Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  105315579

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   

This is table  238  of  325  ( 38900 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
78007518--78007693
46
3.8
46
79
12
216
20
21
29
28
1.98
78007515--78007686
93
1.8
93
96
0
317
20
21
29
27
1.98
78010028--78010205
39
4.6
39
78
10
170
24
21
28
25
1.99
78018087--78018271
40
4.7
40
80
4
178
25
21
27
25
1.99
78018143--78018294
79
1.9
79
80
7
175
26
19
27
26
1.99
78045776--78045867
27
3.4
27
83
5
116
25
21
10
42
1.85
78045792--78045877
26
3.3
25
85
8
109
25
19
11
43
1.85
78045898--78046035
27
5.1
27
76
7
118
44
18
5
31
1.74
78045898--78046022
54
2.3
54
79
5
144
44
19
6
30
1.75
78045870--78046106
27
8.7
27
71
9
115
42
17
8
32
1.79
78046125--78046202
27
2.9
27
75
11
70
38
20
19
21
1.94
78047012--78047081
25
2.8
24
89
4
95
27
24
22
25
2.00
78047012--78047092
25
3.2
25
84
3
65
32
20
22
24
1.98
78047229--78047320
42
2.2
42
94
0
157
29
15
21
33
1.94
78047344--78047463
31
3.7
31
84
14
163
27
18
27
26
1.98
78047355--78047457
37
2.9
37
90
8
155
27
19
27
26
1.99
78049732--78049822
27
3.4
27
80
6
105
25
20
10
42
1.85
78049786--78049949
26
6.2
26
76
9
125
36
21
10
30
1.88
78049821--78049951
53
2.4
54
81
7
142
38
20
10
29
1.86
78049854--78049976
27
4.6
27
83
5
144
42
21
7
28
1.80
78049854--78050053
54
3.7
53
77
9
172
40
18
9
32
1.82
78049989--78050038
26
1.9
26
84
8
66
38
12
12
38
1.80
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
78050966--78051035
25
2.8
25
93
0
113
22
27
25
24
2.00
78051083--78051191
31
3.4
31
83
15
148
27
17
26
28
1.98
78051082--78051185
37
3.0
35
87
10
153
26
18
27
26
1.98
78053950--78053979
15
1.9
16
93
6
53
36
20
0
43
1.52
78055792--78055985
40
4.8
40
92
0
325
26
28
22
23
1.99
78055792--78055985
80
2.4
80
97
0
361
26
28
22
23
1.99
78057563--78057826
49
5.5
49
95
2
457
28
30
7
33
1.85
78062711--78062881
41
4.2
40
80
1
144
33
16
26
22
1.95
78073433--78073501
15
4.6
15
85
0
93
56
15
14
13
1.67
78077001--78077099
28
3.5
29
81
12
107
29
28
15
27
1.96
78082304--78082537
48
4.9
48
80
4
229
29
28
16
26
1.97
78082302--78082537
96
2.5
96
79
4
253
28
28
16
25
1.97
78082760--78082923
82
2.0
82
98
0
319
36
17
6
39
1.76
78088372--78088444
34
2.1
34
84
0
92
30
19
21
28
1.98
78089143--78089195
24
2.2
25
90
6
83
13
22
11
52
1.71
78096072--78096144
34
2.1
34
84
0
92
30
21
21
26
1.99
78100625--78100996
48
7.8
48
85
4
455
25
28
17
28
1.97
78100566--78100996
96
4.5
96
81
5
478
25
28
18
27
1.98
78101921--78101955
16
2.2
16
100
0
70
42
5
11
40
1.65
78104544--78104609
32
2.1
32
97
0
123
36
13
13
36
1.85
78111475--78111650
46
3.8
46
75
15
173
21
21
27
28
1.99
78111472--78111642
93
1.8
93
91
0
279
21
22
28
28
1.99
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
78122511--78122676
24
7.0
24
84
4
212
26
21
22
29
1.99
78122511--78122676
71
2.3
71
87
3
235
26
21
22
29
1.99
78122511--78122676
47
3.5
48
85
4
212
26
21
22
29
1.99
78122726--78122792
20
3.3
20
93
0
116
32
20
11
34
1.90
78122726--78122781
11
5.5
11
71
16
57
32
19
12
35
1.89
78122829--78122876
25
1.9
25
86
0
69
25
16
25
33
1.96
78123970--78124046
27
2.9
27
82
9
95
23
22
19
35
1.96
78123970--78124035
25
2.5
26
87
4
89
22
25
16
34
1.95
78124087--78124289
27
7.4
27
76
10
117
34
8
18
37
1.82
78124240--78124416
27
6.6
26
86
2
174
41
7
20
29
1.80
78124240--78124416
54
3.3
54
81
4
205
41
7
20
29
1.80
78124242--78124391
81
1.9
81
85
5
214
42
8
19
30
1.81
78124241--78124416
81
2.2
81
82
4
212
41
7
21
30
1.80
78124430--78124519
27
3.3
27
85
0
108
32
10
16
41
1.82
78124430--78124534
27
3.9
27
80
5
97
34
