genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.85.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  105315579

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27097903--27098105	78	2.6	80	83	7	204	26	20	28	25	1.99
27102198--27102258	30	2.1	29	90	3	95	26	14	22	36	1.93
27110336--27110373	7	5.1	7	90	9	58	78	2	0	18	0.86
27110771--27110883	54	2.1	54	94	0	199	18	17	9	53	1.70
27115950--27116055	23	4.6	23	75	9	108	32	22	12	33	1.91
27115944--27116054	46	2.4	45	84	3	141	32	23	11	32	1.91
27126401--27126622	40	5.6	40	91	1	349	22	22	26	28	1.99
27132261--27132441	40	4.6	40	90	2	278	22	22	26	28	1.99
27135976--27136343	184	2.0	183	96	0	673	30	13	21	34	1.92
27138772--27139082	47	6.6	47	93	1	514	33	8	29	28	1.86
27138772--27139082	143	2.2	141	92	1	514	33	8	29	28	1.86
27141524--27141707	40	4.6	40	95	2	318	22	22	28	26	1.99
27141520--27141707	79	2.4	80	92	3	326	23	22	27	26	2.00
27141520--27141739	79	2.8	80	86	7	315	25	21	26	25	2.00
27141524--27141739	119	1.8	119	87	7	323	24	22	27	25	2.00
27141964--27142007	22	2.0	21	83	16	54	31	18	13	36	1.90
27149511--27149654	40	3.6	40	92	0	236	22	22	27	26	1.99
27149511--27149686	79	2.2	79	85	4	230	25	22	26	26	2.00
27149913--27149956	22	2.0	21	83	16	54	31	18	13	36	1.90
27154192--27154281	24	4.0	22	77	12	92	25	21	20	33	1.97
27154189--27154283	46	2.1	46	84	5	122	25	20	18	35	1.95
27154189--27154306	45	2.5	45	80	10	121	27	21	18	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27154212--27154305	24	3.9	24	82	9	104	27	21	18	32	1.96
27156847--27157339	47	10.4	47	92	1	797	32	8	29	29	1.87
27156851--27157339	143	3.4	143	96	0	874	32	8	29	29	1.87
27156847--27157339	190	2.6	188	92	1	815	32	8	29	29	1.87
27157458--27157536	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
27161578--27162021	50	8.8	50	82	2	503	30	25	18	25	1.98
27161733--27161777	12	3.5	13	82	17	51	37	26	11	24	1.89
27161578--27162019	101	4.4	99	82	3	499	30	26	18	24	1.98
27161570--27162017	151	3.0	150	89	1	671	30	26	18	24	1.98
27163961--27164011	26	2.0	26	92	0	84	31	17	21	29	1.96
27165262--27165308	21	2.2	21	81	7	60	38	2	17	42	1.61
27165970--27166073	22	4.6	22	78	8	95	24	22	18	35	1.95
27165935--27166073	45	3.1	43	78	12	145	23	21	17	36	1.95
27172649--27172717	30	2.3	31	85	9	90	43	2	4	49	1.37
27175459--27175580	22	5.3	22	62	21	61	25	29	11	33	1.91
27175431--27175687	47	5.4	47	89	3	365	26	30	9	33	1.88
27180199--27180365	46	3.6	46	80	3	147	23	26	19	29	1.98
27180932--27180982	20	2.7	18	82	14	59	37	21	0	41	1.54
27187196--27187256	27	2.3	27	94	0	104	36	32	8	22	1.84
27191749--27191790	22	2.0	21	81	13	50	52	19	2	26	1.58
27193101--27193300	85	2.3	85	78	15	207	32	27	16	24	1.96
27193110--27193321	44	4.9	45	81	7	212	32	26	17	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27199533--27199575	18	2.3	19	80	4	52	32	6	0	60	1.23
27201403--27201806	46	8.8	46	76	9	362	30	16	27	25	1.97
27201408--27201792	91	4.2	90	74	12	219	30	16	27	24	1.97
27201409--27201785	137	2.8	137	92	0	619	31	16	27	24	1.97
27201873--27202040	49	3.4	49	78	5	155	27	19	28	24	1.99
27202597--27202636	21	2.0	20	90	5	62	25	27	37	10	1.88
27207358--27207407	24	2.1	24	100	0	100	34	4	8	54	1.49
27211960--27212179	46	4.8	43	81	6	215	29	20	27	21	1.98
27211955--27212269	138	2.3	136	80	7	350	27	19	27	24	1.99
27212240--27212352	49	2.3	49	81	3	129	29	20	25	24	1.99
27217977--27218068	27	3.4	27	83	0	103	38	19	18	23	1.93
27221373--27221493	48	2.6	48	89	10	180	33	26	6	33	1.82
27225206--27225463	39	6.7	40	81	10	292	25	29	21	24	1.99
27225206--27225464	116	2.3	113	83	9	321	25	29	21	23	1.99
27225206--27225463	77	3.4	78	81	9	259	25	29	21	24	1.99
27230683--27230945	40	6.7	40	89	3	376	26	28	21	23	1.99
