genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.280.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  105315579

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91536132--91536239	26	4.2	26	88	4	164	35	23	8	33	1.85
91536764--91536810	21	2.3	20	88	3	67	38	14	0	46	1.45
91552717--91552779	29	2.1	29	82	2	72	46	3	6	44	1.45
91559641--91559703	30	2.1	30	91	5	101	28	4	11	55	1.55
91562083--91562125	6	7.2	6	91	0	68	16	16	16	51	1.77
91562872--91562951	41	1.9	42	90	7	128	22	25	31	21	1.98
91565205--91565373	54	3.2	52	75	20	156	27	18	15	38	1.91
91565331--91565460	49	2.6	50	83	3	154	23	30	19	26	1.98
91567000--91567034	18	1.9	18	88	0	52	60	0	0	40	0.97
91577266--91577397	37	3.6	37	92	0	210	21	19	32	26	1.97
91578836--91578986	43	3.5	43	79	5	146	27	14	23	35	1.93
91582129--91582162	17	1.9	18	88	5	52	50	0	0	50	1.00
91583272--91583340	31	2.3	30	78	14	70	33	7	10	49	1.64
91584098--91584192	49	1.9	49	87	4	138	43	12	15	28	1.84
91585223--91585251	11	2.6	11	100	0	58	27	0	0	72	0.85
91587087--91587129	19	2.1	21	87	8	63	27	0	27	44	1.55
91587094--91587149	21	2.7	21	82	15	64	26	0	28	44	1.54
91588975--91589039	27	2.4	27	84	5	78	60	3	3	33	1.28
91589431--91589464	17	2.1	17	88	5	52	35	0	0	64	0.94
91592157--91592201	22	2.0	23	82	8	56	20	20	2	57	1.51
91592737--91592780	21	2.0	21	86	4	61	72	4	0	22	1.02
91593149--91593828	339	2.0	337	94	0	1189	41	14	9	34	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91595506--91595531	7	3.7	7	100	0	52	15	15	26	42	1.87
91595841--91595953	36	3.2	36	73	7	113	25	23	23	26	2.00
91595842--91596012	71	2.4	71	86	3	220	27	24	23	24	2.00
91595874--91595985	35	3.2	35	72	9	111	25	22	25	27	2.00
91598902--91599488	48	12.1	48	96	1	1012	36	6	26	30	1.81
91599635--91599780	37	3.9	38	92	3	226	23	17	30	28	1.97
91601637--91601673	20	1.9	18	89	10	56	43	0	21	35	1.53
91602230--91602405	46	3.8	46	79	12	216	20	19	29	30	1.97
91602227--91602397	93	1.8	93	94	0	306	20	20	29	29	1.98
91609876--91609911	12	3.0	12	87	0	54	25	27	5	41	1.77
91609884--91609915	16	1.9	17	93	6	57	25	28	6	40	1.79
91617899--91619520	72	21.4	72	75	12	1152	29	16	20	33	1.95
91617899--91618604	222	3.2	220	88	4	1003	30	16	20	32	1.94
91618888--91619489	145	3.9	162	81	11	537	29	17	20	33	1.95
91619054--91619510	217	2.1	217	90	2	711	30	17	19	32	1.95
91619053--91619510	145	3.2	144	89	3	704	30	17	19	32	1.95
91619402--91619707	128	2.4	127	83	5	377	28	16	20	35	1.94
91619599--91619706	54	2.0	55	85	1	146	28	13	19	37	1.90
91619728--91619755	14	2.0	14	100	0	56	14	21	7	57	1.61
91619760--91619991	74	3.0	75	76	10	243	30	15	20	33	1.93
91619652--91619991	165	2.1	159	83	6	418	27	16	20	35	1.94
91620095--91620205	54	2.1	54	89	0	168	30	11	15	42	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91620174--91620429	77	3.4	77	91	2	383	25	17	21	34	1.96
91620174--91620463	77	3.8	77	87	3	354	24	19	21	34	1.96
91620460--91620496	14	2.8	13	84	8	56	10	13	8	67	1.41
91621262--91621406	30	4.8	30	87	1	186	26	48	4	20	1.68
91621972--91622115	25	5.7	26	72	14	95	34	7	4	53	1.51
91622278--91622325	16	3.1	15	90	6	69	31	2	2	64	1.16
91622278--91622329	8	6.5	8	82	8	61	30	1	1	65	1.14
91640868--91641009	42	3.3	43	81	3	160	24	18	26	30	1.98
91640856--91641019	43	3.8	43	75	9	147	24	17	26	31	1.97
91643722--91643756	9	3.8	9	85	7	52	37	11	20	31	1.88
91643720--91643763	19	2.3	19	96	0	79	36	11	22	29	1.89
91646575--91646848	94	2.9	94	79	9	279	23	29	20	26	1.98
91654224--91654430	46	4.5	46	72	10	147	23	28	19	27	1.98
91654166--91654440	94	2.9	94	74	9	242	23	30	20	26	1.98
91661614--91661665	26	2.0	26	96	0	95	13	23	34	28	1.92
