genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.183.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  105315579

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59501862--59501902	22	1.9	22	90	5	66	7	26	29	36	1.83
59504200--59504273	26	2.9	26	87	2	105	27	22	22	27	2.00
59509683--59509717	16	2.2	16	89	0	52	45	20	25	8	1.79
59509929--59509989	29	2.1	28	93	3	104	26	16	29	27	1.97
59509941--59510022	29	2.8	29	84	0	92	26	15	29	28	1.96
59514725--59514909	40	4.6	40	83	8	232	24	28	23	23	2.00
59514725--59514909	83	2.3	79	87	5	271	24	28	23	23	2.00
59520639--59520712	33	2.2	33	100	0	148	43	31	5	20	1.74
59521603--59521715	29	4.0	29	82	6	133	27	15	29	28	1.96
59523956--59524077	22	5.3	22	62	21	61	25	29	11	33	1.91
59523928--59524570	47	13.6	47	94	2	956	28	29	9	33	1.88
59524381--59524455	22	3.3	22	63	7	60	29	30	10	29	1.91
59526017--59526136	56	2.1	56	98	0	231	22	23	9	45	1.81
59527402--59527713	40	7.8	40	79	6	196	25	26	22	25	2.00
59527429--59527713	80	3.6	78	78	5	243	25	26	22	25	2.00
59527488--59527713	40	5.7	40	80	7	210	25	27	22	25	2.00
59527539--59527713	79	2.2	80	82	10	207	24	27	22	25	2.00
59530023--59530144	22	5.3	22	62	21	61	25	29	11	33	1.91
59529995--59530638	47	13.6	47	93	2	956	28	29	9	33	1.88
59532095--59532214	56	2.1	56	98	0	231	22	23	9	45	1.81
59536566--59536680	29	4.0	29	83	6	137	26	15	29	28	1.96
59536579--59536689	58	1.9	58	87	1	161	26	16	29	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59542161--59542227	33	2.0	33	97	0	125	38	8	13	38	1.76
59549133--59549206	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
59559947--59559978	15	2.0	17	88	11	50	43	31	0	25	1.55
59562516--59562546	15	2.1	15	93	0	53	35	12	19	32	1.90
59564500--59565389	48	18.7	47	83	13	1075	34	8	27	30	1.86
59564500--59565389	379	2.3	386	83	12	1145	34	8	27	30	1.86
59564500--59565389	143	6.2	141	82	14	975	34	8	27	30	1.86
59578048--59578116	27	2.6	27	90	0	102	30	28	14	26	1.95
59578871--59578905	2	17.5	2	93	0	52	45	0	5	48	1.26
59586155--59586223	27	2.6	27	90	0	102	30	28	14	26	1.95
59586980--59587018	2	19.5	2	94	0	60	46	0	5	48	1.24
59587740--59587786	24	2.0	24	84	12	62	12	17	0	70	1.17
59591945--59591992	21	2.3	21	92	0	78	33	6	35	25	1.81
59591945--59591999	18	2.9	18	83	8	56	34	7	34	23	1.83
59595195--59595315	64	1.9	64	86	6	174	42	14	8	34	1.76
59595201--59595335	64	2.1	64	82	5	157	40	19	7	32	1.79
59599901--59599979	40	2.0	40	94	0	140	27	17	18	35	1.94
59600649--59600677	15	1.9	15	100	0	58	34	13	3	48	1.60
59602727--59602883	42	3.9	40	76	13	153	31	15	22	30	1.95
59605566--59605651	29	3.0	28	84	5	118	26	13	24	34	1.93
59605574--59605661	29	3.1	27	77	8	86	28	13	25	32	1.94
59605566--59605673	57	1.9	57	83	7	139	27	12	27	31	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59608357--59608605	27	9.2	27	87	1	313	39	20	8	31	1.83
59608357--59608670	54	5.8	54	84	4	321	38	21	9	30	1.84
59608357--59608686	81	4.1	81	82	3	326	38	20	9	31	1.84
59608357--59608670	27	11.6	27	85	3	287	38	21	9	30	1.84
59608460--59608725	81	3.3	81	81	5	227	37	20	9	33	1.84
59608600--59608724	27	4.6	27	78	4	108	37	19	8	34	1.83
59608717--59609201	27	18.0	27	87	0	610	36	18	20	24	1.95
59609446--59609527	27	2.8	30	71	28	86	19	24	20	35	1.96
59609471--59609589	27	4.5	26	87	5	157	14	23	22	39	1.91
59609468--59609589	54	2.3	54	88	1	174	15	22	22	39	1.92
59609708--59609792	6	13.8	6	76	14	84	17	17	15	49	1.80
59609708--59609792	37	2.3	37	91	0	134	17	17	15	49	1.80
59609708--59609792	19	4.6	18	73	16	84	17	17	15	49	1.80
59612529--59612706	27	6.6	27	81	3	187	27	15	27	29	1.96
59612530--59612685	82	1.9	81	85	3	215	27	16	27	28	1.97
59612526--59612706	82	2.2	81	81	2	211	27	16	27	29	1.97
