genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.178.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  105315579

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57805885--57805921	14	2.6	14	95	0	65	29	16	10	43	1.82
57806072--57806103	16	1.9	17	93	6	57	21	6	6	65	1.38
57810495--57810708	46	4.6	44	76	11	155	28	17	29	23	1.97
57810638--57810755	47	2.5	47	86	6	152	31	17	27	23	1.97
57814590--57814781	40	4.8	40	87	5	248	27	28	20	24	1.99
57814590--57814781	79	2.4	80	86	5	248	27	28	20	24	1.99
57822375--57822676	40	7.6	40	91	1	439	27	28	20	23	1.99
57846065--57846124	27	2.3	26	85	2	75	35	20	23	21	1.96
57846092--57846233	67	2.1	69	84	5	180	31	22	26	19	1.97
57848672--57848727	28	2.0	28	100	0	112	21	35	10	32	1.88
57852300--57852359	27	2.3	26	85	2	75	35	20	23	21	1.96
57852327--57852465	67	2.0	68	86	2	190	31	23	26	17	1.97
57858015--57858063	21	2.3	21	82	10	55	22	30	0	46	1.52
57860094--57860152	30	2.0	30	83	6	75	42	5	25	27	1.76
57870684--57870758	27	2.8	26	81	4	87	33	21	24	21	1.97
57878011--57878152	67	2.1	67	86	5	194	30	21	27	19	1.98
57880317--57880363	20	2.6	19	81	15	55	21	4	4	70	1.22
57891973--57892000	7	4.0	7	100	0	56	28	14	0	57	1.38
57900955--57900994	13	2.6	16	74	25	50	30	0	12	57	1.36
57902180--57902272	46	2.0	47	91	2	152	21	13	12	51	1.75
57925004--57925221	79	2.8	80	78	11	209	25	27	21	26	1.99
57925037--57925221	40	4.7	40	82	6	207	25	28	21	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57937191--57937225	17	2.1	17	100	0	70	37	22	17	22	1.94
57941386--57941490	55	1.9	55	84	3	140	21	31	22	23	1.98
57945331--57945363	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
57948269--57948349	6	13.7	6	74	10	69	77	1	3	17	0.97
57948288--57948351	5	12.2	5	80	12	67	76	0	3	20	0.92
57948289--57948351	16	4.1	15	75	15	65	76	0	3	20	0.93
57955576--57955638	15	4.2	15	77	0	72	52	14	17	15	1.75
57957569--57957642	37	2.0	37	82	15	91	41	24	8	25	1.82
57958700--57958740	20	2.0	20	100	0	82	29	24	17	29	1.97
57968319--57968529	40	5.3	40	86	2	257	28	27	20	23	1.99
57976733--57976979	40	6.2	40	89	1	336	29	27	19	22	1.98
57992734--57992811	14	5.7	14	73	10	56	23	3	1	71	1.09
57997822--57998028	53	3.8	54	75	3	202	38	18	23	20	1.94
58010928--58011125	27	7.4	27	88	1	290	36	18	15	29	1.92
58014252--58014276	10	2.5	10	100	0	50	28	0	0	72	0.86
58016702--58016742	21	2.0	20	90	4	64	26	39	19	14	1.90
58021599--58021658	30	2.0	30	87	6	86	28	25	6	40	1.80
58025763--58025932	43	4.0	43	75	13	163	32	25	14	27	1.95
58030032--58030070	19	2.1	19	85	9	53	23	7	0	69	1.14
58038061--58038235	81	2.1	81	96	1	323	37	13	13	36	1.83
58044585--58044730	75	1.9	75	94	0	256	28	8	15	48	1.73
58046247--58046337	47	1.9	47	100	0	182	29	21	17	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58049598--58049714	62	1.9	59	84	5	153	43	4	5	47	1.45
58055287--58055350	31	2.1	31	90	0	101	25	23	15	35	1.94
58055558--58055686	24	5.4	24	91	2	206	29	21	19	29	1.98
58055744--58055800	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
58055732--58055802	20	3.5	20	92	0	115	32	21	9	36	1.86
58055839--58055886	25	2.0	24	87	4	69	25	16	25	33	1.96
58057041--58057097	27	2.1	27	87	6	80	21	21	22	35	1.96
58057041--58057112	27	2.7	26	83	12	69	22	19	23	34	1.96
58057134--58057372	27	8.8	27	79	1	190	31	10	19	38	1.85
58057134--58057371	81	2.9	81	75	9	214	31	10	19	38	1.85
58057366--58057571	27	7.8	27	86	2	204	42	8	20	28	1.81
58057338--58057550	81	2.7	81	80	2	189	43	8	19	29	1.80
58057577--58057666	27	3.3	27	84	3	110	33	8	17	40	1.81
58057595--58057675	27	3.0	27	83	5	92	34	8	17	39	1.80
58060383--58060445	30	2.1	31	90	3	101	23	23	15	36	1.94
