genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.309.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  105315579

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100151462--100151588	51	2.5	51	80	8	136	56	3	4	35	1.36
100151560--100151605	25	1.9	25	86	8	69	60	0	4	34	1.16
100151473--100151605	45	2.8	48	76	15	132	57	3	4	35	1.35
100152137--100152357	30	7.4	30	92	0	361	22	3	47	26	1.68
100163682--100163722	21	2.0	21	95	0	73	19	12	19	48	1.80
100175707--100175826	43	2.7	45	82	5	129	26	24	15	34	1.94
100175750--100175836	45	1.9	45	85	0	120	28	25	14	31	1.95
100177669--100177746	3	26.3	3	71	12	54	34	6	2	56	1.39
100177669--100177752	11	7.2	11	70	11	51	34	5	3	55	1.41
100180175--100180241	33	2.0	33	82	5	82	16	8	37	37	1.80
100195154--100195192	20	2.0	20	84	0	51	48	20	5	25	1.70
100202420--100202466	21	2.2	22	92	3	78	21	38	19	21	1.94
100209388--100209429	9	4.4	10	82	11	52	73	2	0	23	0.94
100209376--100209429	20	2.7	19	86	8	72	72	3	0	24	1.01
100209522--100209566	20	2.2	21	84	11	58	60	0	2	37	1.09
100213438--100213478	18	2.3	18	87	8	57	46	0	29	24	1.53
100214504--100214528	10	2.5	10	100	0	50	84	0	0	16	0.63
100214632--100214666	18	1.9	18	88	11	54	77	0	0	22	0.78
100216364--100216396	6	5.5	6	96	0	57	0	66	0	33	0.92
100217520--100217562	19	2.4	19	88	7	63	37	13	11	37	1.82
100217528--100217564	19	1.9	19	100	0	74	37	10	16	35	1.83
100217528--100217587	19	2.8	22	85	9	63	40	8	15	36	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100217855--100217888	18	1.9	17	88	5	50	29	0	0	70	0.87
100226291--100226478	89	2.1	89	89	0	295	32	18	22	25	1.97
100227867--100228111	40	6.2	39	87	2	276	24	26	22	26	2.00
100227831--100228111	79	3.6	79	83	5	302	24	25	22	26	2.00
100236265--100236509	40	6.2	39	87	2	285	25	25	22	26	2.00
100236229--100236509	79	3.6	79	83	5	302	25	25	22	26	2.00
100237246--100237514	78	3.4	78	89	1	405	30	19	24	24	1.98
100237538--100237731	45	4.3	45	87	2	266	31	14	28	24	1.94
100237536--100237723	89	2.1	90	88	1	288	30	14	29	25	1.95
100238088--100238197	19	5.9	19	91	6	190	37	10	14	37	1.81
100238486--100238520	18	2.0	17	88	5	52	31	0	0	68	0.90
100240454--100240645	38	4.9	39	81	5	183	32	25	21	20	1.98
100243446--100243527	28	3.1	28	65	31	81	21	23	19	35	1.96
100243433--100243535	50	2.1	50	98	0	197	22	23	17	36	1.94
100243458--100243534	21	3.3	21	66	30	57	22	23	15	38	1.92
100250065--100250292	46	5.0	46	92	0	312	21	22	14	40	1.90
100256664--100256845	38	4.7	39	82	6	147	31	24	20	23	1.98
100256696--100256838	38	3.7	38	86	2	198	30	24	22	22	1.99
100260531--100260561	14	2.2	14	94	0	53	38	19	9	32	1.84
100264760--100264799	7	5.7	7	93	0	71	45	52	0	2	1.14
100264759--100264799	21	2.0	21	100	0	82	43	51	0	4	1.23
100271650--100271895	121	2.0	122	96	0	458	36	10	14	38	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100276542--100276586	23	1.9	23	86	4	63	57	4	2	35	1.31
100277960--100277995	16	2.2	17	90	5	56	50	0	0	50	1.00
100281791--100281816	1	26.0	1	100	0	52	0	0	0	100	0.00
100283212--100283240	15	1.9	15	100	0	58	13	27	17	41	1.87
100287634--100287672	18	2.2	18	90	0	60	53	2	0	43	1.14
100309571--100309600	15	2.0	15	93	0	51	23	6	36	33	1.81
100312371--100312437	31	2.1	31	83	8	82	41	7	10	40	1.67
100316947--100316976	5	6.0	5	100	0	60	40	0	0	60	0.97
100319295--100319359	26	2.5	26	85	2	78	26	20	16	36	1.93
100319408--100319463	26	2.2	26	83	6	69	14	16	23	46	1.83
100321103--100321130	10	2.8	10	100	0	56	21	25	10	42	1.85
100325341--100325408	32	2.1	32	81	10	77	22	4	17	55	1.59
100325404--100325476	32	2.5	27	76	19	83	26	4	19	50	1.65
100325417--100325477	32	1.9	32	93	0	104	27	4	18	49	1.68
100326455--100326506	9	5.8	9	95	0	86	23	9	28	38	1.86
100326667--100326691	12	2.1	12	100	0	50	16	24	36	24	1.94
