Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  105315579

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   

This is table  177  of  325  ( 38900 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
57342390--57342456
15
4.4
16
90
3
88
58
16
13
11
1.64
57343327--57343451
45
2.8
45
83
2
162
33
28
14
23
1.94
57343636--57343674
14
2.6
16
88
8
55
35
20
2
41
1.66
57345205--57345264
29
2.0
30
87
3
86
35
6
23
35
1.81
57346023--57346144
47
2.6
47
94
0
217
36
13
24
25
1.91
57345890--57346214
141
2.3
139
76
8
305
35
16
24
23
1.95
57346123--57346319
54
3.6
54
84
4
254
37
17
23
21
1.94
57346131--57346344
108
2.0
108
86
1
304
38
16
24
21
1.93
57353443--57353529
44
2.0
44
86
4
122
35
13
26
24
1.93
57353719--57353936
54
4.0
54
79
5
210
38
16
24
20
1.93
57358535--57358613
39
2.0
39
100
0
158
30
34
5
30
1.79
57362672--57362888
47
4.7
45
75
6
159
25
28
19
25
1.99
57369702--57369828
44
2.8
44
77
7
139
24
27
21
26
1.99
57377078--57377206
47
2.8
46
79
6
143
23
31
18
27
1.98
57383766--57383790
13
1.9
13
100
0
50
32
8
28
32
1.86
57389531--57389560
14
2.1
15
93
6
53
56
13
10
20
1.65
57392487--57392704
40
5.5
40
89
4
300
25
26
23
24
2.00
57436153--57436370
40
5.5
40
85
7
259
26
27
23
22
1.99
57441519--57442210
47
14.6
47
92
2
1127
33
8
28
29
1.87
57441519--57442210
96
7.3
95
94
2
1178
33
8
28
29
1.87
57441519--57442216
190
3.7
190
95
1
1215
33
8
28
29
1.87
57443621--57443892
40
6.8
40
89
1
402
24
20
28
26
1.99
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
57446062--57446755
47
14.6
47
92
2
1136
33
8
28
29
1.87
57446062--57446755
143
4.9
141
93
2
1136
33
8
28
29
1.87
57446062--57446755
190
3.7
190
95
0
1212
33
8
28
29
1.87
57448722--57448753
12
2.7
12
100
0
64
15
34
18
31
1.93
57455485--57455598
43
2.7
43
84
4
142
27
15
22
34
1.95
57459408--57459625
40
5.5
40
90
3
316
25
28
22
23
1.99
57467013--57467227
40
5.4
40
85
7
262
26
27
20
25
1.99
57475145--57475222
37
2.1
37
87
0
111
26
32
16
24
1.96
57475463--57475537
22
3.3
22
63
7
60
29
29
10
30
1.91
57475341--57475711
49
7.8
47
94
1
591
29
29
8
32
1.87
57485293--57485401
40
2.7
40
97
0
209
22
27
22
26
1.99
57501942--57502122
40
4.5
40
84
6
233
25
23
25
25
2.00
57505863--57506190
48
6.8
48
96
0
602
34
6
28
30
1.82
57506331--57506436
37
2.9
37
92
0
176
25
19
30
24
1.98
57517786--57517910
62
2.0
62
100
0
250
30
17
20
31
1.96
57522122--57522177
27
2.1
27
93
6
96
28
14
26
30
1.95
57524079--57524122
20
2.3
20
88
7
65
20
29
36
13
1.91
57535002--57535188
40
4.7
40
85
5
263
25
27
22
24
2.00
57537456--57537839
192
2.0
192
99
0
759
30
24
19
25
1.98
57543246--57543433
40
4.7
40
89
3
290
24
27
22
25
2.00
57553271--57553323
23
2.4
21
75
6
52
73
0
11
15
1.09
57555422--57555618
100
2.0
100
93
0
340
25
20
24
28
1.99
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
57555427--57555615
49
3.8
49
83
2
234
26
19
25
28
1.99
57559167--57559516
43
8.1
43
96
0
628
30
33
24
10
1.90
57564313--57564399
32
2.8
31
83
11
106
64
0
2
33
1.06
57564346--57564397
15
3.3
15
82
10
68
67
0
0
32
0.91
57564346--57564400
16
3.5
15
81
16
67
63
0
0
36
0.95
57566319--57566463
40
3.6
40
79
8
159
25
24
22
26
2.00
57569756--57569979
40
5.7
40
79
8
208
25
27
20
25
1.99
57569756--57569926
78
2.2
80
82
6
206
25
28
21
25
1.99
57575560--57575722
42
3.8
42
73
4
130
29
15
22
31
1.95
57575560--57575640
41
2.0
41
90
2
126
28
14
22
34
1.94
57583335--57583386
26
2.0
27
84
3
70
40
1
0
57
1.10
57588392--57588441
20
2.5
20
86
0
64
8
24
24
44
1.80
57588411--57588452
20
2.0
20
86
4
57
16
26
23
33
1.96
57590004--57590136
21
6.3
21
67
13
67
21
19
15
43
1.88
57590034--57590170
42
3.2
41
80
4
