genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.93.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  105315579

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29738860--29739136	137	2.0	137	99	0	545	36	11	21	31	1.88
29746118--29746195	29	2.7	28	84	11	104	25	15	30	28	1.96
29746148--29746473	172	1.9	174	93	1	566	30	14	24	31	1.94
29766161--29766336	40	4.4	40	82	6	207	26	28	21	23	1.99
29766161--29766331	79	2.2	79	86	4	229	26	28	21	23	1.99
29769762--29770067	40	7.7	40	91	2	442	25	20	27	26	1.99
29775060--29775176	48	2.5	48	80	9	132	25	17	28	28	1.98
29778252--29778425	46	3.8	44	80	9	197	28	29	21	21	1.98
29778260--29778429	92	1.8	93	93	1	297	27	29	21	21	1.99
29780800--29780862	15	4.2	15	78	8	74	55	14	17	12	1.69
29780789--29780853	30	2.2	29	83	2	85	58	12	18	10	1.62
29783786--29783955	93	1.8	93	90	0	277	27	28	21	22	1.99
29783777--29783952	46	3.8	46	76	12	189	28	28	21	22	1.99
29791752--29791975	53	4.2	54	75	6	206	40	16	23	20	1.91
29792166--29792209	22	2.0	22	90	0	70	45	18	13	22	1.84
29795775--29795916	44	3.3	42	82	8	162	32	25	17	24	1.97
29795760--29795922	43	3.8	43	78	9	154	33	25	16	24	1.96
29810962--29811046	42	2.0	42	82	8	102	30	22	15	31	1.95
29811101--29811203	37	2.8	37	83	2	109	27	28	17	27	1.98
29816784--29816844	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
29821918--29821958	20	2.0	20	100	0	82	26	24	4	43	1.74
29827859--29827941	27	3.1	27	100	0	166	26	18	18	37	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29833082--29833421	43	8.0	43	78	5	303	26	15	26	32	1.95
29833082--29833421	129	2.7	129	84	2	400	26	15	26	32	1.95
29833082--29833421	86	4.0	85	83	4	344	26	15	26	32	1.95
29836038--29836084	23	2.0	23	100	0	94	25	8	23	42	1.82
29841592--29841663	35	2.1	35	97	0	135	26	16	26	30	1.97
29842395--29842488	47	2.0	47	97	0	179	23	20	19	37	1.94
29843476--29843626	27	5.6	27	75	11	121	38	20	9	31	1.84
29843476--29843643	54	3.1	55	79	3	171	38	19	9	32	1.84
29843623--29843897	27	10.2	27	89	0	345	28	23	8	39	1.84
29844200--29844263	33	2.0	32	84	3	83	20	21	20	37	1.94
29844404--29844524	6	19.7	6	69	14	77	19	19	13	48	1.80
29844404--29844512	31	3.5	31	76	7	107	19	19	13	47	1.82
29844404--29844524	37	3.4	37	75	13	137	19	19	13	48	1.80
29853260--29853602	125	2.7	126	91	0	571	27	19	18	34	1.95
29854544--29854590	21	2.2	21	88	0	67	63	6	0	29	1.19
29860138--29860219	43	1.9	43	89	0	128	26	31	19	21	1.97
29865229--29865700	235	2.0	234	99	0	935	38	6	15	39	1.74
29870434--29870781	27	13.1	27	79	7	277	27	21	8	41	1.83
29870433--29870781	54	6.6	54	79	10	344	27	21	8	41	1.83
29870505--29870616	25	4.4	25	80	15	115	28	25	6	39	1.80
29870433--29870781	81	4.4	81	78	10	344	27	21	8	41	1.83
29870786--29870954	27	6.3	27	83	1	196	35	19	19	25	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29871155--29871208	27	2.0	26	89	3	81	18	25	24	31	1.97
29871324--29871382	22	2.7	22	78	0	55	22	25	20	32	1.98
29871546--29871619	27	2.8	25	84	10	85	17	24	21	36	1.95
29871737--29871892	6	25.8	6	74	18	137	20	16	14	48	1.80
29871737--29871892	30	5.4	30	84	11	209	20	16	14	48	1.80
29877079--29877260	78	2.3	81	83	8	223	24	23	28	24	2.00
29877079--29877262	40	4.7	40	83	8	225	23	22	28	25	2.00
29877131--29877295	79	2.1	78	82	7	201	25	21	27	25	1.99
29885245--29885427	79	2.3	81	84	7	232	24	22	27	25	2.00
29885246--29885429	40	4.6	40	83	9	216	23	22	28	25	2.00
29885298--29885462	79	2.1	79	84	6	210	25	21	27	25	1.99
29902222--29902347	39	3.2	39	89	0	180	22	19	29	29	1.98
29902222--29902365	78	1.8	78	80	2	173	22	20	29	28	1.98
29904670--29904703	16	2.1	16	94	0	59	44	17	8	29	1.79
29908691--29908738	17	2.8	17	96	0	87	25	29	31	14	1.95
