genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.218.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  105315579

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71013187--71013359	46	3.7	46	75	13	158	31	28	18	21	1.97
71013187--71013380	46	4.2	46	70	15	132	30	28	18	21	1.97
71032408--71032432	13	1.9	13	100	0	50	24	40	24	12	1.88
71035998--71036033	18	1.9	19	88	5	56	61	0	0	38	0.96
71037102--71037401	154	1.9	154	91	0	492	27	15	28	29	1.96
71039096--71039144	22	2.1	24	85	7	66	61	12	8	18	1.55
71043200--71043281	40	2.0	40	100	0	164	24	9	29	36	1.87
71045973--71046016	20	2.2	20	91	0	70	47	22	2	27	1.63
71046682--71046792	40	2.8	40	80	6	118	31	11	24	32	1.91
71048561--71048629	32	2.2	32	86	5	95	24	23	23	28	1.99
71050501--71050724	40	5.6	40	83	6	274	27	26	21	24	1.99
71050501--71050724	83	2.8	80	84	4	290	27	26	21	24	1.99
71055673--71055741	30	2.3	30	85	2	95	56	17	17	8	1.65
71055684--71055746	15	4.2	15	74	8	65	55	15	17	11	1.68
71058651--71058824	46	3.8	44	80	9	197	28	29	21	21	1.98
71058659--71058828	92	1.8	93	93	1	297	27	29	21	21	1.99
71096438--71096498	24	2.6	23	72	12	61	34	18	21	26	1.96
71105626--71105656	9	3.6	9	91	8	55	58	0	32	9	1.31
71108176--71108456	40	7.1	40	90	1	404	27	28	20	23	1.99
71117259--71117436	40	4.5	40	85	3	209	24	27	24	23	2.00
71117273--71117436	80	2.0	80	87	4	233	25	28	24	22	2.00
71119829--71119864	16	2.2	16	90	9	56	72	8	0	19	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71121863--71122057	68	2.8	68	90	3	284	22	29	15	32	1.94
71121900--71122083	68	2.7	68	89	6	259	23	28	14	33	1.94
71127377--71127450	21	3.5	21	69	10	69	21	13	25	39	1.90
71127374--71127510	43	3.1	43	89	2	193	24	11	24	39	1.88
71127385--71127513	45	2.9	45	90	2	190	24	12	25	37	1.90
71137390--71137418	15	1.9	15	100	0	58	31	13	27	27	1.94
71149933--71149978	19	2.4	19	85	3	56	41	2	13	43	1.55
71153813--71153862	25	2.0	25	96	0	91	46	20	0	34	1.51
71158911--71158959	25	2.0	25	88	8	73	48	0	10	40	1.37
71164010--71164262	40	6.6	39	77	13	226	25	26	22	25	2.00
71164072--71164217	68	2.2	68	96	1	267	24	25	21	28	1.99
71171320--71171583	79	3.3	80	90	4	385	25	27	22	25	2.00
71171320--71171583	40	6.7	40	82	9	326	25	27	22	25	2.00
71173354--71173464	56	2.0	56	83	3	143	25	16	26	32	1.96
71175041--71175085	21	2.1	22	83	4	56	24	0	17	57	1.40
71176114--71176216	34	3.1	32	78	10	100	27	23	24	25	2.00
71182867--71182915	25	2.0	25	88	8	73	48	0	10	40	1.37
71183827--71183938	56	2.0	56	82	6	138	25	16	25	31	1.97
71190943--71191039	30	3.2	30	94	0	158	18	22	26	31	1.97
71193483--71193707	49	4.5	49	86	2	288	29	27	17	25	1.97
71195235--71195346	43	2.6	43	84	2	136	31	26	14	27	1.95
71198702--71198849	42	3.5	42	87	3	199	31	15	23	29	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71202438--71202613	46	3.8	44	79	12	194	21	19	28	30	1.97
71202432--71202605	93	1.9	93	92	2	296	21	19	28	29	1.98
71203342--71203373	14	2.3	14	100	0	64	28	0	18	53	1.45
71206461--71206620	85	1.9	85	79	5	180	26	19	25	28	1.99
71215456--71215630	27	6.5	27	87	1	244	27	14	16	41	1.87
71219221--71219449	27	8.5	27	84	4	293	29	15	13	41	1.86
71221755--71221810	20	2.8	20	78	7	62	41	8	10	39	1.71
71250104--71250143	20	2.0	20	95	0	71	30	7	25	37	1.83
71259816--71259926	40	2.8	41	79	9	122	27	17	28	27	1.97
71263970--71264074	46	2.2	48	84	6	133	36	14	23	25	1.93
71268308--71268428	50	2.6	46	82	6	136	35	14	23	26	1.94
71272474--71272778	46	6.6	46	74	8	246	23	26	19	31	1.98
71272474--71272830	138	2.6	138	93	2	583	22	27	18	31	1.97
71272477--71272772	92	3.2	91	79	8	271	23	26	19	30	1.98
71272477--71272830	46	7.6	45	72	11	227	23	27	18	30	1.97
71275213--71275390	27	6.6	27	82	6	180	29	28	15	26	1.96
