genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.114.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  105315579

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36849423--36849458	18	2.0	18	100	0	72	44	11	11	33	1.75
36860247--36860411	43	3.9	43	69	14	103	33	23	18	24	1.97
36865019--36865154	40	3.4	40	90	2	211	33	16	28	22	1.95
36865036--36865098	20	3.2	20	68	8	65	33	17	33	15	1.92
36868998--36869109	29	3.9	29	80	5	120	23	33	16	27	1.95
36869005--36869117	58	2.0	57	84	5	147	23	31	15	30	1.95
36869190--36869228	9	4.2	9	83	6	51	15	38	17	28	1.91
36869197--36869234	19	2.0	19	89	0	58	15	34	18	31	1.92
36869331--36869366	8	4.5	8	89	0	54	8	22	22	47	1.77
36870608--36870639	16	2.0	16	93	0	55	15	6	28	50	1.68
36878164--36878225	27	2.3	28	88	8	101	32	24	25	17	1.97
36878846--36878930	27	3.1	27	83	3	109	23	20	17	38	1.93
36887668--36887762	40	2.4	40	96	1	174	21	22	27	29	1.99
36891723--36891819	29	3.4	28	70	14	72	23	30	17	27	1.97
36892055--36892090	16	2.2	16	90	0	54	13	22	11	52	1.72
36893635--36893760	28	4.5	28	89	1	171	29	12	24	33	1.92
36901662--36901789	28	4.5	28	88	2	175	28	12	25	32	1.92
36901662--36901789	57	2.2	57	88	2	186	28	12	25	32	1.92
36904437--36904651	40	5.4	40	93	2	339	23	22	28	25	1.99
36907521--36907577	26	2.2	26	81	9	62	29	19	19	31	1.96
36908782--36908841	12	5.5	11	69	15	52	65	0	31	3	1.09
36909747--36909808	25	2.4	26	81	5	72	54	4	1	38	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36910545--36910608	30	2.1	30	88	0	92	31	12	15	40	1.85
36912552--36912645	42	2.2	43	86	1	127	30	23	17	28	1.97
36912533--36912689	43	3.7	44	78	8	139	31	26	16	26	1.97
36916044--36916096	23	2.4	22	76	20	56	9	18	1	69	1.25
36919662--36919842	98	1.9	97	85	1	254	23	27	19	29	1.98
36919662--36919913	49	5.2	46	74	10	159	22	26	20	30	1.98
36919759--36919913	48	3.2	48	78	8	181	21	26	21	30	1.98
36919759--36919979	94	2.3	94	82	5	250	23	25	19	31	1.98
36919765--36919974	46	4.5	46	73	11	142	24	25	19	31	1.98
36922414--36922448	18	1.9	18	88	0	52	25	20	14	40	1.90
36926806--36927037	46	4.9	48	73	9	190	23	26	18	31	1.98
36926806--36927028	94	2.4	93	79	8	236	22	26	19	31	1.98
36929432--36929464	16	2.0	17	88	5	50	63	6	18	12	1.48
36934272--36934496	79	2.8	78	81	10	267	24	26	22	26	2.00
36934272--36934496	119	1.9	120	82	9	291	24	26	22	26	2.00
36934272--36934496	40	5.7	39	84	8	244	24	26	22	26	2.00
36938284--36938328	22	2.0	22	100	0	90	55	17	22	4	1.60
36943319--36943419	43	2.4	42	81	5	121	24	30	26	17	1.97
36956857--36957245	130	3.0	130	88	1	564	35	18	17	27	1.94
36962979--36963106	29	4.5	28	86	2	166	33	25	11	28	1.91
36962978--36963106	57	2.3	57	84	2	179	33	26	11	28	1.91
36971031--36971158	29	4.5	28	88	2	175	32	25	12	28	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36971030--36971158	57	2.3	57	87	2	188	32	26	12	28	1.92
36976052--36976227	40	4.4	40	93	2	293	24	27	23	24	2.00
36978896--36979003	26	4.2	26	95	0	198	30	6	25	37	1.81
36986094--36986150	27	2.1	27	83	0	69	38	14	19	28	1.90
36988103--36988127	13	1.9	13	100	0	50	24	16	36	24	1.94
36988636--36988700	28	2.3	28	89	5	96	35	29	6	29	1.82
36988806--36988906	28	3.6	28	81	4	114	19	24	20	34	1.96
36988806--36988895	27	3.2	28	79	7	94	18	23	22	35	1.96
36988806--36988912	55	1.9	55	83	7	137	18	25	19	36	1.95
36989358--36989396	19	2.1	19	85	0	51	15	5	7	71	1.26
36994938--36995074	50	2.7	50	91	0	220	28	12	10	48	1.73
36994938--36995074	25	5.5	25	85	3	177	28	12	10	48	1.73
36995585--36995849	45	6.0	45	85	4	299	26	20	26	26	1.99
37005248--37005277	15	2.0	15	93	0	51	50	33	13	3	1.58
37012929--37013074	25	5.8	25	86	0	166	28	13	9	48	1.74
37012929--37013065	50	2.7	50	88	0	202	29	13	9	48	1.73
