genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.63.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  105315579

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19404757--19404979	40	5.6	39	78	7	189	26	21	27	25	1.99
19410393--19410532	43	3.3	42	77	12	144	37	25	15	22	1.92
19410393--19410514	41	2.9	42	83	8	133	36	24	15	22	1.93
19413971--19414087	25	4.7	25	71	16	82	25	23	23	28	1.99
19417828--19417923	35	2.7	36	78	12	99	70	3	20	5	1.20
19423126--19423257	66	2.0	65	82	10	160	50	15	5	28	1.65
19425138--19425166	15	1.9	15	100	0	58	34	3	6	55	1.44
19434760--19434926	43	3.9	43	82	4	178	28	13	25	32	1.94
19437389--19437430	15	2.9	15	82	3	50	73	14	4	7	1.21
19451998--19452030	17	1.9	17	88	11	50	21	3	0	75	0.93
19457627--19457706	39	2.1	39	95	0	142	36	13	25	25	1.92
19459450--19459496	18	2.8	16	81	15	51	46	2	2	48	1.25
19459627--19459654	4	7.0	4	100	0	56	50	0	0	50	1.00
19468462--19468538	19	4.2	19	90	6	122	37	12	15	33	1.86
19468452--19468537	36	2.4	35	81	14	97	38	12	15	33	1.85
19468468--19468538	36	2.0	36	94	0	124	38	14	14	33	1.86
19473407--19473470	31	2.1	31	90	0	101	25	23	15	35	1.94
19473677--19473780	23	4.4	24	93	3	167	28	21	20	29	1.98
19473829--19473889	20	3.0	20	90	0	104	34	19	9	36	1.85
19475103--19475189	27	3.2	27	70	12	70	21	21	22	33	1.97
19475206--19475292	28	3.1	27	78	15	88	37	10	13	37	1.79
19475294--19475449	27	5.8	27	85	2	197	30	8	19	41	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19475183--19475463	54	5.1	54	75	5	233	32	9	19	39	1.83
19475183--19475490	27	11.3	27	78	4	165	33	9	18	38	1.83
19475267--19475461	81	2.4	82	83	4	261	30	8	20	40	1.83
19475415--19475625	54	3.9	54	84	2	154	39	8	21	30	1.82
19475307--19475490	81	2.3	81	80	3	183	34	8	19	38	1.82
19475442--19475625	27	6.8	27	85	2	217	40	7	23	28	1.82
19475631--19475720	27	3.3	27	85	3	119	32	10	17	40	1.83
19475631--19475735	27	3.9	27	79	9	90	34	9	17	39	1.82
19478219--19478297	9	8.6	9	72	17	56	82	0	15	2	0.78
19478231--19478297	7	9.7	7	77	9	75	82	0	14	2	0.79
19478221--19478297	22	3.5	22	80	8	86	81	0	15	2	0.79
19478221--19478297	29	2.6	29	86	10	95	81	0	15	2	0.79
19478231--19478297	13	4.9	13	79	13	73	82	0	14	2	0.79
19479192--19479363	88	2.0	88	91	0	281	31	18	22	27	1.97
19479192--19479313	44	2.8	44	69	9	113	31	21	22	24	1.98
19479213--19479379	44	3.8	43	69	9	122	32	17	23	26	1.97
19479341--19480082	206	3.6	207	92	1	1188	30	17	21	29	1.96
19480466--19480522	17	3.5	15	84	15	53	38	10	15	35	1.82
19480466--19480523	19	3.2	19	90	9	102	37	10	15	36	1.82
19483046--19483132	8	10.5	8	81	7	84	43	1	0	55	1.07
19483046--19483144	8	11.9	8	78	8	72	44	1	0	54	1.06
19483180--19483226	20	2.3	20	96	0	85	34	21	6	38	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19483578--19483685	15	7.2	15	69	12	78	44	7	21	26	1.78
19483572--19483695	30	4.1	30	91	1	194	43	6	23	26	1.78
19488258--19488365	15	7.2	15	65	12	69	44	6	22	26	1.77
19488252--19488375	30	4.1	30	91	1	194	43	5	24	26	1.76
19495440--19495509	26	2.7	26	77	2	77	51	14	2	31	1.57
19497659--19497729	26	2.7	25	81	14	72	54	1	1	42	1.17
19500630--19500714	38	2.2	38	95	0	152	29	36	10	23	1.88
19501963--19502039	38	2.0	38	97	0	145	20	14	32	32	1.93
19502533--19502617	43	2.0	43	84	9	111	23	16	30	29	1.96
19511030--19511061	14	2.4	14	90	10	50	53	3	0	43	1.16
19517170--19517360	47	4.1	47	90	0	292	27	30	8	32	1.87
19517328--19517393	33	2.0	33	96	0	123	21	31	12	34	1.90
19517281--19517440	80	2.0	80	98	0	311	26	30	10	33	1.89
19517361--19518093	47	15.4	47	95	2	1261	29	28	8	33	1.87
19517361--19518093	96	7.7	94	95	2	1261	29	28	8	33	1.87
19517361--19518072	145	5.0	145	97	1	1296	29	28	8	33	1.87
