genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.314.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  105315579

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   

This is table  314  of  325  ( 38900 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101325502--101325587	45	1.9	45	97	2	165	60	4	9	25	1.47
101325469--101325583	25	4.8	25	66	25	70	60	6	5	28	1.43
101325951--101326038	20	4.5	20	67	22	62	52	5	10	31	1.59
101325942--101326068	58	2.2	56	77	16	132	53	5	7	33	1.53
101326015--101326070	20	2.8	19	71	15	51	57	3	7	32	1.43
101326415--101326458	19	2.3	19	92	7	72	59	2	2	36	1.23
101328334--101328417	26	3.2	26	96	0	150	33	4	25	36	1.77
101337739--101337775	20	1.9	19	89	10	58	81	0	18	0	0.70
101337739--101337814	16	4.4	18	73	14	70	81	0	14	3	0.83
101337750--101337813	23	2.8	22	75	13	58	81	0	14	4	0.85
101337740--101337797	30	1.9	31	82	10	75	81	0	15	3	0.83
101337739--101337812	22	3.5	22	73	20	68	81	0	14	4	0.84
101338772--101339411	41	15.3	43	63	19	239	29	21	22	26	1.99
101338762--101339458	84	8.3	84	89	3	1039	29	22	22	25	1.99
101339847--101339895	15	3.5	14	81	8	55	83	0	12	4	0.77
101341053--101341169	27	4.3	27	88	4	164	28	25	7	38	1.83
101341053--101341169	54	2.2	54	90	3	182	28	25	7	38	1.83
101341161--101341270	27	4.1	27	76	12	100	37	23	10	28	1.89
101341168--101341298	54	2.4	54	82	5	140	40	20	9	29	1.85
101341201--101341311	27	4.1	27	81	8	102	43	21	6	28	1.77
101341253--101341360	27	3.9	27	75	15	87	42	17	8	31	1.79
101341405--101341456	27	1.9	27	84	7	70	38	23	21	17	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101342288--101342370	25	3.4	24	85	8	96	27	22	24	25	2.00
101342505--101342638	42	3.2	42	97	2	252	31	14	20	34	1.92
101342662--101342807	31	4.7	31	88	5	217	28	15	26	29	1.96
101343911--101343976	12	5.4	12	75	10	53	34	4	0	60	1.17
101343893--101343974	25	2.9	30	77	16	77	32	4	0	62	1.17
101344107--101344190	10	8.2	10	74	18	66	35	4	1	58	1.27
101346097--101346143	22	2.2	21	84	3	58	36	21	8	34	1.84
101346114--101346192	19	4.2	19	88	9	117	34	16	11	37	1.85
101346136--101346173	17	2.5	15	87	12	51	34	15	10	39	1.82
101346115--101346202	36	2.4	35	83	14	108	34	15	11	38	1.84
101346938--101347075	41	3.3	41	66	11	109	22	22	24	30	1.99
101346842--101347367	84	6.4	84	86	6	720	26	21	21	31	1.98
101347133--101347363	73	3.0	73	89	6	327	26	22	19	31	1.98
101346883--101347363	157	3.0	156	88	5	669	26	21	20	31	1.98
101347220--101347359	43	3.3	43	68	15	137	27	20	21	30	1.98
101346842--101347367	241	2.1	247	84	6	719	26	21	21	31	1.98
101348315--101348350	11	3.4	10	85	14	54	0	13	0	86	0.58
101348308--101348350	22	2.0	22	90	4	70	2	16	0	81	0.79
101348705--101349475	84	9.3	84	85	5	1052	26	22	21	29	1.99
101348992--101349472	43	11.4	43	62	20	162	27	21	20	29	1.98
101349287--101349425	41	3.3	40	67	19	113	25	22	22	30	1.99
101350417--101350470	20	2.8	19	81	18	67	1	18	0	79	0.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101350888--101351637	84	9.0	84	90	2	1147	25	22	21	30	1.99
101351109--101351585	41	11.4	39	65	17	160	25	22	20	30	1.99
101355063--101355160	40	2.5	40	81	3	110	35	36	13	14	1.85
101361473--101361508	18	2.1	17	89	5	54	41	13	13	30	1.84
101367083--101367126	23	1.9	23	85	0	61	56	4	9	29	1.50
101367151--101367510	25	15.6	22	67	24	94	55	5	4	34	1.44
101367180--101367244	13	4.9	13	77	15	62	63	3	0	33	1.10
101367225--101367289	11	6.0	11	77	16	73	53	7	1	36	1.39
101367339--101367421	23	3.6	22	74	9	69	54	7	6	32	1.52
101367354--101367452	25	4.0	25	81	5	112	54	5	5	35	1.44
101367407--101367513	48	2.3	46	80	13	121	57	3	3	34	1.34
101367354--101367500	75	2.0	74	80	11	167	54	4	5	35	1.45
101367493--101367549	15	3.7	15	74	11	53	61	1	0	36	1.07
101367465--101367547	36	2.2	37	85	4	114	59	3	1	36	1.23
