genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.92.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  105315579

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29347438--29347559	22	5.3	22	62	21	61	33	11	29	25	1.91
29351335--29351499	43	3.9	43	75	11	142	30	13	23	32	1.93
29354609--29354714	41	2.5	43	80	4	126	28	16	22	33	1.95
29358545--29358595	20	2.5	21	76	20	63	39	15	9	35	1.81
29361650--29361730	43	1.9	41	82	5	99	29	13	25	30	1.94
29368791--29368851	26	2.3	27	81	18	74	62	0	9	27	1.27
29375592--29375624	15	2.2	15	100	0	66	48	15	12	24	1.78
29376033--29376118	43	2.0	43	90	0	136	32	32	17	17	1.93
29379612--29379694	29	2.9	29	77	0	85	28	33	12	25	1.92
29380219--29380286	34	2.0	34	100	0	136	26	26	23	23	2.00
29389629--29389710	43	1.9	43	97	0	155	29	30	20	19	1.97
29393243--29393349	27	4.0	26	75	10	81	39	19	22	18	1.93
29394518--29394550	16	2.1	16	94	0	57	54	6	33	6	1.50
29401111--29401215	27	3.9	26	73	12	77	40	20	20	19	1.92
29403214--29403358	53	2.7	53	88	3	202	28	22	12	36	1.90
29404386--29404420	16	2.2	16	100	0	70	40	5	22	31	1.78
29409824--29409946	22	5.5	22	78	8	115	34	17	21	26	1.96
29409839--29409946	45	2.4	44	84	6	137	36	15	21	26	1.94
29415827--29415926	51	2.0	51	88	4	148	32	26	17	25	1.97
29420796--29421040	49	4.9	50	82	2	296	25	18	26	29	1.98
29420798--29421027	100	2.3	98	87	3	309	25	18	25	30	1.98
29426305--29426447	49	2.8	51	84	2	191	25	20	24	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29428051--29428246	40	4.9	40	90	1	270	23	20	26	29	1.99
29432649--29432806	68	2.3	68	77	11	160	20	28	15	34	1.94
29437221--29437454	40	5.9	40	91	0	353	24	27	21	26	1.99
29445207--29445436	40	5.9	40	92	4	380	23	28	22	26	1.99
29445207--29445436	78	2.9	80	90	4	380	23	28	22	26	1.99
29445181--29445436	118	2.2	116	89	4	388	22	27	23	26	1.99
29453199--29453392	40	4.9	40	92	0	309	21	27	22	28	1.99
29459308--29459483	68	2.6	68	78	12	175	22	27	15	34	1.94
29462687--29462734	24	2.0	24	95	0	87	35	6	25	33	1.81
29466247--29466286	19	2.1	19	86	9	55	32	2	5	60	1.32
29468321--29468443	61	2.0	61	100	0	246	43	32	3	21	1.69
29475837--29475881	21	2.2	20	88	4	63	28	26	26	17	1.98
29477808--29477853	19	2.3	20	88	3	67	15	2	0	82	0.76
29477807--29477880	25	2.9	25	86	7	96	17	4	0	78	0.90
29477807--29477880	20	3.8	20	80	3	80	17	4	0	78	0.90
29477808--29477880	5	14.8	5	74	23	66	17	4	0	78	0.91
29480767--29480799	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
29484569--29484611	14	3.1	14	80	6	52	58	9	2	30	1.42
29484569--29484607	13	2.9	13	84	3	51	58	10	2	28	1.44
29488678--29488932	68	3.9	64	77	9	230	30	16	28	24	1.96
29491617--29491698	42	1.9	43	82	7	105	21	15	26	35	1.94
29504946--29505121	46	3.8	46	80	10	205	21	20	28	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29504943--29505113	93	1.8	93	92	0	288	21	21	29	28	1.98
29506632--29506804	85	2.0	85	95	2	312	26	28	8	36	1.86
29513970--29514027	29	2.2	26	85	14	75	34	27	18	18	1.95
29519133--29519194	31	2.0	31	90	0	97	41	11	14	32	1.81
29519611--29519653	20	2.2	21	84	12	56	67	2	0	30	1.03
29520877--29520910	17	2.0	17	94	0	59	61	5	20	11	1.50
29522990--29523019	13	2.3	13	100	0	60	23	0	30	46	1.52
29527965--29528312	47	7.4	47	90	4	528	33	7	29	29	1.85
29527965--29528312	95	3.7	96	92	4	554	33	7	29	29	1.85
29530529--29530834	40	7.7	40	91	2	467	24	22	28	24	1.99
29534204--29534605	47	8.4	47	92	2	635	32	8	29	29	1.86
29534204--29534605	96	4.2	94	92	2	635	32	8	29	29	1.86
29538583--29538621	20	2.0	20	85	10	53	35	17	2	43	1.63
29550149--29550194	6	7.5	6	80	4	56	17	6	0	76	1.00
29550149--29550197	18	2.6	19	83	6	64	18	8	0	73	1.07
29555086--29555119	17	2.0	17	88	0	50	41	26	5	26	1.78
