genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.262.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  105315579

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85577344--85577412	16	4.2	16	96	3	129	24	0	37	37	1.56
85577344--85577412	33	2.1	32	97	2	129	24	0	37	37	1.56
85577648--85577684	19	2.0	19	85	15	51	54	0	0	45	1.00
85577770--85577804	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
85577629--85578259	120	5.2	120	95	1	1050	48	5	2	44	1.37
85578008--85578044	16	2.2	17	86	13	51	54	0	2	43	1.14
85578128--85578164	16	2.2	17	86	13	51	54	0	2	43	1.14
85582374--85582423	24	2.0	26	84	7	68	60	0	0	40	0.97
85584286--85584318	15	2.2	15	100	0	66	33	12	0	54	1.37
85585419--85585563	78	1.9	78	88	0	218	26	29	22	22	1.99
85593499--85593534	18	1.9	19	88	5	56	27	0	5	66	1.13
85600023--85600198	46	3.8	45	78	10	194	21	21	28	28	1.98
85600019--85600190	93	1.8	93	92	0	290	21	21	29	27	1.99
85604992--85605167	46	3.8	45	80	10	203	21	20	29	28	1.98
85604990--85605158	93	1.8	93	94	0	302	21	21	29	27	1.98
85606474--85606500	14	1.9	14	100	0	54	29	7	7	55	1.55
85608403--85608434	3	10.7	3	100	0	64	68	0	0	31	0.90
85610031--85610101	19	3.7	19	80	16	76	35	0	7	57	1.26
85610050--85610102	20	2.7	21	85	8	67	32	0	7	60	1.25
85618425--85618545	27	4.3	27	71	19	104	25	22	11	40	1.87
85619177--85619209	17	2.0	17	94	5	59	45	0	0	54	0.99
85619311--85619486	91	1.9	91	88	2	264	40	8	26	25	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85622865--85622957	42	2.2	42	78	0	105	27	17	24	30	1.97
85630548--85630673	48	2.6	48	76	0	126	25	20	27	26	1.99
85630631--85630800	90	1.9	90	81	2	207	28	17	26	27	1.98
85631242--85631309	9	7.6	9	81	6	75	45	19	7	27	1.76
85631242--85631309	27	2.5	27	87	0	100	45	19	7	27	1.76
85634136--85634429	51	5.9	48	79	7	311	26	26	19	26	1.99
85634139--85634429	100	2.9	99	86	2	368	27	26	19	26	1.99
85634136--85634421	150	1.9	149	90	2	457	26	26	19	26	1.99
85636872--85636905	15	2.2	16	89	5	52	0	17	0	82	0.67
85637724--85637803	27	2.8	27	75	19	74	55	0	2	42	1.13
85643539--85643586	23	2.1	23	100	0	96	25	20	8	45	1.79
85643850--85643967	29	4.1	29	80	8	118	29	29	13	27	1.94
85643847--85643954	29	3.8	29	82	6	130	28	29	14	26	1.95
85643844--85643954	58	1.9	58	87	1	161	28	30	14	26	1.95
85644176--85644229	24	2.3	23	81	6	63	11	20	18	50	1.77
85645338--85645369	16	2.0	16	100	0	64	18	6	25	50	1.70
85645653--85645693	18	2.2	19	83	12	50	14	39	26	19	1.90
85647508--85647569	29	2.2	29	88	2	90	29	29	14	27	1.95
85647508--85647593	28	3.0	28	81	9	95	29	27	15	27	1.96
85648963--85648994	16	2.0	16	93	0	55	15	6	28	50	1.68
85653863--85653963	50	2.0	50	94	0	175	42	23	9	23	1.84
85669006--85669243	12	20.4	12	67	19	96	29	9	2	59	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85669161--85669199	14	2.7	15	84	4	53	33	10	0	56	1.33
85669002--85669184	3	61.7	3	69	12	110	28	8	1	61	1.34
85669210--85669247	14	2.6	15	83	8	51	31	7	5	55	1.51
85680183--85681158	41	21.8	45	71	11	453	33	17	19	28	1.95
85680370--85681103	137	5.4	135	68	15	410	33	17	19	29	1.95
85680232--85681162	178	5.2	178	91	1	1227	34	17	19	28	1.95
85682499--85682587	25	3.6	23	70	19	63	26	10	2	60	1.40
85682499--85682743	12	20.3	12	66	19	93	28	9	2	58	1.44
85682661--85682699	14	2.7	15	84	4	53	33	10	0	56	1.33
85682499--85682684	3	63.0	3	69	10	89	27	8	2	60	1.40
85682773--85682807	15	2.4	14	90	4	52	22	5	2	68	1.24
85684915--85686188	123	10.4	123	79	4	977	23	22	18	35	1.96
85684915--85686152	369	3.4	364	77	5	1170	24	22	17	35	1.95
85685989--85686415	120	3.5	120	72	9	330	20	20	21	36	1.95
85698650--85698676	12	2.2	12	100	0	54	7	0	33	59	1.25
85698880--85698944	32	2.0	32	93	0	112	52	6	24	16	1.67
