genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.273.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  105315579

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   

This is table  273  of  325  ( 38900 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89325894--89326072	31	5.8	31	91	2	288	26	19	27	25	1.99
89326092--89326212	47	2.6	47	85	2	156	27	14	27	30	1.95
89336116--89336301	25	7.4	25	85	2	203	22	16	24	36	1.94
89336119--89336301	75	2.4	75	85	0	240	22	15	25	36	1.94
89337582--89337612	9	3.4	9	100	0	62	58	0	0	41	0.98
89339562--89339591	14	2.1	14	93	0	51	53	0	10	36	1.35
89340356--89340629	134	2.0	134	90	2	435	18	27	7	46	1.75
89343032--89343091	25	2.4	24	83	10	68	28	18	30	23	1.98
89345416--89345458	22	2.0	22	86	9	61	23	11	20	44	1.84
89350639--89350678	18	2.3	18	86	4	55	40	7	10	42	1.67
89352538--89352587	15	3.3	15	77	0	55	24	10	28	38	1.87
89354252--89354427	77	2.3	77	85	2	228	22	6	21	50	1.70
89355158--89355214	20	2.8	21	78	10	64	35	36	7	21	1.80
89355157--89355214	21	2.8	21	79	10	66	34	37	6	20	1.80
89355939--89356073	63	2.1	63	91	0	216	46	20	10	22	1.81
89358459--89358511	23	2.3	22	78	15	54	26	11	1	60	1.41
89358553--89358630	37	2.1	35	81	11	86	38	12	10	38	1.78
89364662--89364713	27	1.9	27	96	0	95	13	25	32	28	1.93
89364766--89364815	26	1.9	26	95	0	91	14	24	32	30	1.94
89364585--89364840	103	2.5	103	89	1	390	19	19	30	30	1.97
89374349--89374373	12	2.1	12	100	0	50	16	24	8	52	1.70
89375234--89375276	18	2.6	17	78	14	54	74	0	20	4	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89375266--89375294	12	2.4	12	100	0	58	86	6	6	0	0.72
89376326--89376373	20	2.5	20	86	10	64	66	2	6	25	1.26
89378787--89378845	26	2.3	26	82	2	75	27	0	3	69	1.04
89378995--89379035	21	2.0	20	85	4	55	19	56	21	2	1.54
89379274--89379318	23	2.0	23	86	8	65	64	0	31	4	1.13
89382154--89382222	16	4.2	16	92	3	120	24	1	37	36	1.65
89382154--89382222	33	2.1	32	94	2	120	24	1	37	36	1.65
89382203--89382293	45	2.0	45	85	6	123	27	5	28	38	1.79
89382459--89382493	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
89382700--89382734	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
89382442--89383066	120	5.2	120	95	2	1146	47	5	3	44	1.41
89382442--89383066	241	2.6	241	99	0	1241	47	5	3	44	1.41
89382941--89382975	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
89386089--89386197	33	3.3	33	80	12	127	32	8	17	42	1.79
89386144--89386245	51	2.0	49	92	7	170	28	6	18	46	1.75
89386312--89386492	86	2.1	86	97	1	346	47	7	3	40	1.50
89390961--89390994	17	2.0	17	88	0	50	29	0	8	61	1.26
89391497--89391532	18	1.9	18	88	5	54	77	0	22	0	0.76
89395717--89395899	79	2.3	80	83	7	221	26	27	21	24	1.99
89395696--89395899	40	5.1	40	80	8	229	26	27	21	24	1.99
89411354--89411378	13	1.9	13	100	0	50	16	4	16	64	1.44
89412085--89412199	46	2.5	44	88	6	169	26	18	30	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89412273--89412393	55	2.4	48	86	13	156	28	20	27	23	1.99
89419802--89419962	46	3.5	46	85	4	202	28	18	29	23	1.98
89419799--89420078	46	5.7	50	73	18	166	27	18	30	23	1.98
89419948--89420063	60	1.9	60	94	0	205	27	18	29	24	1.98
89431224--89431537	46	6.6	45	73	16	185	26	19	29	24	1.98
89432715--89432753	21	1.9	20	84	5	51	53	7	30	7	1.57
89441223--89441409	40	4.7	40	92	4	308	25	22	27	24	2.00
89441223--89441441	79	2.8	80	86	7	315	26	22	27	23	2.00
89449331--89449442	40	2.8	40	86	2	154	26	22	25	25	2.00
89449418--89449471	26	2.0	27	89	3	83	25	24	31	18	1.97
89449381--89449511	67	2.0	66	89	1	199	29	22	26	21	1.99
89449448--89449528	40	2.1	39	81	6	92	29	20	25	23	1.99
89453886--89454092	53	3.8	54	77	1	200	21	23	18	37	1.94
89453899--89454092	55	3.6	53	76	2	154	20	23	19	37	1.95