9
16
40
1.81
78127301--78127359
31
1.9
31
92
0
100
25
25
16
32
1.97
78127565--78127715
24
6.4
24
83
5
191
27
19
21
31
1.97
78127565--78127715
70
2.1
71
87
2
214
27
19
21
31
1.97
78127765--78127831
20
3.3
20
93
0
116
32
20
11
34
1.90
78127765--78127820
11
5.5
11
71
16
57
32
19
12
35
1.89
78127868--78127915
25
1.9
25
82
0
60
25
14
25
35
1.94
78129074--78129151
27
2.9
27
86
5
104
23
20
20
35
1.96
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
78129192--78129394
27
7.4
27
76
10
117
34
8
18
37
1.82
78129346--78129548
27
7.5
27
87
0
217
40
7
21
30
1.80
78129346--78129548
81
2.5
81
82
0
262
40
7
21
30
1.80
78129563--78129651
27
3.3
27
87
3
117
31
11
16
40
1.84
78130753--78130882
43
3.0
42
75
5
136
27
16
26
30
1.96
78131934--78131978
23
2.0
22
82
4
54
31
20
2
46
1.62
78146446--78146472
11
2.5
11
100
0
54
22
7
18
51
1.70
78147869--78148062
92
2.1
92
88
5
286
44
4
4
46
1.41
78148041--78148139
53
1.9
53
80
11
118
44
6
2
47
1.39
78148096--78148129
17
2.0
17
94
0
59
44
5
0
50
1.26
78148101--78148148
17
3.0
16
79
17
55
45
6
2
45
1.40
78148189--78148223
18
2.0
17
88
5
52
40
0
0
60
0.97
78148136--78148369
129
1.8
130
94
0
416
42
2
6
49
1.40
78148318--78148352
18
2.0
17
88
5
52
45
0
0
54
0.99
78148327--78148558
125
1.8
127
91
5
389
47
3
3
45
1.36
78148639--78148733
45
2.1
45
88
1
138
32
27
5
34
1.79
78148714--78148781
16
4.2
16
96
0
118
35
36
0
27
1.58
78149841--78149961
45
2.7
45
80
6
138
31
15
28
24
1.96
78150027--78150145
48
2.4
49
81
6
134
26
19
29
24
1.98
78152221--78152446
48
4.8
48
74
7
212
30
24
18
26
1.98
78155800--78155835
16
2.2
16
100
0
72
25
0
36
38
1.56
78156051--78156092
15
2.7
16
82
14
52
52
2
0
45
1.13
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
78156060--78156101
15
2.9
15
82
10
52
52
0
0
47
1.00
78156170--78156228
15
4.0
15
78
14
61
52
1
0
45
1.10
78156054--78156535
120
4.0
120
95
0
752
51
4
1
42
1.32
78156147--78156231
43
2.0
43
82
8
104
54
2
1
42
1.21
78156328--78156511
37
4.7
37
70
17
140
51
3
1
44
1.27
78156311--78156464
18
8.9
18
66
18
76
54
2
0
42
1.19
78161012--78161041
11
2.7
11
89
0
51
30
6
6
56
1.51
78162754--78162808
27
2.0
27
100
0
110
21
25
21
30
1.98
78162893--78162918
8
3.2
8
100
0
52
50
0
0
50
1.00
78163864--78163969
53
2.0
53
100
0
212
41
16
11
30
1.84
78167671--78167965
124
2.4
122
87
6
429
46
7
18
28
1.76
78168461--78168505
19
2.3
21
82
14
53
26
4
4
64
1.32
78168433--78168525
48
1.9
48
81
14
111
27
2
5
64
1.27
78170957--78171082
42
3.0
42
84
0
162
24
23
31
20
1.98
78175757--78176208
47
9.6
47
92
2
735
32
8
29
29
1.87
78175757--78176208
96
4.8
94
92
2
735
32
8
29
29
1.87
78175757--78176198
143
3.1
143
95
0
789
32
8
29
29
1.87
78177946--78178106
41
3.9
40
72
18
141
28
26
21
22
1.99
78177983--78178083
42
2.4
41
82
7
123
27
25
21
24
1.99
78181191--78181365
45
4.0
45
90
3
250
24
22
28
24
1.99
78184717--78184824
26
4.2
26
93
0
189
32
7
24
36
1.83
78186443--78186579
27
5.1
26
85
7
184
17
24
22
35
1.95
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
78186443--78186579
54
2.5
53
94
2
229
17
24
22
35
1.95
78191772--78191879
26
4.2
26
93
0
189
32
7
24
36
1.83
78193316--78193391
26
2.8
26
80
5
71
36
23
10
28
1.88
78193495--78193635
27
5.2
26
83
6
174
17
24
24
34
1.95
78193495--78193635
54
2.6
53
90
2
219
17
24
24
34
1.95
78197462--78197513
20
2.6
20
100
0
104
11
32
36
19
1.87
78202456--78202629
48
3.6
48
89
4
237
28
28
18
24
1.98
78202457--78202675
48
4.6
48
84
2
233
27
29
17
25
1.98
78202452--78202675
96
2.3
96
81
4
263
27
29
18
25
1.98
78204870--78204905
3
12.3
3
94
5
65
30
0
0
69
0.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325