	26	20	17	35	1.94
61460349--61460486	54	2.6	54	89	1	206	26	21	16	35	1.94
61462548--61462669	6	19.8	6	68	14	61	50	13	17	19	1.78
61462548--61462648	37	2.7	37	82	0	112	48	12	18	19	1.80
61463107--61463214	27	4.0	27	90	0	162	25	22	18	33	1.97
61463133--61463250	54	2.2	54	81	3	130	30	18	18	32	1.95
61465283--61465385	6	16.8	6	68	11	66	51	11	16	20	1.75
61465276--61465373	31	3.2	30	74	5	90	50	11	17	21	1.77
61465504--61465615	29	3.9	28	71	11	84	33	19	23	24	1.97
61465820--61465960	27	5.2	27	84	3	185	27	19	16	36	1.93
61468880--61468904	5	5.0	5	100	0	50	80	0	0	20	0.72
61477764--61477800	14	2.4	16	86	8	51	40	5	8	45	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61485756--61485929	43	4.0	43	74	12	151	25	16	25	33	1.96
61486909--61487010	6	16.7	6	73	15	75	50	13	16	19	1.78
61486936--61487014	31	2.5	31	85	0	104	50	12	16	20	1.77
61487154--61487217	33	2.0	32	84	3	83	35	17	23	23	1.95
61487452--61487994	27	20.1	27	83	1	608	41	7	20	30	1.80
61488006--61488068	27	2.3	27	77	0	72	31	9	17	41	1.82
61488048--61488197	27	5.6	27	88	0	203	30	8	21	40	1.82
61488075--61488213	27	5.2	26	81	7	104	31	7	21	38	1.82
61490626--61490793	43	4.0	42	87	4	214	28	14	24	32	1.95
61490626--61490787	85	1.9	85	84	5	220	29	15	24	31	1.95
61491222--61491313	33	2.8	33	84	0	112	39	17	20	22	1.93
61514382--61514640	45	5.8	45	85	0	331	25	22	10	41	1.85
61514819--61514865	20	2.4	19	76	13	51	48	19	27	4	1.67
61514951--61514975	13	1.9	13	100	0	50	16	24	40	20	1.91
61531661--61531793	50	2.8	48	73	16	125	27	18	31	22	1.97
61533011--61533180	85	2.0	85	98	0	331	35	15	19	29	1.92
61535520--61535561	15	2.8	16	76	23	54	14	9	16	59	1.60
61540846--61540942	40	2.4	40	80	0	104	31	26	16	24	1.96
61543340--61543388	25	1.9	25	83	4	62	32	16	12	38	1.86
61548104--61548265	47	3.5	47	80	9	170	23	30	19	27	1.98
61548148--61548265	46	2.5	47	87	8	170	22	31	20	26	1.98
61554506--61554682	40	4.4	40	83	4	225	25	27	22	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61558109--61558270	47	3.5	46	80	8	166	25	30	17	25	1.97
61559649--61559687	20	1.9	21	84	5	53	43	0	0	56	0.99
61563845--61563878	17	2.1	15	89	10	50	29	0	64	5	1.17
61569646--61569828	79	2.3	81	83	7	223	24	22	27	25	2.00
61569647--61569830	40	4.6	40	82	9	207	23	22	28	25	1.99
61569699--61569863	79	2.1	79	83	6	201	25	20	27	26	1.99
61571601--61571655	22	2.6	21	76	2	56	23	36	25	14	1.93
61581238--61581500	40	6.6	40	87	3	316	26	28	20	24	1.99
61584719--61584776	29	2.0	29	100	0	116	34	24	10	31	1.89
61589215--61589477	40	6.6	40	87	3	316	26	28	20	24	1.99
61593230--61593320	42	2.2	42	100	0	182	34	20	13	31	1.91
61593468--61593537	25	2.8	25	89	4	97	25	24	25	24	2.00
61599517--61599598	43	1.9	43	87	0	119	12	23	34	30	1.91
61601537--61601605	27	2.6	28	82	13	83	26	23	20	30	1.98
61601549--61601613	27	2.4	27	84	5	87	23	24	16	35	1.95
61601667--61601828	27	5.9	27	73	9	87	33	8	16	41	1.78
61601703--61601880	27	6.5	27	79	3	142	30	7	19	42	1.79
61601731--61601880	81	1.9	81	85	2	212	30	8	20	42	1.80
61601754--61601913	27	5.9	27	75	7	128	30	11	20	38	1.87
61601912--61602109	27	7.3	27	87	4	247	38	7	25	28	1.83
61601912--61602109	81	2.4	81	89	3	283	38	7	25	28	1.83
61602295--61602337	17	2.5	17	96	0	77	11	32	34	20	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61616428--61616469	21	2.0	21	85	4	57	23	14	9	52	1.71
61617668--61617713	24	1.9	24	86	0	65	54	23	8	13	1.66
61624288--61624487	110	1.8	110	95	0	355	22	19	26	32	1.97
61626509--61626766	40	6.5	40	90	2	360	26	28	22	22	1.99
61633892--61634189	40	7.5	40	92	1	449	25	27	23	23	2.00
61637630--61637823	49	3.9	50	77	5	198	26	19	25	28	1.98
61642809--61643039	50	4.6	50	80	3	250	26	18	26	28	1.98
61642812--61643039	101	2.3	99	82	3	260	26	18	26	28	1.98
61650694--61650735	22	1.9	22	85	9	59	52	16	0	30	1.44
61653610--61653661	25	2.0	26	82	10	63	42	3	5	48	1.45
61653721--61653772	26	2.0	26	81	7	61	50	3	0	46	1.20
61655689--61655881	6	31.3	6	69	16	101	50	13	16	19	1.78
61655722--61655791	19	3.7	19	79	11	90	48	15	20	15	1.81
61655703--61655791	37	2.4	37	86	0	124	48	14	19	17	1.81
61655752--61655818	25	2.7	25	85	0	89	49	14	17	17	1.80
61655749--61655846	31	3.2	31	69	5	99	50	15	16	18	1.79
61655724--61655880	62	2.5	62	87	0	224	50	14	16	18	1.77
61655814--61655882	25	2.8	25	81	0	84	53	13	14	18	1.72
61656000--61656059	27	2.3	26	85	2	75	35	20	23	21	1.96
61656386--61656741	27	13.2	27	87	1	473	40	6	22	30	1.79
61656386--61656795	54	7.6	54	83	2	450	39	6	22	32	1.80
61656693--61656866	27	6.5	26	77	5	123	32	7	20	39	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61656386--61656795	108	3.8	108	87	1	507	39	6	22	32	1.80
61656613--61656866	54	4.7	54	79	3	161	35	7	20	37	1.81
61659386--61659424	18	2.2	17	86	4	51	46	7	12	33	1.71
61659830--61660489	37	18.3	37	76	8	540	35	19	16	29	1.93
61659969--61660489	73	7.1	73	76	6	466	34	19	15	29	1.93
61660142--61660490	36	9.4	39	81	5	162	34	19	15	30	1.93
61672494--61672714	40	5.6	40	86	4	297	26	26	22	24	2.00
61675876--61675928	23	2.4	22	76	20	56	9	18	1	69	1.25
61680419--61680647	48	4.9	48	76	7	227	28	24	18	27	1.98
61683901--61684073	49	3.6	49	81	5	174	27	22	27	22	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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