89456127--89456162	8	4.5	8	89	0	54	55	11	22	11	1.66
89460729--89460811	18	4.6	18	85	5	114	40	15	20	22	1.90
89460730--89460811	36	2.3	36	91	4	130	41	14	20	23	1.89
89462731--89462771	19	2.2	19	95	0	73	36	0	4	58	1.20
89462824--89462940	50	2.3	52	83	5	141	31	14	12	41	1.84
89463230--89463279	24	2.1	24	88	0	73	34	14	24	28	1.93
89468359--89468502	75	1.9	75	88	4	218	31	20	22	26	1.98
89468417--89468605	93	2.1	90	82	6	220	25	21	18	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89468025--89468826	170	4.8	169	91	3	1096	28	20	20	30	1.97
89468506--89468673	78	2.1	79	87	1	239	29	20	17	32	1.96
89468025--89468734	339	2.1	337	90	3	1097	29	20	20	30	1.97
89468683--89468825	69	2.1	70	85	4	191	27	20	20	30	1.98
89468762--89468969	80	2.5	83	84	11	250	31	16	18	34	1.93
89468933--89469074	76	1.9	75	86	2	205	30	16	21	31	1.95
89468987--89469489	87	5.7	86	80	11	450	28	16	18	36	1.92
89468987--89469526	178	3.0	178	79	9	541	27	16	18	37	1.92
89469009--89469563	87	6.3	86	78	11	388	27	16	19	36	1.92
89470318--89470356	17	2.3	17	86	8	53	17	10	0	71	1.12
89470845--89470889	22	2.0	22	86	0	63	35	0	6	57	1.25
89470865--89470890	13	2.0	13	100	0	52	38	0	0	61	0.96
89471274--89471308	16	2.3	15	90	5	52	31	2	2	62	1.24
89474627--89474689	21	3.0	21	83	4	74	28	20	46	4	1.71
89475618--89475734	56	2.1	56	96	0	216	38	11	10	39	1.76
89491957--89492010	27	2.0	27	88	0	81	12	25	38	22	1.90
89492175--89492241	27	2.5	27	90	0	107	16	37	29	16	1.91
89492656--89492721	30	2.2	29	84	7	87	59	10	3	27	1.46
89514379--89514404	6	4.3	6	100	0	52	53	15	0	30	1.42
89539501--89539551	26	2.0	26	96	0	93	29	35	23	11	1.90
89539364--89539630	104	2.6	104	92	2	439	29	30	20	18	1.97
89547824--89548006	79	2.3	81	84	7	232	24	22	27	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89547825--89548008	40	4.6	40	83	9	216	23	22	28	25	2.00
89547877--89548041	79	2.1	79	84	6	210	25	21	27	25	1.99
89558871--89559131	40	6.6	40	89	3	368	26	22	27	23	2.00
89569966--89570029	27	2.4	25	72	25	60	23	12	0	64	1.28
89572071--89572095	13	1.9	13	100	0	50	8	32	44	16	1.76
89578244--89578475	49	4.9	49	78	12	232	25	18	31	24	1.98
89578251--89578475	99	2.4	91	85	7	281	25	18	31	24	1.98
89581497--89581552	28	2.0	29	89	10	89	14	19	46	19	1.84
89582584--89582637	28	1.9	28	92	0	90	33	24	20	22	1.97
89582856--89582899	21	2.1	21	100	0	88	36	4	34	25	1.76
89588645--89588814	46	3.7	46	74	10	141	24	28	17	29	1.97
89596176--89596396	46	4.8	44	73	12	142	23	28	19	28	1.98
89597859--89597939	38	2.2	38	95	2	146	28	20	3	46	1.68
89599041--89599164	29	4.3	29	87	2	187	37	12	20	29	1.89
89599041--89599164	57	2.2	58	89	1	187	37	12	20	29	1.89
89599146--89599230	29	2.9	29	84	6	118	37	10	29	22	1.88
89599128--89599325	103	1.9	103	84	4	265	38	10	26	24	1.88
89599284--89599361	29	2.7	29	82	6	86	35	8	24	30	1.86
89602852--89602878	5	5.4	5	100	0	54	81	0	0	18	0.69
89602851--89602885	15	2.4	14	86	13	52	82	0	0	17	0.66
89608366--89608428	31	2.0	31	100	0	126	46	28	6	19	1.74
89608367--89608419	15	3.2	17	70	24	51	43	30	5	20	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89615180--89615329	79	1.9	79	84	0	201	32	10	10	46	1.73
89617451--89617487	17	2.1	19	85	10	51	40	8	5	45	1.56
89617505--89617532	5	5.6	5	100	0	56	42	0	0	57	0.99
89619603--89619761	43	3.7	43	73	12	148	27	19	21	32	1.97
89621781--89621953	43	4.0	43	74	11	140	24	18	26	30	1.98
89621794--89621953	86	1.9	86	82	5	207	25	18	26	29	1.98
89625485--89625515	14	2.2	14	94	0	53	25	0	16	58	1.38
89625943--89626040	24	4.1	24	85	5	135	19	13	31	35	1.90
89626051--89626096	24	1.9	24	82	8	58	26	13	28	32	1.93
89626782--89626816	18	1.9	18	88	0	52	0	5	5	88	0.63

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325