genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.204.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  105315579

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66225388--66225541	44	3.4	44	65	27	113	35	3	4	56	1.38
66231658--66231729	30	2.4	30	88	0	99	27	18	25	29	1.98
66234177--66234237	28	2.3	26	89	10	90	70	4	0	24	1.07
66234191--66234237	13	3.5	13	73	21	51	68	4	0	27	1.08
66234185--66234241	28	2.0	28	100	0	114	64	7	0	28	1.19
66234175--66234232	15	3.9	16	74	19	63	70	5	0	24	1.07
66234381--66234436	21	2.7	21	85	0	85	32	1	0	66	1.03
66235354--66235414	18	3.4	18	83	0	86	42	14	9	32	1.79
66236996--66237036	19	2.2	19	86	4	57	31	26	0	41	1.56
66240623--66240675	13	4.1	13	76	9	54	37	22	7	32	1.82
66242165--66242205	6	6.5	6	83	10	55	78	4	0	17	0.93
66242168--66242207	20	2.0	20	90	0	62	75	7	0	17	1.03
66242225--66242293	9	7.7	9	82	6	77	27	2	18	50	1.61
66242225--66242293	18	3.8	18	84	0	102	27	2	18	50	1.61
66246619--66246778	26	6.2	26	85	4	207	34	8	21	35	1.83
66246619--66246778	52	3.1	52	88	0	239	34	8	21	35	1.83
66246619--66246778	78	2.1	78	88	4	234	34	8	21	35	1.83
66248371--66248456	42	2.0	42	97	0	163	23	27	16	32	1.96
66248416--66248510	27	3.5	26	87	5	127	20	25	20	34	1.96
66253654--66253760	26	4.2	26	91	2	180	31	7	24	36	1.83
66253654--66253760	51	2.1	52	94	1	189	31	7	24	36	1.83
66255344--66255430	41	2.1	42	95	2	158	24	25	14	35	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66255388--66255464	27	2.9	27	78	18	88	19	22	20	37	1.94
66255389--66255482	27	3.5	26	80	11	84	21	23	19	36	1.95
66257116--66257167	27	1.9	27	96	0	95	28	32	25	13	1.93
66257084--66257345	101	2.5	104	91	3	424	30	30	20	17	1.96
66257675--66257733	29	2.0	30	87	6	86	32	23	6	37	1.81
66260448--66260553	25	4.2	25	92	2	176	33	7	23	35	1.83
66262138--66262225	42	2.1	42	95	0	158	23	26	14	35	1.94
66262183--66262277	27	3.5	26	83	11	111	21	22	18	37	1.94
66267459--66267559	26	3.9	26	94	0	184	32	5	25	35	1.80
66269145--66269230	42	2.0	42	100	0	172	23	26	16	33	1.95
66269190--66269284	27	3.5	26	84	5	118	20	23	20	36	1.95
66275335--66275590	64	4.0	64	88	0	377	30	17	13	38	1.88
66275335--66275590	128	2.0	128	92	0	431	30	17	13	38	1.88
66276081--66276176	45	2.1	45	88	0	138	30	13	28	28	1.94
66277600--66277657	28	2.0	29	93	3	100	39	6	22	31	1.80
66278303--66278548	49	4.9	50	82	2	307	24	18	27	29	1.98
66278305--66278587	150	1.9	148	86	4	377	25	18	27	28	1.98
66283351--66283410	30	2.0	30	87	6	86	36	8	26	28	1.85
66284056--66284301	49	4.9	50	84	2	325	25	18	27	28	1.98
66284161--66284244	28	3.2	28	65	25	83	23	16	29	29	1.96
66289810--66290055	49	4.9	50	84	2	334	25	19	27	28	1.98
66289915--66289998	28	3.2	28	65	25	83	23	16	29	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66292438--66292603	40	4.2	40	96	1	255	26	27	22	23	1.99
66302979--66303004	3	8.7	3	100	0	52	30	0	0	69	0.89
66303328--66303353	11	2.4	11	100	0	52	7	15	0	76	0.99
66304142--66304181	3	13.7	3	94	5	73	65	0	35	0	0.93
66304142--66304194	11	4.9	11	86	8	56	58	1	39	0	1.09
66304200--66304264	27	2.6	25	77	15	62	75	0	23	1	0.89
66304200--66304249	24	2.0	25	84	7	66	76	0	24	0	0.80
66304684--66304743	31	1.9	31	93	0	102	30	1	11	56	1.45
66308757--66308789	6	5.5	6	96	0	57	39	0	12	48	1.40
66310553--66310583	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
66314595--66314739	42	3.5	42	81	1	166	29	24	16	29	1.96
66329992--66330017	6	4.3	6	100	0	52	84	0	0	15	0.62
66329989--66330026	12	2.9	13	88	11	60	81	0	0	18	0.69
66335681--66335726	20	2.3	20	96	0	83	26	23	13	36	1.91
66337916--66338115	41	4.9	41	82	1	186	36	20	16	26	1.94
66337947--66338105	83	1.9	81	82	5	194	36	19	15	28	1.93
