genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.82.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  105315579

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26077608--26077655	25	1.9	25	91	0	78	35	25	14	25	1.94
26077692--26077762	20	3.5	20	90	0	115	36	11	21	30	1.88
26077703--26077757	11	5.4	11	75	16	64	38	12	20	29	1.89
26077809--26078001	25	8.0	24	87	6	243	27	20	23	27	1.99
26077808--26077973	49	3.4	49	87	5	241	27	20	23	28	1.99
26078193--26078256	31	2.1	31	87	0	92	37	15	21	25	1.93
26085435--26085503	34	2.0	34	85	2	93	30	21	18	28	1.97
26086566--26086643	34	2.3	34	82	4	95	24	15	24	35	1.94
26090488--26090684	6	32.0	6	71	16	136	48	15	17	17	1.81
26090509--26090664	37	4.4	37	80	9	171	47	16	18	17	1.83
26090551--26090684	25	5.6	25	76	15	133	47	16	18	17	1.84
26090548--26090684	31	4.4	31	79	10	163	47	16	18	18	1.83
26090832--26090973	67	2.1	67	82	5	167	33	23	23	19	1.97
26091227--26091421	27	7.2	27	83	2	230	25	18	17	38	1.93
26091200--26091423	54	4.1	54	81	10	260	25	19	17	37	1.93
26091228--26091423	81	2.4	80	85	5	268	25	18	17	39	1.92
26091405--26091590	81	2.3	81	80	5	189	34	9	18	37	1.83
26091459--26091909	27	16.7	27	85	2	537	31	9	19	39	1.83
26091542--26091916	108	3.5	108	92	1	599	31	8	19	40	1.82
26099151--26099327	68	2.6	68	78	7	187	41	14	13	30	1.84
26099234--26099327	34	2.8	34	79	6	102	46	13	10	28	1.77
26101892--26102019	49	2.7	45	78	8	132	28	28	18	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26105897--26106018	22	5.3	22	62	21	61	25	29	11	33	1.91
26105869--26106512	47	13.6	47	93	2	947	28	29	9	33	1.88
26107777--26107955	85	2.1	85	98	0	349	26	27	8	37	1.85
26110451--26110608	27	5.9	27	78	10	135	35	19	23	21	1.96
26110468--26110608	54	2.6	54	87	2	194	35	21	22	20	1.96
26110714--26110776	26	2.3	26	83	5	72	30	11	25	33	1.90
26112824--26112996	46	3.7	46	77	13	201	21	20	27	29	1.98
26112821--26112991	93	1.8	93	94	0	306	21	21	28	28	1.98
26115048--26115185	27	5.1	26	84	6	168	34	23	24	17	1.96
26115048--26115185	54	2.6	54	90	2	215	34	23	24	17	1.96
26115294--26115356	26	2.3	26	83	5	72	30	7	25	36	1.84
26116796--26116877	26	3.2	26	91	0	137	37	24	6	31	1.80
26128151--26128192	19	2.2	20	86	4	59	33	0	2	64	1.07
26134232--26134308	26	2.9	26	73	9	66	42	12	15	28	1.84
26136747--26136814	29	2.3	29	85	5	93	27	30	13	27	1.94
26136916--26136994	29	2.7	30	82	13	110	29	30	15	25	1.96
26144855--26144922	29	2.3	29	85	5	93	27	30	13	27	1.94
26145024--26145102	29	2.7	30	82	13	110	29	30	15	25	1.96
26153526--26153663	48	2.9	48	88	4	197	27	20	28	23	1.99
26163487--26163589	29	3.6	29	90	2	145	24	16	33	25	1.96
26174660--26174711	26	2.0	26	96	0	95	28	34	23	13	1.92
26174525--26174789	103	2.6	104	90	3	410	30	30	20	18	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26175119--26175182	30	2.2	29	81	10	76	29	28	6	35	1.82
26175126--26175182	30	1.9	30	85	3	80	29	24	7	38	1.82
26177249--26177285	17	2.1	18	90	5	58	10	37	29	21	1.88
26179880--26179909	15	2.0	15	100	0	60	40	0	33	26	1.57
26182971--26183003	17	1.9	17	93	0	57	45	6	21	27	1.75
26184245--26212366	633	44.0	633	83	6	32452	32	16	21	29	1.95
26214570--26214626	26	2.2	25	84	6	69	43	10	15	29	1.80
26226862--26227017	27	5.8	27	82	8	167	39	19	10	30	1.86
26226862--26227015	54	2.9	54	82	7	197	39	20	10	29	1.85
26229902--26229944	11	3.7	11	79	11	50	60	4	0	34	1.17
26231802--26231978	83	2.1	83	93	1	302	35	12	20	31	1.90
26235825--26235903	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
26236022--26236469	47	9.4	47	92	3	675	29	29	8	32	1.88
26236022--26236469	93	4.7	94	89	5	675	29	29	8	32	1.88
26236022--26236469	196	2.4	187	89	3	673	29	29	8	32	1.88
