genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.34.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  105315579

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10074834--10075306	44	10.7	44	73	7	291	29	18	24	27	1.98
10076883--10076930	21	2.2	21	85	10	62	35	4	4	56	1.38
10076844--10077043	26	7.7	26	69	14	83	29	9	5	56	1.51
10079764--10079788	3	8.3	3	100	0	50	64	0	0	36	0.94
10084174--10084209	19	1.9	18	88	5	54	41	0	0	58	0.98
10088913--10088963	26	2.0	26	100	0	102	37	15	15	31	1.89
10092475--10092720	49	5.0	49	81	3	285	28	27	18	25	1.98
10104129--10104158	3	10.0	3	100	0	60	66	0	0	33	0.92
10104254--10104286	3	11.0	3	100	0	66	66	0	0	33	0.92
10106010--10106834	44	19.1	44	67	8	307	19	22	21	35	1.96
10105986--10106842	87	10.0	86	87	4	1090	19	22	21	35	1.96
10105995--10106834	169	4.9	170	88	3	1107	19	22	21	35	1.96
10106835--10107236	44	9.3	44	66	14	140	27	22	16	33	1.95
10106835--10107230	132	3.1	131	83	7	531	27	22	16	33	1.96
10106835--10107202	123	2.9	123	86	5	461	27	22	16	33	1.95
10107233--10107552	88	3.6	88	95	0	570	26	27	17	27	1.98
10107305--10107536	47	5.2	47	63	22	149	28	28	17	25	1.98
10109428--10109453	11	2.4	11	100	0	52	0	0	15	84	0.62
10111824--10111890	33	2.0	33	97	0	125	44	13	8	32	1.75
10113608--10113677	3	23.3	3	100	0	140	67	0	0	32	0.91
10114797--10114856	29	2.0	30	90	6	95	48	25	8	18	1.75
10122685--10122714	12	2.5	12	94	0	51	26	10	23	40	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10124156--10124189	17	1.9	18	94	5	61	38	5	2	52	1.41
10127431--10127550	56	2.1	56	98	0	231	45	9	23	22	1.81
10128681--10128905	40	5.7	40	85	5	278	24	21	28	25	1.99
10131519--10131740	97	2.3	97	84	0	282	33	14	22	29	1.94
10131519--10131749	48	4.8	48	80	1	237	34	14	22	29	1.93
10131785--10131823	17	2.3	17	100	0	78	43	20	12	23	1.86
10136063--10136102	20	2.0	20	85	9	55	62	15	5	17	1.49
10139053--10139195	77	1.9	77	81	0	178	23	15	25	35	1.94
10144565--10144638	15	5.0	15	79	9	73	10	14	16	58	1.64
10148671--10148789	60	2.0	60	94	0	211	27	13	14	44	1.82
10149314--10149370	6	9.7	6	78	3	53	71	3	5	19	1.19
10159679--10159754	37	2.0	38	92	2	127	35	6	17	40	1.75
10173850--10173881	14	2.3	14	100	0	64	21	0	18	59	1.38
10176572--10176757	27	6.9	27	86	2	239	27	24	8	38	1.85
10176654--10176932	27	10.3	27	78	6	150	36	20	8	34	1.83
10176735--10176960	54	4.1	54	75	6	222	38	19	8	32	1.83
10176978--10177055	27	2.9	27	77	11	88	35	21	20	21	1.96
10178215--10178262	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
10178301--10178357	9	5.9	9	73	15	51	35	8	21	35	1.84
10178299--10178369	20	3.5	20	94	0	124	35	11	21	32	1.89
10178310--10178364	11	5.4	11	70	16	55	36	12	20	30	1.90
10178416--10178561	23	6.1	24	92	3	217	28	19	22	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10178415--10178568	25	6.4	24	90	3	213	28	19	23	28	1.98
10178415--10178568	48	3.2	48	86	7	222	28	19	23	28	1.98
10181578--10181653	27	2.8	27	81	0	80	40	19	7	31	1.80
10181638--10181698	27	2.3	27	85	0	77	32	29	8	29	1.86
10181649--10181852	27	7.6	27	84	0	228	27	25	7	38	1.83
10181838--10181950	27	4.2	27	79	4	120	38	22	8	30	1.84
10181649--10181861	81	2.6	81	85	0	273	29	25	7	37	1.84
10181838--10181979	54	2.6	53	73	8	144	38	21	9	30	1.85
10182081--10182158	27	2.9	27	75	11	79	35	19	20	24	1.95
10183402--10183452	20	2.5	20	96	0	93	35	9	21	33	1.86
10183499--10183669	25	7.1	24	92	2	249	28	19	22	29	1.98
10187498--10187526	13	2.2	13	100	0	58	31	0	13	55	1.39
10199496--10199674	46	3.9	44	75	11	180	23	18	29	28	1.98
10217047--10217191	40	3.6	40	89	1	211	29	25	20	24	1.99
10223966--10224110	40	3.6	40	91	1	220	28	26	21	24	1.99
10225402--10225449	25	1.9	25	100	0	96	14	20	18	45	1.85
