genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.224.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  105315579

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73166940--73167136	39	5.1	39	92	0	322	26	21	23	27	1.99
73172148--73172298	39	3.9	39	87	3	223	27	24	21	26	1.99
73178514--73178671	39	4.1	39	94	0	271	27	22	23	26	1.99
73179317--73179351	18	1.9	18	100	0	70	28	5	17	48	1.69
73180468--73180533	12	5.4	12	75	10	62	53	12	16	18	1.73
73180468--73180567	37	2.7	37	90	0	155	50	12	18	20	1.78
73180504--73180589	6	14.0	6	70	18	61	50	13	16	19	1.79
73180482--73180589	31	3.3	31	80	10	101	50	12	16	20	1.78
73180468--73180589	37	3.5	37	80	15	132	50	12	17	19	1.77
73180708--73180767	27	2.3	26	85	2	75	35	20	23	21	1.96
73183638--73183768	6	21.3	6	70	16	81	48	12	19	20	1.80
73183646--73183768	37	3.5	37	79	13	150	47	11	19	21	1.80
73183662--73183768	31	3.3	31	76	14	115	47	12	18	21	1.81
73184564--73184671	27	4.0	27	83	3	121	26	20	18	34	1.96
73184666--73184723	27	2.1	27	83	0	71	34	6	17	41	1.76
73184674--73184759	27	3.2	26	88	3	109	27	5	19	46	1.73
73192312--73192539	40	5.7	40	92	3	379	25	27	22	25	2.00
73194836--73194864	15	1.9	15	100	0	58	34	31	6	27	1.83
73200417--73200659	39	6.2	40	84	8	288	26	26	21	25	1.99
73200440--73200663	40	5.7	40	86	6	307	26	26	20	25	1.99
73200417--73200653	79	3.0	76	86	8	302	27	25	21	26	1.99
73202943--73202985	21	2.0	21	95	0	77	41	20	4	32	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73215280--73215327	15	3.3	14	83	16	62	77	2	14	6	1.06
73220218--73220401	67	2.8	64	75	13	180	28	16	30	24	1.96
73228933--73229006	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
73231441--73231658	47	4.6	48	79	7	211	25	28	17	27	1.98
73231437--73231658	93	2.4	94	81	8	274	24	28	18	27	1.98
73231437--73231708	47	5.8	46	76	13	168	25	28	18	28	1.98
73237801--73237859	29	2.0	29	100	0	118	42	23	10	23	1.85
73239078--73239341	47	5.6	47	75	12	206	24	30	17	28	1.97
73239078--73239295	93	2.3	94	77	11	223	24	31	17	26	1.97
73240005--73240029	12	2.1	12	100	0	50	60	16	8	16	1.58
73244679--73244711	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
73247643--73247704	6	10.5	6	80	3	72	80	1	4	12	0.94
73256953--73256992	7	5.7	7	100	0	80	15	0	40	45	1.46
73259036--73259114	28	2.8	28	90	0	131	31	27	7	32	1.85
73259145--73259231	40	2.2	40	89	4	131	35	28	14	20	1.93
73262894--73262962	34	2.0	34	94	5	122	36	14	23	26	1.93
73272421--73272505	43	2.0	43	95	0	152	40	24	11	23	1.88
73280563--73280685	47	2.6	47	92	0	201	36	14	22	26	1.93
73280664--73280860	54	3.6	54	82	4	218	36	17	24	21	1.94
73287844--73288015	93	1.8	93	93	0	299	27	27	21	22	1.99
73287837--73288012	46	3.8	46	79	12	198	28	27	21	22	1.99
73287845--73288031	46	4.0	46	73	16	136	28	27	20	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73291094--73291254	77	2.1	77	89	4	245	34	26	20	19	1.96
73297360--73297544	76	2.4	77	88	1	282	33	28	18	18	1.95
73297773--73297816	22	2.0	22	100	0	88	31	27	22	18	1.97
73301485--73301548	29	2.2	29	81	15	71	23	17	4	54	1.61
73308192--73308216	8	3.1	8	100	0	50	24	24	12	40	1.88
73308461--73308518	28	2.0	30	86	6	84	25	10	5	58	1.52
73308598--73308643	23	2.1	22	88	8	67	58	19	2	19	1.49
73313488--73313620	29	4.6	28	87	3	176	33	26	12	28	1.92
73313488--73313620	57	2.3	57	88	3	187	33	26	12	28	1.92
73321536--73321663	29	4.5	28	88	2	175	32	25	12	28	1.92
73321535--73321663	57	2.3	57	87	2	188	32	26	12	28	1.92
73326725--73326757	14	2.3	15	90	10	52	36	0	0	63	0.95
73331814--73331889	15	5.1	15	79	7	75	57	14	15	11	1.65
73335787--73335997	43	5.0	43	82	5	225	27	13	24	33	1.93
73339441--73339662	40	5.6	40	84	7	224	25	27	21	25	1.99
73339441--73339663	80	2.8	80	82	8	269	25	27	21	25	1.99