66338443--66338519	29	2.7	28	75	15	68	48	27	0	24	1.52
66338443--66338537	7	13.1	7	71	6	55	46	30	0	23	1.53
66338682--66338761	38	2.2	35	86	8	108	23	3	26	46	1.69
66339789--66339955	41	4.1	41	80	6	194	32	17	22	27	1.96
66340833--66341007	85	2.0	87	86	2	246	40	21	5	33	1.77
66343074--66343107	16	2.1	16	88	0	50	35	0	8	55	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66343341--66343462	22	5.7	22	67	9	99	45	5	11	37	1.64
66343316--66343449	43	3.1	43	80	11	184	44	9	8	37	1.69
66343768--66344063	9	33.6	9	73	11	150	46	16	1	35	1.54
66343631--66343837	99	2.0	103	91	8	341	46	9	4	39	1.58
66343664--66343953	17	15.8	18	72	12	146	47	13	2	36	1.57
66343768--66344002	79	3.0	80	79	8	255	48	15	1	34	1.54
66343964--66344049	43	2.0	41	93	4	145	44	16	0	39	1.48
66343755--66344063	124	2.4	129	86	6	400	46	15	0	36	1.53
66349116--66349144	14	2.1	14	93	6	51	34	0	10	55	1.34
66349753--66349846	47	2.0	47	97	0	179	18	6	26	48	1.71
66349925--66350006	43	1.9	43	87	0	119	25	20	24	29	1.99
66354589--66354627	18	2.2	18	100	0	78	41	20	10	28	1.85
66356851--66356973	42	2.9	42	77	0	138	28	25	14	31	1.95
66356820--66356973	84	1.8	84	84	2	211	26	25	17	30	1.97
66359116--66359174	29	2.0	30	83	9	77	61	0	16	22	1.35
66360255--66360336	26	3.3	25	76	8	69	20	18	18	42	1.89
66361232--66361776	271	2.0	270	95	0	982	30	6	22	40	1.78
66366354--66366423	27	2.6	27	95	2	113	31	28	12	27	1.93
66366354--66366451	28	3.5	28	90	2	135	31	28	13	26	1.94
66372765--66372794	13	2.3	13	94	0	51	40	26	6	26	1.81
66376180--66376217	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
66383398--66383457	30	2.0	30	83	0	75	31	23	5	40	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66384662--66384743	38	2.2	38	97	2	157	20	15	15	47	1.82
66384677--66384743	21	3.4	21	66	17	63	22	14	16	46	1.84
66386791--66386869	31	2.5	31	93	0	131	27	25	16	30	1.97
66386893--66386984	42	2.2	42	92	0	148	34	21	14	29	1.93
66387129--66387285	26	6.2	25	90	0	197	28	21	22	27	1.99
66387129--66387277	52	2.9	51	90	2	228	26	22	23	27	1.99
66388076--66388169	27	3.5	26	84	9	100	19	23	20	37	1.94
66388098--66388177	27	3.0	27	88	3	108	17	25	22	35	1.95
66388198--66388541	27	12.7	27	76	5	185	30	9	20	39	1.85
66388309--66388541	81	2.9	81	87	0	315	29	8	21	40	1.83
66388303--66388650	27	12.9	27	79	4	240	31	8	21	38	1.84
66396849--66396991	27	5.3	27	87	0	187	39	22	8	29	1.83
66396849--66396998	54	2.8	54	89	2	212	38	22	8	30	1.84
66396839--66397007	81	2.1	81	79	2	187	39	21	9	29	1.85
66396974--66397046	27	2.7	27	70	4	67	36	24	8	30	1.85
66397030--66397142	27	4.2	27	84	0	127	36	16	20	26	1.94
66397038--66397145	54	2.0	54	89	3	164	36	19	20	24	1.95
66397852--66397956	27	3.9	27	81	12	117	21	22	20	34	1.97
66397844--66397956	54	2.1	53	82	6	131	22	22	20	35	1.96
66398077--66398381	6	49.3	6	66	17	126	20	20	13	45	1.85
66398082--66398143	25	2.5	25	83	0	70	24	20	11	43	1.85
66398136--66398249	31	3.7	31	73	9	115	19	19	15	45	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66398149--66398324	25	7.6	24	69	23	119	19	21	14	44	1.86
66398077--66398274	62	3.0	68	83	8	282	21	20	13	44	1.85
66398207--66398324	50	2.4	50	100	0	236	19	21	14	44	1.86
66398285--66398373	37	2.4	37	84	0	124	19	21	12	47	1.82
66400265--66400407	27	5.3	27	87	0	178	39	22	9	27	1.85
66400265--66400450	81	2.3	81	78	1	203	38	22	9	30	1.85
66400453--66400587	27	5.0	27	87	0	180	34	19	21	24	1.96
66400417--66400597	81	2.2	81	77	3	186	33	19	17	29	1.95
66401100--66401164	22	3.0	22	80	8	78	20	26	23	30	1.98
66401322--66401430	27	4.1	26	77	5	92	22	21	17	38	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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