10227834--10227872	21	1.9	20	89	5	60	64	10	2	23	1.37
10228897--10228962	33	2.0	33	100	0	132	18	33	33	15	1.92
10253819--10253908	46	2.0	46	93	0	153	53	11	12	23	1.70
10254556--10254690	67	2.0	67	100	0	270	41	28	10	19	1.84
10265845--10265945	50	2.0	50	100	0	202	50	15	17	15	1.78
10267732--10267756	13	1.9	13	100	0	50	16	36	40	8	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10275626--10275677	27	2.0	26	82	10	63	34	1	17	46	1.59
10278555--10278639	43	1.9	45	83	4	111	30	12	28	28	1.93
10278555--10278738	101	1.8	101	89	4	291	29	14	25	30	1.94
10278555--10278771	101	2.2	100	83	3	256	28	15	25	29	1.96
10282809--10282992	40	4.5	40	77	8	176	23	14	26	35	1.94
10286250--10286325	22	3.0	26	80	12	70	47	2	1	48	1.24
10286287--10286338	10	5.1	10	82	11	61	40	0	1	57	1.10
10286250--10286311	28	2.3	27	81	10	72	46	3	1	48	1.28
10286890--10286927	18	2.2	17	90	4	58	7	42	0	50	1.31
10289111--10289260	43	3.5	43	76	12	148	27	20	24	28	1.99
10289110--10289277	43	3.9	42	75	9	144	26	19	25	29	1.99
10289110--10289268	85	1.9	85	84	7	216	26	20	25	28	1.99
10294569--10294716	41	3.6	41	87	3	201	26	16	26	31	1.96
10298501--10298548	25	1.9	25	95	0	87	47	8	6	37	1.59
10309044--10309068	12	2.1	12	100	0	50	48	0	8	44	1.32
10316749--10316780	14	2.4	13	90	10	55	62	12	6	18	1.50
10318920--10319007	27	3.2	27	77	7	88	43	22	13	20	1.87
10318930--10319016	27	3.2	27	77	6	86	41	18	16	24	1.90
10329814--10329868	28	2.0	28	88	0	83	25	25	25	23	2.00
10331142--10331248	45	2.4	44	87	1	151	31	14	20	32	1.93
10331156--10331266	44	2.5	45	86	1	125	33	16	18	32	1.93
10340051--10340095	22	2.0	22	100	0	90	37	13	22	26	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10341933--10341963	13	2.5	13	94	5	55	29	0	16	54	1.42
10345418--10345479	27	2.3	28	78	13	67	35	17	17	29	1.93
10346551--10346580	14	2.1	15	93	6	53	63	13	10	13	1.52
10365594--10365629	19	1.9	19	88	5	56	19	11	8	61	1.54
10365846--10365949	40	2.6	40	87	3	138	23	23	26	26	2.00
10366120--10366174	25	2.2	25	90	6	85	27	12	32	27	1.93
10390060--10390121	22	2.9	21	78	7	61	20	20	22	35	1.96
10390281--10390395	27	4.3	27	84	6	135	20	23	19	37	1.94
10390316--10390408	27	3.4	27	86	2	98	23	24	17	34	1.96
10390598--10390694	6	15.8	6	74	16	83	18	16	16	48	1.82
10390545--10390685	31	4.5	31	89	2	212	17	15	14	51	1.76
10390568--10390694	12	10.4	12	72	16	84	18	15	16	49	1.80
10392649--10392814	27	6.1	27	83	0	197	41	19	7	30	1.80
10392649--10392814	54	3.1	54	89	0	260	41	19	7	30	1.80
10392811--10393127	27	12.0	27	81	6	330	35	18	20	24	1.95
10393578--10393642	22	3.0	22	77	8	69	20	21	23	35	1.96
10393801--10393929	27	4.8	27	84	3	116	17	24	20	37	1.94
10394089--10394207	6	19.3	6	72	14	82	19	15	15	48	1.81
10394066--10394207	31	4.5	31	89	0	212	19	15	14	50	1.78
10394108--10394161	19	3.2	19	64	33	50	20	14	16	48	1.81
10396101--10396138	14	2.9	13	81	11	51	18	13	10	57	1.63
10402550--10402587	14	2.9	13	81	11	51	18	13	10	57	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10407305--10407470	45	3.6	46	76	9	158	34	21	24	19	1.96
10407492--10407694	54	3.8	53	84	4	246	36	17	24	21	1.95
10423657--10423743	37	2.3	38	86	7	115	26	29	19	24	1.98
10430577--10430659	41	2.0	41	100	0	166	26	16	7	49	1.72
10431819--10431890	30	2.4	30	77	13	76	51	5	11	31	1.60
10431820--10431890	31	2.3	31	79	11	76	52	5	11	30	1.60
10432835--10432885	25	2.1	24	82	10	59	21	5	19	52	1.66
10465397--10465468	27	2.7	27	93	0	117	33	18	19	29	1.95
10465450--10465545	27	3.6	26	87	6	138	42	20	5	31	1.74
10465450--10465628	27	6.7	26	81	7	137	39	21	7	31	1.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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