genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.11.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  105315579

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3246516--3246569	21	2.6	20	75	18	56	42	5	11	40	1.64
3248063--3248109	22	2.1	22	96	0	85	38	0	19	42	1.51
3248810--3248858	9	5.7	9	76	16	50	73	0	0	26	0.83
3248824--3248881	20	3.0	20	77	18	54	68	3	0	27	1.05
3249512--3249734	108	2.1	108	89	1	340	27	32	12	27	1.93
3249699--3249764	30	2.2	30	89	5	98	18	42	10	28	1.83
3251397--3251456	30	2.0	30	90	0	93	58	13	1	26	1.45
3253953--3254067	42	2.7	42	86	4	151	29	25	13	31	1.94
3253996--3254159	49	3.6	46	79	12	169	30	26	14	28	1.95
3254181--3254329	31	4.8	31	87	3	219	26	26	18	27	1.98
3254305--3254481	50	3.5	50	89	2	266	25	21	16	36	1.94
3264873--3264963	27	3.1	27	65	17	74	38	25	1	35	1.63
3265178--3265222	22	2.0	23	95	4	83	20	4	22	53	1.63
3272947--3272993	21	2.2	22	92	3	78	21	38	19	21	1.94
3279771--3279815	23	2.0	23	86	8	65	40	0	0	60	0.97
3280759--3280820	29	2.1	29	100	0	124	59	9	3	27	1.44
3282948--3283077	61	2.1	62	84	7	176	43	3	13	40	1.62
3283878--3283937	22	2.6	22	89	7	84	33	8	20	38	1.82
3286913--3287200	44	6.5	45	70	12	132	30	22	15	31	1.95
3286959--3287071	41	2.7	42	77	4	120	34	22	12	30	1.91
3287031--3287443	137	3.0	137	88	0	583	28	22	17	31	1.96
3287145--3287344	41	4.5	41	66	18	123	28	21	19	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3287470--3287706	44	5.3	44	72	8	212	27	21	20	29	1.98
3287470--3287709	89	2.7	89	91	0	390	27	21	20	30	1.98
3289341--3289462	61	2.0	61	100	0	244	36	18	14	31	1.91
3289474--3289516	20	2.2	20	83	8	52	62	18	0	18	1.32
3290684--3290737	23	2.5	20	77	13	54	37	1	7	53	1.40
3290784--3290846	24	2.6	24	83	11	76	38	4	4	52	1.44
3290784--3290944	13	12.9	11	66	24	54	35	4	3	56	1.37
3290863--3290973	27	4.4	24	72	17	82	34	4	3	57	1.36
3290826--3290916	36	2.3	38	81	12	105	35	4	2	58	1.30
3290798--3290919	13	9.6	12	68	17	61	35	4	2	57	1.34
3290853--3290926	36	2.1	35	82	10	87	35	4	1	59	1.25
3290863--3291005	52	2.8	50	81	11	157	34	6	4	55	1.45
3290863--3291060	25	8.1	25	73	14	157	34	7	4	54	1.46
3293594--3293618	7	3.6	7	100	0	50	0	12	0	88	0.53
3293789--3293918	61	2.1	61	87	4	190	42	2	13	42	1.56
3296743--3296830	46	1.9	46	82	13	110	42	0	4	53	1.21
3304086--3304242	79	2.0	79	89	0	242	33	30	20	15	1.93
3310210--3310244	18	2.0	18	88	5	54	28	5	14	51	1.65
3311058--3311101	14	3.4	14	76	23	60	27	0	31	40	1.56
3320257--3320318	31	2.0	31	87	0	88	40	11	11	37	1.77
3322103--3322200	49	2.0	49	92	4	162	31	11	21	35	1.89
3328075--3328101	4	6.8	4	100	0	54	0	22	0	77	0.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3331144--3331219	30	2.5	31	77	10	77	40	5	10	43	1.62
3332033--3332067	5	7.4	5	87	12	56	80	0	0	20	0.72
3332033--3332067	13	2.5	13	90	9	52	80	0	0	20	0.72
3341033--3341203	85	2.0	85	94	0	297	29	17	11	42	1.84
3349164--3349205	23	1.9	23	85	9	61	42	2	4	50	1.36
3355209--3355279	21	3.5	21	75	5	65	39	1	5	53	1.33
3355218--3355320	36	2.9	36	75	10	111	37	3	6	51	1.47
3355244--3355319	38	2.1	36	79	13	84	35	5	6	52	1.50
3356053--3356267	109	2.0	108	98	0	412	33	25	10	30	1.89
3357227--3357270	22	2.0	22	100	0	88	36	13	22	27	1.92
3362459--3362518	4	15.0	4	80	0	57	40	23	8	28	1.83
3362459--3362517	12	4.9	12	80	0	73	38	23	8	28	1.84
3362463--3362518	20	2.8	20	86	0	67	39	23	8	28	1.85
3366131--3366174	18	2.5	17	85	10	61	63	0	0	36	0.95
3368500--3368608	53	2.1	53	100	0	218	25	18	17	38	1.92
3373745--3373780	17	2.1	17	94	0	63	27	19	13	38	1.90