59612611--59612717	27	3.9	27	81	3	81	27	15	27	29	1.96
59615045--59615266	27	8.2	27	85	2	239	40	19	8	31	1.82
59615045--59615322	81	3.4	81	79	4	206	39	19	8	32	1.83
59615202--59615293	27	3.4	27	84	3	105	38	18	9	33	1.84
59615234--59615358	27	4.6	27	73	4	90	36	19	9	34	1.84
59615350--59615619	27	10.0	27	85	0	315	36	18	21	24	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59615890--59616009	27	4.5	26	86	5	159	15	23	22	39	1.91
59615887--59616009	54	2.3	54	88	1	176	16	22	21	39	1.92
59616155--59616214	6	9.8	6	79	16	70	16	20	16	46	1.84
59616127--59616205	31	2.5	31	89	0	113	20	17	13	48	1.81
59620512--59620541	15	2.0	15	100	0	60	26	20	6	46	1.75
59620815--59620878	30	2.2	29	91	2	101	39	21	12	26	1.89
59631494--59631535	21	2.0	20	82	13	50	35	9	4	50	1.56
59632261--59632496	90	2.6	91	83	3	307	25	25	15	33	1.95
59633521--59633561	18	2.4	18	88	8	59	58	2	7	31	1.38
59635324--59635414	28	3.2	28	88	1	119	32	21	23	21	1.98
59635520--59635584	28	2.3	28	94	0	112	30	7	27	33	1.85
59642312--59642374	27	2.3	27	91	2	99	34	30	9	25	1.88
59642312--59642407	28	3.4	28	88	2	122	33	28	11	27	1.91
59646386--59646413	14	2.0	14	100	0	56	57	14	0	28	1.38
59648478--59648510	18	1.9	17	88	11	50	30	12	9	48	1.71
59648644--59648710	32	2.1	32	100	0	134	40	13	11	34	1.81
59650187--59650414	48	4.9	48	75	9	227	25	21	26	26	1.99
59650183--59650414	96	2.5	91	84	6	270	25	20	26	27	1.99
59662351--59662530	96	1.9	97	89	3	283	31	26	15	26	1.96
59668518--59668676	81	2.0	81	96	0	291	25	25	20	28	1.99
59672425--59672497	38	1.9	38	94	5	130	58	1	12	27	1.42
59673208--59673257	10	5.0	10	79	13	50	66	2	10	22	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59678757--59678822	29	2.3	29	92	2	107	31	31	13	22	1.93
59681794--59681881	29	3.0	29	84	0	113	27	30	14	27	1.95
59685639--59685917	146	1.9	146	85	1	389	28	16	21	33	1.95
59700218--59700277	31	1.9	32	86	3	86	48	23	11	16	1.79
59701780--59701823	22	2.0	21	83	12	54	38	4	15	40	1.68
59702388--59702611	40	5.7	40	85	7	264	25	22	26	25	2.00
59702388--59702617	79	2.9	81	83	7	276	26	22	26	24	2.00
59702388--59702644	79	3.3	78	80	10	247	26	21	26	24	1.99
59705679--59706184	49	10.6	49	92	2	793	29	29	8	32	1.86
59705679--59706184	145	3.5	145	92	2	808	29	29	8	32	1.86
59708893--59709182	56	5.2	56	89	0	454	34	22	13	30	1.92
59714892--59715005	48	2.4	46	80	9	133	29	18	28	23	1.98
59716252--59716294	22	2.0	22	95	0	77	11	37	25	25	1.90
59718316--59718409	43	2.2	43	81	5	111	32	23	17	26	1.96
59721296--59721342	24	2.0	24	84	12	62	70	0	17	12	1.17
59722852--59723029	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
59722853--59723008	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
59722850--59723029	82	2.2	81	83	3	227	27	15	27	29	1.96
59729532--59729578	24	2.0	24	84	12	62	70	0	17	12	1.17
59731088--59731266	27	6.6	27	82	5	198	26	15	28	29	1.96
59731088--59731266	55	3.3	56	82	4	188	26	15	28	29	1.96
59731086--59731266	82	2.2	82	82	3	222	27	15	28	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59739909--59740132	40	5.6	40	80	4	211	25	22	27	24	2.00
59748063--59748146	43	2.0	43	83	9	109	25	19	28	27	1.98
59748654--59748755	52	2.0	52	96	0	186	36	5	14	43	1.70
59750079--59750204	61	2.1	61	98	0	243	37	9	19	33	1.85
59753369--59753539	46	3.7	46	78	12	161	23	29	19	26	1.98
59753884--59753940	30	1.9	30	88	0	87	35	22	7	35	1.82
59754866--59754979	42	2.7	42	81	9	133	30	26	18	24	1.98
59757064--59757306	122	2.0	121	95	2	434	32	23	17	26	1.96
59757508--59757566	26	2.4	25	76	21	61	66	3	3	27	1.24
59758747--59758786	20	2.0	20	100	0	80	60	5	25	10	1.49

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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