genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.104.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  105315579

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33353327--33353363	18	2.1	18	94	0	65	16	10	32	40	1.83
33359980--33360194	47	4.7	47	74	14	180	25	18	31	24	1.98
33359980--33360196	94	2.4	90	82	8	242	25	18	31	24	1.98
33361006--33361139	54	2.5	53	80	8	144	23	20	28	28	1.99
33361163--33361238	18	4.4	18	69	15	52	22	26	30	21	1.99
33361199--33361254	15	3.5	15	71	21	51	23	30	21	25	1.99
33361185--33361261	33	2.3	33	88	0	127	19	25	29	24	1.98
33367449--33367666	47	4.7	45	80	9	226	27	17	29	25	1.98
33368476--33368606	55	2.4	54	88	6	185	20	21	30	27	1.98
33373024--33373112	35	2.5	35	90	3	144	34	21	17	25	1.96
33373093--33373170	35	2.2	35	86	0	111	33	16	23	26	1.96
33375836--33375966	46	2.8	46	85	0	190	20	22	28	28	1.99
33376001--33376025	12	2.1	12	100	0	50	36	16	16	32	1.90
33377859--33377906	24	2.0	24	100	0	96	33	16	20	29	1.95
33382690--33382784	42	2.2	43	80	9	106	30	22	18	28	1.97
33396055--33396281	40	5.7	40	89	0	319	18	19	27	33	1.96
33397617--33397775	43	3.7	43	77	7	135	32	25	18	23	1.97
33397617--33397775	44	3.7	43	75	7	144	32	25	18	23	1.97
33399958--33399998	21	2.0	20	86	9	57	26	2	21	48	1.63
33399960--33400006	21	2.3	21	78	10	53	29	4	19	46	1.68
33409960--33410020	31	2.0	31	96	0	113	47	19	14	18	1.82
33413018--33413328	45	7.0	45	88	2	414	27	26	20	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33414142--33414209	25	2.7	25	88	0	82	51	10	13	25	1.72
33420712--33421021	45	7.0	45	89	1	430	28	26	20	24	1.99
33421839--33421934	25	3.8	25	91	0	147	47	10	17	23	1.78
33421855--33421920	12	5.3	12	71	7	51	48	10	15	25	1.77
33426000--33426173	49	3.5	49	90	0	249	24	16	27	31	1.96
33433553--33433581	10	2.9	10	100	0	58	37	0	41	20	1.53
33437180--33437219	19	2.1	19	85	0	53	77	0	10	12	0.99
33439054--33439092	20	2.0	20	85	10	53	38	2	17	41	1.64
33443384--33443449	20	3.3	20	95	0	114	21	37	27	13	1.91
33449695--33449831	51	2.7	52	84	4	181	29	26	18	26	1.98
33449683--33449831	50	3.0	50	82	4	192	28	25	19	26	1.99
33452605--33452643	15	2.5	15	91	4	60	56	15	12	15	1.68
33455367--33455542	50	3.5	49	85	3	235	29	26	18	25	1.98
33459804--33459931	27	4.7	27	88	0	184	32	16	16	34	1.91
33460327--33460377	18	2.8	18	75	0	57	25	23	15	35	1.94
33460369--33460465	35	2.8	35	85	1	133	37	16	17	28	1.92
33460375--33460497	34	3.6	34	85	1	138	32	17	20	29	1.96
33470078--33470142	27	2.5	25	75	7	67	46	15	7	30	1.74
33475550--33475582	10	3.0	11	91	8	50	36	27	0	36	1.57
33475550--33475581	12	2.8	12	86	13	50	34	28	0	37	1.57
33477829--33477877	7	7.3	7	78	17	59	59	0	12	28	1.34
33482005--33482083	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33482202--33482708	47	10.7	47	94	1	836	29	30	8	32	1.86
33485372--33485432	23	2.6	24	82	7	81	32	18	21	27	1.96
33490415--33490461	23	2.0	23	91	0	76	21	17	14	46	1.83
33497894--33497959	26	2.5	26	82	7	80	34	25	10	28	1.89
33502345--33502427	27	3.1	27	82	5	105	34	18	12	34	1.87
33502408--33502579	27	6.4	27	90	2	256	36	20	20	22	1.95
33502957--33503046	33	2.7	33	77	0	99	27	16	24	31	1.97
33505220--33505379	39	4.1	39	95	0	275	25	31	23	19	1.98
33510918--33511077	39	4.1	39	95	0	275	23	30	25	21	1.99
33519484--33519668	40	4.7	40	79	12	177	24	22	27	25	2.00
33530388--33530430	22	1.9	23	85	4	61	39	25	4	30	1.76
33534616--33534659	4	11.8	4	77	22	51	0	18	0	81	0.68
33534615--33534660	14	3.2	14	85	14	67	0	17	0	82	0.67
33534610--33534659	19	2.7	19	77	22	61	0	20	0	80	0.72
33534612--33534659	23	2.1	23	92	7	80	0	18	0	81	0.70
33540285--33540643	47	7.6	47	92	1	556	29	29	8	33	1.86