3374525--3374570	22	2.1	22	100	0	92	43	17	17	21	1.88
3374760--3374978	26	8.6	26	77	7	216	61	5	4	28	1.38
3374760--3375126	50	7.2	50	72	11	255	60	4	4	29	1.39
3375005--3375126	25	4.7	26	77	6	113	58	2	4	34	1.33
3376327--3376365	20	2.0	21	85	10	55	10	0	35	53	1.35
3386997--3387034	17	2.2	17	90	0	58	34	2	7	55	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3391324--3391364	14	2.9	14	88	0	55	48	0	0	51	1.00
3408499--3408543	21	2.1	22	87	4	65	15	8	0	75	1.03
3409237--3409272	15	2.4	14	86	13	54	38	2	2	55	1.29
3409414--3409470	12	4.5	12	79	14	53	33	0	14	52	1.41
3409420--3409464	13	3.5	14	80	14	53	33	0	13	53	1.40
3409686--3409732	23	2.0	24	83	8	60	21	8	4	65	1.37
3409988--3410035	3	16.3	3	89	4	62	33	6	0	60	1.22
3409955--3410041	35	2.5	33	75	23	81	33	8	0	58	1.27
3410249--3410302	3	18.3	3	78	17	60	33	3	0	62	1.12
3414726--3414829	52	2.0	52	100	0	208	26	23	13	36	1.92
3423859--3423909	25	2.0	25	100	0	102	27	31	23	17	1.97
3429347--3429387	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
3440295--3440475	62	2.9	62	81	4	179	40	18	4	35	1.72
3441800--3441833	2	17.0	2	100	0	68	0	50	0	50	1.00
3442737--3442945	103	2.0	104	98	0	402	37	14	10	37	1.80
3451372--3451421	26	2.0	24	88	7	73	30	0	6	64	1.18
3459018--3459061	23	1.9	23	85	0	61	40	0	4	54	1.21
3462563--3462732	45	3.7	47	76	17	151	28	28	21	21	1.98
3462563--3462732	93	1.8	92	92	1	286	28	28	21	21	1.98
3468207--3468377	93	1.8	93	96	0	315	28	29	21	21	1.98
3468202--3468374	46	3.7	46	80	13	219	28	28	21	21	1.98
3471113--3471153	19	2.2	19	86	0	55	4	12	7	75	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3481253--3481299	20	2.3	21	85	7	62	63	2	2	31	1.18
3483775--3483853	28	2.8	28	86	0	104	34	11	25	29	1.91
3486899--3486972	30	2.4	31	82	8	89	32	0	0	67	0.91
3486899--3486972	15	4.9	15	73	15	62	32	0	0	67	0.91
3486934--3486971	16	2.4	17	82	13	53	28	0	0	71	0.87
3488854--3488885	4	7.8	4	96	3	55	0	21	0	78	0.76
3489055--3489102	24	2.0	25	83	4	62	22	6	16	54	1.65
3490761--3490798	19	2.0	19	100	0	76	31	10	26	31	1.90
3498366--3498467	50	2.0	50	100	0	204	27	15	8	48	1.75
3513236--3513275	18	2.2	19	86	4	55	50	2	0	47	1.14
3518991--3519022	2	16.0	2	93	0	55	53	0	0	46	1.00
3521468--3521498	2	16.0	2	93	6	55	51	0	0	48	1.00
3522913--3522961	18	2.7	19	78	12	59	36	8	14	40	1.75
3525697--3525762	28	2.3	28	84	2	78	37	4	9	48	1.55
3533782--3533822	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
3538274--3538313	17	2.4	17	100	0	80	45	15	7	32	1.74
3544486--3544527	21	2.0	22	85	4	59	64	2	2	30	1.19
3544434--3544635	102	2.0	103	98	1	388	42	10	10	36	1.74
3544991--3545034	10	4.2	10	80	11	52	38	0	4	56	1.20
3545195--3545249	27	2.0	27	100	0	110	50	14	18	16	1.77
3545524--3545554	4	7.8	4	92	0	53	51	0	3	45	1.17
3547019--3547080	31	2.0	31	100	0	124	41	6	12	38	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3550691--3550737	18	2.6	18	96	0	85	21	23	23	31	1.98
3555233--3555276	21	2.1	21	82	0	52	4	56	11	27	1.53
3556371--3556399	14	2.0	15	93	6	51	55	0	6	37	1.27
3559358--3559412	22	2.5	22	79	2	58	41	0	27	30	1.56
3561016--3561067	18	2.9	18	91	0	86	36	13	9	40	1.77
3563583--3563635	26	2.0	26	85	0	70	37	18	3	39	1.69
3574568--3574753	26	7.2	26	92	0	309	32	8	23	36	1.84
3581718--3581809	25	3.6	26	92	2	152	32	8	22	35	1.85
3583287--3583338	25	2.0	26	85	3	70	38	23	13	25	1.91
3610190--3610251	29	2.1	30	82	8	74	33	4	8	53	1.52

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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