genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.275.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  105315579

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89962014--89962101	28	3.2	28	95	1	151	26	36	17	20	1.94
89978267--89978293	12	2.2	12	100	0	54	29	0	25	44	1.54
89982260--89982336	37	2.1	37	100	0	154	46	10	19	23	1.80
89983326--89983382	24	2.4	24	90	0	96	17	17	17	47	1.83
89984263--89984307	23	2.0	23	90	0	72	55	26	2	15	1.52
89984260--89984307	11	4.4	11	78	17	55	54	27	2	16	1.54
89986588--89986974	27	14.4	27	86	0	497	35	19	20	24	1.96
89986588--89986974	81	4.8	81	88	0	551	35	19	20	24	1.96
89987115--89987201	27	3.2	26	80	6	93	19	20	21	37	1.94
89996217--89996607	50	7.8	50	79	5	378	25	16	26	31	1.96
89996215--89996609	101	3.9	101	82	4	440	25	16	26	31	1.97
89996320--89996597	151	1.8	150	91	0	457	25	17	26	30	1.98
89996806--89996836	16	2.0	15	93	6	53	48	0	19	32	1.49
90003562--90003612	18	2.8	18	82	8	68	3	33	0	62	1.13
90004838--90004953	28	4.2	28	86	2	155	18	25	19	36	1.95
90007280--90007347	27	2.5	27	76	4	75	23	32	17	26	1.97
90007881--90007930	21	2.3	21	96	3	91	46	18	0	36	1.49
90008995--90009052	30	1.9	30	89	0	89	41	3	24	31	1.71
90009264--90009295	13	2.5	13	94	0	55	31	0	12	56	1.37
90009390--90009631	50	4.7	50	86	4	297	26	24	29	19	1.99
90009390--90009639	100	2.4	103	88	6	364	26	24	29	20	1.99
90016588--90016644	30	1.9	29	85	3	78	42	1	24	31	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90016856--90016887	13	2.5	13	94	0	55	31	0	12	56	1.37
90016982--90017223	50	4.7	50	86	4	297	26	24	29	19	1.99
90016982--90017231	100	2.4	103	88	6	364	26	24	29	20	1.99
90024522--90024752	49	4.6	50	80	8	229	25	24	29	20	1.99
90024522--90024759	99	2.4	99	83	9	277	25	24	28	21	1.99
90029352--90029396	21	2.1	21	88	8	65	53	6	8	31	1.58
90030055--90030402	1	348.0	1	96	0	633	0	0	1	97	0.17
90034327--90034380	27	2.0	27	100	0	108	22	11	18	48	1.79
90034997--90035087	9	10.2	9	67	23	50	52	1	1	45	1.15
90035054--90035088	12	3.1	12	84	16	56	51	0	0	48	1.00
90041646--90041692	24	1.9	25	86	4	69	19	34	0	46	1.50
90041663--90041697	18	1.9	18	88	0	52	20	31	0	48	1.50
90042169--90042252	42	2.0	42	97	0	159	26	30	8	34	1.86
90049493--90049569	28	2.7	26	75	18	66	24	27	19	28	1.99
90049565--90049644	29	2.7	30	78	3	92	40	18	17	23	1.91
90049652--90049715	29	2.2	29	86	5	85	43	18	9	28	1.81
90049668--90049744	29	2.7	29	85	4	93	41	19	11	27	1.86
90049675--90049763	29	3.1	29	77	9	92	39	20	13	26	1.90
90049792--90049851	29	2.1	29	96	0	111	38	20	15	26	1.91
90054383--90054561	75	2.4	75	77	12	188	27	21	23	26	1.99
90055063--90055092	15	2.0	15	93	0	51	43	6	20	30	1.77
90057835--90057867	3	10.7	3	93	6	57	30	3	0	66	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90057963--90058010	24	2.0	25	87	4	71	33	8	4	54	1.50
90057970--90058024	25	2.2	24	80	3	65	32	5	3	58	1.38
90058028--90058087	24	2.4	24	81	10	59	28	6	6	58	1.49
90058007--90058114	26	4.4	25	74	17	84	28	6	5	59	1.45
90058120--90058161	22	2.0	22	85	4	59	28	7	0	64	1.20
90058120--90058167	22	2.3	20	76	13	53	29	6	0	64	1.18
90058120--90058191	24	3.1	23	79	13	69	30	5	1	62	1.26
90058249--90058448	24	8.2	25	71	18	102	28	5	7	59	1.46
90058391--90058432	22	1.9	22	85	9	59	28	7	7	57	1.52
90060818--90060855	16	2.3	17	86	4	51	63	5	0	31	1.17
90060820--90060861	19	2.0	21	86	13	61	64	4	0	30	1.14
90067728--90067766	17	2.2	18	86	4	53	53	2	0	43	1.14
90067885--90067926	23	1.9	23	85	9	61	57	0	9	33	1.31
90069145--90069195	15	3.5	15	71	10	52	29	5	13	50	1.65
90069140--90069197	28	2.1	28	93	0	98	27	5	17	50	1.67
90069140--90069241	28	3.6	28	78	8	91	28	3	15	51	1.61
90069140--90069242	9	11.0	9	70	15	66	28	3	15	52	1.60
