genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.84.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  105315579

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26833277--26833377	7	13.4	7	72	13	76	23	0	40	35	1.55
26833277--26833377	15	6.7	15	75	10	82	23	0	40	35	1.55
26833280--26833339	22	2.6	22	89	5	84	23	0	36	40	1.55
26833274--26833411	38	3.7	37	83	4	152	23	0	39	36	1.60
26833301--26833377	30	2.6	30	80	12	95	24	0	41	33	1.55
26833456--26833508	28	1.9	27	88	3	79	20	1	41	35	1.64
26833451--26833517	14	4.7	14	72	9	55	19	1	38	40	1.61
26833608--26833636	15	1.9	15	100	0	58	20	0	48	31	1.50
26833682--26833800	26	4.6	26	84	8	145	44	7	3	44	1.49
26833682--26833798	51	2.3	51	84	10	157	44	7	3	44	1.49
26836046--26836151	42	2.5	43	81	3	124	35	25	21	16	1.95
26836046--26836141	21	4.5	21	85	2	111	36	26	21	15	1.93
26836046--26836153	21	5.0	22	78	9	89	36	25	22	16	1.94
26836524--26836581	15	3.8	15	88	2	89	51	12	0	36	1.39
26837993--26838174	39	4.6	40	78	12	189	25	27	22	24	2.00
26837993--26838175	79	2.3	80	81	9	207	25	27	22	24	2.00
26841292--26841442	40	3.8	39	84	10	139	23	22	28	25	1.99
26841345--26841470	40	3.2	40	93	1	200	23	22	28	26	1.99
26841371--26841519	39	3.8	37	83	7	129	24	21	28	25	1.99
26848333--26849027	49	14.4	49	93	2	1135	33	8	29	29	1.86
26848333--26849027	241	2.9	241	94	0	1214	33	8	29	29	1.86
26848333--26849027	290	2.4	290	96	0	1268	33	8	29	29	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26850796--26850933	67	2.1	67	95	0	249	39	21	16	22	1.92
26851539--26851585	24	2.0	24	86	0	67	31	19	6	42	1.76
26851799--26851875	14	5.6	14	72	17	63	44	0	1	54	1.08
26851799--26851853	24	2.3	24	81	6	67	43	0	1	54	1.10
26851820--26851885	29	2.3	29	89	5	98	42	0	0	57	0.98
26851806--26851875	29	2.6	26	82	13	72	45	0	1	52	1.09
26851799--26851858	20	3.0	20	70	4	59	41	0	1	56	1.09
26851822--26851881	16	4.0	15	76	22	63	45	0	0	55	0.99
26852157--26852268	9	12.4	9	88	0	143	43	26	1	27	1.65
26852157--26852270	27	4.2	27	88	0	165	43	26	1	28	1.65
26857331--26857359	14	2.1	14	93	6	51	34	0	10	55	1.34
26858068--26858133	31	2.1	31	94	0	96	16	9	21	53	1.71
26858725--26858791	35	1.9	35	85	11	93	32	8	20	37	1.84
26864426--26864599	40	4.3	40	76	9	158	36	17	28	17	1.93
26864426--26864599	80	2.2	80	79	6	192	36	17	28	17	1.93
26866553--26866612	27	2.3	26	82	2	66	36	20	21	21	1.95
26867300--26867353	27	2.0	27	85	3	74	35	20	22	22	1.96
26867354--26867549	27	7.3	27	81	4	207	24	18	19	36	1.95
26867354--26867553	81	2.5	81	86	0	283	24	19	19	36	1.95
26874145--26874196	27	1.9	27	84	0	68	32	21	25	21	1.98
26874245--26874296	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
26874949--26875147	27	7.4	27	86	2	258	25	21	18	34	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26877018--26877201	40	4.6	40	83	6	230	25	23	26	25	2.00
26877018--26877237	80	2.8	80	85	5	279	24	23	26	25	2.00
26885110--26885328	40	5.6	40	83	5	259	24	22	26	26	2.00
26888653--26888686	15	2.2	16	89	5	52	8	5	17	67	1.37
26895106--26895267	45	3.6	45	88	3	222	22	23	28	25	1.99
26897491--26897538	18	2.7	18	96	0	87	39	6	20	33	1.78
26897656--26897827	93	1.8	93	91	2	283	21	19	30	29	1.97
26897666--26897830	46	3.6	46	77	12	185	21	18	29	30	1.97
26911999--26912062	24	2.6	25	85	4	87	32	29	15	21	1.95
26912091--26912560	94	5.0	94	95	0	823	40	18	10	30	1.84
26917491--26917827	40	8.4	40	81	4	405	27	27	21	23	1.99
26917491--26917827	80	4.2	80	93	1	545	27	27	21	23	1.99
26919502--26919543	19	2.3	19	87	4	59	9	14	0	76	1.02
26921518--26921573	28	2.0	28	100	0	112	46	7	21	25	1.76
26930008--26930036	14	2.0	15	93	6	51	68	0	3	27	1.05
26931913--26931974	32	1.9	32	100	0	124	33	11	12	41	1.79