26239986--26240220	40	5.9	40	89	2	330	25	28	22	23	1.99
26239986--26240220	78	3.0	80	87	2	330	25	28	22	23	1.99
26239986--26240220	118	2.0	120	86	1	330	25	28	22	23	1.99
26239999--26240299	40	7.6	40	84	5	280	24	28	22	24	2.00
26239986--26240304	158	2.0	157	81	6	367	25	28	22	24	1.99
26240605--26240683	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
26242570--26242648	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26242766--26243258	47	10.4	47	93	3	769	29	29	8	32	1.87
26242766--26243258	138	3.5	140	89	5	749	29	29	8	32	1.87
26248589--26248616	12	2.3	12	100	0	56	7	25	21	46	1.76
26259801--26260010	46	4.5	46	76	8	201	30	19	26	22	1.98
26259795--26260024	94	2.5	95	87	4	317	29	20	26	23	1.99
26264681--26264716	18	2.0	18	88	0	54	36	8	25	30	1.85
26267560--26267732	94	1.8	94	85	2	240	28	19	27	24	1.99
26283479--26283508	12	2.5	12	94	0	51	33	23	40	3	1.71
26285351--26285671	96	3.4	96	82	5	339	23	28	19	29	1.98
26285352--26285684	144	2.3	144	82	3	395	24	28	18	28	1.98
26285352--26285674	48	6.8	48	76	6	271	23	28	19	28	1.98
26287080--26287110	15	2.1	15	93	0	53	51	6	3	38	1.44
26289436--26289479	18	2.4	19	88	3	63	47	2	4	45	1.35
26292208--26292245	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
26292474--26292645	93	1.8	93	88	0	263	30	27	19	22	1.98
26292470--26292639	46	3.7	46	74	10	148	31	27	18	22	1.97
26308368--26308635	48	5.6	48	78	5	263	23	29	18	27	1.98
26308374--26308635	96	2.7	95	82	3	312	24	29	18	27	1.98
26308381--26308651	144	1.9	143	82	5	341	25	29	17	26	1.98
26312570--26312597	13	2.2	13	100	0	56	21	14	0	64	1.29
26314467--26314518	21	2.5	21	79	14	63	42	17	1	38	1.60
26321353--26321490	23	5.9	24	73	14	83	36	22	23	16	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26321956--26322047	45	2.0	45	97	0	175	41	15	5	38	1.70
26322583--26322639	30	2.0	30	86	6	82	22	21	0	56	1.43
26328537--26328575	21	1.9	20	89	5	60	43	2	2	51	1.29
26332529--26332582	26	2.1	26	96	0	99	62	7	9	20	1.48
26334170--26334195	7	3.7	7	100	0	52	26	30	0	42	1.56
26335365--26335389	11	2.3	11	100	0	50	52	0	8	40	1.31
26336134--26336240	30	3.6	30	79	12	103	39	9	8	42	1.67
26336134--26336262	30	4.3	30	75	14	97	38	10	7	43	1.67
26339425--26339471	24	2.0	23	83	4	58	14	4	10	70	1.31
26340677--26340713	17	2.2	17	90	0	56	5	16	0	78	0.93
26345093--26345176	41	2.0	41	95	0	150	27	28	15	28	1.96
26346125--26346165	20	2.0	20	95	0	73	48	0	17	34	1.47
26347289--26347316	10	2.8	10	100	0	56	28	10	21	39	1.87
26358542--26358601	30	2.0	30	93	0	102	55	11	5	28	1.57
26358634--26358676	22	2.0	22	85	0	59	55	9	13	20	1.66
26359247--26359287	20	2.0	20	100	0	82	29	9	9	51	1.67
26365607--26365705	28	3.5	29	86	9	125	27	15	28	29	1.96
26371259--26371392	49	2.7	49	79	4	162	28	25	17	29	1.97
26371415--26371629	94	2.3	92	83	7	263	22	28	18	29	1.98
26371415--26371629	46	4.6	48	74	11	178	22	28	18	29	1.98
26377693--26377731	3	13.0	3	100	0	78	66	0	0	33	0.92
26377975--26378060	20	4.4	19	75	10	75	63	0	1	34	1.02
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26378024--26378070	20	2.3	20	85	3	67	68	0	4	27	1.08
26378293--26378480	10	19.2	10	67	14	72	29	4	3	62	1.31
26378398--26378486	19	4.8	19	74	17	80	28	4	2	65	1.24
26378398--26378477	29	2.8	29	83	7	92	28	5	2	63	1.28
26378398--26378468	9	7.4	9	74	16	63	30	4	2	61	1.29
26380483--26380563	38	2.1	39	90	2	128	23	16	14	45	1.84
26384997--26385040	23	1.9	23	81	9	54	34	0	27	38	1.57
26390810--26390839	12	2.5	12	94	0	51	50	20	3	26	1.64
26390846--26390886	22	1.9	22	90	5	66	21	26	39	12	1.89
26396754--26396806	26	2.0	26	100	0	106	18	30	30	20	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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