genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.233.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  105315579

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76413227--76413530	47	6.4	47	90	3	416	26	30	9	33	1.88
76419077--76419131	20	2.8	20	97	0	101	20	9	27	43	1.81
76420455--76420510	26	2.2	26	93	0	94	30	8	21	39	1.84
76425109--76425192	28	3.0	28	85	0	123	25	16	33	25	1.96
76426803--76426877	16	4.7	16	84	0	87	52	20	18	9	1.73
76426803--76426877	32	2.3	32	90	0	114	52	20	18	9	1.73
76427093--76427167	29	2.6	30	85	6	102	28	16	28	28	1.97
76427101--76427202	29	3.6	28	80	9	109	26	15	28	29	1.96
76433916--76434091	27	6.6	26	78	8	160	26	16	28	28	1.97
76433916--76434091	54	3.3	54	77	10	182	26	16	28	28	1.97
76433917--76434071	81	1.9	81	86	2	222	26	16	28	28	1.97
76441998--76442117	27	4.4	27	82	3	134	27	17	26	28	1.98
76442123--76442172	26	1.9	26	83	0	64	26	16	30	28	1.96
76455340--76455379	20	2.0	20	100	0	80	20	10	20	50	1.76
76457666--76457705	21	2.0	20	85	5	53	10	2	15	72	1.21
76458079--76458373	156	1.9	156	85	1	403	25	22	19	32	1.98
76458079--76458337	78	3.3	78	89	2	412	25	22	18	33	1.97
76458420--76458671	120	2.1	120	95	0	459	29	23	18	28	1.98
76460563--76460636	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
76471887--76471920	17	1.9	18	88	5	52	67	0	0	32	0.91
76472175--76472250	22	3.7	21	76	15	68	40	17	6	35	1.75
76472204--76472282	35	2.2	37	86	13	121	35	16	10	37	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76472225--76472280	17	3.5	15	88	9	60	35	16	10	37	1.83
76472211--76472282	19	3.9	19	89	10	123	36	15	11	37	1.83
76475524--76475674	44	3.5	42	80	11	164	25	19	24	30	1.98
76475524--76475674	43	3.5	43	80	8	164	25	19	24	30	1.98
76488726--76488918	6	31.3	6	69	16	110	49	13	17	19	1.79
76488789--76488855	25	2.7	25	85	0	98	49	13	17	19	1.80
76488795--76488887	19	4.6	19	72	21	82	49	13	17	19	1.79
76488740--76488821	37	2.2	37	82	0	92	51	13	15	19	1.76
76488754--76488834	37	2.2	37	81	0	90	50	12	16	20	1.77
76488754--76488918	62	2.7	62	88	1	233	49	13	16	19	1.79
76488814--76488896	37	2.2	37	85	4	114	48	15	18	18	1.82
76488839--76488918	25	3.2	25	82	5	101	48	16	17	17	1.81
76489146--76489196	27	1.9	26	84	4	66	35	17	27	19	1.94
76489441--76489691	27	9.3	27	86	5	260	24	19	17	38	1.93
76489441--76489689	54	4.6	54	84	2	320	24	19	17	38	1.93
76489444--76489686	81	3.0	81	88	0	362	24	19	17	37	1.93
76489725--76490014	27	10.7	27	87	1	339	31	8	20	39	1.84
76491960--76492152	6	31.3	6	73	16	128	49	13	17	19	1.79
76492026--76492089	25	2.6	25	92	0	110	48	14	18	18	1.81
76491981--76492102	37	3.3	37	79	6	115	50	15	16	17	1.78
76491986--76492140	62	2.5	62	91	0	238	49	14	17	18	1.80
76492048--76492124	37	2.1	37	92	0	127	46	16	19	16	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76491986--76492152	25	6.7	25	81	8	107	49	14	17	19	1.80
76491995--76492124	19	6.6	19	73	19	106	49	15	17	17	1.80
76491981--76492152	31	5.5	31	75	15	140	49	13	17	19	1.80
76492678--76492919	27	9.0	27	80	6	213	24	19	18	37	1.94
76492682--76492906	81	2.8	81	88	0	317	23	20	18	37	1.94
76492678--76492908	54	4.3	54	84	1	266	23	20	18	37	1.94
76492949--76493224	81	3.4	81	85	2	322	30	10	21	38	1.86
76492949--76493224	27	10.3	27	85	3	290	30	10	21	38	1.86
76493019--76493224	80	2.6	80	88	3	297	30	10	20	38	1.86
76493393--76493426	17	2.0	17	88	0	50	23	29	23	23	1.99
76495942--76496164	40	5.6	40	92	2	335	23	22	27	26	1.99
76504008--76504190	40	4.6	40	88	2	228	24	21	26	27	1.99
76504008--76504223	40	5.4	40	85	6	212	25	21	26	26	2.00
76514902--76514957	10	5.7	9	80	16	58	69	1	3	25	1.14
76514898--76514957	20	3.0	19	85	4	75	70	1	5	23	1.16
