genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.57.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  105315579

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17299582--17299621	20	2.0	20	100	0	80	25	5	30	40	1.77
17302275--17302307	7	4.7	7	92	0	57	69	0	0	30	0.88
17309863--17309928	27	2.4	27	79	0	78	31	28	13	25	1.94
17313762--17313874	43	2.7	43	76	12	117	26	19	25	28	1.99
17313762--17313874	42	2.7	42	76	14	108	26	19	25	28	1.99
17318276--17318361	43	2.0	43	97	0	163	34	8	13	43	1.74
17321050--17321186	38	3.6	38	79	5	150	36	27	18	18	1.94
17324826--17325017	29	6.6	30	70	12	132	30	28	18	22	1.97
17324793--17325041	58	4.4	58	87	2	355	30	28	18	22	1.97
17325183--17325306	43	2.9	43	92	0	194	33	32	22	12	1.91
17330646--17330806	43	3.7	43	81	8	177	32	28	17	21	1.96
17330648--17330807	86	1.9	85	82	8	200	32	28	17	21	1.96
17332679--17332724	15	3.2	15	76	17	53	54	0	10	34	1.36
17342182--17342211	12	2.5	12	100	0	60	20	0	26	53	1.46
17348425--17348600	46	3.8	45	78	11	205	21	19	30	28	1.98
17348421--17348592	93	1.8	93	93	2	301	20	20	30	27	1.98
17353102--17353166	28	2.3	28	91	0	103	33	29	7	29	1.85
17353272--17353361	28	3.2	26	80	10	99	20	23	24	32	1.98
17353272--17353361	27	3.2	28	81	7	112	20	23	24	32	1.98
17355574--17355749	48	3.7	48	90	1	257	35	27	17	18	1.94
17368948--17369004	18	3.2	18	82	9	80	24	19	15	40	1.90
17369000--17369082	34	2.4	34	81	0	94	30	18	21	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17387719--17387762	20	2.2	20	87	4	61	2	27	18	52	1.57
17392421--17392455	15	2.2	16	95	5	63	28	17	22	31	1.96
17393425--17393470	19	2.4	19	85	0	65	28	6	23	41	1.79
17396480--17396543	30	2.1	30	97	0	119	34	15	18	31	1.93
17399051--17399186	43	3.2	41	82	9	132	25	15	23	35	1.94
17399050--17399154	44	2.5	44	84	7	137	24	17	24	33	1.96
17405541--17405578	13	2.9	13	88	0	58	28	2	23	44	1.67
17406677--17406834	43	3.7	42	76	11	144	26	18	24	30	1.98
17410195--17410236	6	7.0	6	94	0	75	16	19	0	64	1.30
17410187--17410236	18	2.7	18	90	3	82	16	22	0	62	1.33
17415362--17415418	27	2.2	26	93	3	96	24	8	3	63	1.39
17417864--17418006	77	1.9	77	85	2	198	20	18	25	34	1.96
17432619--17432649	16	2.0	16	93	6	55	51	19	0	29	1.47
17434433--17434457	13	1.9	13	100	0	50	44	0	8	48	1.32
17438827--17438934	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
17445862--17445969	26	4.2	26	88	4	164	36	22	7	34	1.82
17447940--17447983	21	2.2	20	87	4	61	31	25	25	18	1.97
17449905--17449961	16	3.7	16	77	17	66	14	3	0	82	0.80
17449905--17449973	6	11.8	6	77	14	65	14	4	0	81	0.84
17449905--17449968	26	2.5	26	85	12	87	14	3	0	82	0.78
17449907--17449968	17	3.6	17	83	14	74	12	3	0	83	0.75
17449905--17449983	17	4.6	17	77	13	63	16	5	0	78	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17453769--17453847	28	2.8	28	86	0	104	34	11	25	29	1.91
17456058--17456090	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
17458940--17458970	8	3.9	8	100	0	62	38	0	9	51	1.35
17469054--17469168	60	1.9	61	92	1	196	42	12	19	26	1.86
17476005--17476059	21	2.7	20	83	8	74	29	27	9	34	1.87
17484572--17484681	46	2.4	46	83	7	143	25	15	23	35	1.94
17490802--17490847	14	3.1	15	81	15	51	39	0	4	56	1.19
17504278--17504304	14	1.9	14	100	0	54	29	0	0	70	0.88
17505017--17505055	17	2.4	16	84	16	53	41	2	7	48	1.45
17507015--17507101	43	2.0	43	100	0	174	31	29	16	22	1.96
17510702--17510886	79	2.3	81	82	7	218	24	23	26	25	2.00
17510702--17510893	40	4.8	40	82	6	194	25	22	26	25	2.00
17510758--17510919	79	2.1	79	82	6	195	26	20	26	25	1.99
17514175--17514247	36	2.0	36	100	0	146	53	13	16	16	1.73
17514296--17514336	14	2.9	15	78	14	59	17	0	24	58	1.38
17526202--17526280	17	4.6	17	83	0	104	29	21	18	30	1.97
17526202--17526280	34	2.3	34	86	0	122	29	21	18	30	1.97