91661536--91661904	104	3.6	102	92	4	580	20	19	29	30	1.97
91661819--91661870	27	1.9	27	96	0	95	15	23	32	28	1.95
91664368--91664420	24	2.2	25	82	3	63	28	22	30	18	1.98
91667783--91667845	12	5.3	12	71	16	51	34	0	3	61	1.12
91668144--91668183	3	13.3	3	89	0	62	37	0	2	60	1.11
91668311--91668360	3	17.0	3	76	12	50	38	2	2	58	1.21
91669191--91669366	70	2.3	75	82	11	193	40	1	20	37	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91669546--91669613	34	1.9	36	88	11	106	39	1	23	35	1.64
91669543--91669618	18	4.4	17	77	14	84	42	1	23	32	1.63
91669543--91669624	34	2.4	33	82	13	105	41	1	23	34	1.62
91669543--91669631	17	5.1	18	80	9	80	41	1	23	33	1.62
91669760--91669854	38	2.6	36	70	6	82	18	18	28	33	1.95
91670678--91670717	21	2.0	20	85	5	53	22	27	37	12	1.90
91672059--91672269	94	2.2	94	81	3	246	24	27	19	28	1.99
91672059--91672269	46	4.5	48	78	7	182	24	27	19	28	1.99
91675561--91675601	19	2.3	17	87	8	55	48	2	0	48	1.14
91683153--91683177	5	5.0	5	100	0	50	20	0	0	80	0.72
91684852--91684878	12	2.2	12	100	0	54	14	40	7	37	1.74
91691475--91691654	86	2.1	87	96	3	335	37	11	12	38	1.79
91691802--91691842	21	2.0	21	85	9	57	7	19	0	73	1.07
91694334--91694385	13	3.9	14	82	7	72	82	7	0	9	0.84
91694338--91694385	8	5.6	8	76	13	51	83	6	0	10	0.81
91694334--91694388	14	4.1	13	81	6	65	81	9	0	9	0.87
91694336--91694385	18	2.7	18	82	11	57	84	6	0	10	0.79
91694336--91694389	27	2.0	27	100	0	108	81	7	0	11	0.87
91694534--91694684	77	2.0	77	94	0	266	35	11	17	35	1.86
91708758--91708793	13	2.8	14	84	16	51	27	25	0	47	1.52
91708745--91708785	18	2.2	19	87	12	59	29	24	0	46	1.53
91709428--91709477	15	3.3	15	82	0	73	50	12	2	36	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91710920--91710945	7	3.7	7	100	0	52	84	0	0	15	0.62
91712967--91713010	19	2.3	19	92	0	70	20	18	18	43	1.89
91716941--91717085	47	3.2	47	62	21	110	30	17	23	28	1.97
91716902--91717125	88	2.6	88	92	0	360	29	17	25	27	1.97
91717087--91717682	44	13.4	44	77	9	546	27	16	32	23	1.96
91717264--91717470	67	2.9	72	86	7	298	23	16	33	26	1.96
91717331--91717713	128	3.0	126	86	7	485	27	16	32	23	1.96
91717974--91718000	14	1.9	14	100	0	54	81	0	0	18	0.69
91719182--91719219	19	2.0	19	100	0	76	31	26	10	31	1.90
91721246--91721296	24	2.1	24	85	7	68	21	21	17	39	1.93
91721266--91721309	19	2.3	19	92	0	70	20	18	18	43	1.89
91723398--91723427	6	5.0	6	91	0	51	50	13	33	3	1.58
91725274--91725497	88	2.6	87	91	2	342	28	18	26	27	1.98
91725459--91725912	44	10.4	44	88	6	690	28	17	32	21	1.96
91725661--91725912	93	2.8	91	90	5	383	28	17	32	21	1.96
91725661--91725909	137	1.8	137	95	0	453	28	18	32	21	1.96
91726204--91726230	14	1.9	14	100	0	54	81	0	0	18	0.69
91727520--91727545	7	3.7	7	100	0	52	84	0	0	15	0.62
91731391--91731505	27	4.3	27	86	5	153	35	23	25	15	1.94
91731391--91731505	54	2.1	54	88	3	169	35	23	25	15	1.94
91733122--91733257	26	5.2	26	97	0	236	36	24	5	33	1.78
91735769--91735794	13	2.0	13	100	0	52	23	7	7	61	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91737490--91737530	15	2.5	17	80	11	50	29	2	0	68	1.03
91749421--91749458	7	5.4	7	100	0	76	26	42	0	31	1.56
91754955--91755015	3	20.3	3	100	0	122	67	0	32	0	0.91
91755441--91755548	56	1.9	55	92	1	180	40	8	12	38	1.72
91759407--91759443	15	2.5	15	95	0	65	27	13	21	37	1.91
91759528--91759580	23	2.3	24	87	6	74	20	16	11	50	1.76
91759925--91759958	15	2.3	15	89	0	50	44	11	29	14	1.81
91760289--91760394	56	1.9	56	83	7	137	43	8	7	40	1.63
91763022--91763074	18	2.9	18	75	13	54	58	5	0	35	1.22
91768659--91768690	8	3.8	9	88	12	50	78	0	0	21	0.76

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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