33540285--33540643	96	3.8	95	91	3	517	29	29	8	33	1.86
33543737--33543776	21	2.0	21	90	5	64	60	7	5	27	1.45
33547657--33547803	27	5.5	26	79	8	161	26	12	20	40	1.89
33547657--33547805	54	2.8	53	79	7	183	26	12	20	40	1.88
33547653--33547839	80	2.3	79	82	7	232	25	12	20	41	1.87
33552348--33552432	42	2.0	41	84	6	109	25	36	22	15	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33554506--33554576	25	2.8	25	93	2	115	26	23	23	25	2.00
33554626--33554682	20	3.0	20	87	10	75	33	19	8	38	1.82
33554708--33554755	25	1.9	25	86	0	69	27	14	22	35	1.93
33555024--33555063	21	2.0	20	90	5	62	20	40	20	20	1.92
33557144--33557188	20	2.2	20	88	0	63	37	13	0	48	1.42
33560741--33560957	40	5.5	40	88	3	289	24	29	23	22	1.99
33568811--33568883	35	2.1	35	97	0	137	32	10	17	38	1.85
33569195--33569341	64	2.2	66	81	8	163	31	17	29	21	1.96
33569219--33569398	67	2.8	64	76	9	177	28	16	30	23	1.96
33572179--33572229	22	2.3	23	86	6	70	37	21	3	37	1.72
33572986--33573074	38	2.3	38	86	3	124	38	22	20	19	1.94
33573143--33573321	41	4.3	41	91	0	286	26	25	20	27	1.99
33573143--33573352	41	5.1	42	87	1	221	27	24	19	29	1.98
33573628--33573673	14	3.3	14	84	0	65	23	0	26	50	1.50
33573764--33573797	7	4.7	7	85	7	50	26	2	29	41	1.70
33573764--33573797	15	2.4	14	90	5	50	26	2	29	41	1.70
33573847--33573987	7	19.3	7	66	11	68	25	4	38	31	1.77
33574297--33574330	17	1.9	17	88	5	50	29	0	2	67	1.05
33574952--33574984	10	3.5	10	84	16	52	9	39	9	42	1.68
33574670--33575089	215	2.0	205	88	5	617	26	28	9	35	1.88
33578697--33579020	105	3.1	105	94	0	549	35	4	4	55	1.41
33578925--33578966	10	3.4	13	78	21	54	33	0	0	66	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33579164--33579402	9	25.9	9	70	16	109	46	14	3	35	1.62
33579155--33579407	74	3.4	74	95	1	427	45	14	3	35	1.62
33584888--33584969	21	3.9	21	79	9	96	25	20	52	1	1.54
33584873--33584969	42	2.3	42	80	7	108	26	19	51	2	1.58
33585218--33585284	31	2.2	31	83	0	80	17	7	17	56	1.63
33586169--33586215	22	2.1	22	92	4	76	0	21	2	76	0.89
33586177--33586216	9	4.3	9	87	12	55	0	20	0	80	0.72
33586240--33586270	3	10.3	3	100	0	62	32	0	0	67	0.91
33597570--33597645	27	2.8	27	78	11	75	32	21	19	26	1.97
33599359--33599451	48	1.9	48	84	4	125	23	13	29	33	1.94
33607222--33607370	60	2.5	61	81	9	164	28	22	18	29	1.98
33607375--33607418	19	2.2	20	84	4	54	34	25	18	22	1.96
33619827--33619990	42	3.9	42	76	12	149	28	17	26	28	1.97
33619836--33619990	85	1.8	84	83	6	206	28	16	26	28	1.97
33622541--33622725	79	2.3	82	82	7	229	25	27	22	24	2.00
33622522--33622725	40	5.1	40	81	8	229	25	27	22	25	2.00
33624272--33624334	20	3.2	20	93	0	99	20	38	28	12	1.89
33625190--33625535	45	7.7	45	74	9	251	44	17	18	19	1.87
33625229--33625535	135	2.3	135	78	7	320	44	17	19	18	1.87
33627721--33627763	20	2.2	20	100	0	86	27	0	37	34	1.57
33634646--33634793	73	2.0	73	100	0	296	44	14	14	25	1.84
33637478--33637507	15	2.1	15	93	6	53	30	6	26	36	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33639392--33639610	84	2.6	84	91	0	366	28	16	28	25	1.97
33643492--33643608	56	2.1	56	98	0	225	44	8	23	23	1.81
33645039--33645263	40	5.7	40	85	6	237	26	21	26	25	2.00
33645039--33645263	119	1.9	120	81	8	280	26	21	26	25	2.00
33645046--33645296	79	3.2	78	79	11	251	27	20	25	25	1.99
33651377--33651414	18	2.1	18	100	0	76	39	26	5	28	1.78
33655738--33655780	12	3.5	11	82	14	50	39	0	2	58	1.11
33659463--33659572	45	2.4	45	81	0	121	38	24	11	25	1.89
33668329--33668631	40	7.6	40	89	2	396	26	28	20	24	1.99
33672506--33672687	27	6.6	27	73	10	98	30	28	15	25	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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