85700171--85700292	43	2.9	42	82	9	158	29	24	16	29	1.96
85702219--85702278	24	2.5	24	94	2	102	40	16	0	43	1.48
85703834--85703897	33	1.9	33	84	6	85	18	21	31	28	1.97
85705905--85705969	33	2.0	33	81	6	78	38	15	0	46	1.46
85710313--85710374	28	2.2	28	82	5	72	27	0	19	53	1.45
85712629--85712654	5	5.2	5	100	0	52	42	0	0	57	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85725937--85726093	43	3.7	43	75	10	169	24	19	25	30	1.98
85731914--85732071	35	4.5	35	80	3	156	33	25	13	27	1.93
85737144--85737302	49	3.4	49	77	12	172	26	27	21	24	1.99
85737099--85737265	49	3.6	46	81	9	187	26	29	20	23	1.99
85737093--85737303	93	2.2	97	82	9	267	26	28	21	23	1.99
85744720--85744799	6	13.3	6	73	10	65	15	5	2	77	1.04
85744725--85744777	16	3.3	15	77	17	54	15	3	1	79	0.96
85744721--85744787	32	2.1	32	86	5	91	14	4	2	77	1.05
85744720--85744799	22	3.6	22	77	15	85	15	5	2	77	1.04
85752940--85752984	14	3.1	14	90	3	63	11	11	15	62	1.55
85755533--85755712	54	3.3	54	85	3	245	40	20	7	31	1.80
85755533--85755783	81	3.1	81	83	1	288	39	20	8	31	1.83
85755533--85755783	27	9.3	27	80	5	213	39	20	8	31	1.83
85755785--85755953	27	6.3	27	84	2	196	30	20	5	43	1.76
85755764--85755953	81	2.4	81	83	3	242	30	21	6	42	1.78
85755764--85755953	54	3.6	54	82	4	233	30	21	6	42	1.78
85756280--85756339	27	2.3	27	85	2	77	21	23	20	35	1.96
85756460--85756523	25	2.6	25	87	0	83	17	18	17	46	1.84
85756457--85756532	6	12.3	6	69	20	50	18	17	17	47	1.83
85758482--85758733	27	9.3	27	82	1	209	39	21	8	30	1.83
85758482--85758661	54	3.3	54	87	3	245	40	21	7	31	1.81
85758473--85758733	81	3.2	81	80	2	256	39	21	8	31	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85758713--85758984	27	10.1	27	89	0	330	30	22	6	40	1.80
85758713--85758984	54	5.1	54	88	0	366	30	22	6	40	1.80
85758713--85758984	81	3.4	81	86	0	375	30	22	6	40	1.80
85759489--85759576	6	14.3	6	75	17	83	19	17	14	48	1.81
85759489--85759568	31	2.6	31	87	0	115	20	17	13	48	1.80
85760842--85761017	46	3.8	45	74	12	151	21	20	27	30	1.98
85761308--85761372	32	2.0	32	100	0	130	18	12	21	47	1.81
85765849--85765886	20	1.9	20	84	10	51	47	13	13	26	1.79
85767292--85767551	49	5.5	49	74	14	197	25	28	19	26	1.99
85767385--85767551	93	1.8	93	83	10	218	24	28	19	26	1.99
85771496--85771653	68	2.3	68	97	0	298	24	29	14	31	1.95
85771436--85771679	68	3.6	66	84	11	275	22	27	15	34	1.95
85772990--85773256	35	7.6	35	82	6	299	32	23	14	29	1.94
85772982--85773248	105	2.5	105	91	0	444	32	23	14	29	1.95
85777072--85777186	43	2.7	42	74	12	117	25	16	25	33	1.96
85785097--85785174	39	2.0	39	92	0	129	20	14	23	42	1.88
85787805--85787879	32	2.3	33	86	4	107	25	21	26	26	1.99
85795651--85795730	33	2.4	33	93	0	142	26	18	25	30	1.98
85808847--85808973	27	4.7	27	81	5	141	32	18	15	33	1.92
85808965--85809077	27	4.3	27	76	6	97	42	16	15	25	1.87
85816368--85816412	20	2.2	20	100	0	90	35	20	4	40	1.72
85826699--85826740	19	2.2	19	86	4	57	35	0	16	47	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85826949--85827043	40	2.4	41	82	3	104	26	13	28	31	1.94
85830975--85830999	13	1.9	13	100	0	50	12	0	0	88	0.53
85834964--85835006	19	2.2	19	87	4	59	58	11	4	25	1.52
85837004--85837049	24	2.0	23	91	4	74	41	26	19	13	1.88
85850568--85850664	42	2.3	42	87	0	140	19	27	30	21	1.98
85857126--85857186	31	2.0	31	84	6	81	37	11	9	40	1.75
85859060--85859092	2	17.0	2	90	6	50	0	45	0	54	0.99
85877932--85877971	20	2.0	20	95	0	71	35	25	12	27	1.92
85880730--85880765	12	2.9	12	91	4	54	16	27	0	55	1.42
85880730--85880765	18	1.9	19	88	5	56	16	27	0	55	1.42

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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