genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.186.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  105315579

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60406389--60406569	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
60414445--60414622	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
60414446--60414601	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
60414442--60414622	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
60416715--60416854	71	2.0	71	97	0	262	33	7	23	35	1.84
60427440--60427628	40	4.7	40	87	6	267	25	28	22	23	1.99
60427440--60427628	80	2.4	80	90	3	317	25	28	22	23	1.99
60432083--60432228	31	4.7	31	93	0	240	30	26	15	28	1.96
60432252--60432343	42	2.2	42	90	0	139	33	19	13	33	1.90
60432493--60432584	25	3.7	25	94	2	150	23	25	27	23	2.00
60433326--60433377	27	1.9	28	84	7	72	17	21	23	38	1.93
60433412--60433464	27	2.0	27	84	0	70	35	16	15	32	1.90
60433422--60433519	27	3.6	26	78	13	90	33	10	17	38	1.83
60433510--60433669	27	5.9	27	83	3	205	29	8	21	41	1.82
60433512--60433884	27	13.8	26	79	7	175	31	8	22	37	1.84
60454828--60455044	40	5.5	39	82	7	199	24	28	23	23	2.00
60454900--60455077	40	4.4	40	87	1	232	26	28	21	24	1.99
60457123--60457179	26	2.2	26	83	3	69	35	17	19	28	1.94
60462807--60462914	29	3.8	29	79	6	121	25	31	12	29	1.93
60463129--60463189	24	2.5	24	86	5	79	8	21	19	50	1.73
60463146--60463196	8	6.4	8	86	6	68	5	21	21	50	1.69
60467289--60467461	93	1.9	93	90	2	276	27	31	21	19	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60467283--60467457	46	3.8	47	77	10	189	29	30	21	19	1.97
60467333--60467476	46	3.1	45	73	11	130	29	29	20	20	1.97
60470088--60470202	29	4.0	28	75	7	97	25	31	15	27	1.96
60470090--60470202	58	2.0	57	84	11	151	24	30	15	28	1.96
60470418--60470469	16	3.3	15	76	10	59	13	17	15	53	1.72
60476890--60477013	43	2.9	43	87	3	171	23	13	28	34	1.93
60476835--60477036	43	4.7	42	78	12	164	21	16	28	33	1.95
60489321--60489510	88	2.2	88	89	0	281	21	31	23	23	1.98
60493427--60493731	47	6.5	46	75	14	202	25	18	30	25	1.98
60493427--60493731	94	3.3	93	82	9	331	25	18	30	25	1.98
60493422--60493731	140	2.2	142	78	7	339	25	18	30	25	1.98
60496870--60497089	41	5.4	40	85	5	262	35	22	21	20	1.96
60496871--60497089	82	2.7	81	88	2	305	35	22	21	20	1.96
60497668--60497725	7	8.3	7	92	0	71	18	0	46	34	1.50
60497648--60497725	14	5.6	14	75	13	63	20	0	43	35	1.52
60497660--60497784	7	17.6	7	77	6	56	21	1	36	40	1.63
60502957--60502997	19	2.2	19	86	4	57	21	2	4	70	1.18
60503343--60503370	12	2.3	12	100	0	56	35	17	46	0	1.49
60507345--60507400	25	2.1	27	83	9	71	62	1	3	32	1.23
60509266--60509441	46	3.8	46	80	4	210	28	30	19	21	1.98
60509274--60509445	93	1.8	93	93	0	299	27	30	20	20	1.98
60510522--60510579	30	2.0	30	82	3	73	44	12	10	32	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60521079--60521200	22	5.3	22	62	21	61	25	29	11	33	1.91
60521051--60521649	47	12.6	47	91	3	891	27	29	8	34	1.87
60521051--60521649	96	6.3	96	91	3	898	27	29	8	34	1.87
60521507--60521648	49	3.1	42	84	13	121	29	27	8	34	1.86
60523096--60523215	56	2.1	56	98	0	231	22	23	9	45	1.81
60524496--60524795	40	7.6	40	83	4	306	25	28	21	24	1.99
60524496--60524829	80	4.2	80	83	5	299	26	27	21	25	1.99
60524567--60524871	40	7.6	40	83	5	201	26	27	20	24	1.99
60524698--60524871	79	2.2	80	82	8	212	25	28	20	25	1.99
60527156--60527747	47	12.6	47	94	3	919	28	29	8	33	1.87
60527655--60527730	22	3.3	22	64	10	62	28	27	10	32	1.90
60529194--60529311	54	2.1	56	95	3	213	22	22	9	45	1.80
60532013--60532196	49	3.7	49	79	5	208	26	18	26	29	1.98
60532008--60532195	100	1.9	100	90	0	304	25	19	26	29	1.98
60535842--60535880	5	8.0	5	94	5	71	79	0	0	20	0.73