90069201--90069348	77	1.9	75	90	2	233	26	3	18	52	1.61
90072019--90072118	29	3.5	29	93	1	157	28	2	16	54	1.53
90072012--90072105	9	9.8	9	68	12	53	28	3	14	53	1.57
90072040--90072126	16	5.8	16	75	15	96	27	1	16	55	1.48
90082317--90082492	67	2.6	67	93	0	289	31	21	28	18	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90089837--90090012	67	2.6	67	96	1	318	30	22	28	18	1.97
90091952--90092129	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
90091953--90092108	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
90091949--90092129	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
90098630--90098689	26	2.4	24	74	15	59	60	5	26	8	1.47
90099311--90099360	26	2.0	24	88	7	73	64	6	0	30	1.18
90099436--90099468	15	2.1	16	88	11	50	69	0	0	30	0.88
90099816--90099876	32	1.9	32	83	12	81	55	6	1	36	1.36
90125074--90125138	21	3.2	20	74	12	71	10	26	21	41	1.86
90125056--90125144	39	2.3	39	96	0	160	13	24	22	39	1.90
90133087--90133310	40	5.6	40	84	7	269	24	23	27	24	2.00
90133086--90133343	119	2.2	119	81	6	283	25	22	26	24	2.00
90141221--90141445	40	5.6	39	83	6	215	24	22	27	25	2.00
90141221--90141464	80	3.1	80	80	8	266	24	22	27	25	2.00
90141228--90141478	119	2.1	119	79	7	269	25	21	26	25	2.00
90144461--90144525	21	3.2	20	74	12	71	10	26	21	41	1.86
90144443--90144527	39	2.2	39	97	0	161	11	25	23	38	1.89
90144443--90144539	39	2.5	39	93	0	140	12	24	24	38	1.90
90147997--90148073	18	4.3	18	73	6	57	33	14	11	40	1.82
90148207--90148324	51	2.3	51	80	7	130	39	23	19	16	1.92
90148779--90148816	4	9.2	4	88	5	58	0	28	0	71	0.87
90149453--90149517	32	2.0	32	93	0	112	44	4	9	41	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90152975--90153082	37	2.9	37	95	0	198	25	30	19	25	1.98
90153201--90153745	47	11.7	47	90	6	769	29	29	8	33	1.86
90153251--90153329	25	3.3	25	66	16	76	31	29	5	34	1.79
90153342--90153412	35	2.0	35	97	0	133	33	30	0	35	1.58
90153377--90153724	95	3.6	96	94	4	614	29	28	8	33	1.87
90161383--90161423	20	2.0	21	90	4	66	39	0	0	60	0.96
90164577--90164861	35	8.2	35	88	1	421	30	24	14	30	1.95
90164577--90164861	104	2.7	105	89	1	430	30	24	14	30	1.95
90169778--90170166	35	11.2	35	86	2	498	30	13	25	31	1.93
90169778--90170166	70	5.6	70	90	2	581	30	13	25	31	1.93
90169781--90170166	173	2.2	174	86	2	517	30	13	25	31	1.93
90171572--90171618	10	4.7	10	77	17	53	55	8	4	31	1.49
90172940--90173005	31	2.1	31	83	8	80	33	15	0	51	1.43
90174267--90174297	12	2.6	12	94	0	53	0	25	0	74	0.82
90174377--90174407	16	1.9	16	93	0	53	54	3	0	41	1.16
90181517--90181580	31	2.1	31	90	0	101	25	23	14	37	1.92
90181772--90181941	25	7.0	23	79	13	182	27	22	21	28	1.99
90181773--90181941	24	7.0	24	82	10	193	27	23	21	28	1.99
90181772--90181940	49	3.5	49	84	7	211	27	23	21	28	1.99
90181999--90182055	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
90181987--90182057	20	3.5	20	94	0	124	32	21	11	35	1.89
90181992--90182046	11	5.4	11	70	16	55	30	20	12	36	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90182866--90182899	18	1.9	17	88	5	50	52	38	2	5	1.41
90183298--90183381	27	3.1	27	89	3	125	21	26	21	30	1.98
90183531--90183725	81	2.4	81	87	2	268	30	8	21	39	1.84
90183420--90183725	27	11.3	27	76	6	199	31	10	19	38	1.85
90183531--90183752	81	2.8	81	85	3	207	32	9	20	37	1.84
90183704--90183879	27	6.5	27	86	2	210	38	7	23	30	1.83
90183893--90183982	27	3.3	27	85	3	119	32	11	16	40	1.84
90183893--90183997	27	3.9	27	78	9	90	34	10	16	39	1.83
90185987--90186019	18	1.9	17	88	11	50	6	12	6	75	1.16
90186005--90186035	8	3.9	8	95	0	53	12	12	0	74	1.08

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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