genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.212.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  105315579

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68954422--68954447	12	2.2	12	100	0	52	46	23	7	23	1.78
68961360--68961469	42	2.6	43	78	11	127	26	25	20	28	1.99
68962993--68963310	48	6.6	49	78	4	220	27	18	27	27	1.98
68970959--68971131	48	3.6	48	86	3	231	26	16	28	28	1.97
68970912--68971232	96	3.3	96	78	3	288	27	17	28	26	1.98
68971104--68971227	48	2.6	48	80	5	135	26	18	27	27	1.98
68973178--68973216	19	2.1	19	95	0	69	25	12	5	56	1.57
68981706--68981852	47	3.1	47	85	0	195	32	9	29	27	1.89
68981735--68981808	23	3.1	25	62	25	59	29	13	33	22	1.93
68981822--68982005	48	3.8	48	92	3	307	35	7	26	30	1.83
68981823--68982005	97	1.9	96	93	3	314	36	7	26	30	1.83
68982152--68982223	37	1.9	37	94	0	126	22	19	30	27	1.98
68983489--68983540	15	3.2	15	73	19	50	44	0	1	53	1.11
68983573--68983609	16	2.3	16	90	0	65	35	0	0	64	0.94
68983633--68983676	22	2.0	22	90	0	70	45	0	0	54	0.99
68983581--68983662	31	2.5	33	73	15	80	48	0	1	50	1.08
68983504--68983679	72	2.3	75	78	10	173	46	0	2	50	1.20
68989752--68989980	90	2.6	90	93	2	381	55	12	5	26	1.58
68992154--68992396	56	4.4	56	79	8	257	30	12	15	41	1.83
68992243--68992340	50	2.0	50	89	0	151	32	10	14	42	1.79
68992196--68992399	106	1.9	106	87	2	302	31	12	14	41	1.83
68992192--68992435	56	4.5	56	79	9	159	30	12	15	42	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68994273--68994305	17	2.1	16	88	11	50	30	0	0	69	0.88
69000151--69000181	16	1.9	16	93	0	53	3	12	3	80	0.95
69002618--69002659	18	2.4	18	84	11	52	66	7	2	23	1.28
69002628--69002664	18	2.1	17	90	5	56	64	5	2	27	1.28
69002796--69002859	28	2.4	28	84	5	78	65	6	1	26	1.25
69007223--69007253	12	2.7	11	90	9	53	61	9	0	29	1.28
69018109--69018160	24	2.2	24	89	0	77	50	9	3	36	1.54
69022048--69022098	24	2.2	24	89	3	77	37	3	7	50	1.50
69032536--69032597	14	4.1	15	75	24	51	64	0	20	14	1.28
69032544--69032597	14	3.7	13	76	23	54	62	0	22	14	1.31
69032537--69032595	31	1.9	31	92	0	100	62	0	22	15	1.32
69043286--69043385	28	3.6	28	75	6	96	24	16	35	25	1.95
69043999--69044063	24	2.7	24	97	0	121	23	6	47	23	1.73
69050980--69051016	16	2.3	16	100	0	74	35	10	37	16	1.83
69054848--69054884	17	2.2	17	100	0	74	24	18	40	16	1.90
69056246--69056350	42	2.5	43	78	10	117	24	18	23	33	1.97
69056207--69056365	43	3.7	42	73	12	119	25	15	26	32	1.96
69064358--69064520	42	3.9	41	82	10	161	30	24	14	30	1.95
69064358--69064520	84	1.9	84	85	4	222	30	24	14	30	1.95
69078286--69078531	49	4.9	50	81	4	291	25	17	27	29	1.97
69085466--69085531	27	2.4	27	78	9	71	34	18	18	28	1.94
69085762--69085806	22	2.0	22	95	0	81	8	28	31	31	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69092319--69092371	18	2.9	18	91	0	79	43	13	22	20	1.86
69092690--69093175	81	6.0	81	83	3	537	42	18	14	24	1.88
69092690--69093164	27	17.6	27	83	3	488	42	18	14	23	1.88
69113414--69113468	23	2.3	23	90	3	83	18	12	20	49	1.79
69114659--69114724	34	1.9	34	84	0	87	25	19	27	27	1.99
69117733--69117759	13	2.1	13	100	0	54	14	33	37	14	1.88
69125089--69125248	43	3.8	42	78	10	182	28	29	18	23	1.98
69135890--69135919	14	2.1	14	93	0	51	56	20	0	23	1.42
69141207--69141526	48	6.8	48	70	11	180	28	20	25	25	1.99
69141317--69141564	96	2.7	89	79	11	259	28	19	27	25	1.99
69143269--69144610	670	2.0	670	98	0	2612	36	19	14	28	1.92
69144704--69144872	41	4.1	41	75	15	154	27	27	22	21	1.99
69153318--69153447	47	2.8	48	87	3	176	34	29	13	22	1.93
69156047--69156150	42	2.5	42	76	16	101	28	23	20	27	1.99
69158052--69158232	40	4.6	40	92	1	274	25	28	23	22	1.99
69158052--69158232	79	2.3	80	90	0	274	25	28	23	22	1.99