101367682--101367724	21	2.0	21	86	0	59	69	2	2	25	1.12
101367665--101367734	30	2.3	29	79	11	79	65	2	5	25	1.28
101369284--101369546	83	3.0	85	85	6	343	39	19	15	25	1.90
101369436--101369470	14	2.5	14	95	0	61	60	8	14	17	1.58
101369450--101369905	75	6.0	75	89	4	666	31	18	17	32	1.94
101369258--101369905	153	4.1	152	83	9	766	33	18	16	30	1.94
101376645--101376734	45	2.0	45	91	0	144	25	7	34	32	1.85
101383110--101383148	20	1.9	21	94	5	71	33	0	2	64	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101383105--101383171	25	2.5	26	83	7	73	31	1	1	65	1.10
101383104--101383206	9	12.6	8	67	16	52	33	1	2	61	1.22
101383104--101383166	17	3.5	17	82	18	74	33	1	1	63	1.13
101395189--101395578	175	2.2	176	83	4	484	34	19	19	26	1.96
101395310--101396132	262	3.2	262	91	1	1300	33	18	19	28	1.96
101395293--101396132	87	9.7	88	68	15	462	33	18	19	28	1.96
101399451--101399531	20	4.0	20	75	15	69	30	7	2	59	1.38
101410690--101410781	42	2.2	42	88	3	132	34	19	14	31	1.91
101410927--101411074	26	5.8	26	90	0	212	27	23	22	26	2.00
101410927--101411074	52	2.9	51	90	2	235	27	23	22	26	2.00
101411877--101411954	27	2.9	27	79	11	88	21	20	21	35	1.96
101411995--101412166	27	6.1	27	72	14	105	35	8	16	39	1.79
101411993--101412134	61	2.4	61	78	14	149	33	9	15	41	1.80
101412127--101412336	27	7.8	27	87	3	253	39	7	24	29	1.82
101412098--101412353	81	3.2	81	80	2	237	38	7	22	31	1.83
101412127--101412336	107	2.0	108	86	2	298	39	7	24	29	1.82
101412342--101412431	27	3.3	27	85	3	119	32	10	17	40	1.83
101412325--101412431	54	2.0	54	81	7	128	30	10	20	38	1.86
101412342--101412446	27	3.9	27	79	9	90	34	9	17	39	1.82
101415282--101415374	44	2.1	44	85	0	132	31	17	26	24	1.97
101415159--101415354	88	2.2	89	77	14	201	31	16	21	29	1.96
101415367--101415860	205	2.4	205	91	0	792	31	17	22	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101417722--101417788	10	6.6	10	72	8	55	31	7	1	59	1.34
101417717--101417785	20	3.6	19	77	12	63	33	8	1	56	1.39
101420631--101420674	23	1.9	23	85	0	61	56	4	9	29	1.50
101420734--101420822	9	9.8	9	70	13	58	59	3	1	35	1.21
101420732--101420833	13	8.4	13	70	25	71	58	4	0	35	1.26
101420723--101420798	38	2.0	38	97	0	143	61	2	0	35	1.10
101420742--101420774	14	2.4	14	90	5	50	66	0	0	33	0.92
101420740--101420796	16	3.2	18	78	14	64	63	1	0	35	1.05
101420731--101420837	11	10.1	11	72	15	82	58	5	0	34	1.28
101420885--101420954	23	3.2	22	76	6	70	58	7	4	30	1.44
101420989--101421044	14	4.2	14	73	11	55	60	1	0	37	1.07
101420964--101421031	35	1.9	36	90	3	111	58	4	1	35	1.27
101421206--101421231	12	2.2	12	100	0	52	61	7	7	23	1.49
101421170--101421252	42	2.0	43	80	7	98	63	3	6	26	1.34
101423252--101423355	53	2.0	53	86	0	145	48	0	8	42	1.40
101423248--101423360	27	4.3	27	71	5	97	49	0	7	41	1.38
101424175--101424682	168	3.0	167	89	1	757	12	22	18	47	1.81
101424621--101424780	73	2.2	73	96	1	295	10	21	23	45	1.81
101425805--101425848	23	2.0	22	86	8	63	40	0	6	52	1.28
101427980--101428014	17	2.0	18	88	5	54	14	34	28	22	1.93
101428892--101428923	14	2.3	14	100	0	64	31	37	0	31	1.58
101433975--101434022	18	2.6	19	77	12	55	37	12	12	37	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101440588--101441300	74	9.7	74	85	11	990	29	18	23	29	1.97
101440715--101441292	73	7.8	73	87	10	859	30	18	22	28	1.97
101441064--101442115	77	12.7	82	68	22	357	28	19	19	33	1.96
101441215--101441399	93	2.0	90	82	7	221	24	20	20	35	1.96
101441328--101441472	73	2.0	74	88	1	220	25	20	21	33	1.97
101441401--101441569	93	1.8	92	87	1	248	27	20	18	33	1.96
101441010--101441970	170	5.8	169	89	4	1364	28	19	19	32	1.97
101441549--101441739	93	2.1	91	84	5	242	25	19	18	36	1.94
101441719--101441910	94	2.1	91	85	2	249	26	20	17	35	1.94
101441911--101442113	81	2.4	81	82	11	225	33	14	17	34	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325