37013893--37014156	45	6.0	45	90	3	376	25	22	26	26	2.00
37014989--37015110	43	2.8	43	80	2	138	26	16	24	32	1.96
37014989--37015092	42	2.4	42	82	3	127	27	15	24	32	1.95
37016503--37016592	42	2.1	42	89	0	135	20	26	30	23	1.98
37019040--37019197	43	3.7	42	77	13	162	31	25	17	25	1.97
37022773--37022885	27	4.2	28	86	5	137	35	21	23	19	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37022773--37022886	55	2.1	55	85	6	153	35	21	23	19	1.95
37027275--37027447	46	3.7	46	77	13	192	22	19	26	31	1.98
37027272--37027395	47	2.7	44	82	13	144	22	19	28	29	1.98
37036707--37036859	42	3.7	41	79	5	173	30	18	24	26	1.98
37043414--37043634	40	5.6	40	80	8	231	25	23	25	25	2.00
37051499--37051683	40	4.6	40	80	7	214	24	23	27	24	2.00
37051499--37051681	80	2.3	81	85	4	237	25	23	26	24	2.00
37064304--37064404	39	2.6	40	85	3	109	22	30	25	20	1.98
37070102--37070358	40	6.5	39	88	2	293	21	23	29	25	1.99
37070102--37070332	120	1.9	120	87	5	342	20	23	29	25	1.99
37070102--37070358	120	2.2	120	85	6	335	21	23	29	25	1.99
37075552--37075712	84	1.9	83	85	1	223	29	15	24	29	1.96
37075552--37075704	42	3.6	42	79	3	182	30	16	24	29	1.96
37081167--37081229	33	1.9	32	87	3	90	22	25	19	33	1.97
37091032--37091183	42	3.6	43	79	5	141	30	16	25	27	1.97
37091497--37091639	71	2.0	71	97	0	268	23	25	8	43	1.81
37104368--37104481	43	2.7	42	78	9	115	30	28	17	23	1.97
37104710--37104904	97	2.0	97	94	0	345	42	14	6	36	1.71
37108954--37109026	37	2.0	37	100	0	146	32	8	27	31	1.86
37114794--37114826	14	2.4	14	100	0	66	39	12	15	33	1.84
37120799--37120927	29	4.5	27	82	10	109	24	31	12	31	1.92
37120816--37120927	29	3.9	29	87	5	140	25	31	14	29	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37120830--37120950	29	4.2	28	86	6	100	26	30	13	29	1.94
37122752--37122812	30	2.0	30	96	0	113	42	16	21	19	1.89
37135681--37135715	18	1.9	18	88	11	54	57	0	20	22	1.41
37137746--37137793	20	2.4	20	79	6	53	25	37	10	27	1.88
37140470--37140596	46	2.8	46	87	2	175	29	20	29	20	1.98
37143621--37143734	23	4.8	23	75	8	95	26	21	17	34	1.96
37151080--37151723	47	13.4	47	89	3	892	32	8	28	29	1.87
37151080--37151672	145	4.1	141	91	4	934	32	8	28	30	1.87
37151842--37151920	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
37155413--37155523	46	2.4	46	81	3	125	30	21	17	30	1.96
37155446--37155536	24	3.9	24	75	13	73	29	21	17	30	1.96
37166612--37166743	40	3.3	40	88	3	169	27	28	20	24	1.99
37166640--37166749	39	2.8	40	87	5	152	28	27	18	26	1.98
37166640--37166794	79	2.0	80	83	6	199	26	27	20	25	1.99
37169935--37170012	26	3.1	26	78	10	90	23	19	14	43	1.87
37176698--37176775	29	2.7	28	84	11	104	25	15	30	28	1.96
37176753--37177025	144	1.9	145	92	0	458	30	14	23	31	1.94
37184823--37184900	29	2.7	28	84	11	104	25	15	30	28	1.96
37184853--37185178	173	1.9	173	93	1	564	29	14	24	31	1.95
37196618--37196688	28	2.5	30	80	17	96	28	14	29	28	1.95
37196649--37196965	166	1.9	166	90	3	505	29	14	24	30	1.95
37198386--37198540	39	4.0	39	86	5	208	29	27	21	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37198386--37198540	77	2.0	78	85	8	210	29	27	21	22	1.99
37199923--37200001	25	3.3	25	61	10	65	32	5	29	32	1.79
37199906--37200329	47	9.1	47	95	2	739	32	9	30	28	1.88
37200448--37200526	37	2.1	37	88	4	115	25	18	30	25	1.98
37204104--37204637	47	11.1	47	86	5	708	30	12	30	26	1.93
37204104--37204637	145	3.7	144	87	5	765	30	12	30	26	1.93
37204611--37204701	46	2.0	46	82	0	110	34	9	30	25	1.88
37204846--37205064	37	5.9	37	92	0	348	25	17	30	26	1.97
37214036--37214062	7	3.9	7	100	0	54	29	25	14	29	1.95
37215278--37215355	41	1.9	41	97	0	147	17	21	38	21	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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