69158052--69158274	40	5.6	38	80	8	189	26	28	22	22	1.99
69166102--69166348	40	6.2	40	85	3	277	26	27	22	23	1.99
69172961--69172994	17	1.9	18	88	5	52	50	5	2	41	1.42
69174225--69174343	43	2.8	42	74	5	123	33	26	15	24	1.95
69180453--69180481	14	2.0	15	93	6	51	24	0	20	55	1.44
69181881--69181960	40	2.0	40	97	0	151	33	10	20	36	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69196135--69196363	48	4.9	48	68	11	150	30	25	18	25	1.98
69202603--69202796	107	1.8	106	81	5	239	32	18	25	23	1.97
69212799--69212841	22	2.0	22	85	0	59	37	25	25	11	1.90
69218964--69219120	43	3.7	42	78	9	131	32	25	17	24	1.97
69223096--69223179	23	3.6	22	74	17	80	19	2	32	46	1.62
69226426--69226464	18	2.2	17	86	13	53	33	0	20	46	1.51
69226690--69226765	23	3.3	23	96	0	143	21	21	26	31	1.98
69233756--69233794	18	2.2	17	86	13	53	33	0	20	46	1.51
69234019--69234094	23	3.3	23	96	0	143	21	21	26	31	1.98
69240838--69240868	7	4.4	7	100	0	62	29	0	0	70	0.87
69243403--69243455	22	2.4	21	77	22	56	39	5	7	47	1.56
69243405--69243452	20	2.3	21	85	7	62	39	6	8	45	1.59
69245315--69245347	17	1.9	17	93	0	57	69	0	9	21	1.15
69247003--69247182	48	3.8	48	71	15	140	29	23	21	26	1.99
69250787--69251535	374	2.0	373	98	0	1453	39	11	19	29	1.87
69254390--69254414	8	3.1	8	100	0	50	24	0	0	76	0.80
69264248--69264323	20	3.8	19	79	6	80	47	13	10	28	1.76
69265537--69265614	28	2.8	27	83	9	95	30	30	15	23	1.95
69265832--69265873	16	2.6	16	80	0	57	11	21	21	45	1.84
69276069--69276115	17	2.7	18	83	6	53	25	23	36	14	1.93
69276724--69276788	34	1.9	34	83	0	85	33	21	23	21	1.97
69277574--69277612	17	2.3	17	86	0	51	46	15	17	20	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69291080--69291104	13	1.9	13	100	0	50	24	28	48	0	1.52
69295314--69295420	27	4.0	26	85	4	124	36	19	23	20	1.95
69295315--69295420	53	2.0	54	84	1	142	36	18	23	20	1.95
69298798--69298827	15	2.0	15	93	0	51	40	13	16	30	1.87
69301188--69301238	26	2.0	26	100	0	102	35	7	31	25	1.85
69304217--69304262	18	2.5	18	89	3	65	43	0	34	21	1.53
69316006--69316180	46	3.8	46	76	10	185	29	30	20	20	1.97
69316013--69316185	93	1.9	93	91	0	283	28	30	20	20	1.98
69318521--69318653	19	7.0	19	68	6	81	27	13	14	44	1.83
69318877--69319012	72	1.9	71	82	7	168	22	15	10	52	1.72
69319376--69319420	20	2.3	20	84	3	65	44	0	6	48	1.29
69319513--69319547	4	8.8	4	100	0	70	77	0	0	22	0.78
69322422--69322473	21	2.5	21	75	6	52	46	34	7	11	1.69
69322549--69322588	20	2.0	20	90	0	62	27	5	25	42	1.75
69322598--69322636	20	2.0	20	89	0	60	17	12	33	35	1.88
69333095--69333137	20	2.2	20	95	0	77	25	30	25	18	1.98
69350495--69350524	5	6.0	5	100	0	60	60	0	0	40	0.97
69350815--69350899	33	2.6	32	90	1	134	25	2	36	35	1.69
69350815--69350899	16	5.2	16	91	2	134	25	2	36	35	1.69
69350880--69350970	45	2.0	45	85	2	121	27	6	28	37	1.82
69351135--69351169	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
69351118--69351620	120	4.2	120	96	1	929	48	5	2	43	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69351376--69351410	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
69351494--69351528	17	2.1	17	89	5	54	60	0	0	40	0.97
69354629--69354738	33	3.3	33	81	11	136	31	8	17	42	1.78
69354685--69354787	51	2.0	50	94	5	181	28	7	18	45	1.77
69361806--69361830	12	2.1	12	100	0	50	40	32	0	28	1.57
69362861--69362974	57	2.0	57	94	0	201	30	19	12	37	1.88
69382769--69382817	24	2.0	24	100	0	98	48	0	20	30	1.50
69384597--69384654	24	2.4	24	82	0	71	13	36	8	41	1.76
69389755--69389961	53	3.8	53	76	8	204	35	14	25	23	1.94
69389762--69389961	108	1.8	109	84	5	271	35	15	25	24	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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