76514896--76514955	30	2.0	31	84	15	81	70	1	5	23	1.16
76516549--76516624	30	2.5	30	79	10	84	72	0	1	26	0.93
76520316--76520375	10	6.0	10	84	11	79	68	1	8	21	1.25
76526468--76526732	46	5.6	47	72	12	165	26	19	30	23	1.98
76532776--76532826	2	25.5	2	100	0	102	50	0	49	0	1.00
76536319--76536369	25	2.0	25	92	0	84	27	33	0	39	1.57
76543771--76543929	43	3.7	43	73	15	141	24	17	25	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76546279--76546312	16	2.1	16	89	10	52	55	23	0	20	1.43
76548394--76548469	23	3.3	23	96	0	143	31	26	21	21	1.98
76548556--76548584	8	3.6	8	100	0	58	34	27	13	24	1.93
76548689--76548727	18	2.2	17	86	13	53	46	20	0	33	1.51
76554209--76554314	52	2.1	51	98	1	203	24	7	47	20	1.76
76575005--76575110	55	1.9	54	88	9	162	38	19	19	21	1.93
76574997--76575112	28	4.3	27	80	11	130	37	20	18	23	1.94
76588666--76588789	45	2.8	45	88	0	167	33	28	14	23	1.94
76590185--76590284	50	2.0	50	98	0	191	23	13	18	46	1.83
76591022--76591088	34	2.0	34	93	0	116	29	13	17	38	1.88
76591326--76591386	27	2.3	27	91	0	95	37	14	18	29	1.90
76591529--76591603	27	2.8	25	79	15	80	24	24	18	33	1.97
76591774--76591863	33	3.1	28	76	16	92	22	21	26	30	1.99
76591794--76591878	33	2.6	33	88	0	125	24	18	27	29	1.98
76591794--76591897	33	3.1	34	84	5	113	24	19	26	29	1.98
76595355--76595396	17	2.3	18	84	12	59	16	28	35	19	1.93
76596413--76596449	17	2.1	19	85	10	51	35	24	8	32	1.85
76603673--76603845	38	4.5	38	86	4	206	20	21	26	31	1.98
76610406--76610437	14	2.1	16	88	11	50	18	21	12	46	1.82
76618544--76619373	90	9.2	90	90	1	1254	29	13	27	29	1.95
76620424--76620477	25	2.2	25	86	6	74	31	0	0	68	0.90
76620509--76620577	17	3.9	17	77	19	70	33	0	0	66	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76620525--76620575	13	4.2	13	87	12	81	31	0	0	68	0.90
76620508--76620637	12	11.4	12	75	17	93	33	3	0	63	1.10
76620772--76620814	22	2.0	20	82	8	50	44	2	2	51	1.27
76622824--76623004	56	3.2	56	88	1	265	37	23	10	28	1.88
76625074--76625255	40	4.6	40	94	1	287	23	22	27	26	1.99
76625074--76625287	79	2.7	80	88	5	294	24	21	27	26	1.99
76625074--76625287	40	5.4	39	90	5	283	24	21	27	26	1.99
76633138--76633193	27	2.1	27	96	0	103	26	23	26	23	2.00
76633165--76633240	40	1.9	40	100	0	152	23	19	27	28	1.98
76633550--76633575	12	2.2	12	100	0	52	7	15	30	46	1.74
76633631--76633768	41	3.4	41	90	6	210	36	23	23	16	1.94
76633925--76634022	7	13.4	7	73	8	61	27	1	24	46	1.59
76633925--76634022	14	6.7	14	72	9	70	27	1	24	46	1.59
76633933--76634017	21	3.9	21	77	11	98	28	1	25	44	1.61
76633940--76634033	46	2.0	46	95	0	170	29	2	25	42	1.67
76634081--76634154	21	3.5	21	76	10	64	24	0	37	37	1.56
76634082--76634192	43	2.6	42	81	7	125	24	0	38	36	1.56
76634163--76634404	115	2.1	115	99	0	475	38	4	18	38	1.73
76634387--76634450	22	2.9	22	92	0	110	26	3	46	23	1.67
76634396--76634454	7	8.1	7	74	7	55	22	3	49	25	1.65
76634451--76634554	7	14.7	7	70	8	50	22	0	29	48	1.51
76634481--76634508	14	2.0	14	100	0	56	21	0	28	50	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76634494--76634563	28	2.5	28	86	6	88	20	0	35	44	1.52
76634504--76634562	15	4.1	15	78	6	59	18	0	35	45	1.50
76634511--76634600	36	2.5	36	80	3	101	22	0	36	41	1.54
76634809--76635026	76	3.0	74	83	12	310	55	11	9	24	1.64
76634894--76635026	65	2.0	67	89	4	207	54	11	9	24	1.65
76637110--76637165	23	2.5	22	72	8	60	33	16	25	25	1.95
76639408--76639441	17	1.9	18	94	5	61	35	11	29	23	1.90
76642707--76642763	26	2.2	26	80	3	60	28	19	17	35	1.94
76644722--76644746	13	1.9	13	100	0	50	72	0	0	28	0.86
76649973--76650030	26	2.2	26	81	6	62	25	18	18	36	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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