19541567--19541611	23	1.9	24	86	13	67	28	0	2	68	1.01
19546031--19546115	29	2.9	29	83	0	107	50	7	18	23	1.71
19559204--19559272	33	2.1	33	86	2	95	40	2	17	39	1.64
19561159--19561297	40	3.5	40	74	14	119	30	22	19	28	1.98
19562113--19562150	12	3.0	13	85	14	53	0	26	0	73	0.83
19564974--19565023	21	2.4	21	86	0	64	28	6	16	50	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19567698--19567744	22	2.2	21	84	3	58	36	21	8	34	1.84
19567717--19567767	19	2.9	16	78	18	57	35	17	9	37	1.83
19567715--19567757	19	2.1	21	91	8	72	34	18	9	37	1.83
19568159--19569092	206	4.5	206	91	0	1431	29	21	17	31	1.96
19569063--19569572	44	11.7	43	76	8	352	28	23	16	30	1.97
19569055--19569571	88	5.9	87	75	10	392	28	23	16	31	1.97
19569055--19569410	132	2.7	132	93	0	586	28	24	16	31	1.96
19570424--19570489	7	8.7	7	77	12	60	6	10	0	83	0.81
19570430--19570490	8	7.8	8	75	17	65	4	11	0	83	0.79
19570424--19570489	15	4.3	15	80	14	73	6	10	0	83	0.81
19570430--19570491	9	6.7	9	74	17	56	4	11	0	83	0.78
19570424--19570490	16	4.3	15	80	14	82	5	10	0	83	0.80
19576036--19576079	22	2.0	21	86	4	61	43	20	6	29	1.78
19576063--19576160	19	5.2	19	83	7	128	36	15	9	38	1.79
19576049--19576153	36	2.8	36	82	7	120	37	15	10	37	1.82
19576483--19576551	35	2.0	35	86	8	97	44	18	2	33	1.65
19580021--19580087	29	2.4	28	85	5	98	43	5	23	26	1.77
19580024--19580100	29	2.7	29	83	2	84	42	6	23	27	1.78
19580300--19580368	33	2.1	32	86	2	93	40	2	14	42	1.61
19587031--19587059	13	2.1	14	93	6	51	65	6	0	27	1.18
19589011--19589274	49	5.5	47	73	11	164	23	29	19	28	1.98
19589055--19589225	93	1.8	93	82	7	222	23	30	20	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19608274--19608332	20	2.9	21	73	14	61	37	0	15	47	1.45
19608271--19608337	20	3.3	20	69	19	59	35	0	14	49	1.44
19610807--19610889	21	4.0	21	87	0	103	18	26	13	42	1.87
19616839--19617158	46	6.8	47	74	10	221	25	30	18	26	1.98
19616986--19617158	91	1.9	94	81	10	214	23	31	18	26	1.98
19626167--19626260	48	2.0	48	87	8	138	40	27	12	19	1.88
19628676--19628769	48	2.0	48	87	8	138	40	27	12	19	1.88
19630101--19630141	20	2.0	22	85	9	59	65	0	0	34	0.93
19631316--19631364	23	2.1	24	92	3	82	65	14	10	10	1.47
19639833--19639912	39	2.1	39	97	0	151	30	13	20	36	1.91
19658814--19659037	40	5.7	40	86	7	273	24	22	27	25	2.00
19658814--19659037	79	2.8	80	85	8	287	24	22	27	25	2.00
19658814--19659070	79	3.3	79	82	9	224	25	22	27	24	2.00
19666018--19666213	39	4.9	39	88	5	245	25	22	27	25	2.00
19666018--19666241	40	5.7	39	86	7	258	25	21	27	25	1.99
19666018--19666241	79	2.8	80	83	6	276	25	21	27	25	1.99
19666071--19666274	79	2.6	79	83	6	202	26	20	27	25	1.99
19669076--19669122	18	2.3	20	86	13	62	36	0	12	51	1.40
19669089--19669129	18	2.4	17	84	15	57	36	0	19	43	1.51
19669333--19669430	23	4.3	23	93	2	171	20	20	26	32	1.97
19669333--19669430	45	2.2	46	92	3	171	20	20	26	32	1.97
19674614--19674652	18	2.2	17	86	13	53	33	0	20	46	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19674856--19674953	23	4.3	23	93	2	171	20	20	26	32	1.97
19674856--19674953	45	2.2	46	92	3	171	20	20	26	32	1.97
19687204--19687281	39	2.0	39	97	0	147	37	7	24	30	1.83
19692739--19692814	40	1.9	40	86	5	109	27	14	25	32	1.94
19700796--19700981	41	4.6	40	81	2	192	22	32	13	31	1.93
19703808--19703848	18	2.4	17	88	8	57	0	19	4	75	0.98
19706049--19706084	17	2.1	17	89	0	54	69	0	0	30	0.89
19707302--19707533	44	5.2	44	86	1	320	28	28	14	29	1.95
19707513--19707552	14	2.9	14	92	0	62	15	30	10	45	1.78
19707469--19707591	58	2.1	58	92	0	201	24	28	13	33	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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