148
16
19
18
45
1.86
57594708--57595147
40
11.1
40
88
0
623
25
21
27
25
1.99
57598490--57598799
47
6.6
47
90
1
476
32
8
30
29
1.87
57598490--57598799
143
2.2
141
90
1
476
32
8
30
29
1.87
57604302--57604354
26
2.1
25
82
3
61
37
22
16
22
1.94
57605461--57605501
21
1.9
22
85
5
57
14
14
0
70
1.16
57607212--57607244
17
2.0
17
94
5
59
18
6
18
57
1.60
57611522--57611706
79
2.3
82
83
7
229
24
27
22
24
2.00
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
57611503--57611706
40
5.1
40
81
8
229
24
27
22
25
2.00
57640326--57640494
40
4.2
40
83
4
108
25
27
23
23
2.00
57640349--57640494
40
3.6
40
86
4
195
23
26
24
25
2.00
57648301--57648481
40
4.6
40
82
4
206
24
26
23
24
2.00
57648301--57648481
81
2.3
79
84
2
220
24
26
23
24
2.00
57652857--57652978
46
2.6
47
84
5
147
26
22
14
36
1.93
57654196--57654282
45
1.9
45
92
0
147
26
27
22
22
2.00
57655103--57655248
50
2.9
49
87
4
168
50
10
12
26
1.73
57655134--57655248
25
4.6
25
93
2
196
48
11
11
28
1.73
57658361--57658393
17
2.0
17
88
5
50
18
9
18
54
1.69
57661902--57661940
10
4.0
10
80
6
53
41
0
2
56
1.13
57662544--57662584
21
2.1
18
86
13
55
26
2
4
65
1.25
57668105--57668215
40
2.8
40
83
1
98
25
28
23
22
1.99
57668105--57668313
41
5.2
40
84
1
168
25
26
22
24
2.00
57668128--57668311
41
4.5
41
87
3
205
23
26
23
26
2.00
57670371--57670506
51
2.7
52
84
7
181
29
23
20
26
1.99
57671999--57672032
3
11.3
3
100
0
68
0
32
0
67
0.91
57673859--57673904
18
2.6
18
89
6
67
34
23
10
30
1.89
57673870--57673914
18
2.7
17
86
10
58
37
26
6
28
1.82
57676895--57676952
24
2.4
24
80
8
64
13
22
20
43
1.87
57685756--57685787
13
2.3
15
89
10
50
25
34
3
37
1.72
57692049--57692077
13
2.1
14
93
6
51
37
0
13
48
1.43
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
57697908--57697949
17
2.5
17
84
7
59
38
11
16
33
1.86
57710857--57710944
27
3.3
27
77
0
77
35
17
20
27
1.94
57713502--57713545
22
2.0
22
82
8
54
38
13
18
29
1.89
57713772--57714033
40
6.6
40
91
1
420
29
25
22
22
1.99
57717598--57717666
27
2.6
27
86
2
86
31
15
24
27
1.96
57719075--57719387
48
6.5
48
90
2
452
26
30
16
25
1.97
57724183--57724268
31
2.7
32
87
5
129
33
12
3
50
1.58
57726199--57726372
46
3.8
45
78
6
152
24
26
20
29
1.99
57728043--57728082
19
2.2
17
86
13
53
42
2
0
55
1.13
57729604--57729642
16
2.4
15
87
12
51
30
0
2
66
1.05
57729611--57729642
16
1.9
17
93
6
57
31
0
0
68
0.90
57730757--57730791
2
17.5
2
100
0
70
51
0
48
0
1.00
57733954--57734012
29
2.0
30
86
3
84
38
6
25
28
1.81
57737578--57737802
47
4.8
46
76
15
207
29
19
28
22
1.98
57737620--57737799
47
3.9
47
80
7
224
28
18
29
22
1.98
57737577--57737798
93
2.4
93
86
5
295
29
19
27
23
1.98
57743575--57743605
16
1.9
16
93
0
53
35
22
0
41
1.54
57743572--57743611
20
2.0
20
85
0
53
40
20
0
40
1.52
57743844--57744051
55
3.8
53
79
7
213
22
25
15
35
1.94
57746689--57746737
20
2.5
20
96
0
89
22
8
22
46
1.77
57747804--57747932
47
2.7
47
89
4
181
27
20
30
21
1.98
57756370--57756503
24
5.6
24
90
3
198
31
34
14
20
1.92
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
57757823--57757858
17
2.1
17
94
0
63
33
5
0
61
1.19
57773426--57773492
24
2.8
24
88
2
98
32
34
14
17
1.91
57774802--57774835
17
2.0
17
94
0
59
38
5
0
55
1.24
57777946--57777982
18
2.1
18
100
0
74
13
37
16
32
1.87
57787599--57787888
48
6.0
48
94
1
492
31
27
6
34
1.82
57797299--57797394
40
2.4
41
82
3
115
25
17
28
29
1.98
57802522--57802562
22
1.9
21
85
5
55
21
31
36
9
1.86
57802889--57802967
35
2.3
35
95
0
140
41
15
16
26
1.88
57803513--57803724
46
4.5
46
75
11
173
23
30
17
28
1.97
57805759--57805819
25
2.4
26
81
13
65
29
16
24
29
1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325