29571675--29571713	13	2.9	14	88	11	55	10	17	0	71	1.12
29573021--29573070	23	2.2	23	85	0	64	42	14	10	34	1.78
29573030--29573076	23	2.0	23	95	0	85	44	10	8	36	1.70
29573955--29574059	27	3.9	27	68	5	70	36	23	7	32	1.83
29574043--29574183	27	5.2	27	82	2	167	34	16	21	27	1.94
29574043--29574185	54	2.6	54	86	2	189	34	16	20	27	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29574579--29574636	22	2.6	22	86	5	73	18	25	24	31	1.98
29574960--29575040	6	13.3	6	75	12	76	18	17	14	49	1.80
29576995--29577098	27	3.9	27	67	5	75	35	24	8	31	1.86
29577090--29577191	27	3.8	27	84	0	132	34	17	21	26	1.96
29577083--29577188	54	2.0	54	86	0	149	33	16	19	29	1.94
29577514--29577573	22	2.7	22	82	5	68	21	25	23	30	1.99
29577895--29577974	6	13.0	6	72	15	65	18	17	16	47	1.83
29577898--29577961	25	2.6	25	87	0	83	17	18	17	46	1.84
29577926--29577990	19	3.5	19	79	12	80	18	21	13	46	1.84
29577926--29578007	37	2.2	37	91	0	128	19	19	14	46	1.84
29577982--29578028	18	2.6	19	83	9	55	23	10	14	51	1.74
29578956--29579181	48	4.8	46	79	11	210	24	30	17	28	1.97
29578955--29579181	44	4.8	46	79	10	228	24	29	17	28	1.97
29582465--29582505	15	2.8	16	82	14	52	7	4	7	80	1.02
29605995--29606024	14	2.2	13	94	5	51	33	0	13	53	1.40
29608671--29608841	93	1.8	93	96	0	315	29	28	20	21	1.98
29608666--29608838	46	3.7	46	78	13	210	30	27	20	21	1.98
29609258--29609316	30	2.0	30	89	0	91	30	25	8	35	1.86
29610410--29610664	48	5.3	48	84	2	316	30	28	14	25	1.95
29610432--29610664	96	2.4	96	93	0	385	30	28	15	25	1.95
29625247--29625354	52	2.1	52	100	0	216	29	11	25	34	1.90
29625887--29625929	21	2.0	21	86	8	61	27	9	6	55	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29625889--29625929	20	2.0	21	85	4	57	26	9	7	56	1.58
29633750--29633934	41	4.6	41	82	5	207	23	22	27	27	1.99
29633736--29633958	81	2.8	77	78	10	223	23	21	27	27	1.99
29641382--29641486	41	2.6	41	96	0	192	26	19	24	29	1.98
29641363--29641567	41	5.1	40	82	5	184	22	20	28	27	1.99
29641368--29641567	81	2.5	78	80	8	222	23	21	28	27	1.99
29641368--29641590	81	2.8	76	76	12	205	23	21	27	27	1.99
29643026--29643210	79	2.3	81	80	7	209	24	27	21	25	1.99
29643026--29643210	40	4.7	40	80	6	198	24	27	21	25	1.99
29655414--29655447	17	2.0	17	94	0	59	52	8	17	20	1.71
29655821--29655871	21	2.4	21	80	9	68	23	35	5	35	1.79
29658577--29658689	55	2.1	54	83	8	140	17	21	23	38	1.94
29658577--29658689	27	4.2	26	82	8	118	17	21	23	38	1.94
29663284--29663351	28	2.4	28	92	0	109	27	30	16	25	1.96
29670840--29670907	28	2.4	28	87	0	91	29	35	13	22	1.92
29670893--29670989	40	2.4	40	82	0	113	32	23	17	25	1.96
29674867--29674902	17	2.1	17	100	0	72	19	36	16	27	1.93
29682843--29682927	41	2.1	41	88	0	125	21	40	18	20	1.92
29683925--29684140	46	4.7	45	77	12	174	23	29	18	29	1.98
29690735--29690812	29	2.7	28	84	11	104	25	15	30	28	1.96
29690765--29691091	173	1.9	174	93	0	566	29	14	24	31	1.94
29695329--29695646	94	3.4	96	75	13	270	25	28	19	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29695331--29695640	46	6.6	46	74	14	183	25	28	19	27	1.99
29700404--29700581	27	6.6	27	79	3	115	28	28	16	26	1.97
29700404--29700581	54	3.3	55	80	10	204	28	28	16	26	1.97
29700425--29700580	82	1.9	81	85	3	215	28	28	16	26	1.97
29708476--29708653	27	6.6	27	81	5	162	28	29	16	25	1.97
29708497--29708652	82	1.9	81	86	3	224	28	28	16	26	1.97
29717721--29717941	49	4.6	48	73	12	152	24	28	19	28	1.98
29730049--29730101	21	2.5	23	82	11	60	30	26	9	33	1.88
29733666--29733710	22	2.0	22	100	0	90	60	4	22	13	1.51
29733707--29733788	39	2.1	39	93	4	139	58	7	24	9	1.55

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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