genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.193.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  105315579

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62663139--62663357	58	3.8	58	83	5	255	30	11	21	36	1.89
62663124--62663368	58	4.2	57	80	6	242	28	13	22	35	1.91
62672213--62672459	40	6.2	39	80	10	209	23	21	28	27	1.99
62672254--62672436	79	2.3	80	86	0	251	22	21	28	27	1.99
62672254--62672459	79	2.6	78	80	5	234	23	21	28	27	1.99
62678014--62678270	95	2.7	93	81	3	309	33	15	11	39	1.83
62678181--62678761	131	4.5	130	77	5	518	32	16	13	37	1.87
62678688--62678913	95	2.4	95	84	1	283	35	17	9	37	1.83
62680222--62680329	54	2.0	54	96	0	198	20	16	12	50	1.78
62682296--62682382	45	1.9	45	88	0	129	36	24	11	27	1.90
62687409--62687439	15	2.1	15	93	0	53	25	0	3	70	1.02
62688209--62688241	17	1.9	18	88	11	52	57	18	0	24	1.40
62694645--62694677	17	1.9	17	93	0	57	27	0	45	27	1.54
62705287--62705417	63	2.1	63	98	0	253	19	20	9	51	1.74
62707476--62707519	22	2.0	22	95	0	79	38	22	20	18	1.93
62713561--62713629	23	3.0	23	82	0	84	42	18	14	24	1.88
62718158--62718211	22	2.4	23	82	11	60	42	12	27	16	1.85
62719188--62719239	10	5.2	9	78	17	50	42	11	1	44	1.51
62719188--62719239	20	2.5	20	78	9	61	42	11	1	44	1.51
62734040--62734164	50	2.5	50	86	2	180	31	6	6	56	1.50
62734991--62735041	16	3.2	16	68	15	52	56	9	13	19	1.65
62734986--62735049	31	2.1	31	96	0	119	48	12	17	21	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62735196--62735244	15	3.1	16	76	8	55	42	10	0	46	1.37
62739205--62739385	39	4.6	40	78	8	183	24	26	22	25	2.00
62747380--62747559	78	2.3	80	82	6	215	24	28	22	25	1.99
62747359--62747561	40	5.1	40	81	7	227	24	28	22	25	1.99
62751203--62751331	61	2.2	58	83	6	152	49	6	2	41	1.42
62751257--62751399	68	2.0	71	81	7	168	51	5	1	41	1.34
62754425--62754511	35	2.5	35	77	5	97	22	22	20	33	1.97
62754366--62754671	143	2.1	143	80	0	369	23	22	21	31	1.98
62758911--62758945	15	2.2	16	90	5	54	40	0	0	60	0.97
62769889--62770093	27	7.6	27	83	3	223	26	15	29	29	1.96
62769890--62770093	54	3.8	54	84	3	257	25	15	29	29	1.96
62778021--62778225	27	7.6	27	83	3	223	26	15	29	29	1.96
62778022--62778225	54	3.8	54	84	3	257	25	15	29	29	1.96
62780508--62780541	15	2.3	15	89	0	50	55	0	11	32	1.36
62782017--62782087	27	2.7	26	75	12	74	69	7	11	12	1.37
62782113--62782164	25	2.0	25	88	11	77	75	0	5	19	1.01
62782374--62782584	3	71.3	3	77	9	166	61	4	4	29	1.35
62784035--62784238	44	4.4	44	70	15	133	27	23	20	28	1.99
62784066--62784300	98	2.4	98	88	1	337	29	22	18	28	1.97
62784069--62784247	44	3.8	44	70	17	137	28	23	19	28	1.98
62784088--62784345	98	2.6	97	82	4	320	29	21	18	29	1.97
62784174--62784959	143	5.5	143	86	1	1058	28	21	19	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62784562--62784666	44	2.4	44	80	1	111	26	26	20	26	1.99
62784596--62784953	44	7.6	44	64	14	124	28	21	18	30	1.97
62785061--62785102	21	2.0	21	90	0	66	19	33	14	33	1.91
62785018--62785145	65	2.0	65	84	6	170	28	25	16	30	1.96
62785176--62785380	89	2.3	89	78	5	218	27	23	20	28	1.99
62787949--62788202	39	6.5	39	89	1	350	22	21	26	29	1.99
62796685--62796722	19	2.0	19	94	0	67	28	31	2	36	1.71
62798379--62798412	15	2.3	15	90	10	52	67	2	8	20	1.31
62798459--62798511	14	3.7	14	76	20	56	79	1	1	16	0.92
62798469--62798493	8	3.1	8	100	0	50	88	0	0	12	0.53
62798565--62798620	24	2.3	25	80	20	66	60	1	3	33	1.24
62799363--62799526	46	3.5	46	80	6	161	28	20	28	22	1.98
62799519--62799545	13	2.1	13	100	0	54	22	14	40	22	1.90
62799473--62799583	59	1.9	58	83	9	145	26	18	31	24	1.97
62803500--62803578	28	2.8	28	78	3	88	22	25	17	34	1.96
62807760--62807800	22	1.9	22	85	14	59	56	19	12	12	1.67