60543142--60543272	42	3.0	42	77	12	145	29	15	25	29	1.96
60543100--60543310	90	2.3	90	80	3	219	26	16	27	30	1.97
60548790--60548943	43	3.6	43	77	7	143	29	17	22	31	1.96
60559444--60559585	51	2.8	51	81	4	162	26	15	29	28	1.96
60585469--60585529	30	2.0	30	96	0	113	40	11	22	24	1.87
60595053--60595235	39	4.6	40	94	2	316	22	22	28	26	1.99
60595049--60595267	79	2.8	80	86	6	322	25	21	26	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60595491--60595534	22	2.0	21	83	16	54	31	18	13	36	1.90
60602560--60602588	15	2.0	15	93	6	51	34	0	13	51	1.42
60604672--60604822	28	5.4	28	89	1	205	25	11	28	33	1.92
60606610--60606714	40	2.6	40	93	3	176	21	23	28	25	1.99
60606610--60606746	40	3.5	39	87	6	161	24	22	27	25	2.00
60606973--60607016	22	2.0	21	83	16	54	31	18	13	36	1.90
60609192--60609320	46	2.8	46	89	2	188	19	21	28	30	1.98
60614053--60614085	16	2.0	17	94	5	59	42	24	0	33	1.55
60615607--60615764	43	3.7	42	82	9	169	23	18	27	31	1.97
60622810--60622915	42	2.5	44	78	9	130	28	16	23	31	1.97
60622810--60622926	43	2.8	42	76	6	119	28	17	24	29	1.97
60623192--60623270	40	2.0	40	100	0	158	22	10	15	51	1.72
60624699--60624789	43	2.1	42	80	6	103	25	17	25	31	1.97
60637422--60637462	17	2.4	17	91	0	64	24	31	26	17	1.97
60638927--60639041	43	2.7	43	82	4	144	29	23	16	30	1.96
60639950--60640057	27	4.0	26	85	4	117	37	19	22	21	1.95
60639975--60640051	28	2.8	28	90	3	113	35	20	22	22	1.96
60643019--60643052	17	2.0	17	88	11	52	50	11	8	29	1.69
60643365--60643436	35	2.1	35	100	0	144	36	2	15	45	1.60
60643672--60643800	65	2.0	64	85	5	172	21	19	24	34	1.96
60643898--60644004	56	1.9	56	90	3	171	23	24	17	34	1.96
60652982--60653155	27	6.4	27	82	4	170	30	27	14	27	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60652999--60653154	82	1.9	81	86	3	224	30	27	15	26	1.96
60658090--60658182	46	2.0	46	93	0	159	27	17	17	37	1.92
60659472--60659615	72	2.0	72	93	0	243	43	20	11	23	1.85
60663273--60663317	21	2.1	21	100	0	90	42	8	20	28	1.82
60665953--60666011	22	2.7	22	78	0	55	32	23	23	20	1.98
60666326--60666378	27	2.0	27	85	7	72	32	15	16	35	1.90
60673934--60673959	3	8.7	3	100	0	52	34	0	0	65	0.93
60675504--60675588	6	13.8	6	74	14	66	49	12	16	21	1.79
60675509--60675588	31	2.6	31	93	0	133	48	13	16	21	1.80
60675720--60675821	27	3.8	26	84	5	114	36	17	23	22	1.95
60675980--60676044	22	3.0	22	80	8	78	33	23	23	20	1.97
60676471--60676908	27	16.3	27	88	1	601	23	21	21	33	1.97
60676892--60676980	27	3.3	26	72	14	83	24	7	26	40	1.82
60678086--60678396	47	6.6	47	71	12	183	28	18	29	23	1.98
60681205--60681426	40	5.6	40	89	1	322	28	25	21	24	1.99
60689285--60689508	40	5.6	40	93	1	344	27	26	21	24	1.99
60696928--60697059	49	2.7	49	83	3	149	31	18	25	24	1.97
60699638--60699914	49	5.8	49	73	12	175	23	29	19	27	1.98
60699828--60699954	46	2.8	46	85	3	166	21	29	20	28	1.98
60711229--60711718	4	124.5	4	84	3	519	23	0	25	49	1.56
60711581--60711659	6	13.2	6	100	0	158	32	0	16	50	1.45
60715414--60715446	9	3.7	9	95	0	57	63	0	12	24	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60718840--60719350	49	10.6	49	94	1	822	33	8	28	29	1.86
60723635--60723756	44	2.8	43	82	6	158	32	26	18	22	1.97
60731137--60731301	43	3.8	44	77	12	155	30	27	21	21	1.98
60740362--60740413	26	2.0	26	96	0	95	30	36	23	9	1.87
60740120--60740492	104	3.6	105	94	2	626	30	30	20	18	1.97
60747240--60747604	103	3.6	104	95	3	636	30	29	20	19	1.97
60747475--60747526	26	2.0	26	96	0	95	28	34	23	13	1.92
60749945--60750017	37	2.0	37	88	0	110	28	32	19	19	1.96
60750138--60750862	47	15.1	47	92	3	1135	28	30	9	32	1.88
60750149--60750862	145	4.9	143	92	3	1130	28	30	9	32	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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