100327316--100327374	14	4.2	14	91	6	84	37	16	8	37	1.80
100327320--100327382	29	2.2	28	83	10	83	34	15	7	41	1.77
100327316--100327382	14	4.7	14	89	7	64	37	14	7	40	1.75
100328379--100328425	16	2.9	16	81	15	60	29	0	0	70	0.88
100328379--100328425	17	2.8	17	84	12	62	29	0	0	70	0.88
100335010--100335060	23	2.2	23	89	6	77	49	7	0	43	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100335348--100335431	32	2.5	33	80	12	93	38	0	7	54	1.28
100335562--100335641	29	2.7	29	80	5	79	48	8	7	35	1.62
100355335--100355368	17	2.0	17	88	0	50	23	2	0	73	0.97
100356723--100356782	26	2.3	26	80	2	68	63	1	5	30	1.25
100359366--100359485	51	2.4	51	89	0	186	46	12	5	35	1.63
100368368--100368394	13	2.1	13	100	0	54	14	29	33	22	1.94
100373184--100373236	27	2.0	27	96	0	97	43	11	20	24	1.85
100374986--100375063	33	2.4	33	83	12	106	29	15	26	28	1.96
100377599--100377643	22	2.0	23	82	8	56	17	15	13	53	1.73
100384369--100384404	16	2.2	17	90	5	56	66	5	5	22	1.34
100384577--100384697	3	39.3	3	74	8	100	60	1	6	31	1.32
100386938--100387276	131	2.6	131	80	5	357	35	17	19	28	1.94
100387027--100387280	131	1.9	132	87	4	370	34	16	18	30	1.94
100387027--100387309	131	2.2	132	84	5	367	33	16	17	31	1.93
100390955--100391004	26	1.9	26	95	0	91	30	32	24	14	1.94
100390922--100391185	104	2.6	102	90	3	404	29	29	20	19	1.97
100391513--100391577	30	2.2	29	81	8	76	30	27	6	35	1.81
100391520--100391577	30	1.9	30	85	0	80	31	24	6	37	1.82
100398411--100398675	103	2.6	104	90	3	417	29	29	20	19	1.97
100399003--100399067	30	2.2	29	81	8	76	30	27	6	35	1.81
100399010--100399067	30	1.9	30	85	0	80	31	24	6	37	1.82
100400076--100400196	45	2.6	45	75	6	127	27	21	19	31	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100400402--100400943	133	4.1	133	92	0	843	29	26	17	26	1.98
100400296--100400943	266	2.5	265	89	3	947	28	26	17	27	1.98
100401055--100401179	65	1.9	65	90	0	196	38	11	16	34	1.84
100412799--100413046	131	1.9	131	84	3	329	35	16	18	29	1.93
100415464--100415502	13	3.1	12	82	10	51	10	0	10	79	0.94
100415898--100415949	17	2.9	18	88	8	72	17	19	28	34	1.94
100422399--100422497	30	3.3	30	89	0	162	26	48	6	19	1.72
100422978--100423106	23	5.6	23	70	13	86	34	6	3	55	1.40
100423043--100423190	25	6.0	25	72	12	92	31	8	4	55	1.50
100423168--100423226	23	2.8	20	72	16	57	32	6	5	55	1.48
100423341--100423388	16	3.1	15	87	6	60	31	4	2	62	1.26
100423341--100423392	8	6.5	8	78	8	52	30	3	1	63	1.23
100430288--100431342	75	13.4	78	73	17	536	27	17	22	32	1.96
100430270--100431020	232	3.2	231	85	5	934	25	17	22	33	1.96
100430375--100431486	309	3.6	300	79	12	946	28	17	22	32	1.96
100430607--100431132	75	6.9	74	82	7	594	26	17	23	32	1.96
100431148--100431492	75	4.6	75	82	7	403	31	17	20	31	1.95
100430607--100431492	246	3.8	229	79	10	844	28	17	22	31	1.96
100431152--100431486	78	4.5	73	82	5	323	31	16	20	31	1.95
100431148--100431486	149	2.3	149	84	7	443	31	16	20	31	1.95
100431433--100431758	89	3.7	87	81	11	308	27	15	18	38	1.92
100431541--100431845	89	3.4	89	82	7	327	29	16	19	35	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100431631--100431930	87	3.4	86	80	6	255	29	15	19	36	1.92
100433195--100433266	25	2.8	26	79	6	85	36	5	2	55	1.38
100433277--100433384	22	4.9	22	70	15	71	30	6	5	57	1.47
100433283--100433369	24	3.5	24	77	12	70	31	5	5	57	1.46
100433326--100433384	23	2.8	20	72	16	57	32	6	5	55	1.48
100433499--100433546	16	3.1	15	87	6	60	31	4	2	62	1.26
100433499--100433550	8	6.5	8	78	8	52	30	3	1	63	1.23
100434955--100434992	16	2.4	16	82	4	51	55	21	2	21	1.56
100435010--100435083	32	2.2	33	81	13	89	48	17	1	32	1.56
100436145--100436178	16	2.0	18	88	11	54	44	0	0	55	0.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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