27232148--27232226	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
27232345--27232602	47	5.6	47	91	2	405	29	29	8	32	1.87
27235425--27235814	40	9.8	40	91	1	622	25	28	21	24	1.99
27235616--27235682	23	3.2	23	60	24	56	23	28	23	23	2.00
27237024--27237103	37	2.2	37	81	0	97	25	31	18	25	1.98
27237222--27237574	47	7.6	47	92	5	599	30	29	7	32	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27237222--27237563	137	2.5	138	92	5	543	29	29	8	32	1.86
27237222--27237563	184	1.8	181	93	5	560	29	29	8	32	1.86
27241957--27242486	289	1.8	290	93	0	918	34	10	18	37	1.84
27242541--27242662	42	2.9	42	80	4	129	33	17	22	27	1.96
27250150--27250411	46	5.6	48	82	8	267	21	30	19	28	1.98
27250150--27250414	93	2.8	93	82	10	301	21	30	19	28	1.98
27253030--27253059	14	2.1	15	93	6	53	53	6	13	26	1.64
27259440--27259615	47	3.8	46	77	10	171	25	28	17	29	1.97
27259437--27259656	47	4.7	45	76	15	150	25	27	17	29	1.98
27259486--27259658	94	1.8	94	86	0	247	24	27	18	28	1.98
27267378--27268768	691	2.0	691	97	0	2602	33	19	12	35	1.89
27271721--27271885	40	4.1	41	80	10	173	25	26	22	25	2.00
27271707--27271885	80	2.2	80	82	6	204	25	26	21	26	2.00
27281935--27282040	56	1.9	55	88	9	162	45	6	20	27	1.76
27283596--27283689	45	2.2	45	84	9	124	35	8	26	29	1.86
27283704--27283940	45	5.4	44	77	15	199	33	11	28	26	1.92
27283704--27283938	89	2.7	92	80	12	244	33	11	28	26	1.92
27286365--27286982	46	13.2	49	77	16	402	33	8	28	28	1.87
27286365--27286651	90	3.1	93	76	18	296	32	8	28	31	1.86
27286547--27286919	93	3.9	90	78	13	249	35	9	28	26	1.87
27286547--27286960	95	4.4	93	78	11	325	34	9	29	26	1.88
27286550--27286932	142	2.7	139	83	12	444	34	9	29	26	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27287417--27287769	93	3.7	91	79	14	319	27	30	10	32	1.90
27287417--27287769	47	7.5	49	77	16	338	27	30	10	32	1.90
27294217--27294336	56	2.1	56	98	0	231	45	9	23	22	1.81
27295793--27296341	47	11.6	47	91	2	768	33	9	29	27	1.88
27298609--27298711	40	2.6	41	77	7	106	25	24	26	24	2.00
27298714--27299360	96	6.8	94	92	2	944	33	8	29	28	1.87
27298714--27299360	47	13.6	47	92	3	944	33	8	29	28	1.87
27301754--27301827	21	3.3	21	66	20	60	33	8	28	29	1.86
27301736--27302360	47	13.6	46	92	5	866	33	8	29	28	1.87
27301736--27302360	91	6.8	91	91	5	805	33	8	29	28	1.87
27304641--27304824	40	4.6	40	79	8	189	25	22	27	25	2.00
27304767--27304995	40	5.7	40	86	1	262	25	21	27	25	2.00
27305549--27306026	47	10.1	47	89	4	653	32	9	29	27	1.89
27305549--27306026	96	5.1	96	91	3	699	32	9	29	27	1.89
27305737--27305812	22	3.3	22	67	22	66	31	11	30	26	1.92
27310005--27310148	42	3.4	41	79	7	121	34	25	15	25	1.95
27310026--27310148	44	2.9	40	76	11	120	33	26	16	23	1.96
27317729--27317863	68	2.0	68	97	0	252	45	18	7	28	1.76
27318128--27318284	43	3.7	43	83	8	169	33	23	16	26	1.96
27318146--27318293	43	3.4	42	86	3	188	35	22	14	27	1.93
27324187--27324291	27	3.9	27	88	0	129	23	13	20	42	1.87
27324189--27324291	54	1.9	54	85	0	143	22	13	20	43	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27328809--27328878	34	2.1	34	97	0	131	32	22	4	40	1.74
27335445--27335630	67	2.8	66	77	8	166	22	30	16	31	1.95
27337664--27337731	34	2.0	34	100	0	136	32	23	5	38	1.79
27345037--27345356	157	2.0	157	96	0	597	32	12	18	37	1.88
27351660--27351918	47	5.5	47	93	0	428	32	8	29	28	1.87
27354166--27354449	43	6.7	43	80	3	292	30	26	18	25	1.98
27354858--27354903	21	2.2	21	92	0	74	2	43	17	36	1.61
27359354--27359424	9	7.9	9	76	9	65	35	1	19	43	1.60
27359369--27359455	36	2.5	36	94	3	151	34	1	17	47	1.55
27360775--27360949	46	3.8	46	79	10	203	29	28	20	21	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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