29908910--29909251	27	12.7	26	82	4	324	40	18	8	32	1.81
29908910--29909166	54	4.8	54	88	0	361	42	17	8	32	1.78
29908910--29909251	81	4.2	80	83	2	371	40	18	8	32	1.81
29908910--29909299	54	7.2	54	80	5	297	40	18	8	32	1.81
29908910--29909299	27	14.5	26	76	10	182	40	18	8	32	1.81
29909308--29909660	27	13.1	27	88	1	492	34	21	20	24	1.97
29910055--29910106	27	1.9	27	84	7	70	23	23	17	36	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29910211--29910278	27	2.6	26	79	9	75	22	22	17	38	1.93
29910437--29910524	6	14.3	6	75	17	83	18	18	15	47	1.83
29910437--29910515	31	2.5	31	93	0	131	17	18	15	48	1.82
29914556--29914605	15	3.3	15	74	2	55	28	30	18	24	1.97
29917365--29917398	13	2.5	13	85	4	50	26	0	2	70	1.01
29922462--29922493	14	2.3	14	100	0	64	21	28	6	43	1.77
29922874--29922968	44	2.2	44	84	0	118	43	17	6	32	1.75
29923023--29923064	21	2.0	22	81	13	52	23	11	26	38	1.90
29926719--29926811	40	2.3	40	83	10	127	24	15	25	34	1.94
29926796--29926879	28	3.0	28	85	0	114	23	13	33	29	1.93
29930565--29930674	55	2.0	55	100	0	220	38	14	14	32	1.87
29931531--29931675	40	3.6	41	83	2	204	28	28	23	20	1.99
29939842--29939990	41	3.7	41	80	2	176	29	27	20	22	1.98
29946193--29946263	28	2.5	28	88	0	106	23	15	30	29	1.95
29959108--29959325	39	5.6	39	82	9	250	25	27	22	24	2.00
29959106--29959321	76	2.8	76	84	10	260	25	27	21	25	1.99
29966942--29967164	40	5.7	40	84	8	262	25	26	22	25	2.00
29966942--29967164	79	2.8	77	79	9	245	25	26	22	25	2.00
29976109--29976167	26	2.3	26	91	2	93	37	0	6	55	1.26
29977596--29977652	10	5.3	11	82	16	57	61	0	0	38	0.96
29977594--29977652	21	2.8	21	76	19	68	59	0	0	40	0.97
29977619--29977692	36	2.1	36	89	0	112	54	0	0	45	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29992832--29992977	37	3.9	37	91	0	220	26	32	18	23	1.97
29993186--29993473	47	6.1	47	88	0	423	26	28	11	32	1.92
29993186--29993474	141	2.0	141	92	0	479	26	28	11	32	1.92
29998808--29999062	39	6.5	39	90	1	377	29	29	22	19	1.98
29998808--29999095	78	3.7	78	87	3	386	27	29	22	19	1.98
30010596--30010742	60	2.4	61	84	8	178	27	25	17	29	1.97
30015197--30015254	26	2.2	26	84	3	71	44	0	10	44	1.38
30016091--30016122	14	2.3	14	94	0	55	56	6	9	28	1.55
30018626--30018687	30	2.1	29	85	8	81	20	22	40	16	1.91
30018814--30018890	21	3.7	21	98	0	145	10	32	29	27	1.90
30033024--30033049	12	2.2	12	100	0	52	23	15	19	42	1.89
30035992--30036248	40	6.4	40	90	3	342	24	21	26	26	2.00
30035993--30036248	121	2.1	119	86	5	347	25	21	26	26	2.00
30045817--30045958	42	3.4	42	73	5	142	28	16	26	28	1.97
30053234--30053417	39	4.6	41	82	11	206	24	22	27	25	2.00
30053234--30053417	79	2.3	80	83	8	225	24	22	27	25	2.00
30053287--30053450	78	2.1	79	83	7	201	26	21	27	25	1.99
30061178--30061361	39	4.6	41	82	11	206	24	22	27	25	2.00
30061178--30061361	79	2.3	80	83	8	225	24	22	27	25	2.00
30061231--30061394	78	2.1	79	83	7	201	26	21	27	25	1.99
30062763--30062795	17	1.9	17	88	11	50	51	6	12	30	1.63
30063215--30063277	31	2.0	31	87	0	90	14	26	39	19	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30067963--30068073	37	3.0	37	94	0	186	28	20	12	37	1.90
30069423--30069512	39	2.3	39	82	3	110	24	22	17	35	1.95
30080843--30080987	43	3.4	44	80	6	172	33	27	17	22	1.96
30087308--30087351	16	2.8	16	78	0	52	6	18	15	59	1.58
30090273--30090587	46	6.7	49	69	19	160	24	27	17	29	1.98
30090273--30090448	45	3.8	47	75	14	145	25	27	18	29	1.98
30092041--30092196	56	2.8	54	80	9	147	22	17	30	28	1.97
30096026--30096206	40	4.6	40	86	2	240	25	22	25	26	2.00
30096026--30096177	80	1.9	80	94	0	268	25	23	25	26	2.00
30098710--30098822	29	3.9	29	89	1	165	30	30	13	24	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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