58060653--58060772	23	5.1	23	91	6	188	28	21	22	27	1.99
58060834--58060890	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
58060822--58060892	20	3.5	20	94	0	124	32	21	11	35	1.89
58060827--58060881	11	5.4	11	70	16	55	30	20	12	36	1.90
58060929--58060975	24	2.0	24	86	0	67	25	17	25	31	1.97
58062129--58062206	27	2.9	26	81	14	95	23	20	21	34	1.97
58062247--58062298	27	1.9	27	88	7	79	36	11	11	40	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58062334--58062462	27	4.8	27	79	2	143	32	8	19	39	1.82
58062339--58062476	54	2.6	54	82	4	170	33	7	19	39	1.81
58062255--58062530	27	10.1	27	77	5	135	35	8	18	37	1.82
58062454--58062692	27	8.9	27	84	3	268	40	8	23	28	1.83
58062681--58062760	27	3.0	27	81	7	83	30	10	21	38	1.86
58062455--58062719	81	3.3	81	79	4	291	38	8	23	29	1.84
58062698--58062769	27	2.6	27	82	6	83	34	9	16	38	1.82
58064501--58064564	31	2.1	31	90	0	101	25	23	15	35	1.94
58064772--58064923	24	6.4	24	87	3	209	27	23	21	28	1.99
58064785--58064924	71	2.0	71	91	0	226	27	22	22	26	1.99
58064772--58064924	47	3.2	48	85	3	211	27	22	21	28	1.99
58064969--58065028	11	5.8	11	73	15	56	33	21	10	35	1.87
58064969--58065035	20	3.3	20	89	0	98	34	20	10	34	1.87
58065076--58065123	25	2.0	24	87	4	69	25	16	25	33	1.96
58066284--58066361	27	2.9	26	81	14	95	23	21	21	33	1.97
58066379--58066617	27	8.8	27	77	5	160	31	10	18	38	1.85
58066490--58066631	54	2.6	54	83	5	178	30	9	21	37	1.86
58066410--58066712	27	11.1	27	79	6	137	34	9	19	36	1.85
58066583--58066797	54	4.0	53	80	8	211	40	7	22	29	1.82
58066609--58066874	81	3.3	80	73	5	212	38	8	22	30	1.84
58066611--58066820	27	7.8	27	83	5	203	40	7	23	29	1.82
58066597--58066847	108	2.3	108	80	2	281	38	7	23	30	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58066610--58066813	54	3.8	54	85	1	268	40	7	22	29	1.82
58066826--58066915	27	3.3	27	83	9	112	33	10	17	38	1.83
58068785--58068871	45	1.9	46	83	2	113	29	20	6	42	1.78
58069701--58069752	26	2.0	26	96	0	95	36	19	17	26	1.94
58080037--58080101	26	2.4	27	82	2	78	35	16	21	26	1.95
58080832--58080891	27	2.3	26	85	2	75	21	23	20	35	1.96
58111907--58112040	40	3.4	39	77	7	128	33	25	16	24	1.96
58111975--58112058	41	2.0	42	84	6	109	33	21	17	27	1.96
58114115--58114339	49	4.5	49	85	2	279	29	27	17	25	1.97
58114102--58114346	99	2.5	100	85	2	314	28	27	17	25	1.98
58116018--58116077	30	2.0	30	87	6	86	55	16	16	11	1.70
58116018--58116077	15	4.0	15	74	8	59	55	16	16	11	1.70
58119054--58119278	49	4.5	49	87	2	288	30	27	17	24	1.97
58119041--58119286	101	2.5	99	84	2	323	29	27	17	25	1.98
58123184--58123446	40	6.6	40	87	3	316	24	20	28	26	1.99
58123223--58123481	80	3.3	80	84	3	238	25	20	28	25	1.99
58130724--58130986	40	6.6	40	87	3	316	24	20	28	26	1.99
58130763--58131021	80	3.3	80	84	3	238	25	20	28	25	1.99
58140339--58140399	24	2.5	24	81	5	70	36	29	14	19	1.92
58160836--58160904	33	2.1	34	94	2	122	14	23	2	59	1.49
58160888--58160923	15	2.3	16	90	4	56	2	16	0	80	0.83
58164963--58165059	42	2.3	42	78	5	106	34	21	16	27	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58164963--58165063	43	2.4	44	78	9	111	34	21	15	27	1.94
58174071--58174095	13	1.9	13	100	0	50	32	4	24	40	1.73
58175230--58175445	112	1.9	111	85	3	299	29	11	22	37	1.89
58175227--58175447	56	3.9	56	81	5	259	29	11	21	37	1.88
58178146--58178232	45	1.9	45	90	0	138	36	26	13	22	1.92
58180726--58180842	43	2.8	41	70	12	92	33	14	21	30	1.93
58183381--58183456	22	3.3	22	68	22	66	27	28	9	34	1.88
58183378--58183624	47	5.3	47	97	0	431	25	27	11	35	1.90
58183475--58183596	22	5.3	22	64	24	72	23	28	13	34	1.92
58187885--58187909	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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