genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.265.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  105315579

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86501100--86501166	18	3.6	18	68	18	55	34	11	19	34	1.88
86503305--86503415	21	5.3	21	74	4	91	43	21	23	11	1.85
86503320--86503477	42	3.7	42	85	0	190	45	18	21	14	1.85
86505329--86505599	69	3.9	69	81	1	301	37	21	23	17	1.94
86505317--86505580	138	1.9	138	84	1	350	37	20	24	17	1.94
86505801--86506002	102	2.0	102	90	0	314	39	30	10	19	1.86
86516672--86516840	90	1.9	90	92	4	288	49	13	5	31	1.66
86516672--86516884	90	2.5	89	84	12	272	52	13	6	28	1.64
86521166--86521196	3	10.3	3	100	0	62	35	0	0	64	0.94
86525185--86525271	37	2.3	37	86	5	122	41	0	4	54	1.21
86525347--86525381	18	2.0	18	94	5	63	54	0	0	45	0.99
86527920--86529626	434	3.9	429	81	6	1795	36	14	14	34	1.87
86528016--86529626	877	1.8	880	83	3	2161	36	14	14	34	1.86
86531097--86531135	21	1.9	20	84	5	51	15	25	35	23	1.94
86531746--86531775	16	1.9	15	93	6	51	70	3	26	0	1.03
86535271--86536372	430	2.5	429	82	4	1302	36	13	16	34	1.87
86537199--86537223	11	2.3	11	100	0	50	20	20	44	16	1.87
86537852--86537890	20	2.0	20	89	0	60	17	7	0	74	1.05
86540760--86541427	94	7.1	94	81	3	709	34	17	20	27	1.95
86541016--86541165	44	3.3	44	69	17	133	36	18	18	26	1.94
86541038--86541191	50	3.2	50	66	17	126	35	16	19	28	1.94
86542537--86542572	18	2.1	17	89	5	54	8	44	27	19	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86547791--86547820	15	2.0	15	93	0	51	50	0	10	40	1.36
86549366--86549390	13	1.9	13	100	0	50	36	24	0	40	1.55
86550802--86550846	23	2.0	23	100	0	90	28	8	13	48	1.72
86555468--86555589	54	2.3	53	77	9	122	38	3	4	53	1.39
86555715--86555808	44	2.1	44	86	4	125	36	24	5	34	1.78
86555790--86555844	16	3.4	16	92	0	92	29	29	7	34	1.84
86559268--86559446	41	4.4	41	78	10	147	31	27	16	24	1.96
86560565--86560817	94	2.7	94	78	2	267	35	16	20	27	1.94
86562959--86563063	26	4.2	25	91	6	176	33	7	22	36	1.83
86562959--86563063	50	2.1	50	92	5	176	33	7	22	36	1.83
86564648--86564801	27	5.9	26	75	14	140	20	25	20	34	1.96
86564655--86564749	49	1.9	49	97	0	181	22	26	16	34	1.95
86567402--86568721	432	3.0	428	85	3	1723	35	14	15	34	1.88
86573506--86574988	432	3.4	428	83	5	1763	35	14	14	35	1.87
86582038--86582095	28	2.1	28	96	0	107	32	20	3	43	1.69
86582969--86583007	12	3.0	13	81	11	53	20	7	0	71	1.10
86592129--86592206	29	2.7	29	84	7	97	35	20	2	41	1.66
86592869--86592944	35	2.2	35	83	9	93	17	1	36	44	1.57
86593216--86593276	17	3.8	17	78	18	60	36	6	3	54	1.43
86605473--86605510	14	2.8	13	88	7	58	34	13	5	47	1.65
86605415--86605645	75	2.8	80	82	11	251	30	16	20	31	1.95
86605577--86605705	61	2.1	62	91	2	208	35	16	20	27	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86605637--86605904	76	3.5	75	85	3	360	30	17	21	30	1.96
86605792--86606123	179	1.9	178	81	6	402	26	16	19	37	1.93
86605974--86606236	77	3.4	76	79	5	248	30	15	19	35	1.92
86606447--86606519	28	2.5	28	78	10	76	38	17	2	41	1.64
86606739--86606780	15	2.7	16	85	3	59	64	14	7	14	1.48
86607536--86607596	17	3.8	17	78	18	60	36	6	3	54	1.43
86607729--86607777	24	2.0	24	100	0	98	40	8	0	51	1.32
86612033--86612066	18	1.9	18	88	5	52	55	2	2	38	1.30
86612362--86612436	23	3.1	24	75	12	73	52	0	2	45	1.15
86612373--86612447	36	2.1	36	82	5	89	49	0	1	49	1.09
86613136--86613179	4	11.0	4	100	0	88	75	0	0	25	0.81
86616409--86616460	11	4.9	11	75	17	56	65	0	7	26	1.20
86616589--86616644	30	2.0	27	82	10	67	41	1	0	57	1.09
86616610--86616671	22	2.9	21	83	11	72	48	1	0	50	1.10
86617856--86617904	22	2.2	23	85	3	64	48	2	6	42	1.39
86619641--86619685	15	3.1	15	80	3	56	42	0	0	57	0.98