73339441--73339661	78	2.8	78	82	6	241	25	28	21	25	1.99
73347551--73347653	37	2.6	40	87	7	149	28	27	18	26	1.98
73356801--73356876	21	3.5	21	66	16	55	38	25	13	23	1.91
73356786--73356872	45	1.9	45	95	0	156	39	24	12	24	1.90
73363161--73363372	43	4.9	44	80	5	222	28	15	25	31	1.95
73363161--73363372	86	2.5	87	82	6	245	28	15	25	31	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73364626--73364655	14	2.1	15	93	6	53	13	10	13	63	1.52
73366565--73366735	93	1.8	93	88	5	265	28	29	19	22	1.98
73366557--73366731	46	3.8	45	76	10	174	29	29	19	22	1.98
73366608--73366751	46	3.1	45	72	21	120	28	29	19	22	1.98
73369093--73369181	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
73369093--73369172	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
73369104--73369181	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
73372078--73372207	46	2.8	48	78	17	157	30	29	18	21	1.97
73372081--73372226	46	3.2	46	74	16	142	30	28	18	22	1.97
73382471--73382547	38	2.0	38	97	0	145	19	28	24	27	1.99
73382916--73382956	21	2.0	21	100	0	82	36	19	4	39	1.73
73386760--73386892	39	3.4	39	90	0	203	30	18	26	24	1.98
73402705--73402887	40	4.6	39	83	8	203	24	22	27	25	2.00
73402758--73402920	78	2.1	77	82	8	188	26	20	27	25	1.99
73410650--73410833	39	4.6	41	82	11	206	24	22	27	25	2.00
73410650--73410833	79	2.3	80	83	8	225	24	22	27	25	2.00
73410703--73410866	78	2.1	79	83	7	201	26	21	27	25	1.99
73418049--73418321	48	5.7	47	81	3	235	23	28	20	27	1.99
73418051--73418334	96	3.0	97	83	4	326	24	28	20	26	1.99
73419248--73419329	40	2.1	39	83	2	101	25	14	28	31	1.95
73422053--73422188	50	2.7	50	86	2	184	29	19	31	19	1.96
73422058--73422228	50	3.5	49	82	7	170	29	18	29	22	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73422160--73422303	43	3.3	43	75	9	130	27	15	25	31	1.96
73427085--73427170	40	2.2	39	83	6	102	25	13	29	31	1.94
73430404--73430574	25	6.8	25	87	0	207	28	15	10	45	1.80
73430404--73430559	75	2.1	75	90	0	240	30	14	10	44	1.79
73430520--73430582	25	2.5	25	84	0	72	23	19	12	44	1.85
73431394--73431583	45	4.2	45	94	0	326	23	21	26	28	1.99
73437885--73438065	25	7.2	25	92	0	299	28	12	11	47	1.76
73438900--73439254	45	8.0	45	92	1	556	23	21	28	27	1.99
73441548--73441705	50	3.4	47	73	12	146	29	16	28	25	1.97
73443376--73443494	55	2.1	56	96	1	222	45	9	22	22	1.81
73444624--73444848	40	5.7	40	86	5	296	24	22	28	25	2.00
73444624--73444881	119	2.2	119	81	6	292	25	21	27	25	1.99
73452463--73452654	40	4.8	40	79	10	171	26	20	27	25	1.99
73453584--73454432	49	17.9	47	91	6	1308	30	29	8	31	1.87
73453589--73454428	240	3.5	239	93	5	1361	30	29	8	32	1.87
73454154--73454218	18	3.3	18	66	25	51	33	27	3	35	1.73
73533710--73533798	21	4.1	21	84	5	90	53	10	23	12	1.68
73533710--73533778	21	3.3	21	87	2	95	55	8	24	11	1.64
73537936--73537964	14	2.1	14	100	0	58	51	6	13	27	1.66
73540720--73540759	13	2.8	15	85	14	66	65	0	0	35	0.93
73552498--73552522	12	2.1	12	100	0	50	48	8	0	44	1.32
73555043--73555081	21	1.9	20	94	5	69	33	10	25	30	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73555261--73555299	16	2.6	15	84	11	53	56	0	0	43	0.99
73555267--73555318	16	3.0	18	81	10	56	59	0	0	40	0.97
73557039--73557072	14	2.6	13	86	13	52	55	0	0	44	0.99
73564305--73564338	17	2.0	17	94	0	59	47	11	2	38	1.55
73570311--73570479	92	1.8	91	96	1	311	28	28	21	21	1.98
73570303--73570475	46	3.8	45	81	11	226	28	28	20	21	1.98
73570308--73570495	46	4.1	46	73	18	151	28	28	20	21	1.98
73572836--73572924	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
73572836--73572915	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
73572847--73572924	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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