62814067--62814195	45	2.8	47	78	11	133	28	17	29	24	1.97
62814162--62814291	50	2.7	46	81	8	143	30	18	26	25	1.98
62821200--62821245	20	2.2	20	84	3	56	26	26	13	34	1.92
62824683--62824724	20	2.1	20	100	0	84	35	14	14	35	1.86
62828892--62829031	57	2.5	57	83	0	163	30	14	20	34	1.92
62829227--62829281	22	2.5	22	74	11	58	49	7	16	27	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62832405--62832678	46	6.0	46	92	0	379	20	24	14	40	1.90
62833783--62834312	175	3.0	175	97	0	1006	31	18	9	40	1.83
62836751--62837052	48	6.3	47	81	6	329	23	29	19	27	1.98
62836751--62837052	96	3.1	97	84	7	386	23	29	19	27	1.98
62836733--62837052	144	2.2	144	84	5	407	23	29	19	28	1.98
62841285--62841346	30	2.1	30	87	0	88	35	11	22	30	1.89
62841675--62841883	46	4.5	45	75	12	167	26	19	29	24	1.98
62845875--62845913	21	1.9	21	89	5	62	23	33	33	10	1.88
62847108--62847475	48	7.7	48	80	4	350	23	29	19	26	1.98
62852317--62852344	8	3.5	8	100	0	56	39	0	0	60	0.97
62853260--62853298	21	1.9	19	85	10	51	33	0	23	43	1.54
62853328--62853365	16	2.4	16	86	8	51	55	0	10	34	1.34
62853486--62853603	53	2.2	53	87	3	166	17	16	20	45	1.85
62853588--62853618	6	5.2	6	96	0	53	16	19	16	48	1.81
62853723--62853796	18	4.1	18	67	10	51	32	9	16	41	1.80
62853810--62853887	36	2.3	33	82	6	84	37	8	12	41	1.75
62858022--62858218	57	3.4	57	79	6	175	29	15	20	33	1.94
62864251--62864290	20	2.0	21	90	5	64	57	10	5	27	1.52
62867987--62868355	27	13.7	26	77	11	293	40	20	8	30	1.83
62867987--62868382	54	7.3	54	82	4	433	40	19	8	30	1.82
62867987--62868355	81	4.6	81	81	4	397	40	20	8	30	1.83
62868336--62868414	27	2.9	27	82	0	104	43	18	8	29	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62871222--62871287	28	2.4	28	81	0	78	24	18	33	24	1.97
62871622--62872013	27	14.5	27	86	1	437	39	19	9	32	1.83
62872510--62872535	11	2.4	11	100	0	52	26	0	19	53	1.45
62874938--62874994	21	2.7	22	82	12	66	14	31	29	24	1.94
62883444--62883499	28	2.0	28	89	6	87	67	0	32	0	0.91
62884486--62884538	21	2.5	22	75	9	56	60	5	5	28	1.42
62885027--62885075	20	2.5	19	83	9	55	63	10	0	26	1.26
62885121--62885161	18	2.2	18	86	4	55	70	2	2	24	1.11
62887180--62887268	4	22.2	4	75	14	69	1	20	3	75	1.01
62887180--62887262	23	3.5	23	82	9	69	1	20	3	74	1.03
62887206--62887276	25	2.9	23	82	15	81	4	15	2	77	1.04
62887293--62887341	26	1.9	25	83	4	62	36	2	0	61	1.08
62897190--62897220	6	5.2	6	100	0	62	0	32	0	67	0.91
62901605--62901661	18	3.2	18	87	0	87	28	21	15	35	1.94
62909208--62909276	35	2.0	35	94	0	120	17	47	11	23	1.80
62910116--62910150	3	11.3	3	87	6	52	34	0	0	65	0.93
62910116--62910147	16	2.0	16	93	0	55	34	0	0	65	0.93
62910149--62910174	3	8.7	3	100	0	52	0	0	30	69	0.89
62910488--62910542	22	2.5	23	77	13	62	43	0	3	52	1.18
62922820--62922983	81	2.0	81	98	0	319	39	16	21	22	1.92
62923078--62924093	74	13.7	74	91	3	1419	31	16	21	31	1.95
62923078--62924093	147	6.8	148	90	3	1419	31	16	21	31	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62924679--62924747	35	2.0	35	97	0	129	17	49	11	21	1.78
62937251--62937294	3	14.3	3	85	4	52	29	0	4	65	1.12
62937251--62937282	16	2.0	16	93	0	55	34	0	0	65	0.93
62937586--62937642	22	2.4	23	77	14	62	42	0	3	54	1.17
62949994--62950960	73	13.8	70	89	6	1328	29	16	21	32	1.95
62949994--62950960	214	4.6	211	88	6	1366	29	16	21	32	1.95
62951551--62951619	35	2.0	35	97	0	129	17	49	11	21	1.78
62960818--62960874	17	3.4	17	75	18	64	45	12	8	33	1.72
62960815--62960894	34	2.4	34	93	0	142	43	13	11	31	1.79
62960828--62960882	17	3.2	17	75	10	67	40	9	10	40	1.72

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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