86621230--86621306	36	2.1	36	83	9	95	54	2	5	37	1.37
86623643--86623702	28	2.1	30	84	12	81	65	5	6	23	1.37
86650154--86650220	30	2.3	29	85	7	91	29	0	11	58	1.34
86651053--86651083	3	10.3	3	92	0	53	64	0	0	35	0.94
86651732--86651759	6	4.7	6	100	0	56	82	0	0	17	0.68
86657646--86657852	113	1.8	111	80	6	247	35	9	5	50	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86659163--86659351	100	1.9	100	88	0	288	25	23	20	30	1.98
86659260--86660041	176	4.4	177	86	3	1029	26	23	19	30	1.98
86659722--86659818	44	2.2	45	80	10	110	27	26	19	25	1.99
86659260--86660066	353	2.3	353	86	3	1104	26	23	19	31	1.98
86660240--86660493	64	4.0	64	86	1	332	37	14	17	29	1.90
86675537--86675579	22	1.9	23	85	4	61	69	6	2	20	1.23
86676425--86676460	10	3.5	11	85	14	51	8	16	22	52	1.70
86676762--86676799	19	2.0	20	84	5	51	5	5	15	73	1.19
86684094--86684149	17	3.4	16	73	11	51	73	0	14	12	1.11
86684773--86684847	30	2.4	31	80	8	82	57	8	1	33	1.36
86684819--86684871	20	2.6	21	77	14	58	67	5	0	26	1.12
86684797--86684901	49	2.1	49	84	3	131	62	4	0	31	1.22
86684797--86684902	9	10.9	9	70	12	68	62	4	0	32	1.22
86700774--86700812	14	2.8	14	96	0	69	43	2	15	38	1.60
86701244--86701295	15	3.2	15	73	19	50	44	0	1	53	1.11
86703309--86703444	20	7.4	18	68	21	79	60	2	0	36	1.12
86703309--86703461	28	5.5	28	68	21	51	61	3	0	35	1.12
86703311--86703364	9	5.5	10	78	8	58	61	1	0	37	1.07
86704543--86704580	20	2.0	20	89	5	60	28	13	15	42	1.85
86713575--86713603	14	2.1	14	100	0	58	13	24	13	48	1.79
86715861--86715904	22	2.0	22	81	0	52	56	6	13	22	1.61
86716931--86716974	21	2.1	21	95	0	79	43	6	4	45	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86725097--86725175	24	3.2	24	77	12	65	35	5	2	56	1.35
86725104--86725184	26	3.2	24	74	20	76	35	4	1	58	1.28
86725402--86725583	24	7.7	24	68	12	99	30	5	3	60	1.37
86725464--86725518	25	2.2	24	83	3	65	32	3	3	60	1.32
86728064--86728216	43	3.7	42	77	10	170	32	23	15	28	1.95
86728609--86728737	66	2.0	65	86	6	179	12	22	20	44	1.84
86729559--86729606	24	2.0	24	95	0	87	39	12	27	20	1.89
86730409--86730443	13	2.7	13	90	0	52	57	0	11	31	1.34
86733959--86733998	21	1.9	21	85	10	55	55	2	2	40	1.27
86737833--86737906	19	3.9	19	92	3	132	36	10	17	35	1.85
86737833--86737913	37	2.2	38	89	8	132	37	9	18	34	1.84
86737833--86737930	19	4.9	22	84	12	90	36	9	17	36	1.82
86738199--86738232	18	1.9	17	88	5	50	29	0	0	70	0.87
86746392--86746624	78	3.0	78	93	2	405	32	17	25	25	1.97
86746564--86746831	45	5.9	45	77	8	258	31	15	27	25	1.96
86746565--86746829	89	2.9	90	80	8	288	31	15	27	25	1.96
86747179--86747257	19	4.4	19	85	9	94	37	13	12	35	1.83
86747189--86747259	36	2.1	34	92	7	117	38	12	15	33	1.85
86747187--86747259	19	3.9	19	89	7	123	38	12	15	34	1.84
86747187--86747282	19	4.8	22	84	10	79	37	10	15	36	1.82
86747549--86747582	17	2.0	17	88	11	52	32	0	0	67	0.91
86752406--86753052	327	2.0	327	89	1	983	31	22	19	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86756543--86756605	25	2.5	25	97	0	117	33	15	9	41	1.80
86763688--86763712	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
86763924--86763955	15	2.1	15	94	0	55	15	0	9	75	1.05
86766679--86766752	29	2.6	29	80	0	85	13	25	36	24	1.92
86770491--86770530	21	1.9	21	85	10	55	20	5	0	75	0.99
86770629--86770679	22	2.3	23	82	3	59	47	0	5	47	1.26
86778279--86778313	18	1.9	18	100	0	70	45	17	5	31	1.71
86778843--86778875	7	4.7	7	100	0	66	60	0	0	39	0.97
86780844--86780899	19	2.9	19	79	7	60	44	5	5	44	1.49
86783163--86783217	27	2.0	27	96	0	101	20	36	10	32	1.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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