71282696--71282873	27	6.6	27	82	6	180	29	28	15	26	1.96
71290952--71290996	12	3.4	12	78	21	54	17	24	8	48	1.75
71292149--71292326	48	3.7	48	77	10	184	28	19	27	24	1.99
71301781--71301958	48	3.6	50	80	12	217	30	20	26	23	1.98
71304774--71304854	33	2.5	33	87	0	117	32	24	17	25	1.97
71305244--71305321	27	2.9	27	88	0	93	20	24	21	33	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71305412--71305479	24	2.6	27	84	13	90	27	4	17	50	1.65
71305488--71305663	80	2.2	79	80	5	203	30	9	21	38	1.85
71305434--71305621	54	3.5	54	82	8	222	29	9	20	40	1.84
71305381--71305663	27	10.7	26	76	12	168	30	9	19	40	1.84
71305646--71305725	27	3.0	27	94	0	142	30	23	13	32	1.93
71313661--71313749	27	3.3	27	82	0	106	24	19	17	38	1.93
71313646--71313749	54	1.9	54	86	0	145	27	18	18	35	1.94
71316697--71316902	40	5.2	40	78	5	211	25	27	23	23	2.00
71324804--71324986	40	4.6	40	81	6	192	25	26	22	25	2.00
71324767--71324986	80	2.8	80	81	5	234	25	26	23	24	2.00
71338809--71338895	45	1.9	46	85	2	122	39	3	21	35	1.71
71340455--71340685	28	8.3	29	78	8	196	24	21	21	32	1.98
71340468--71340661	56	3.4	56	80	6	221	23	23	21	31	1.98
71342981--71343092	27	4.2	26	73	12	82	37	21	24	16	1.94
71344511--71344560	24	2.1	24	88	0	73	26	38	2	34	1.68
71348799--71349295	259	1.9	255	94	1	868	23	15	15	45	1.85
71357064--71357243	50	3.7	47	78	12	168	22	30	20	26	1.98
71357066--71357238	49	3.6	47	79	9	152	22	30	20	26	1.99
71359181--71359249	33	2.1	33	97	0	129	33	14	11	40	1.82
71366914--71367119	40	5.2	40	93	0	324	27	25	22	24	2.00
71368476--71368501	13	2.0	13	100	0	52	61	7	0	30	1.24
71379252--71379276	13	1.9	13	100	0	50	24	28	48	0	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71400371--71400602	40	5.8	40	91	1	297	24	20	27	27	1.99
71415995--71416114	27	4.5	26	81	6	132	38	18	18	25	1.93
71415995--71416114	54	2.2	54	88	2	170	38	18	18	25	1.93
71416480--71416535	24	2.3	24	93	0	94	30	32	32	5	1.80
71416477--71416535	8	7.4	8	76	0	64	32	32	30	5	1.79
71426411--71426497	45	2.0	44	95	2	156	37	25	10	26	1.88
71431798--71431824	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
71432180--71432226	24	2.0	24	100	0	94	34	0	4	61	1.15
71434973--71435194	46	4.7	46	73	10	173	26	18	29	25	1.98
71440100--71440202	36	2.6	39	83	16	140	35	15	9	38	1.80
71440156--71440202	24	2.0	24	100	0	94	36	17	8	38	1.80
71440100--71440183	19	4.4	19	89	8	127	35	15	9	39	1.80
71440619--71441104	87	5.6	86	66	15	255	29	20	17	32	1.96
71440664--71441246	175	3.3	175	90	0	900	27	20	19	32	1.97
71441198--71441286	44	2.0	45	88	4	135	25	25	16	31	1.97
71441208--71441393	44	4.2	45	70	9	132	25	22	17	34	1.95
71447006--71447120	44	2.6	44	85	2	149	35	13	22	27	1.92
71447006--71447139	46	3.0	45	82	4	153	35	14	23	26	1.93
71447851--71449440	530	3.0	529	97	0	2938	35	11	20	32	1.88
71455426--71455540	44	2.6	44	78	2	122	37	13	20	28	1.91
71456874--71457049	46	3.8	46	79	14	209	20	20	29	29	1.98
71456871--71457042	93	1.8	93	95	2	310	20	20	29	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71461580--71461710	46	2.8	47	89	4	194	19	19	29	31	1.96
71463034--71463192	76	2.1	75	95	3	284	44	8	25	21	1.80
71466156--71466221	19	3.2	21	87	6	64	36	19	9	34	1.84
71466173--71466270	19	5.2	19	92	7	164	35	16	10	37	1.82
71466173--71466270	36	2.6	37	90	9	153	35	16	10	37	1.82
71466740--71467665	175	5.3	174	92	0	1510	28	20	18	33	1.96
71467618--71467932	44	7.1	45	73	9	227	26	21	17	34	1.95
71467616--71467932	132	2.4	132	87	1	445	27	21	17	34	1.95
71471220--71471295	19	3.8	19	88	8	107	36	17	10	35	1.84
71471633--71471664	16	1.9	17	93	6	57	43	12	0	43	1.42

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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