26933046--26933172	39	3.3	39	80	0	164	44	18	3	33	1.66
26936870--26936915	24	2.0	23	84	12	60	47	10	10	30	1.73
26941299--26941327	12	2.4	12	100	0	58	31	17	44	6	1.75
26961250--26961296	22	2.1	22	96	0	85	34	12	10	42	1.78
26961593--26961660	34	2.0	34	97	0	127	30	8	19	41	1.82
26966006--26966166	43	3.7	43	78	13	188	22	19	26	31	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26971886--26971933	23	2.1	22	85	11	62	25	4	18	52	1.63
26972606--26972762	43	3.7	43	79	10	169	22	15	27	33	1.95
26977542--26977965	47	9.1	47	94	1	683	31	9	30	28	1.88
26978084--26978160	35	2.1	37	90	4	122	24	19	31	24	1.98
26978720--26978856	40	3.4	39	82	7	132	27	21	26	24	1.99
26978674--26978869	80	2.5	81	81	6	213	26	22	26	24	2.00
26982449--26982920	47	10.1	47	94	0	750	32	9	29	28	1.88
26983039--26983117	37	2.1	37	88	4	115	25	18	30	25	1.98
26985122--26985240	27	4.4	27	86	0	157	34	18	21	25	1.96
26985892--26985943	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
26987989--26988057	26	2.6	27	74	2	68	42	20	20	17	1.90
26995562--26995586	5	5.0	5	100	0	50	20	0	0	80	0.72
26997918--26997971	21	2.6	21	81	0	72	24	35	27	12	1.92
27000327--27000475	27	5.5	27	90	0	217	30	21	7	40	1.81
27000454--27000539	27	3.2	27	76	3	66	41	22	5	30	1.77
27000327--27000502	54	3.3	54	81	6	203	31	20	7	39	1.81
27000468--27000591	54	2.3	54	79	5	135	41	19	9	29	1.83
27000495--27000645	27	5.7	26	77	9	128	41	20	10	27	1.85
27000618--27000805	27	7.0	26	84	5	232	35	19	21	23	1.96
27000618--27000823	54	3.8	54	87	1	263	35	18	21	24	1.96
27001027--27001096	25	2.8	25	86	0	95	28	25	21	24	1.99
27001037--27001123	25	3.5	24	78	12	70	27	24	21	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27002452--27002669	43	5.0	44	75	8	187	24	16	27	31	1.97
27002451--27002669	84	2.5	87	81	8	227	24	16	27	31	1.97
27003348--27003392	19	2.4	19	100	0	90	28	4	24	42	1.74
27018830--27018951	56	2.2	57	83	7	151	30	17	19	32	1.95
27022190--27022266	38	2.0	38	100	0	154	33	20	10	35	1.87
27023673--27023706	8	4.1	8	85	7	50	61	2	0	35	1.11
27027487--27027598	43	2.6	43	80	4	145	27	28	16	26	1.97
27029159--27029189	6	5.0	6	92	7	53	0	19	0	80	0.71
27029162--27029187	13	2.0	13	100	0	52	0	23	0	76	0.78
27029172--27029213	16	2.6	16	85	14	59	2	23	0	73	0.94
27029160--27029213	9	5.9	9	75	12	56	1	22	0	75	0.89
27029622--27029783	62	2.6	62	81	3	193	24	27	27	19	1.99
27031582--27031612	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
27031579--27031618	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
27031803--27032057	55	4.8	53	80	6	216	22	24	16	36	1.95
27031850--27032050	108	1.8	110	89	4	318	23	24	17	34	1.96
27034258--27034318	30	2.1	29	96	3	113	24	16	22	36	1.94
27037550--27037923	182	2.1	182	96	0	694	30	16	21	31	1.95
27040074--27040297	40	5.7	40	86	6	296	24	22	27	25	2.00
27040074--27040297	78	2.8	80	84	8	296	24	22	27	25	2.00
27048047--27048157	40	2.9	39	88	9	151	26	21	25	27	2.00
27048061--27048176	40	2.9	40	86	6	112	25	21	27	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27058139--27058205	33	2.0	33	100	0	134	43	14	11	29	1.82
27066971--27067069	29	3.4	29	84	5	121	26	29	15	29	1.96
27066942--27067069	57	2.2	57	82	8	145	25	29	15	28	1.96
27066948--27067093	29	5.1	28	78	11	111	26	28	15	30	1.96
27071558--27071706	43	3.5	42	77	9	131	24	18	24	32	1.97
27071602--27071719	43	2.8	42	76	11	123	25	18	24	31	1.98
27080099--27080282	40	4.6	40	89	2	255	27	27	21	23	1.99
27089904--27089977	29	2.6	29	86	4	96	25	31	16	27	1.96
27097850--27098072	40	5.6	39	82	5	236	25	21	26	26	2.00
27097850--27098072	78	2.8	79	80	8	247	25	21	26	26	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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