17527252--17527293	22	1.9	22	85	9	59	21	11	23	42	1.86
17527583--17527657	29	2.7	29	81	4	91	24	16	32	28	1.96
17528218--17528326	54	2.0	54	96	0	200	33	29	12	23	1.92
17531264--17531377	56	2.0	56	100	0	228	45	14	10	29	1.78
17531537--17531567	15	2.1	15	93	0	53	19	0	25	54	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17536587--17536665	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
17536784--17537006	47	4.7	47	90	1	322	28	30	9	31	1.88
17543112--17543170	30	2.0	30	93	0	100	32	11	25	30	1.92
17549823--17549972	78	1.9	78	79	5	169	26	29	20	23	1.99
17549839--17549980	39	3.6	39	83	3	162	25	29	21	23	1.99
17554098--17554263	46	3.6	46	80	9	169	28	18	28	24	1.98
17556820--17556858	19	2.0	21	90	10	64	10	38	28	23	1.87
17558228--17558335	26	4.2	26	91	4	182	34	7	23	35	1.83
17559957--17560097	27	5.2	26	82	10	167	18	23	22	35	1.96
17559957--17560097	54	2.6	53	90	2	210	18	23	22	35	1.96
17563986--17564031	23	2.0	24	86	4	67	32	23	15	28	1.95
17564127--17564230	27	3.9	27	79	10	117	18	22	25	34	1.96
17564127--17564262	53	2.6	52	86	5	168	18	22	24	35	1.96
17564127--17564264	26	5.2	26	77	11	129	18	21	24	35	1.95
17564210--17564263	25	2.2	24	84	15	67	18	22	22	37	1.95
17578770--17578848	5	14.4	5	71	16	50	15	6	5	73	1.21
17578770--17578848	11	7.2	10	71	14	50	15	6	5	73	1.21
17578770--17578840	16	4.6	16	74	20	53	15	5	5	73	1.21
17578770--17578840	15	4.6	16	72	20	62	15	5	5	73	1.21
17578808--17578840	17	2.0	17	88	5	50	12	9	9	69	1.36
17587415--17587462	20	2.4	20	85	0	60	22	25	14	37	1.92
17587378--17587501	60	2.1	60	81	3	142	21	22	16	38	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17588699--17591261	856	3.0	856	98	0	4885	36	14	16	31	1.89
17594375--17594482	44	2.4	44	87	3	144	29	23	13	33	1.93
17601755--17601841	46	1.9	45	90	4	140	28	25	13	32	1.94
17609971--17610023	25	2.1	25	96	0	97	58	11	13	16	1.63
17614809--17614971	46	3.6	45	79	10	181	34	22	15	28	1.94
17615511--17615549	21	1.9	20	89	5	60	46	23	2	28	1.65
17616007--17617691	558	3.0	558	96	0	3041	23	20	13	42	1.87
17618725--17618758	18	1.9	18	94	5	61	20	44	23	11	1.84
17619413--17619444	6	5.5	6	92	7	57	84	0	0	15	0.63
17627185--17627262	17	4.6	17	77	19	83	34	7	1	56	1.36
17631638--17631675	16	2.3	17	82	17	53	10	5	5	78	1.06
17635387--17635612	40	5.7	40	87	4	280	25	21	26	26	1.99
17638163--17638308	48	3.0	47	92	4	229	26	26	18	28	1.98
17653892--17653928	12	3.2	12	96	3	67	54	16	13	16	1.72
17656673--17656850	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
17656674--17656829	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
17656670--17656850	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
17664766--17664943	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
17664767--17664922	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
17664763--17664943	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
17668580--17668900	160	2.0	160	98	0	624	25	9	31	34	1.87
17670114--17670244	64	2.0	65	94	1	228	42	12	12	32	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17672597--17672634	18	2.2	18	90	9	62	21	5	2	71	1.19
17682921--17683001	42	2.0	41	87	7	119	29	1	2	66	1.12
17685884--17685933	22	2.2	23	89	3	75	36	6	16	42	1.72
17690481--17690525	22	2.0	22	91	0	72	33	2	15	48	1.57
17696705--17696769	30	2.2	29	88	2	94	38	1	0	60	1.07
17696928--17696987	31	1.9	32	86	10	88	66	1	0	31	1.01
17697683--17697740	28	2.1	28	81	9	66	27	1	5	65	1.23
17699305--17699334	16	1.9	16	93	6	53	80	3	6	10	1.01
17701721--17701748	4	7.0	4	100	0	56	0	0	25	75	0.81
17715500--17715573	38	2.0	36	86	5	103	58	9	8	24	1.57

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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